ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52999

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 21, 19, 7, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C2' A 0, -0.023, 0.080, 0.183, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.080 std_dev=0.103
O3' A 0, 0.011, 0.121, 0.232, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.121 std_dev=0.111
O4' A 0, -0.040, 0.082, 0.204, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.082 std_dev=0.122
C3' A 0, -0.035, 0.104, 0.244, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.104 std_dev=0.139
O2' A 0, -0.017, 0.136, 0.290, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.136 std_dev=0.153
OP1 B 0, 0.078, 0.232, 0.386, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.232 std_dev=0.154
C4' A 0, -0.040, 0.123, 0.286, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.123 std_dev=0.163
P B 0, 0.056, 0.233, 0.411, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.233 std_dev=0.178
OP2 B 0, 0.080, 0.262, 0.444, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.262 std_dev=0.182
C5' B 0, 0.115, 0.303, 0.491, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.303 std_dev=0.188
C4' B 0, 0.100, 0.316, 0.532, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.316 std_dev=0.216
O4' B 0, 0.177, 0.394, 0.611, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.394 std_dev=0.217
O5' B 0, 0.055, 0.292, 0.530, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.292 std_dev=0.238
C5' A 0, -0.053, 0.193, 0.440, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.193 std_dev=0.246
C3' B 0, 0.096, 0.357, 0.619, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.357 std_dev=0.262
OP2 A 0, 0.070, 0.337, 0.604, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.337 std_dev=0.267
C1' B 0, 0.124, 0.392, 0.660, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.392 std_dev=0.268
P A 0, -0.020, 0.254, 0.529, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.254 std_dev=0.274
O3' B 0, 0.094, 0.372, 0.649, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.372 std_dev=0.277
O5' A 0, -0.068, 0.224, 0.516, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.224 std_dev=0.292
O2' B 0, 0.151, 0.444, 0.738, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.444 std_dev=0.294
C2' B 0, 0.077, 0.379, 0.681, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.379 std_dev=0.302
C6 B 0, 0.111, 0.415, 0.720, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.415 std_dev=0.304
N1 B 0, 0.094, 0.400, 0.706, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.400 std_dev=0.306
OP1 A 0, 0.005, 0.317, 0.629, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.317 std_dev=0.312
C5 B 0, 0.100, 0.440, 0.781, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.440 std_dev=0.341
C2 B 0, 0.056, 0.413, 0.770, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.413 std_dev=0.357
O2 B 0, 0.045, 0.417, 0.790, 2.270 max_d=2.270 avg_d=0.417 std_dev=0.373
C4 B 0, 0.069, 0.455, 0.840, 2.377 max_d=2.377 avg_d=0.455 std_dev=0.386
N3 B 0, 0.043, 0.439, 0.835, 2.435 max_d=2.435 avg_d=0.439 std_dev=0.396
O4 B 0, 0.081, 0.506, 0.932, 2.639 max_d=2.639 avg_d=0.506 std_dev=0.426

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.12 0.16 0.07
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.10 0.17 0.16 0.15 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.10 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.05 0.13 0.16 0.18 0.08
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.07 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 0.12 0.19 0.20 0.11
C5' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.07 0.11 0.11 0.08 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.04 0.05 0.14 0.19 0.18 0.10
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.20 0.24 0.15
N1 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.09 0.16 0.17 0.15 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.10 0.16 0.15 0.15 0.07
N6 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.04 0.13 0.21 0.20 0.12
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.09 0.22 0.24 0.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.16 0.20 0.09
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.03 0.10 0.04 0.11 0.10 0.09 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.11 0.10 0.06
O3' 0.04 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.00 0.04 0.04 0.07 0.08 0.03
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.10 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.12 0.18 0.08
