ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53000

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 7, 21, 14, 6, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.031 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.066, 0.116, 0.165, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.116 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.082, 0.134, 0.186, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.134 std_dev=0.052
C3' A 0, 0.038, 0.096, 0.155, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.096 std_dev=0.059
O3' A 0, 0.063, 0.126, 0.189, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.126 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.061, 0.139, 0.218, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.139 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.197, 0.287, 0.377, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.287 std_dev=0.090
OP2 B 0, 0.232, 0.346, 0.459, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.346 std_dev=0.114
P B 0, 0.238, 0.370, 0.502, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.370 std_dev=0.132
C5' A 0, 0.070, 0.204, 0.337, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.204 std_dev=0.134
OP1 B 0, 0.257, 0.429, 0.602, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.429 std_dev=0.172
O5' A 0, 0.170, 0.354, 0.537, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.354 std_dev=0.184
OP2 A 0, 0.799, 0.986, 1.173, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.986 std_dev=0.187
O5' B 0, 0.249, 0.437, 0.625, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.437 std_dev=0.188
P A 0, 0.243, 0.466, 0.690, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.466 std_dev=0.224
C5' B 0, 0.265, 0.499, 0.732, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.499 std_dev=0.234
C4' B 0, 0.308, 0.593, 0.879, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.593 std_dev=0.286
O4 B 0, 0.311, 0.602, 0.893, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.602 std_dev=0.291
C3' B 0, 0.335, 0.636, 0.937, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.636 std_dev=0.301
O4' B 0, 0.323, 0.625, 0.927, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.625 std_dev=0.302
C4 B 0, 0.321, 0.635, 0.948, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.635 std_dev=0.314
O3' B 0, 0.355, 0.678, 1.000, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.678 std_dev=0.322
N3 B 0, 0.369, 0.692, 1.016, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.692 std_dev=0.323
C5 B 0, 0.280, 0.605, 0.931, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.605 std_dev=0.325
N1 B 0, 0.350, 0.684, 1.018, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.684 std_dev=0.334
C6 B 0, 0.295, 0.629, 0.964, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.629 std_dev=0.335
C1' B 0, 0.381, 0.716, 1.051, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.716 std_dev=0.335
C2 B 0, 0.388, 0.724, 1.061, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.724 std_dev=0.336
OP1 A 0, 1.353, 1.692, 2.030, 2.537 max_d=2.537 avg_d=1.692 std_dev=0.339
C2' B 0, 0.394, 0.740, 1.086, 2.137 max_d=2.137 avg_d=0.740 std_dev=0.346
O2 B 0, 0.445, 0.802, 1.158, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.802 std_dev=0.357
O2' B 0, 0.426, 0.813, 1.199, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.813 std_dev=0.386

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.15 0.13 0.03
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.08 0.20 0.17 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.17 0.17 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.14 0.02
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.23 0.11 0.07
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.10 0.02
C5 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.10 0.30 0.11 0.10
C5' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.08 0.09 0.06 0.11 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01
C6 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.11 0.30 0.15 0.12
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.11 0.31 0.16 0.10
N1 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.10 0.25 0.17 0.11
N3 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.07 0.18 0.13 0.07
N6 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.13 0.35 0.16 0.15
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.12 0.35 0.13 0.12
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.23 0.12 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.19 0.18 0.05
