ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53004

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 7, 1, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.043, 0.082, 0.120, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.082 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.062, 0.114, 0.166, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.114 std_dev=0.052
C3' A 0, 0.075, 0.136, 0.198, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.136 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.119, 0.216, 0.313, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.216 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.133, 0.245, 0.357, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.245 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.157, 0.282, 0.406, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.282 std_dev=0.125
OP2 B 0, 0.227, 0.387, 0.548, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.387 std_dev=0.160
C5' A 0, 0.211, 0.397, 0.584, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.397 std_dev=0.187
O5' A 0, 0.237, 0.464, 0.691, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.464 std_dev=0.227
P B 0, 0.271, 0.500, 0.729, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.500 std_dev=0.229
OP1 B 0, 0.323, 0.568, 0.814, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.568 std_dev=0.246
O5' B 0, 0.339, 0.671, 1.003, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.671 std_dev=0.332
P A 0, 0.332, 0.678, 1.025, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.678 std_dev=0.347
C5' B 0, 0.383, 0.770, 1.157, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.770 std_dev=0.387
OP2 A 0, 0.367, 0.775, 1.182, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.775 std_dev=0.408
OP1 A 0, 0.414, 0.836, 1.257, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.836 std_dev=0.421
C5 B 0, 0.385, 0.872, 1.360, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.872 std_dev=0.487
C4' B 0, 0.456, 0.949, 1.443, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.949 std_dev=0.494
C6 B 0, 0.365, 0.871, 1.377, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.871 std_dev=0.506
O4' B 0, 0.459, 0.989, 1.519, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.989 std_dev=0.530
C2' B 0, 0.473, 1.012, 1.551, 1.777 max_d=1.777 avg_d=1.012 std_dev=0.539
C3' B 0, 0.481, 1.025, 1.569, 1.780 max_d=1.780 avg_d=1.025 std_dev=0.544
C4 B 0, 0.450, 1.011, 1.572, 1.840 max_d=1.840 avg_d=1.011 std_dev=0.561
O4 B 0, 0.485, 1.047, 1.609, 1.934 max_d=1.934 avg_d=1.047 std_dev=0.562
N1 B 0, 0.441, 1.012, 1.584, 1.792 max_d=1.792 avg_d=1.012 std_dev=0.571
C1' B 0, 0.474, 1.047, 1.621, 1.837 max_d=1.837 avg_d=1.047 std_dev=0.574
O2' B 0, 0.533, 1.126, 1.719, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.126 std_dev=0.593
N3 B 0, 0.500, 1.134, 1.767, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.134 std_dev=0.634
C2 B 0, 0.504, 1.146, 1.788, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.146 std_dev=0.642
O3' B 0, 0.548, 1.220, 1.892, 2.120 max_d=2.120 avg_d=1.220 std_dev=0.672
O2 B 0, 0.567, 1.276, 1.985, 2.343 max_d=2.343 avg_d=1.276 std_dev=0.709

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.14 0.07 0.08
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.11 0.15 0.16 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.08 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.14 0.19 0.17 0.15
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.18 0.24 0.24 0.21
C5' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.14 0.15 0.11 0.08 0.16 0.16 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.18 0.23 0.24 0.20
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.21 0.28 0.24 0.24
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.14 0.18 0.20 0.16
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.10 0.15 0.13 0.11
N6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.20 0.26 0.29 0.24
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.22 0.29 0.28 0.26
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.14 0.21 0.15 0.16
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.18 0.11 0.09
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.12 0.08 0.05
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.04 0.04
O5' 0.06 0.11 0.05 0.02 0.14 0.01 0.18 0.01 0.18 0.21 0.14 0.10 0.20 0.22 0.14 0.05 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.14 0.15 0.17 0.13 0.19 0.07 0.24 0.04 0.23 0.28 0.18 0.15 0.26 0.29 0.21 0.18 0.12 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.16 0.08 0.07 0.17 0.03 0.24 0.01 0.24 0.24 0.20 0.13 0.29 0.28 0.15 0.11 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.12 0.08 0.06 0.15 0.03 0.21 0.01 0.20 0.24 0.16 0.11 0.24 0.26 0.16 0.09 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.08 0.07 0.05 0.05 0.09 0.06 0.10 0.06 0.14 0.05 0.09 0.10 0.11 0.09
C2 0.11 0.13 0.12 0.11 0.16 0.10 0.14 0.10 0.12 0.12 0.15 0.13 0.12 0.11 0.18 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11
C2' 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.12 0.08 0.13 0.08 0.10 0.10 0.12 0.10
C3' 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.15 0.11 0.13 0.11 0.13 0.11 0.13 0.11
C4 0.06 0.07 0.07 0.07 0.11 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.14 0.05 0.08 0.10 0.08 0.08
C4' 0.07 0.06 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.07 0.06 0.08 0.06 0.11 0.09 0.12 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09
C5 0.07 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.10 0.08 0.10 0.10 0.14 0.06 0.09 0.11 0.09 0.09
C5' 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.12 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05
C6 0.10 0.11 0.13 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.12 0.11 0.13 0.14 0.15 0.09 0.11 0.13 0.12 0.11
C8 0.05 0.07 0.06 0.06 0.11 0.05 0.09 0.06 0.06 0.06 0.10 0.07 0.09 0.06 0.15 0.05 0.07 0.09 0.08 0.08
N1 0.12 0.13 0.14 0.14 0.15 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.14 0.13 0.15 0.15 0.17 0.11 0.13 0.13 0.13 0.13
N3 0.07 0.10 0.08 0.07 0.13 0.07 0.11 0.07 0.09 0.08 0.12 0.09 0.09 0.07 0.16 0.06 0.08 0.10 0.08 0.08
N6 0.12 0.11 0.15 0.16 0.12 0.13 0.11 0.13 0.10 0.11 0.12 0.11 0.16 0.17 0.15 0.11 0.13 0.15 0.14 0.13
N7 0.06 0.07 0.08 0.08 0.11 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.10 0.07 0.09 0.09 0.15 0.05 0.08 0.10 0.09 0.08
N9 0.05 0.06 0.06 0.05 0.10 0.06 0.08 0.07 0.05 0.05 0.09 0.06 0.09 0.06 0.14 0.05 0.08 0.09 0.09 0.08
O2' 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.14 0.10 0.13 0.09 0.12 0.12 0.14 0.12
O3' 0.17 0.15 0.18 0.18 0.14 0.17 0.14 0.17 0.15 0.16 0.14 0.15 0.21 0.18 0.15 0.17 0.18 0.16 0.18 0.17
O4' 0.04 0.08 0.05 0.05 0.14 0.04 0.12 0.05 0.08 0.06 0.11 0.07 0.07 0.05 0.16 0.04 0.06 0.07 0.07 0.06
O5' 0.05 0.06 0.05 0.06 0.11 0.05 0.10 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.13 0.05 0.06 0.09 0.07 0.06
OP1 0.12 0.13 0.13 0.12 0.16 0.10 0.15 0.08 0.12 0.12 0.15 0.14 0.17 0.14 0.18 0.10 0.08 0.06 0.06 0.05
OP2 0.05 0.08 0.06 0.07 0.13 0.07 0.10 0.09 0.07 0.06 0.11 0.07 0.08 0.07 0.16 0.06 0.09 0.15 0.10 0.11
P 0.06 0.08 0.06 0.06 0.12 0.05 0.11 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.09 0.06 0.15 0.05 0.06 0.09 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.08 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.08 0.04
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.05 0.08 0.05
O2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.09 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
O5' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.07 0.05 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.09 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00