ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52995

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O2' A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.000, 0.064, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O3' A 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C4' A 0, 0.000, 0.227, 0.455, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.227 std_dev=0.227
O5' A 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
OP2 A 0, 0.000, 0.339, 0.677, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.339 std_dev=0.339
C5' A 0, 0.000, 0.426, 0.851, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.426 std_dev=0.426
P A 0, 0.000, 0.489, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.489 std_dev=0.489
N3 B 0, 0.000, 0.601, 1.202, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.601 std_dev=0.601
C4 B 0, 0.000, 0.605, 1.209, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.605 std_dev=0.605
C2 B 0, 0.000, 0.620, 1.239, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.620 std_dev=0.620
O4 B 0, 0.000, 0.626, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.626 std_dev=0.626
O2 B 0, 0.000, 0.627, 1.254, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.627 std_dev=0.627
C5 B 0, 0.000, 0.636, 1.273, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.636 std_dev=0.636
N1 B 0, 0.000, 0.675, 1.350, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.675 std_dev=0.675
C6 B 0, 0.000, 0.685, 1.369, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.685 std_dev=0.685
C2' B 0, 0.000, 0.695, 1.391, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.695 std_dev=0.695
C3' B 0, 0.000, 0.741, 1.482, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.741 std_dev=0.741
C1' B 0, 0.000, 0.756, 1.511, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.756 std_dev=0.756
O2' B 0, 0.000, 0.772, 1.543, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.772 std_dev=0.772
O3' B 0, 0.000, 0.795, 1.590, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.795 std_dev=0.795
OP1 A 0, 0.000, 0.832, 1.665, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.832 std_dev=0.832
O5' B 0, 0.000, 0.837, 1.675, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.837 std_dev=0.837
P B 0, 0.000, 0.854, 1.708, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.854 std_dev=0.854
OP2 B 0, 0.000, 0.886, 1.773, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.886 std_dev=0.886
O4' B 0, 0.000, 0.893, 1.787, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.893 std_dev=0.893
C4' B 0, 0.000, 0.951, 1.901, 1.901 max_d=1.901 avg_d=0.951 std_dev=0.951
OP1 B 0, 0.000, 1.120, 2.240, 2.240 max_d=2.240 avg_d=1.120 std_dev=1.120
C5' B 0, 0.000, 1.142, 2.283, 2.283 max_d=2.283 avg_d=1.142 std_dev=1.142

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.13 0.06 0.06 0.09
C2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.16 0.03 0.06 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.14 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.02 0.05 0.03 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.18 0.09
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.04 0.05 0.10
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.10 0.01 0.04 0.05 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.00
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.03 0.06 0.09
C5' 0.05 0.07 0.06 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.16 0.22 0.11 0.05 0.20 0.23 0.13 0.06 0.01 0.01 0.00 0.18 0.20 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.02 0.06 0.08
C8 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.05 0.04 0.09
N1 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.16 0.02 0.06 0.09
N3 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.16 0.04 0.06 0.10
N6 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.00 0.06 0.08
N7 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.13 0.03 0.05 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.16 0.06 0.04 0.10
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.16 0.15 0.07
O3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.07 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.06 0.09 0.10 0.19 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.16 0.19 0.00 0.17
