ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53003

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 8, 4, 6, 3, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.015, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.029 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.017, 0.028, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.021, 0.034, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.020, 0.033, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.028, 0.049, 0.070, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.049 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.031, 0.053, 0.074, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.053 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.033, 0.056, 0.080, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.056 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.029, 0.068, 0.108, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.068 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.026, 0.076, 0.127, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.076 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.022, 0.090, 0.158, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.090 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.033, 0.106, 0.179, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.106 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.053, 0.140, 0.227, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.140 std_dev=0.087
O3' A 0, 0.035, 0.142, 0.249, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.142 std_dev=0.107
C5' A 0, 0.040, 0.153, 0.265, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.153 std_dev=0.113
O5' A 0, 0.052, 0.178, 0.303, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.178 std_dev=0.126
C5' B 0, 0.050, 0.215, 0.380, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.215 std_dev=0.165
O5' B 0, 0.081, 0.252, 0.423, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.252 std_dev=0.171
P B 0, 0.080, 0.253, 0.427, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.253 std_dev=0.173
P A 0, 0.057, 0.232, 0.406, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.232 std_dev=0.174
OP1 B 0, 0.081, 0.257, 0.433, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.257 std_dev=0.176
C4' B 0, 0.055, 0.231, 0.407, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.231 std_dev=0.176
O4' B 0, 0.055, 0.238, 0.420, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.238 std_dev=0.183
OP2 A 0, 0.073, 0.262, 0.450, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.262 std_dev=0.189
C1' B 0, 0.088, 0.281, 0.474, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.281 std_dev=0.193
C3' B 0, 0.092, 0.289, 0.486, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.289 std_dev=0.197
O3' B 0, 0.096, 0.297, 0.498, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.297 std_dev=0.201
O2' B 0, 0.132, 0.335, 0.537, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.335 std_dev=0.203
OP1 A 0, 0.102, 0.305, 0.508, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.305 std_dev=0.203
C2' B 0, 0.112, 0.317, 0.523, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.317 std_dev=0.205
N1 B 0, 0.096, 0.308, 0.520, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.308 std_dev=0.212
OP2 B 0, 0.104, 0.320, 0.537, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.320 std_dev=0.216
C6 B 0, 0.090, 0.310, 0.530, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.310 std_dev=0.220
C2 B 0, 0.123, 0.358, 0.592, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.358 std_dev=0.234
O2 B 0, 0.148, 0.389, 0.631, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.389 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.096, 0.346, 0.596, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.346 std_dev=0.250
N3 B 0, 0.121, 0.388, 0.655, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.388 std_dev=0.267
C4 B 0, 0.103, 0.383, 0.663, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.383 std_dev=0.280
O4 B 0, 0.119, 0.471, 0.823, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.471 std_dev=0.352

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.11 0.06
C2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.07 0.11 0.10 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.09 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.07 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.12 0.10 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.07 0.13 0.10 0.09
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.13 0.10 0.09
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.08 0.14 0.10 0.09
N1 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.07 0.12 0.10 0.08
N3 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.03 0.06 0.11 0.11 0.08
N6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.09 0.14 0.12 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.09 0.15 0.10 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.12 0.10 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.11 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.07 0.07 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.10 0.13 0.08
O5' 0.05 0.07 0.03 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.09 0.07 0.04 0.05 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.11 0.06 0.05 0.12 0.03 0.13 0.02 0.13 0.14 0.12 0.11 0.14 0.15 0.12 0.06 0.07 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.10 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.07 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.11 0.07 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.04 0.03 0.08 0.03 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.05 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.12 0.09 0.09
C2 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.13 0.10 0.10
C2' 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.10 0.06 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.09
C3' 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.11 0.06 0.10 0.09 0.09 0.13 0.09 0.09
C4 0.06 0.07 0.05 0.05 0.09 0.05 0.11 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.10 0.06 0.07 0.12 0.08 0.08
C4' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.11 0.07 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10
C5 0.06 0.07 0.05 0.05 0.09 0.05 0.10 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.05 0.10 0.06 0.07 0.13 0.09 0.09
C5' 0.10 0.11 0.10 0.08 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10 0.11 0.13 0.12 0.07 0.11 0.10 0.10 0.13 0.10 0.10
C6 0.07 0.07 0.05 0.05 0.09 0.05 0.10 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.05 0.10 0.07 0.08 0.14 0.11 0.10
C8 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.11 0.07 0.10 0.08 0.08 0.09 0.11 0.07 0.10 0.07 0.08 0.13 0.08 0.08
N1 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.11 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.11 0.08 0.09 0.14 0.12 0.11
N3 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.10 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.06 0.08 0.12 0.08 0.08
N6 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.06 0.10 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.05 0.10 0.07 0.08 0.15 0.12 0.11
N7 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.11 0.06 0.10 0.07 0.08 0.08 0.10 0.06 0.10 0.07 0.07 0.13 0.08 0.09
N9 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.11 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.08 0.12 0.08 0.08
O2' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.11 0.10 0.11 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.12 0.11 0.10
O3' 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.10 0.13 0.10 0.12 0.11 0.11 0.09 0.12 0.08 0.12 0.11 0.10 0.14 0.10 0.10
O4' 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.10 0.07 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.09
O5' 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.13 0.07 0.10 0.09 0.09 0.13 0.10 0.10
OP1 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09 0.10 0.10 0.05 0.10 0.08 0.10 0.15 0.12 0.12
OP2 0.16 0.16 0.15 0.13 0.18 0.14 0.18 0.14 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17 0.11 0.18 0.16 0.14 0.16 0.16 0.15
P 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.08 0.12 0.09 0.12 0.10 0.11 0.11 0.12 0.06 0.12 0.10 0.10 0.14 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.02 0.05 0.06 0.11 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.06 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.02 0.00 0.07 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.08 0.11 0.16 0.12
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.08 0.11 0.15 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.07 0.07 0.11 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.02 0.07 0.09 0.14 0.10
O2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.01 0.03 0.05 0.06 0.11 0.06
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.06 0.04 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.09 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06
O4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.02 0.09 0.13 0.17 0.13
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04
O5' 0.03 0.05 0.03 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.03 0.07 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.05 0.11 0.05 0.11 0.06 0.07 0.05 0.09 0.06 0.07 0.06 0.13 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.11 0.06 0.05 0.16 0.03 0.15 0.02 0.11 0.09 0.14 0.11 0.05 0.07 0.17 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.03 0.04 0.12 0.01 0.12 0.01 0.08 0.06 0.10 0.06 0.03 0.06 0.13 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00