ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53002

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 6, 8, 6, 5, 6, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.006, 0.028, 0.049, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.004, 0.031, 0.057, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.031 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.019, 0.056, 0.093, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.056 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.021, 0.070, 0.119, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.070 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.041, 0.095, 0.149, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.095 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.048, 0.120, 0.191, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.120 std_dev=0.071
O3' A 0, 0.053, 0.125, 0.196, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.125 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.045, 0.124, 0.202, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.124 std_dev=0.079
O5' A 0, 0.088, 0.176, 0.263, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.176 std_dev=0.087
C5' A 0, 0.083, 0.172, 0.262, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.172 std_dev=0.090
P A 0, 0.095, 0.211, 0.328, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.211 std_dev=0.116
OP1 A 0, 0.071, 0.214, 0.357, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.214 std_dev=0.143
C5 B 0, 0.170, 0.340, 0.511, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.340 std_dev=0.171
OP2 A 0, 0.093, 0.267, 0.440, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.267 std_dev=0.174
OP2 B 0, 0.172, 0.348, 0.524, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.348 std_dev=0.176
P B 0, 0.151, 0.332, 0.513, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.332 std_dev=0.181
C4 B 0, 0.211, 0.394, 0.577, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.394 std_dev=0.183
O4 B 0, 0.212, 0.403, 0.595, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.403 std_dev=0.192
C6 B 0, 0.179, 0.378, 0.576, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.378 std_dev=0.199
OP1 B 0, 0.158, 0.361, 0.564, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.361 std_dev=0.203
O5' B 0, 0.174, 0.383, 0.591, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.383 std_dev=0.209
N3 B 0, 0.259, 0.477, 0.696, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.477 std_dev=0.219
N1 B 0, 0.223, 0.459, 0.696, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.459 std_dev=0.237
C5' B 0, 0.184, 0.427, 0.670, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.427 std_dev=0.243
C2' B 0, 0.212, 0.461, 0.709, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.461 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.263, 0.513, 0.763, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.513 std_dev=0.250
C1' B 0, 0.235, 0.503, 0.772, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.503 std_dev=0.268
O2' B 0, 0.265, 0.536, 0.806, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.536 std_dev=0.270
C3' B 0, 0.211, 0.482, 0.754, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.482 std_dev=0.271
C4' B 0, 0.211, 0.482, 0.754, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.482 std_dev=0.271
O4' B 0, 0.230, 0.504, 0.778, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.504 std_dev=0.274
O2 B 0, 0.307, 0.602, 0.897, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.602 std_dev=0.295
O3' B 0, 0.256, 0.570, 0.884, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.570 std_dev=0.314

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.07 0.08 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.10 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.09 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.08 0.08 0.06
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.07 0.09 0.10 0.07
C5' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.09 0.10 0.07
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02 0.09 0.10 0.10 0.09
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.08 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.07 0.06
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.07 0.10 0.12 0.08
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.03 0.09 0.11 0.11 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.04 0.03 0.07 0.07 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.13 0.07
O3' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.03 0.07 0.10 0.05
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
O5' 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.09 0.05 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.05 0.09 0.05 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.11 0.08 0.09 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.08 0.10 0.09 0.08 0.04 0.10 0.01 0.10 0.10 0.10 0.07 0.12 0.11 0.08 0.13 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.05 0.05 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.09 0.06 0.07 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.06 0.05 0.05 0.09 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.08 0.06 0.07 0.05 0.11 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05
C2 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.07 0.13 0.09
C2' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.10 0.05 0.08 0.05 0.07 0.07 0.10 0.09 0.09 0.06 0.12 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05
C3' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.11 0.10 0.11 0.08 0.12 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06
C4 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.11 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06
C4' 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.06 0.06 0.09 0.07 0.07
C5 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.12 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08
C5' 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07
C6 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.14 0.11
C8 0.05 0.06 0.05 0.05 0.10 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.05 0.13 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06
N1 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.09 0.12 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.13 0.12 0.10 0.15 0.12
N3 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.08 0.07 0.06 0.09 0.06
N6 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.13 0.09 0.13 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.15 0.12
N7 0.06 0.07 0.06 0.07 0.10 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.13 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08
N9 0.05 0.06 0.05 0.05 0.09 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.05 0.12 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05
O2' 0.09 0.11 0.08 0.08 0.12 0.07 0.10 0.08 0.09 0.10 0.13 0.12 0.10 0.08 0.15 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08
O3' 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.12 0.12 0.12 0.10 0.13 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07
O4' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.10 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05
O5' 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.06 0.05 0.09 0.05 0.06
OP1 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.09 0.10 0.07 0.10 0.11 0.13 0.14 0.13 0.11 0.13 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07
OP2 0.07 0.10 0.07 0.06 0.13 0.05 0.10 0.05 0.08 0.08 0.12 0.11 0.10 0.08 0.15 0.06 0.05 0.11 0.06 0.07
P 0.07 0.09 0.07 0.06 0.10 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.10 0.10 0.10 0.08 0.11 0.06 0.05 0.09 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.05 0.05 0.08 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.00 0.03 0.08 0.08 0.12 0.09
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.02 0.08 0.08 0.12 0.09
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.03 0.07 0.07 0.10 0.07
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.05 0.04 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.00 0.04 0.06 0.06 0.10 0.07
O2 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.02 0.07 0.05 0.07 0.09 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.07 0.10 0.06
O3' 0.04 0.06 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.00 0.03 0.08 0.09 0.13 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
O5' 0.04 0.05 0.04 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.05 0.04 0.08 0.03 0.08 0.03 0.07 0.04 0.06 0.05 0.07 0.03 0.09 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.08 0.08 0.06 0.12 0.03 0.12 0.02 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.06 0.13 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.05 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.03 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00