Doublet Group distance statistics: 52994

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.007, 0.029, 0.050, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.004, 0.027, 0.049, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.004, 0.027, 0.050, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.016, 0.044, 0.073, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.019, 0.085, 0.151, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.085 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.020, 0.110, 0.201, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.110 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.033, 0.140, 0.247, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.140 std_dev=0.107
C4' A 0, 0.013, 0.134, 0.256, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.134 std_dev=0.121
C3' A 0, 0.015, 0.153, 0.292, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.153 std_dev=0.138
O4 B 0, 0.038, 0.188, 0.339, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.188 std_dev=0.151
C4 B 0, 0.026, 0.204, 0.382, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.204 std_dev=0.178
C5 B 0, 0.021, 0.206, 0.391, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.206 std_dev=0.185
C5' A 0, 0.007, 0.205, 0.404, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.205 std_dev=0.198
O3' A 0, 0.023, 0.224, 0.425, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.224 std_dev=0.201
N3 B 0, 0.022, 0.228, 0.435, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.228 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.011, 0.225, 0.438, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.225 std_dev=0.214
O5' A 0, 0.016, 0.244, 0.471, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.244 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.010, 0.246, 0.481, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.246 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.020, 0.259, 0.498, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.259 std_dev=0.239
OP1 A 0, 0.023, 0.276, 0.530, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.276 std_dev=0.253
O2 B 0, 0.024, 0.282, 0.540, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.282 std_dev=0.258
P A 0, 0.012, 0.287, 0.562, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.287 std_dev=0.275
C1' B 0, 0.020, 0.300, 0.580, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.300 std_dev=0.280
OP2 A 0, 0.028, 0.310, 0.593, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.310 std_dev=0.283
O4' B 0, 0.026, 0.323, 0.621, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.323 std_dev=0.297
OP2 B 0, 0.035, 0.339, 0.644, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.339 std_dev=0.304
C2' B 0, 0.027, 0.337, 0.646, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.337 std_dev=0.309
C3' B 0, 0.034, 0.352, 0.670, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.352 std_dev=0.318
C4' B 0, 0.034, 0.380, 0.726, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.346
OP1 B 0, 0.025, 0.392, 0.759, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.392 std_dev=0.367
O3' B 0, 0.056, 0.425, 0.795, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.425 std_dev=0.370
C5' B 0, 0.035, 0.407, 0.778, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.407 std_dev=0.372
O2' B 0, 0.040, 0.434, 0.828, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.434 std_dev=0.394
P B 0, 0.024, 0.477, 0.929, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.477 std_dev=0.452
O5' B 0, 0.028, 0.668, 1.308, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.668 std_dev=0.640

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02
C2 0.03 0.00 0.06 0.09 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.13 0.12 0.14 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06
C5' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.11 0.11 0.08 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.09 0.09 0.09 0.09
C8 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
N1 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03 0.12 0.12 0.13 0.12
N3 0.03 0.00 0.06 0.09 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.10 0.10 0.13 0.11
N6 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.09 0.09 0.08 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
N9 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03
O3' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.09 0.10 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04
