ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53008

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.017, 0.031, 0.044, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.031 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.022, 0.037, 0.053, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.037 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.023, 0.039, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.039 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.028, 0.047, 0.066, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.047 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.035 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.028, 0.049, 0.070, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.049 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.027, 0.049, 0.072, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.049 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.049, 0.104, 0.160, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.104 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.032, 0.102, 0.172, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.102 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.055, 0.132, 0.208, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.132 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.083, 0.197, 0.311, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.197 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.072, 0.191, 0.311, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.191 std_dev=0.120
O3' A 0, 0.159, 0.331, 0.502, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.331 std_dev=0.172
C5' A 0, 0.175, 0.370, 0.564, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.370 std_dev=0.194
O5' A 0, 0.350, 0.573, 0.797, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.573 std_dev=0.224
C5' B 0, 0.251, 0.499, 0.747, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.499 std_dev=0.248
P A 0, 0.411, 0.706, 1.001, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.706 std_dev=0.295
C4' B 0, 0.133, 0.433, 0.734, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.433 std_dev=0.300
O5' B 0, 0.262, 0.569, 0.875, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.569 std_dev=0.307
OP1 B 0, 0.027, 0.336, 0.646, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.336 std_dev=0.310
O4' B 0, 0.268, 0.579, 0.890, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.579 std_dev=0.311
P B 0, 0.108, 0.438, 0.769, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.438 std_dev=0.331
OP2 B 0, 0.341, 0.693, 1.045, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.693 std_dev=0.352
C3' B 0, 0.111, 0.464, 0.816, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.464 std_dev=0.353
C1' B 0, 0.187, 0.553, 0.920, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.553 std_dev=0.367
N1 B 0, 0.315, 0.690, 1.065, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.690 std_dev=0.375
O3' B 0, 0.093, 0.473, 0.853, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.473 std_dev=0.380
C6 B 0, 0.494, 0.877, 1.260, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.877 std_dev=0.383
C2' B 0, 0.048, 0.449, 0.849, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.449 std_dev=0.400
C5 B 0, 0.575, 0.989, 1.403, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.989 std_dev=0.414
C2 B 0, 0.224, 0.641, 1.057, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.641 std_dev=0.416
C4 B 0, 0.514, 0.934, 1.354, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.934 std_dev=0.420
O2 B 0, 0.107, 0.527, 0.948, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.527 std_dev=0.420
O2' B 0, 0.019, 0.441, 0.864, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.441 std_dev=0.422
N3 B 0, 0.344, 0.771, 1.198, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.771 std_dev=0.427
O4 B 0, 0.509, 0.944, 1.380, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.944 std_dev=0.436
OP1 A 0, 0.707, 1.146, 1.585, 1.430 max_d=1.430 avg_d=1.146 std_dev=0.439
OP2 A 0, 0.669, 1.119, 1.569, 1.600 max_d=1.600 avg_d=1.119 std_dev=0.450

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.08 0.16 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.16 0.10 0.17 0.09
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.16 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.10 0.14 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.17 0.11 0.18 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.04
C5 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.21 0.13 0.18 0.12
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.05 0.11 0.10 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.13 0.05 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.21 0.13 0.18 0.12
C8 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.22 0.12 0.18 0.11
N1 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.18 0.12 0.18 0.11
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.14 0.09 0.17 0.08
