ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53006

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 3, 0, 1, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.020, 0.045, 0.069, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.045 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.034 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.003, 0.029, 0.055, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.029 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.022, 0.049, 0.076, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.049 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N1 A 0, 0.001, 0.033, 0.066, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.033 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.015, 0.053, 0.090, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.053 std_dev=0.037
C1' A 0, 0.001, 0.040, 0.078, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.040 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.058, 0.169, 0.281, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.169 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.101, 0.256, 0.411, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.256 std_dev=0.155
C2' A 0, 0.052, 0.215, 0.379, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.215 std_dev=0.164
O5' A 0, 0.136, 0.332, 0.527, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.332 std_dev=0.195
O2' A 0, 0.063, 0.260, 0.457, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.260 std_dev=0.197
C3' A 0, 0.104, 0.312, 0.519, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.312 std_dev=0.207
O2' B 0, 0.119, 0.375, 0.632, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.375 std_dev=0.257
O3' B 0, 0.149, 0.416, 0.683, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.416 std_dev=0.267
O3' A 0, 0.148, 0.416, 0.685, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.416 std_dev=0.268
C2' B 0, 0.135, 0.425, 0.715, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.425 std_dev=0.290
C3' B 0, 0.163, 0.456, 0.750, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.456 std_dev=0.294
OP1 B 0, 0.156, 0.467, 0.777, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.467 std_dev=0.310
C5' A 0, 0.157, 0.467, 0.778, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.467 std_dev=0.311
P A 0, 0.209, 0.520, 0.831, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.520 std_dev=0.311
C4' B 0, 0.165, 0.482, 0.798, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.482 std_dev=0.316
C6 B 0, 0.277, 0.597, 0.917, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.597 std_dev=0.320
OP2 B 0, 0.203, 0.525, 0.848, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.525 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.160, 0.493, 0.826, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.493 std_dev=0.333
P B 0, 0.103, 0.447, 0.791, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.447 std_dev=0.344
C5 B 0, 0.263, 0.626, 0.990, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.626 std_dev=0.363
N1 B 0, 0.173, 0.537, 0.901, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.537 std_dev=0.364
C5' B 0, 0.207, 0.574, 0.940, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.574 std_dev=0.366
O5' B 0, 0.210, 0.581, 0.952, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.581 std_dev=0.371
O4' B 0, 0.174, 0.545, 0.916, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.545 std_dev=0.371
OP1 A 0, 0.253, 0.658, 1.064, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.658 std_dev=0.405
C4 B 0, 0.227, 0.647, 1.066, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.647 std_dev=0.420