O5' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.12 0.10 0.09 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.12 0.02 0.02 0.07 0.03 0.06 0.01 0.09 0.02 0.12 0.10 0.09 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.14 0.03 0.04 0.08 0.05 0.06 0.02 0.09 0.02 0.13 0.13 0.08 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.13 0.02 0.02 0.07 0.03 0.06 0.01 0.09 0.02 0.12 0.11 0.09 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.09 0.14 0.13 0.10 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.16 0.15 0.10 0.13 0.21 0.02 0.03 0.02
C2 0.06 0.05 0.09 0.07 0.06 0.05 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05 0.11 0.09 0.06 0.06 0.35 0.07 0.05 0.10
C2' 0.11 0.10 0.13 0.11 0.11 0.10 0.11 0.07 0.09 0.09 0.11 0.10 0.16 0.14 0.12 0.12 0.20 0.03 0.03 0.03
C3' 0.10 0.10 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.07 0.10 0.09 0.12 0.10 0.16 0.13 0.13 0.12 0.21 0.02 0.03 0.02
C4 0.09 0.08 0.12 0.10 0.09 0.09 0.10 0.05 0.08 0.08 0.09 0.08 0.14 0.12 0.10 0.11 0.28 0.02 0.03 0.05
C4' 0.11 0.10 0.13 0.12 0.12 0.10 0.11 0.07 0.10 0.09 0.11 0.10 0.16 0.14 0.13 0.12 0.22 0.02 0.03 0.03
C5 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.04 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.09 0.09 0.30 0.02 0.03 0.05
C5' 0.13 0.13 0.15 0.13 0.15 0.12 0.15 0.09 0.13 0.12 0.14 0.12 0.17 0.15 0.16 0.14 0.21 0.04 0.05 0.02
C6 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.35 0.05 0.04 0.08
C8 0.11 0.10 0.13 0.12 0.11 0.12 0.12 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.15 0.14 0.11 0.14 0.20 0.04 0.05 0.03
N1 0.04 0.04 0.07 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.09 0.06 0.06 0.05 0.37 0.07 0.05 0.11
N3 0.08 0.07 0.11 0.09 0.08 0.07 0.08 0.03 0.07 0.07 0.07 0.07 0.13 0.11 0.08 0.09 0.31 0.04 0.04 0.07
N6 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.04 0.36 0.05 0.05 0.09
N7 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.12 0.06 0.10 0.08 0.09 0.08 0.11 0.10 0.10 0.12 0.25 0.03 0.03 0.02
N9 0.11 0.09 0.13 0.12 0.10 0.11 0.11 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.16 0.14 0.10 0.13 0.23 0.02 0.03 0.02
O2' 0.11 0.10 0.14 0.12 0.10 0.11 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.11 0.17 0.15 0.11 0.12 0.18 0.04 0.04 0.04
O3' 0.10 0.11 0.12 0.10 0.13 0.09 0.12 0.07 0.10 0.09 0.12 0.11 0.15 0.12 0.14 0.11 0.21 0.03 0.04 0.04
O4' 0.11 0.09 0.13 0.12 0.10 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.16 0.15 0.10 0.12 0.23 0.02 0.04 0.02
O5' 0.13 0.13 0.14 0.13 0.15 0.12 0.15 0.09 0.13 0.12 0.14 0.12 0.17 0.15 0.17 0.15 0.21 0.05 0.06 0.02
OP1 0.13 0.13 0.15 0.14 0.15 0.13 0.15 0.10 0.13 0.12 0.14 0.12 0.18 0.16 0.17 0.15 0.18 0.05 0.07 0.03
OP2 0.13 0.13 0.15 0.13 0.16 0.12 0.15 0.09 0.13 0.12 0.15 0.12 0.18 0.15 0.17 0.14 0.18 0.04 0.04 0.03
P 0.13 0.13 0.15 0.13 0.16 0.13 0.15 0.10 0.13 0.12 0.15 0.12 0.17 0.15 0.17 0.15 0.19 0.05 0.06 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.08 0.08 0.02
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.31 0.12 0.11 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.08 0.08 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.08 0.09 0.00
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.40 0.13 0.11 0.14
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.08 0.09 0.01
C5 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.40 0.13 0.11 0.13
C5' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.06 0.08 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.35 0.11 0.11 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.10 0.10 0.07
N3 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.36 0.13 0.11 0.12
O2 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.25 0.11 0.11 0.07
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.10 0.10 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.09 0.02
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.41 0.14 0.11 0.15
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.14 0.07 0.06 0.01
O5' 0.17 0.31 0.11 0.07 0.40 0.02 0.40 0.00 0.35 0.30 0.36 0.25 0.05 0.03 0.41 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.08 0.12 0.08 0.08 0.13 0.08 0.13 0.08 0.11 0.10 0.13 0.11 0.10 0.08 0.14 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.08 0.11 0.08 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.09 0.01 0.00 0.14 0.01 0.13 0.00 0.10 0.07 0.12 0.07 0.02 0.02 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00