ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53007

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.016, 0.036, 0.056, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.014, 0.037, 0.061, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.037 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.021, 0.049, 0.077, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.049 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.040, 0.074, 0.108, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.074 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.040, 0.075, 0.109, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.075 std_dev=0.035
C3' A 0, 0.031, 0.086, 0.141, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.086 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.042, 0.108, 0.174, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.108 std_dev=0.066
N6 A 0, 0.066, 0.145, 0.225, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.145 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.028, 0.109, 0.191, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.109 std_dev=0.081
O3' A 0, 0.061, 0.177, 0.293, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.177 std_dev=0.116
C4' A 0, 0.064, 0.200, 0.336, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.200 std_dev=0.136
O2' A 0, 0.049, 0.224, 0.399, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.224 std_dev=0.175
C5' A 0, 0.130, 0.368, 0.607, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.368 std_dev=0.238
OP1 B 0, 0.199, 0.458, 0.717, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.458 std_dev=0.259
P A 0, 0.123, 0.397, 0.672, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.397 std_dev=0.274
O5' A 0, 0.178, 0.460, 0.741, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.460 std_dev=0.282
O4' B 0, 0.258, 0.558, 0.857, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.558 std_dev=0.299
OP2 A 0, 0.106, 0.428, 0.751, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.428 std_dev=0.323
OP1 A 0, 0.198, 0.534, 0.870, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.534 std_dev=0.336
O5' B 0, 0.297, 0.641, 0.985, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.641 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.283, 0.627, 0.971, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.627 std_dev=0.344
O3' B 0, 0.297, 0.645, 0.993, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.645 std_dev=0.348
P B 0, 0.294, 0.649, 1.003, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.649 std_dev=0.354
C1' B 0, 0.310, 0.673, 1.036, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.673 std_dev=0.363
C3' B 0, 0.312, 0.678, 1.044, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.678 std_dev=0.366
C5' B 0, 0.295, 0.662, 1.028, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.662 std_dev=0.366
C2' B 0, 0.322, 0.707, 1.092, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.707 std_dev=0.385
O2' B 0, 0.316, 0.707, 1.098, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.707 std_dev=0.391
N1 B 0, 0.359, 0.771, 1.183, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.771 std_dev=0.412
C6 B 0, 0.361, 0.776, 1.191, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.776 std_dev=0.415
OP2 B 0, 0.396, 0.899, 1.403, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.899 std_dev=0.504
C5 B 0, 0.446, 0.964, 1.481, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.964 std_dev=0.518
C2 B 0, 0.442, 0.960, 1.479, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.960 std_dev=0.519
O2 B 0, 0.462, 1.021, 1.580, 1.527 max_d=1.527 avg_d=1.021 std_dev=0.559
N3 B 0, 0.521, 1.130, 1.739, 1.554 max_d=1.554 avg_d=1.130 std_dev=0.609
C4 B 0, 0.532, 1.144, 1.757, 1.576 max_d=1.576 avg_d=1.144 std_dev=0.612
O4 B 0, 0.639, 1.380, 2.122, 1.903 max_d=1.903 avg_d=1.380 std_dev=0.741

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.17 0.03 0.04
C2 0.05 0.00 0.04 0.04 0.02 0.06 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.10 0.08 0.11 0.13 0.07 0.04
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.08 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.07 0.06
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.12 0.07 0.04
C4 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.04 0.05 0.17 0.04 0.04
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.08 0.04 0.07 0.06 0.08 0.03 0.14 0.02 0.00 0.01 0.11 0.04 0.01
C5 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.05 0.20 0.07 0.07
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.09 0.05 0.09 0.06 0.09 0.02 0.13 0.05 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.10 0.04 0.06 0.19 0.08 0.07
C8 0.02 0.03 0.08 0.03 0.01 0.08 0.02 0.09 0.04 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.16 0.13 0.04 0.08 0.24 0.08 0.11
N1 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.10 0.05 0.07 0.17 0.07 0.05
N3 0.05 0.01 0.05 0.04 0.01 0.07 0.01 0.09 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.10 0.08 0.11 0.13 0.07 0.04
N6 0.04 0.03 0.08 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.01 0.08 0.03 0.03 0.00 0.09 0.04 0.11 0.10 0.07 0.09 0.19 0.11 0.10