OP2 A 0, 0.183, 0.627, 1.071, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.627 std_dev=0.444
O4 B 0, 0.282, 0.762, 1.243, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.762 std_dev=0.480
C2 B 0, 0.441, 0.960, 1.478, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.960 std_dev=0.518
N3 B 0, 0.456, 0.979, 1.503, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.979 std_dev=0.524
O2 B 0, 0.683, 1.383, 2.084, 2.364 max_d=2.364 avg_d=1.383 std_dev=0.701

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.09 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.10 0.12 0.06
C2 0.09 0.00 0.12 0.12 0.02 0.09 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.15 0.13 0.08 0.15 0.16 0.11 0.11
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.08 0.06 0.12 0.11 0.08 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.09 0.10 0.05
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.07 0.07 0.11 0.11 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.15 0.13 0.11 0.10
C4 0.04 0.02 0.06 0.06 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.13 0.13 0.10 0.10
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.09 0.09 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.09 0.13 0.02
C5 0.04 0.02 0.06 0.06 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.03 0.14 0.13 0.10 0.11
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.09 0.16 0.02
C6 0.06 0.01 0.08 0.07 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.09 0.04 0.15 0.14 0.10 0.12
C8 0.02 0.02 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04 0.15 0.13 0.09 0.11
N1 0.09 0.00 0.12 0.11 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.14 0.13 0.08 0.15 0.15 0.11 0.12
N3 0.08 0.01 0.11 0.11 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.11 0.08 0.13 0.15 0.11 0.10
N6 0.04 0.01 0.08 0.06 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.10 0.09 0.04 0.15 0.13 0.11 0.12
N7 0.02 0.03 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.09 0.04 0.16 0.14 0.09 0.12
N9 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.12 0.13 0.10 0.09
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.04 0.07 0.03 0.11 0.04 0.14 0.12 0.10 0.06 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.09 0.12 0.04
O3' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.09 0.08 0.13 0.11 0.09 0.09 0.04 0.04 0.00 0.01 0.17 0.15 0.12 0.11
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.08 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.16 0.14 0.16 0.10
O5' 0.08 0.15 0.07 0.15 0.13 0.03 0.14 0.01 0.15 0.15 0.15 0.13 0.15 0.16 0.12 0.04 0.17 0.16 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.10 0.16 0.09 0.13 0.13 0.09 0.13 0.09 0.14 0.13 0.15 0.15 0.13 0.14 0.13 0.09 0.15 0.14 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.16 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.12 0.12 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.05 0.10 0.10 0.02 0.11 0.02 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.12 0.09 0.04 0.11 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.12 0.15 0.19 0.14 0.16 0.18 0.19 0.18 0.12 0.13 0.13 0.18 0.24 0.14 0.12 0.18 0.20 0.18 0.17
C2 0.13 0.12 0.11 0.14 0.16 0.11 0.18 0.10 0.17 0.14 0.14 0.13 0.12 0.21 0.16 0.15 0.13 0.21 0.09 0.12
C2' 0.12 0.12 0.14 0.18 0.14 0.16 0.21 0.21 0.20 0.12 0.12 0.16 0.18 0.22 0.14 0.12 0.19 0.21 0.20 0.18
C3' 0.14 0.10 0.13 0.17 0.18 0.16 0.27 0.21 0.26 0.14 0.12 0.12 0.16 0.20 0.18 0.13 0.18 0.22 0.20 0.18
C4 0.11 0.09 0.13 0.16 0.13 0.13 0.17 0.14 0.16 0.11 0.11 0.09 0.17 0.22 0.13 0.11 0.14 0.19 0.10 0.13
C4' 0.13 0.10 0.13 0.17 0.16 0.15 0.23 0.19 0.22 0.13 0.11 0.11 0.16 0.21 0.16 0.12 0.17 0.21 0.19 0.17
