ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52996

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 3, 8, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.009, 0.015, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.010, 0.016, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.017, 0.029, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.023, 0.038, 0.053, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.102, 0.155, 0.209, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.155 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.119, 0.182, 0.244, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.182 std_dev=0.063
C3' A 0, 0.164, 0.237, 0.309, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.237 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.167, 0.241, 0.316, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.241 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.136, 0.217, 0.298, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.217 std_dev=0.081
C5' A 0, 0.211, 0.317, 0.423, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.317 std_dev=0.106
O5' A 0, 0.188, 0.296, 0.405, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.296 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.155, 0.269, 0.384, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.269 std_dev=0.114
OP2 A 0, 0.256, 0.379, 0.501, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.379 std_dev=0.122
P A 0, 0.243, 0.366, 0.489, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.366 std_dev=0.123
O3' B 0, 0.238, 0.363, 0.489, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.363 std_dev=0.125
N3 B 0, 0.242, 0.374, 0.505, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.374 std_dev=0.131
O2 B 0, 0.215, 0.354, 0.492, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.354 std_dev=0.138
OP1 A 0, 0.285, 0.424, 0.562, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.424 std_dev=0.138
C2 B 0, 0.254, 0.395, 0.535, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.395 std_dev=0.141
O4 B 0, 0.221, 0.367, 0.513, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.367 std_dev=0.146
C3' B 0, 0.266, 0.414, 0.561, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.414 std_dev=0.147
C2' B 0, 0.305, 0.468, 0.631, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.468 std_dev=0.163
O4' B 0, 0.268, 0.431, 0.593, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.431 std_dev=0.163
C1' B 0, 0.300, 0.464, 0.628, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.464 std_dev=0.164
C4' B 0, 0.241, 0.408, 0.576, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.408 std_dev=0.167
O2' B 0, 0.333, 0.500, 0.668, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.500 std_dev=0.167
C4 B 0, 0.246, 0.415, 0.583, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.415 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.295, 0.472, 0.649, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.472 std_dev=0.177
C5' B 0, 0.234, 0.414, 0.594, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.414 std_dev=0.180
O5' B 0, 0.298, 0.485, 0.673, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.485 std_dev=0.188
OP1 B 0, 0.284, 0.510, 0.736, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.510 std_dev=0.226
P B 0, 0.350, 0.581, 0.813, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.581 std_dev=0.232
C6 B 0, 0.305, 0.539, 0.772, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.539 std_dev=0.233
C5 B 0, 0.273, 0.507, 0.741, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.507 std_dev=0.234
OP2 B 0, 0.457, 0.718, 0.980, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.718 std_dev=0.262

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.11 0.07 0.06
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.08 0.00 0.11 0.12 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.14 0.11 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.13 0.08 0.07
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.12 0.11 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.08 0.01 0.13 0.13 0.11
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.04 0.07 0.06 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.09 0.00 0.14 0.15 0.11
C8 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.13 0.11 0.09
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.09 0.00 0.13 0.14 0.10
N2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.03 0.08 0.01 0.10 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.11 0.10 0.08