O5' 0.13 0.16 0.07 0.06 0.16 0.01 0.15 0.00 0.15 0.14 0.16 0.16 0.14 0.13 0.16 0.03 0.09 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.06 0.03 0.07 0.08 0.04 0.07 0.03 0.18 0.02 0.05 0.02 0.04 0.00 0.03 0.06 0.16 0.10 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.06 0.14 0.18 0.05 0.14 0.06 0.20 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.15 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.09 0.02 0.09 0.10 0.00 0.09 0.01 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.06 0.09 0.17 0.03 0.24 0.05 0.41 0.07 0.08 0.05 0.06 0.03 0.12 0.00 0.20 0.33 0.19 0.29 0.22
C2 0.28 0.25 0.25 0.31 0.27 0.39 0.31 0.55 0.30 0.29 0.25 0.24 0.20 0.26 0.25 0.38 0.17 0.03 0.12 0.05
C2' 0.12 0.06 0.10 0.19 0.02 0.28 0.04 0.46 0.08 0.09 0.04 0.07 0.05 0.14 0.02 0.23 0.31 0.16 0.27 0.20
C3' 0.12 0.07 0.10 0.20 0.03 0.27 0.04 0.45 0.07 0.09 0.05 0.08 0.05 0.14 0.01 0.22 0.28 0.16 0.25 0.18
C4 0.21 0.16 0.19 0.26 0.14 0.33 0.19 0.49 0.20 0.19 0.14 0.15 0.14 0.21 0.10 0.30 0.25 0.08 0.20 0.14
C4' 0.11 0.08 0.10 0.19 0.04 0.25 0.04 0.42 0.06 0.09 0.07 0.10 0.05 0.14 0.02 0.21 0.28 0.16 0.24 0.18
C5 0.25 0.19 0.24 0.31 0.17 0.37 0.24 0.51 0.26 0.24 0.16 0.17 0.19 0.26 0.10 0.33 0.20 0.05 0.15 0.10
C5' 0.20 0.18 0.18 0.27 0.13 0.33 0.12 0.49 0.15 0.18 0.16 0.19 0.12 0.20 0.11 0.29 0.17 0.08 0.15 0.08
C6 0.32 0.27 0.30 0.35 0.28 0.42 0.34 0.55 0.34 0.32 0.25 0.25 0.25 0.31 0.23 0.40 0.13 0.04 0.08 0.03
C8 0.13 0.05 0.14 0.22 0.02 0.27 0.02 0.42 0.08 0.09 0.00 0.05 0.09 0.18 0.08 0.22 0.31 0.17 0.25 0.20
N1 0.33 0.29 0.29 0.35 0.31 0.43 0.36 0.57 0.35 0.33 0.28 0.27 0.25 0.30 0.29 0.41 0.12 0.07 0.07 0.01
N3 0.23 0.19 0.20 0.27 0.20 0.35 0.23 0.51 0.24 0.22 0.19 0.19 0.14 0.21 0.17 0.32 0.23 0.05 0.18 0.11
N6 0.37 0.32 0.35 0.39 0.35 0.45 0.41 0.57 0.40 0.37 0.30 0.29 0.31 0.36 0.30 0.44 0.08 0.09 0.03 0.02
N7 0.20 0.11 0.22 0.29 0.04 0.33 0.13 0.47 0.19 0.17 0.06 0.11 0.17 0.25 0.06 0.28 0.25 0.11 0.19 0.14
N9 0.14 0.09 0.13 0.21 0.05 0.27 0.09 0.43 0.11 0.12 0.06 0.09 0.08 0.16 0.01 0.23 0.31 0.16 0.26 0.20
O2' 0.13 0.06 0.11 0.20 0.01 0.29 0.05 0.48 0.09 0.09 0.02 0.06 0.06 0.15 0.04 0.24 0.31 0.15 0.27 0.20
O3' 0.13 0.09 0.11 0.20 0.05 0.28 0.06 0.46 0.09 0.10 0.07 0.10 0.06 0.15 0.02 0.23 0.28 0.15 0.25 0.18
O4' 0.03 0.02 0.02 0.11 0.00 0.16 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.12 0.38 0.25 0.34 0.27
O5' 0.16 0.23 0.16 0.04 0.29 0.02 0.29 0.20 0.26 0.22 0.25 0.21 0.20 0.07 0.31 0.06 0.47 0.37 0.41 0.37
OP1 0.23 0.27 0.29 0.15 0.27 0.03 0.27 0.20 0.27 0.26 0.27 0.27 0.37 0.21 0.28 0.09 0.36 0.25 0.23 0.22
OP2 0.16 0.21 0.18 0.07 0.24 0.02 0.26 0.20 0.24 0.21 0.22 0.20 0.21 0.10 0.25 0.05 0.45 0.35 0.38 0.34
P 0.21 0.27 0.24 0.09 0.31 0.01 0.32 0.19 0.29 0.26 0.29 0.26 0.28 0.12 0.32 0.09 0.41 0.32 0.31 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.19 0.13 0.12
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.34 0.28 0.27 0.27
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.20 0.22 0.16 0.14
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.26 0.15 0.15
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.45 0.33 0.39 0.36
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.16 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.47 0.31 0.39 0.35
C5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.14 0.04 0.02 0.10 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.29 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.43 0.28 0.33 0.30
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.27 0.26 0.25
N3 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.40 0.31 0.34 0.33
O2 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01 0.10 0.27 0.27 0.23 0.23
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.14 0.06 0.04
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.19 0.06 0.05
O4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.48 0.34 0.43 0.39
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.10 0.02 0.00 0.02 0.00 0.15 0.19 0.07 0.08
O5' 0.19 0.34 0.20 0.20 0.45 0.01 0.47 0.00 0.43 0.35 0.40 0.27 0.06 0.04 0.48 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.19 0.28 0.22 0.26 0.33 0.16 0.31 0.29 0.28 0.27 0.31 0.27 0.14 0.19 0.34 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.27 0.16 0.15 0.39 0.04 0.39 0.06 0.33 0.26 0.34 0.23 0.06 0.06 0.43 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.27 0.14 0.15 0.36 0.02 0.35 0.01 0.30 0.25 0.33 0.23 0.04 0.05 0.39 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00