C5 0.12 0.10 0.14 0.16 0.11 0.12 0.14 0.13 0.14 0.11 0.10 0.12 0.18 0.21 0.11 0.11 0.14 0.21 0.08 0.13
C5' 0.20 0.15 0.18 0.19 0.22 0.18 0.30 0.20 0.29 0.20 0.17 0.12 0.20 0.22 0.22 0.18 0.18 0.22 0.18 0.18
C6 0.13 0.12 0.14 0.15 0.12 0.13 0.14 0.14 0.14 0.12 0.12 0.14 0.17 0.20 0.12 0.13 0.17 0.24 0.10 0.15
C8 0.13 0.12 0.16 0.17 0.12 0.15 0.16 0.15 0.15 0.12 0.12 0.13 0.20 0.22 0.12 0.12 0.15 0.19 0.09 0.13
N1 0.13 0.13 0.12 0.13 0.15 0.12 0.16 0.14 0.16 0.14 0.13 0.15 0.13 0.20 0.14 0.16 0.17 0.25 0.10 0.15
N3 0.11 0.10 0.12 0.15 0.16 0.11 0.19 0.12 0.18 0.12 0.12 0.09 0.14 0.22 0.16 0.12 0.12 0.17 0.10 0.11
N6 0.16 0.16 0.18 0.18 0.15 0.17 0.15 0.19 0.15 0.16 0.16 0.19 0.21 0.21 0.14 0.16 0.22 0.27 0.13 0.18
N7 0.13 0.12 0.16 0.16 0.11 0.14 0.14 0.13 0.14 0.12 0.11 0.14 0.21 0.20 0.11 0.12 0.14 0.20 0.08 0.13
N9 0.12 0.10 0.15 0.17 0.13 0.14 0.17 0.16 0.17 0.11 0.11 0.11 0.18 0.22 0.13 0.12 0.15 0.18 0.11 0.13
O2' 0.17 0.19 0.19 0.22 0.16 0.20 0.20 0.25 0.20 0.16 0.19 0.24 0.23 0.26 0.15 0.17 0.24 0.23 0.25 0.22
O3' 0.14 0.11 0.14 0.16 0.18 0.16 0.29 0.22 0.27 0.14 0.12 0.15 0.17 0.20 0.18 0.13 0.18 0.23 0.22 0.19
O4' 0.12 0.10 0.14 0.18 0.14 0.15 0.19 0.19 0.18 0.12 0.12 0.11 0.17 0.23 0.14 0.12 0.18 0.21 0.18 0.18
O5' 0.19 0.19 0.21 0.20 0.15 0.19 0.20 0.21 0.21 0.17 0.17 0.25 0.30 0.22 0.13 0.17 0.21 0.25 0.20 0.22
OP1 0.23 0.22 0.23 0.21 0.21 0.21 0.27 0.23 0.28 0.22 0.21 0.25 0.30 0.21 0.20 0.21 0.23 0.30 0.21 0.24
OP2 0.21 0.17 0.19 0.18 0.24 0.18 0.30 0.18 0.29 0.21 0.19 0.14 0.22 0.18 0.24 0.20 0.18 0.23 0.12 0.17
P 0.19 0.16 0.19 0.18 0.17 0.17 0.23 0.19 0.24 0.18 0.15 0.18 0.25 0.19 0.16 0.17 0.19 0.24 0.16 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.26 0.09 0.07
C2 0.04 0.00 0.14 0.12 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.02 0.04 0.11 0.24 0.09 0.07
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.11 0.26 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.17 0.19 0.06
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.13 0.04 0.09 0.22 0.03 0.01 0.08 0.02 0.05 0.12 0.23 0.10
C4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.08 0.01 0.03 0.16 0.23 0.12 0.13
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.03 0.11 0.06 0.02 0.05 0.01 0.03 0.17 0.12 0.04
C5 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.14 0.02 0.06 0.18 0.24 0.13 0.12
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.08 0.07 0.04 0.11 0.02 0.02 0.10 0.09 0.02
C6 0.02 0.02 0.10 0.13 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.15 0.02 0.08 0.15 0.25 0.09 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.10 0.25 0.08 0.07
N3 0.03 0.01 0.11 0.09 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.00 0.03 0.11 0.12 0.01 0.03 0.14 0.23 0.10 0.10
O2 0.07 0.01 0.26 0.22 0.03 0.11 0.03 0.08 0.03 0.02 0.03 0.00 0.26 0.27 0.03 0.07 0.11 0.25 0.12 0.09
O2' 0.02 0.13 0.01 0.03 0.05 0.06 0.05 0.07 0.07 0.02 0.11 0.26 0.00 0.04 0.07 0.06 0.04 0.20 0.18 0.06
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.08 0.02 0.14 0.04 0.15 0.04 0.12 0.27 0.04 0.00 0.10 0.02 0.08 0.11 0.30 0.13
O4 0.04 0.02 0.06 0.08 0.01 0.05 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.10 0.00 0.03 0.18 0.24 0.15 0.16
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.03 0.07 0.06 0.02 0.03 0.00 0.08 0.29 0.07 0.12
O5' 0.06 0.11 0.04 0.05 0.16 0.03 0.18 0.02 0.15 0.10 0.14 0.11 0.04 0.08 0.18 0.08 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.26 0.24 0.17 0.12 0.23 0.17 0.24 0.10 0.25 0.25 0.23 0.25 0.20 0.11 0.24 0.29 0.03 0.00 0.04 0.02
OP2 0.09 0.09 0.19 0.23 0.12 0.12 0.13 0.09 0.09 0.08 0.10 0.12 0.18 0.30 0.15 0.07 0.03 0.04 0.00 0.02
P 0.07 0.07 0.06 0.10 0.13 0.04 0.12 0.02 0.09 0.07 0.10 0.09 0.06 0.13 0.16 0.12 0.01 0.02 0.02 0.00