ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53005

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 4, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.002, 0.023, 0.044, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.004, 0.027, 0.050, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.027 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.032, 0.056, 0.080, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.056 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.021, 0.046, 0.071, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.046 std_dev=0.025
O2' A 0, 0.056, 0.103, 0.149, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.103 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.036, 0.095, 0.154, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.095 std_dev=0.059
C4' A 0, 0.030, 0.095, 0.160, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.095 std_dev=0.065
O3' A 0, 0.067, 0.134, 0.201, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.134 std_dev=0.067
P B 0, 0.046, 0.135, 0.224, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.135 std_dev=0.089
C5' A 0, 0.023, 0.148, 0.273, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.148 std_dev=0.125
O5' B 0, 0.044, 0.176, 0.309, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.176 std_dev=0.133
C5' B 0, 0.029, 0.177, 0.325, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.177 std_dev=0.148
O5' A 0, -0.003, 0.147, 0.296, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.147 std_dev=0.149
OP2 B 0, 0.051, 0.220, 0.390, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.220 std_dev=0.169
O4' B 0, 0.013, 0.211, 0.410, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.211 std_dev=0.198
C4' B 0, 0.007, 0.211, 0.415, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.211 std_dev=0.204
OP1 B 0, 0.007, 0.229, 0.451, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.229 std_dev=0.222
P A 0, -0.045, 0.180, 0.405, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.180 std_dev=0.225
C1' B 0, 0.009, 0.237, 0.466, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.237 std_dev=0.229
C3' B 0, 0.004, 0.240, 0.476, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.240 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.016, 0.256, 0.495, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.256 std_dev=0.240
OP1 A 0, -0.045, 0.207, 0.458, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.207 std_dev=0.252
OP2 A 0, -0.054, 0.203, 0.461, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.203 std_dev=0.258
O2' B 0, 0.000, 0.259, 0.517, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.259 std_dev=0.259
N1 B 0, -0.009, 0.255, 0.520, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.255 std_dev=0.264
C2' B 0, -0.010, 0.255, 0.519, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.255 std_dev=0.265
C5 B 0, 0.006, 0.282, 0.559, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.282 std_dev=0.276
O3' B 0, -0.019, 0.269, 0.556, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.269 std_dev=0.288
C2 B 0, -0.023, 0.289, 0.601, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.289 std_dev=0.312
O2 B 0, -0.020, 0.304, 0.628, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.304 std_dev=0.324
C4 B 0, -0.023, 0.317, 0.657, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.317 std_dev=0.340
N3 B 0, -0.033, 0.320, 0.672, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.320 std_dev=0.353
O4 B 0, -0.026, 0.367, 0.761, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.367 std_dev=0.393

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.11 0.14 0.17 0.14
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.11 0.12 0.14 0.13
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.13 0.16 0.18 0.17
C5' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.10 0.09 0.05 0.12 0.12 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.14 0.18 0.21 0.18
C8 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.11 0.12 0.10 0.13
N1 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.13 0.17 0.21 0.17
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.10 0.11 0.14 0.12
N6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.15 0.20 0.24 0.21
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.13 0.16 0.17 0.17
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.10 0.09 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.04 0.05
O3' 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.04