N7 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.14 0.14 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.12 0.09 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.17 0.15 0.12
O3' 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.13 0.09 0.07
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03
O5' 0.02 0.08 0.03 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.05 0.09 0.08 0.06 0.07 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.10 0.00 0.14 0.16 0.13
OP1 0.11 0.11 0.14 0.13 0.12 0.08 0.13 0.03 0.14 0.13 0.13 0.10 0.11 0.14 0.12 0.17 0.13 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.12 0.11 0.08 0.11 0.03 0.13 0.01 0.15 0.11 0.14 0.11 0.10 0.14 0.09 0.15 0.09 0.04 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.09 0.07 0.09 0.03 0.11 0.01 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.08 0.12 0.07 0.03 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.08 0.07 0.06 0.11 0.05 0.09 0.05 0.07 0.06 0.11 0.07 0.09 0.07 0.13 0.06 0.06 0.08 0.09 0.07
C2 0.07 0.10 0.07 0.07 0.11 0.06 0.10 0.07 0.09 0.08 0.11 0.11 0.09 0.06 0.11 0.07 0.08 0.10 0.10 0.09
C2' 0.05 0.07 0.07 0.06 0.11 0.05 0.09 0.05 0.06 0.06 0.10 0.07 0.09 0.06 0.13 0.06 0.06 0.08 0.09 0.07
C3' 0.04 0.06 0.06 0.05 0.11 0.05 0.09 0.06 0.06 0.05 0.09 0.06 0.08 0.06 0.14 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06
C4 0.06 0.09 0.07 0.07 0.11 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09 0.07 0.12 0.07 0.07 0.10 0.10 0.08
C4' 0.05 0.07 0.05 0.05 0.12 0.06 0.10 0.07 0.07 0.05 0.10 0.06 0.07 0.06 0.15 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07
C5 0.07 0.10 0.08 0.08 0.11 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.07 0.08 0.11 0.11 0.09
C5' 0.07 0.08 0.06 0.07 0.12 0.10 0.11 0.11 0.09 0.07 0.11 0.08 0.07 0.08 0.16 0.10 0.09 0.12 0.09 0.09
C6 0.08 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.11 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.12 0.11 0.10
C8 0.07 0.09 0.07 0.07 0.11 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.11 0.09 0.09 0.07 0.13 0.07 0.07 0.10 0.10 0.08
N1 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.11 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.11 0.11 0.10
N2 0.08 0.10 0.07 0.06 0.11 0.06 0.10 0.07 0.10 0.09 0.11 0.12 0.08 0.05 0.11 0.08 0.08 0.10 0.10 0.09
N3 0.06 0.09 0.07 0.06 0.11 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.11 0.10 0.08 0.06 0.12 0.06 0.07 0.09 0.10 0.08
N7 0.07 0.10 0.08 0.08 0.11 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.07 0.08 0.11 0.11 0.09
N9 0.06 0.09 0.07 0.06 0.11 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.11 0.09 0.09 0.07 0.13 0.06 0.07 0.09 0.10 0.08
O2' 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09 0.13 0.06 0.08 0.10 0.11 0.09
O3' 0.05 0.07 0.07 0.07 0.11 0.06 0.09 0.06 0.07 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.14 0.06 0.06 0.08 0.10 0.07
O4' 0.05 0.08 0.05 0.05 0.12 0.06 0.10 0.06 0.07 0.06 0.11 0.07 0.07 0.06 0.15 0.07 0.06 0.09 0.09 0.07
O5' 0.08 0.09 0.07 0.08 0.13 0.10 0.12 0.12 0.10 0.09 0.12 0.09 0.07 0.08 0.16 0.11 0.10 0.14 0.09 0.10
O6 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.13 0.12 0.11
OP1 0.10 0.10 0.09 0.09 0.14 0.11 0.13 0.12 0.11 0.10 0.13 0.10 0.09 0.09 0.17 0.12 0.11 0.14 0.10 0.11
OP2 0.10 0.12 0.09 0.11 0.15 0.12 0.14 0.13 0.12 0.11 0.14 0.11 0.09 0.11 0.17 0.13 0.12 0.17 0.11 0.13
P 0.07 0.09 0.06 0.07 0.13 0.09 0.11 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.07 0.07 0.16 0.10 0.09 0.14 0.09 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.07 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.05 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.09 0.08 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.06 0.08 0.10 0.07
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.09 0.11 0.08
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.08 0.09 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.05 0.07 0.09 0.06
O2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.08 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.10 0.10 0.08
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.09 0.06 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.03 0.06 0.09 0.12 0.08
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
O5' 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.07 0.08 0.06 0.10 0.02 0.11 0.01 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.06 0.12 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.04 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00