N7 0.01 0.03 0.08 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.02 0.15 0.13 0.03 0.07 0.24 0.10 0.11
N9 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.11 0.01 0.04 0.20 0.03 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.14 0.07 0.13 0.06 0.16 0.03 0.07 0.11 0.15 0.04 0.00 0.02 0.09 0.06 0.15 0.08 0.06
O3' 0.05 0.10 0.01 0.01 0.10 0.02 0.11 0.05 0.10 0.13 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.02 0.00 0.04 0.09 0.10 0.05 0.03
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.07 0.03 0.01 0.09 0.04 0.00 0.04 0.19 0.03 0.07
O5' 0.04 0.11 0.05 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.08 0.07 0.11 0.09 0.07 0.04 0.06 0.09 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.13 0.13 0.12 0.17 0.11 0.20 0.06 0.19 0.24 0.17 0.13 0.19 0.24 0.20 0.15 0.10 0.19 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.03 0.07 0.07 0.07 0.04 0.04 0.07 0.04 0.08 0.08 0.07 0.07 0.11 0.10 0.03 0.08 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.11 0.05 0.04 0.10 0.11 0.06 0.06 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.16 0.16 0.13 0.15 0.10 0.11 0.08 0.08 0.12 0.17 0.18 0.19 0.17 0.19 0.09 0.06 0.14 0.10 0.07
C2 0.09 0.10 0.10 0.08 0.13 0.09 0.13 0.11 0.11 0.09 0.11 0.09 0.13 0.12 0.16 0.09 0.07 0.13 0.05 0.04
C2' 0.12 0.17 0.18 0.13 0.14 0.09 0.08 0.04 0.06 0.11 0.17 0.21 0.22 0.17 0.18 0.07 0.03 0.13 0.08 0.06
C3' 0.13 0.17 0.17 0.13 0.14 0.09 0.08 0.04 0.07 0.12 0.18 0.21 0.20 0.16 0.19 0.08 0.04 0.12 0.09 0.06
C4 0.08 0.10 0.11 0.09 0.10 0.07 0.08 0.11 0.06 0.08 0.11 0.12 0.15 0.13 0.12 0.06 0.09 0.12 0.05 0.04
C4' 0.12 0.17 0.17 0.13 0.14 0.10 0.09 0.09 0.07 0.12 0.17 0.20 0.20 0.17 0.19 0.09 0.08 0.12 0.09 0.06
C5 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.18 0.07 0.08 0.10 0.13 0.13 0.10 0.10 0.08 0.16 0.11 0.07 0.07
C5' 0.11 0.15 0.15 0.12 0.13 0.09 0.08 0.10 0.06 0.10 0.16 0.18 0.20 0.16 0.18 0.08 0.10 0.12 0.09 0.07
C6 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.21 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.08 0.11 0.09 0.18 0.10 0.09 0.08
C8 0.10 0.13 0.13 0.11 0.09 0.09 0.06 0.14 0.06 0.09 0.13 0.17 0.15 0.12 0.10 0.08 0.14 0.12 0.06 0.05
N1 0.08 0.09 0.08 0.07 0.12 0.09 0.13 0.20 0.12 0.09 0.10 0.09 0.10 0.07 0.14 0.09 0.17 0.10 0.09 0.08
N3 0.10 0.11 0.13 0.11 0.13 0.10 0.11 0.07 0.09 0.09 0.13 0.12 0.16 0.16 0.16 0.08 0.03 0.14 0.08 0.06
N6 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.13 0.12 0.21 0.11 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.11 0.10 0.18 0.10 0.09 0.07
N7 0.11 0.13 0.12 0.12 0.10 0.11 0.08 0.19 0.08 0.10 0.12 0.16 0.15 0.12 0.10 0.10 0.17 0.11 0.08 0.08
N9 0.10 0.13 0.13 0.10 0.11 0.07 0.07 0.09 0.05 0.09 0.13 0.16 0.16 0.14 0.13 0.07 0.09 0.13 0.06 0.04
O2' 0.11 0.16 0.13 0.11 0.19 0.10 0.18 0.15 0.15 0.13 0.18 0.19 0.17 0.12 0.23 0.11 0.09 0.16 0.14 0.11
O3' 0.10 0.16 0.14 0.10 0.14 0.08 0.08 0.08 0.06 0.10 0.17 0.20 0.17 0.11 0.18 0.07 0.07 0.14 0.08 0.07
O4' 0.11 0.15 0.15 0.12 0.15 0.10 0.11 0.11 0.08 0.11 0.16 0.17 0.17 0.16 0.19 0.09 0.09 0.12 0.10 0.07
O5' 0.08 0.13 0.13 0.10 0.13 0.07 0.08 0.09 0.05 0.07 0.15 0.16 0.17 0.15 0.19 0.05 0.10 0.08 0.07 0.04
OP1 0.24 0.27 0.28 0.27 0.28 0.24 0.24 0.18 0.21 0.23 0.29 0.27 0.31 0.31 0.34 0.21 0.16 0.24 0.30 0.23
OP2 0.09 0.12 0.13 0.11 0.13 0.09 0.10 0.08 0.06 0.08 0.14 0.15 0.17 0.14 0.18 0.07 0.08 0.11 0.13 0.08
P 0.11 0.15 0.15 0.13 0.16 0.11 0.13 0.07 0.09 0.10 0.17 0.17 0.19 0.18 0.22 0.08 0.06 0.12 0.16 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.18 0.09
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.05 0.07 0.21 0.10
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.12 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.07 0.07 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.15 0.15 0.22 0.14
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.08 0.01 0.02 0.06 0.07 0.03
C5 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.04 0.17 0.17 0.22 0.16
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.12 0.06 0.09 0.03 0.03 0.02 0.16 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01
C6 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.14 0.13 0.21 0.13
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.08 0.20 0.10
N3 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.09 0.11 0.21 0.11
O2 0.04 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.05 0.03 0.06 0.22 0.12
O2' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.07 0.12 0.06
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.05 0.07 0.02 0.00 0.08 0.02 0.05 0.13 0.04 0.05
O4 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.08 0.00 0.03 0.17 0.18 0.24 0.17
O4' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.18 0.09
O5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.15 0.02 0.17 0.01 0.14 0.07 0.09 0.03 0.04 0.05 0.17 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.04 0.07 0.06 0.07 0.15 0.06 0.17 0.03 0.13 0.08 0.11 0.06 0.07 0.13 0.18 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.21 0.12 0.07 0.22 0.07 0.22 0.03 0.21 0.20 0.21 0.22 0.12 0.04 0.24 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.05 0.03 0.14 0.03 0.16 0.01 0.13 0.10 0.11 0.12 0.06 0.05 0.17 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00