O5' 0.04 0.11 0.05 0.05 0.11 0.01 0.13 0.01 0.14 0.11 0.13 0.10 0.15 0.13 0.09 0.05 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.14 0.06 0.06 0.12 0.04 0.16 0.03 0.18 0.12 0.17 0.11 0.20 0.16 0.10 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.17 0.05 0.05 0.14 0.02 0.18 0.01 0.21 0.10 0.21 0.14 0.24 0.17 0.09 0.04 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.14 0.05 0.05 0.13 0.01 0.17 0.01 0.18 0.13 0.17 0.12 0.21 0.17 0.10 0.05 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07 0.13 0.05 0.13 0.09 0.07 0.03 0.10 0.06 0.10 0.08 0.13 0.11 0.14 0.04
C2 0.06 0.04 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.08 0.04 0.06 0.04 0.07 0.12 0.09 0.09 0.16 0.07 0.16 0.04
C2' 0.06 0.07 0.07 0.08 0.12 0.08 0.15 0.07 0.14 0.09 0.08 0.04 0.10 0.08 0.12 0.08 0.14 0.16 0.14 0.05
C3' 0.03 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.09 0.05 0.09 0.04 0.03 0.04 0.08 0.07 0.05 0.04 0.13 0.13 0.14 0.04
C4 0.05 0.02 0.06 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.07 0.02 0.03 0.05 0.06 0.09 0.05 0.04 0.14 0.06 0.16 0.03
C4' 0.05 0.04 0.08 0.09 0.07 0.08 0.11 0.07 0.11 0.07 0.04 0.04 0.11 0.09 0.06 0.08 0.13 0.13 0.12 0.05
C5 0.11 0.08 0.11 0.11 0.04 0.12 0.04 0.11 0.04 0.06 0.07 0.11 0.10 0.13 0.05 0.10 0.14 0.06 0.16 0.03
C5' 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.07 0.11 0.07 0.06 0.05 0.03 0.10 0.09 0.14 0.03
C6 0.15 0.11 0.15 0.15 0.07 0.16 0.05 0.13 0.07 0.10 0.09 0.13 0.13 0.17 0.07 0.15 0.15 0.08 0.16 0.04
C8 0.07 0.06 0.07 0.07 0.03 0.07 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.10 0.07 0.09 0.04 0.04 0.13 0.06 0.16 0.03
N1 0.13 0.07 0.14 0.15 0.04 0.16 0.05 0.14 0.06 0.07 0.05 0.09 0.12 0.17 0.04 0.16 0.15 0.10 0.16 0.05
N3 0.03 0.05 0.04 0.06 0.10 0.06 0.12 0.07 0.11 0.06 0.07 0.03 0.05 0.07 0.10 0.04 0.15 0.06 0.16 0.03
N6 0.19 0.18 0.19 0.18 0.14 0.18 0.11 0.15 0.12 0.16 0.16 0.19 0.17 0.20 0.15 0.18 0.14 0.11 0.16 0.05
N7 0.11 0.11 0.11 0.11 0.06 0.11 0.04 0.10 0.05 0.08 0.10 0.15 0.10 0.13 0.07 0.09 0.13 0.05 0.16 0.03
N9 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04 0.09 0.05 0.08 0.04 0.03 0.05 0.06 0.06 0.05 0.03 0.13 0.08 0.15 0.03
O2' 0.16 0.17 0.17 0.18 0.23 0.18 0.25 0.17 0.24 0.20 0.19 0.14 0.19 0.19 0.23 0.17 0.20 0.25 0.09 0.14
O3' 0.03 0.03 0.05 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.09 0.05 0.04 0.03 0.08 0.08 0.07 0.04 0.12 0.15 0.15 0.05
O4' 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07 0.13 0.05 0.13 0.09 0.07 0.04 0.11 0.07 0.09 0.09 0.11 0.10 0.13 0.03
O5' 0.10 0.14 0.07 0.07 0.11 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.14 0.17 0.05 0.07 0.13 0.06 0.07 0.06 0.20 0.07
OP1 0.13 0.19 0.09 0.07 0.18 0.07 0.13 0.08 0.11 0.14 0.21 0.23 0.05 0.07 0.21 0.08 0.06 0.07 0.20 0.08
OP2 0.22 0.28 0.18 0.16 0.27 0.16 0.22 0.15 0.20 0.23 0.29 0.30 0.14 0.16 0.30 0.17 0.08 0.13 0.25 0.13
P 0.15 0.21 0.11 0.10 0.19 0.10 0.14 0.10 0.12 0.16 0.22 0.24 0.07 0.10 0.22 0.10 0.06 0.08 0.21 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.16 0.08 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.20 0.10 0.17 0.14
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.19 0.10 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.18 0.12 0.04
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.28 0.09 0.25 0.23
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.15 0.06 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.30 0.09 0.23 0.22
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.10 0.07 0.08 0.03 0.02 0.02 0.11 0.01 0.01 0.10 0.04 0.02
C6 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.27 0.09 0.18 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.21 0.11 0.15 0.12
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.24 0.09 0.22 0.19
O2 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01 0.16 0.12 0.15 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.06 0.00 0.06 0.05 0.05 0.04 0.16 0.10 0.03
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.00 0.05 0.02 0.15 0.15 0.15 0.05
O4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.29 0.10 0.27 0.25
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.09 0.19 0.03 0.02
O5' 0.11 0.20 0.02 0.08 0.28 0.01 0.30 0.01 0.27 0.21 0.24 0.16 0.04 0.15 0.29 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.10 0.19 0.18 0.09 0.15 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.12 0.16 0.15 0.10 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.17 0.10 0.12 0.25 0.06 0.23 0.04 0.18 0.15 0.22 0.15 0.10 0.15 0.27 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.14 0.03 0.04 0.23 0.02 0.22 0.02 0.16 0.12 0.19 0.11 0.03 0.05 0.25 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00