N6 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.03 0.23 0.15 0.19 0.15
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.23 0.14 0.19 0.13
N9 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.17 0.11 0.17 0.08
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.08 0.15 0.07
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.04 0.03 0.00 0.02 0.14 0.11 0.13 0.09
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.09 0.15 0.06
O5' 0.09 0.16 0.04 0.06 0.17 0.01 0.21 0.01 0.21 0.22 0.18 0.14 0.23 0.23 0.17 0.04 0.14 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.09 0.15 0.14 0.11 0.08 0.11 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.17 0.16 0.14 0.18 0.11 0.18 0.05 0.18 0.18 0.18 0.17 0.19 0.19 0.17 0.15 0.13 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.07 0.07 0.09 0.04 0.12 0.02 0.12 0.11 0.11 0.08 0.15 0.13 0.08 0.07 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.08 0.12 0.08 0.07 0.06 0.06 0.17 0.11 0.13
C2 0.10 0.07 0.11 0.10 0.06 0.11 0.08 0.11 0.10 0.08 0.07 0.07 0.14 0.11 0.07 0.11 0.14 0.30 0.19 0.25
C2' 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.09 0.12 0.09 0.08 0.06 0.04 0.16 0.11 0.11
C3' 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.10 0.11 0.09 0.09 0.05 0.04 0.15 0.11 0.11
C4 0.12 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.12 0.15 0.08 0.09 0.10 0.11 0.26 0.16 0.20
C4' 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.08 0.12 0.10 0.07 0.06 0.05 0.14 0.09 0.10
C5 0.17 0.16 0.16 0.12 0.12 0.11 0.13 0.09 0.15 0.15 0.14 0.18 0.19 0.11 0.13 0.14 0.14 0.28 0.18 0.23
C5' 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.10 0.06 0.05 0.05 0.06 0.10 0.09 0.07 0.05 0.05 0.14 0.10 0.11
C6 0.18 0.17 0.18 0.14 0.14 0.12 0.15 0.10 0.17 0.17 0.15 0.19 0.20 0.13 0.14 0.15 0.17 0.30 0.21 0.26
C8 0.16 0.15 0.15 0.11 0.12 0.10 0.12 0.08 0.13 0.14 0.14 0.19 0.19 0.09 0.12 0.13 0.12 0.24 0.15 0.19
N1 0.15 0.12 0.14 0.13 0.11 0.12 0.13 0.11 0.15 0.14 0.11 0.13 0.16 0.12 0.11 0.13 0.17 0.31 0.21 0.27
N3 0.09 0.06 0.09 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.14 0.10 0.07 0.08 0.10 0.27 0.16 0.20
N6 0.23 0.23 0.23 0.18 0.18 0.15 0.20 0.10 0.22 0.22 0.21 0.26 0.25 0.16 0.18 0.18 0.19 0.31 0.22 0.28
N7 0.19 0.18 0.18 0.14 0.14 0.12 0.14 0.08 0.15 0.17 0.16 0.22 0.22 0.12 0.14 0.15 0.14 0.26 0.17 0.22
N9 0.11 0.11 0.11 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.13 0.15 0.07 0.10 0.10 0.10 0.23 0.14 0.18
O2' 0.09 0.07 0.10 0.10 0.07 0.09 0.07 0.13 0.07 0.07 0.07 0.08 0.15 0.13 0.08 0.08 0.10 0.06 0.05 0.03
O3' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.11 0.06 0.06 0.08 0.10 0.14 0.13 0.09 0.06 0.06 0.09 0.08 0.06
O4' 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06 0.08 0.11 0.09 0.07 0.07 0.07 0.16 0.10 0.12
O5' 0.13 0.16 0.12 0.12 0.15 0.12 0.13 0.17 0.12 0.13 0.17 0.17 0.13 0.15 0.16 0.13 0.10 0.14 0.10 0.11
OP1 0.05 0.06 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.13 0.06 0.03 0.05 0.10 0.11 0.08 0.03 0.04 0.07 0.14 0.10 0.10
OP2 0.18 0.14 0.20 0.18 0.13 0.18 0.17 0.18 0.18 0.16 0.12 0.17 0.25 0.18 0.11 0.17 0.15 0.24 0.18 0.20
P 0.07 0.07 0.08 0.04 0.03 0.04 0.06 0.08 0.06 0.04 0.05 0.11 0.13 0.06 0.03 0.04 0.03 0.17 0.09 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.06 0.07 0.06
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.03 0.13 0.12 0.05 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.12 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.07 0.18 0.05
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.11 0.21 0.10
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.12 0.17 0.10 0.16
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.12 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.12 0.18 0.14 0.19
C5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.06 0.10 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.13 0.16 0.10 0.17
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.12 0.12 0.03 0.12
N3 0.03 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.02 0.12 0.14 0.06 0.14
O2 0.07 0.01 0.12 0.11 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.03 0.01 0.00 0.12 0.12 0.02 0.06 0.14 0.12 0.08 0.12
O2' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.05 0.04 0.02 0.02 0.11 0.22 0.09
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.07 0.12 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.20 0.27 0.17
O4 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.10 0.17 0.11 0.16
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.09 0.04 0.08
O5' 0.09 0.13 0.04 0.04 0.12 0.01 0.12 0.00 0.13 0.12 0.12 0.14 0.02 0.06 0.10 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.12 0.07 0.11 0.17 0.05 0.18 0.03 0.16 0.12 0.14 0.12 0.11 0.20 0.17 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.05 0.18 0.21 0.10 0.12 0.14 0.04 0.10 0.03 0.06 0.08 0.22 0.27 0.11 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.12 0.05 0.10 0.16 0.04 0.19 0.01 0.17 0.12 0.14 0.12 0.09 0.17 0.16 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00