O5' 0.07 0.17 0.05 0.04 0.13 0.01 0.12 0.01 0.14 0.08 0.16 0.16 0.13 0.09 0.09 0.05 0.04 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.16 0.10 0.07 0.16 0.06 0.19 0.02 0.19 0.20 0.17 0.15 0.21 0.22 0.16 0.11 0.07 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.15 0.10 0.07 0.18 0.10 0.20 0.05 0.18 0.24 0.15 0.15 0.20 0.24 0.20 0.10 0.08 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.07 0.05 0.04 0.08 0.03 0.11 0.01 0.10 0.15 0.07 0.07 0.12 0.15 0.09 0.06 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.11 0.09 0.08 0.13 0.09 0.13 0.08 0.12 0.11 0.12 0.10 0.08 0.07 0.14 0.12 0.10 0.09 0.15 0.11
C2 0.10 0.10 0.08 0.07 0.12 0.07 0.12 0.07 0.11 0.10 0.11 0.09 0.08 0.06 0.12 0.10 0.08 0.12 0.11 0.10
C2' 0.08 0.08 0.06 0.06 0.10 0.06 0.10 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.12 0.09 0.07 0.08 0.13 0.08
C3' 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.11 0.10 0.09 0.15 0.10
C4 0.11 0.11 0.08 0.07 0.12 0.08 0.12 0.07 0.11 0.11 0.12 0.10 0.08 0.06 0.13 0.11 0.09 0.11 0.14 0.11
C4' 0.14 0.12 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.16 0.13 0.13 0.17 0.14
C5 0.12 0.12 0.09 0.08 0.13 0.09 0.13 0.08 0.13 0.12 0.13 0.11 0.09 0.07 0.14 0.12 0.11 0.11 0.14 0.11
C5' 0.16 0.13 0.15 0.15 0.13 0.16 0.13 0.16 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.15 0.14 0.18 0.15 0.15 0.18 0.15
C6 0.12 0.11 0.10 0.09 0.12 0.09 0.13 0.09 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10 0.08 0.13 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11
C8 0.13 0.13 0.10 0.08 0.15 0.09 0.15 0.08 0.14 0.13 0.14 0.11 0.09 0.06 0.16 0.13 0.11 0.10 0.16 0.12
N1 0.10 0.10 0.08 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.07 0.12 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10
N3 0.10 0.10 0.07 0.07 0.12 0.07 0.12 0.06 0.10 0.10 0.11 0.09 0.08 0.06 0.13 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09
N6 0.14 0.13 0.12 0.10 0.14 0.11 0.15 0.11 0.14 0.14 0.14 0.12 0.12 0.09 0.15 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12
N7 0.13 0.13 0.10 0.09 0.15 0.09 0.15 0.08 0.14 0.13 0.15 0.12 0.10 0.07 0.16 0.13 0.11 0.11 0.15 0.12
N9 0.12 0.11 0.08 0.07 0.14 0.08 0.13 0.07 0.12 0.11 0.13 0.10 0.08 0.06 0.15 0.12 0.10 0.10 0.15 0.11
O2' 0.10 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.09 0.11 0.13 0.09
O3' 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.12 0.13 0.11 0.10 0.15 0.11
O4' 0.17 0.15 0.15 0.15 0.16 0.16 0.16 0.15 0.16 0.16 0.16 0.14 0.13 0.13 0.16 0.18 0.15 0.15 0.19 0.16
O5' 0.19 0.15 0.18 0.17 0.15 0.19 0.15 0.18 0.16 0.16 0.15 0.15 0.17 0.17 0.15 0.20 0.18 0.18 0.19 0.18
OP1 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.13 0.14 0.14 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11
OP2 0.11 0.12 0.11 0.10 0.13 0.11 0.13 0.10 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.11 0.15 0.11 0.11 0.12 0.15 0.11
P 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.09 0.13 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.02 0.05 0.06 0.12 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.09 0.05
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.06 0.04 0.07 0.08 0.02 0.01 0.07 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.07 0.09 0.15 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.02 0.07 0.09 0.15 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.02 0.07 0.08 0.13 0.08
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.06 0.12 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.02 0.06 0.07 0.14 0.08
O2 0.04 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.05 0.05 0.12 0.07
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.07 0.00 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.08 0.05
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.08 0.10 0.04 0.00 0.09 0.01 0.07 0.08 0.08 0.07
O4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.02 0.07 0.10 0.16 0.10
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.08 0.10 0.08
O5' 0.06 0.05 0.04 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.06 0.05 0.06 0.09 0.05 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.05 0.08 0.10 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.12 0.09 0.07 0.15 0.04 0.15 0.02 0.13 0.12 0.14 0.12 0.08 0.08 0.16 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.05 0.05 0.10 0.02 0.10 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07 0.05 0.07 0.10 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00