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.08 0.11 0.03
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.09 0.11 0.03
O5' 0.04 0.08 0.04 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10 0.07 0.13 0.12 0.07 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.15 0.20 0.17 0.10 0.23 0.07 0.30 0.07 0.30 0.31 0.25 0.18 0.35 0.35 0.23 0.19 0.08 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.17 0.17 0.14 0.11 0.10 0.11 0.11 0.15 0.16 0.17 0.13 0.16 0.13 0.12 0.18 0.11 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.09 0.04 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.12 0.10 0.11 0.07 0.15 0.12 0.06 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.16 0.13 0.10 0.15 0.13 0.14 0.11 0.15 0.15 0.15 0.17 0.16 0.09 0.16 0.16 0.11 0.12 0.13 0.11
C2 0.10 0.11 0.08 0.08 0.11 0.09 0.11 0.08 0.11 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.12 0.11 0.07 0.08 0.09 0.07
C2' 0.17 0.17 0.14 0.11 0.16 0.14 0.15 0.12 0.16 0.17 0.16 0.18 0.18 0.10 0.17 0.17 0.12 0.12 0.13 0.11
C3' 0.20 0.20 0.17 0.13 0.19 0.16 0.18 0.13 0.19 0.20 0.19 0.21 0.20 0.11 0.20 0.20 0.13 0.13 0.14 0.13
C4 0.11 0.11 0.08 0.07 0.11 0.08 0.11 0.07 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.12 0.11 0.07 0.09 0.09 0.07
C4' 0.20 0.21 0.17 0.13 0.20 0.15 0.20 0.12 0.20 0.20 0.20 0.22 0.20 0.10 0.21 0.19 0.14 0.14 0.15 0.13
C5 0.10 0.10 0.08 0.07 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.12 0.10 0.07 0.08 0.08 0.07
C5' 0.20 0.21 0.17 0.12 0.22 0.14 0.21 0.11 0.21 0.20 0.21 0.22 0.19 0.10 0.23 0.19 0.14 0.14 0.17 0.14
C6 0.10 0.10 0.08 0.09 0.11 0.08 0.11 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.12 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08
C8 0.11 0.11 0.08 0.07 0.11 0.08 0.11 0.07 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.09 0.12 0.11 0.07 0.09 0.09 0.07
N1 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.12 0.12 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08
N3 0.11 0.12 0.08 0.07 0.12 0.09 0.11 0.08 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.09 0.13 0.12 0.08 0.09 0.10 0.08
N6 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.14 0.14 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09
N7 0.10 0.10 0.08 0.07 0.11 0.08 0.11 0.07 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.07 0.08 0.08 0.07
N9 0.12 0.12 0.09 0.07 0.12 0.09 0.11 0.08 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.08 0.13 0.12 0.08 0.10 0.10 0.08
O2' 0.17 0.17 0.14 0.12 0.15 0.15 0.14 0.13 0.15 0.16 0.15 0.18 0.18 0.11 0.15 0.18 0.12 0.12 0.12 0.11
O3' 0.22 0.21 0.18 0.15 0.19 0.18 0.19 0.15 0.19 0.21 0.20 0.22 0.22 0.13 0.19 0.21 0.14 0.14 0.14 0.13
O4' 0.18 0.18 0.15 0.11 0.17 0.13 0.17 0.11 0.17 0.17 0.17 0.18 0.17 0.10 0.19 0.17 0.13 0.14 0.15 0.13
O5' 0.19 0.21 0.15 0.11 0.22 0.12 0.22 0.10 0.21 0.20 0.21 0.21 0.18 0.09 0.24 0.17 0.14 0.14 0.17 0.14
OP1 0.10 0.13 0.09 0.09 0.19 0.09 0.19 0.10 0.16 0.12 0.15 0.12 0.11 0.11 0.23 0.10 0.14 0.17 0.23 0.17
OP2 0.41 0.45 0.37 0.31 0.47 0.31 0.45 0.26 0.44 0.43 0.46 0.45 0.38 0.25 0.49 0.38 0.32 0.25 0.35 0.30
P 0.17 0.19 0.14 0.10 0.22 0.10 0.22 0.09 0.20 0.18 0.21 0.20 0.16 0.08 0.25 0.15 0.14 0.13 0.18 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.05 0.07 0.09 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.06 0.09 0.11 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.07 0.09 0.11 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.07 0.09 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.06 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.06 0.07 0.10 0.07
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.02 0.05 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.08 0.05 0.03
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.05 0.10 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.13 0.13 0.10
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.07 0.10 0.12 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
O5' 0.03 0.05 0.03 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.08 0.07 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.09 0.04 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.13 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.06 0.08 0.11 0.03 0.11 0.02 0.09 0.08 0.10 0.08 0.05 0.13 0.12 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.04 0.06 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.05 0.07 0.06 0.03 0.10 0.09 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00