Doublet Group distance statistics: 53009

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6	A	0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N1	A	0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N3	A	0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C5	A	0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C4	A	0, 0.011, 0.038, 0.065, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N9	A	0, 0.003, 0.032, 0.062, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.032 std_dev=0.030
N7	A	0, 0.011, 0.048, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.048 std_dev=0.037
N6	A	0, 0.018, 0.059, 0.101, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.059 std_dev=0.042
C8	A	0, 0.012, 0.057, 0.103, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.057 std_dev=0.046
O4'	A	0, 0.024, 0.129, 0.234, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.129 std_dev=0.105
C2'	A	0, 0.038, 0.167, 0.296, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.167 std_dev=0.129
C4'	A	0, 0.047, 0.209, 0.371, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.209 std_dev=0.162
C3'	A	0, 0.050, 0.226, 0.403, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.226 std_dev=0.177
O2'	A	0, 0.059, 0.272, 0.484, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.272 std_dev=0.213
O3'	A	0, 0.035, 0.293, 0.552, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.293 std_dev=0.259
C5'	A	0, 0.080, 0.361, 0.642, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.361 std_dev=0.281
C5'	B	0, 0.050, 0.358, 0.666, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.358 std_dev=0.308
O5'	A	0, 0.075, 0.397, 0.719, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.397 std_dev=0.322
P	A	0, 0.060, 0.382, 0.704, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.382 std_dev=0.322
O5'	B	0, 0.109, 0.449, 0.788, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.449 std_dev=0.340
C4'	B	0, 0.095, 0.449, 0.803, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.449 std_dev=0.354
C3'	B	0, 0.144, 0.540, 0.936, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.540 std_dev=0.396
P	B	0, 0.062, 0.482, 0.902, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.482 std_dev=0.420
O4'	B	0, 0.100, 0.542, 0.984, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.542 std_dev=0.442
O3'	B	0, 0.122, 0.565, 1.007, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.565 std_dev=0.443
C1'	B	0, 0.165, 0.636, 1.106, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.636 std_dev=0.470
OP1	B	0, 0.032, 0.507, 0.982, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.507 std_dev=0.475
C2'	B	0, 0.172, 0.647, 1.123, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.647 std_dev=0.476
OP2	B	0, -0.023, 0.455, 0.933, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.455 std_dev=0.478
O2'	B	0, 0.174, 0.674, 1.174, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.674 std_dev=0.500
N1	B	0, 0.179, 0.691, 1.204, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.691 std_dev=0.512
OP1	A	0, 0.031, 0.608, 1.185, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.608 std_dev=0.577
C4	B	0, 0.195, 0.872, 1.548, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.872 std_dev=0.676
OP2	A	0, 0.005, 0.742, 1.480, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.742 std_dev=0.738
O4	B	0, 0.204, 0.971, 1.738, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.971 std_dev=0.767
C6	B	0, 0.090, 1.048, 2.006, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.048 std_dev=0.958
N3	B	0, 0.070, 1.035, 2.000, 2.657 max_d=2.657 avg_d=1.035 std_dev=0.965
C2	B	0, 0.022, 0.997, 1.972, 2.705 max_d=2.705 avg_d=0.997 std_dev=0.975
C5	B	0, 0.075, 1.124, 2.174, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.124 std_dev=1.049
O2	B	0, -0.342, 1.385, 3.111, 4.696 max_d=4.696 avg_d=1.385 std_dev=1.726

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.04	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.08	0.01	0.03	0.22	0.42	0.15
C2	0.03	0.00	0.13	0.13	0.02	0.11	0.02	0.15	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.18	0.12	0.08	0.14	0.39	0.16	0.05
C2'	0.01	0.13	0.00	0.01	0.06	0.00	0.04	0.06	0.07	0.06	0.10	0.13	0.06	0.04	0.02	0.00	0.05	0.01	0.07	0.05	0.25	0.04
C3'	0.01	0.13	0.01	0.00	0.06	0.00	0.04	0.04	0.07	0.04	0.11	0.12	0.06	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.06	0.21	0.03
C4	0.02	0.02	0.06	0.06	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.08	0.06	0.05	0.06	0.36	0.26	0.11
C4'	0.02	0.11	0.00	0.00	0.06	0.00	0.05	0.01	0.07	0.02	0.09	0.10	0.06	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.12	0.29	0.07
C5	0.01	0.02	0.04	0.04	0.00	0.05	0.00	0.12	0.02	0.02	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.07	0.07	0.05	0.07	0.40	0.28	0.13
C5'	0.04	0.15	0.06	0.04	0.10	0.01	0.12	0.00	0.15	0.08	0.16	0.13	0.15	0.11	0.07	0.04	0.04	0.02	0.01	0.19	0.08	0.02
C6	0.01	0.01	0.07	0.07	0.01	0.07	0.02	0.15	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.10	0.08	0.05	0.10	0.43	0.21	0.10
C8	0.02	0.03	0.06	0.04	0.01	0.02	0.02	0.08	0.03	0.00	0.04	0.02	0.05	0.00	0.00	0.12	0.13	0.05	0.05	0.33	0.44	0.17
N1	0.02	0.01	0.10	0.11	0.02	0.09	0.03	0.16	0.01	0.04	0.00	0.01	0.01	0.04	0.02	0.14	0.10	0.07	0.13	0.43	0.17	0.07
N3	0.03	0.01	0.13	0.12	0.01	0.10	0.01	0.13	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.17	0.11	0.08	0.11	0.35	0.17	0.07
N6	0.02	0.01	0.06	0.06	0.02	0.06	0.02	0.15	0.01	0.05	0.01	0.02	0.00	0.05	0.03	0.10	0.09	0.04	0.10	0.45	0.23	0.11
N7	0.01	0.03	0.04	0.02	0.00	0.03	0.01	0.11	0.03	0.00	0.04	0.01	0.05	0.00	0.01	0.10	0.11	0.05	0.06	0.39	0.38	0.16
N9	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.00	0.04	0.08	0.02	0.03	0.30	0.37	0.14
O2'	0.01	0.18	0.00	0.01	0.08	0.01	0.07	0.04	0.10	0.12	0.14	0.17	0.10	0.10	0.04	0.00	0.07	0.01	0.05	0.03	0.33	0.06
O3'	0.08	0.12	0.05	0.01	0.06	0.01	0.07	0.04	0.08	0.13	0.10	0.11	0.09	0.11	0.08	0.07	0.00	0.06	0.07	0.15	0.37	0.05
O4'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.05	0.01	0.05	0.02	0.05	0.05	0.07	0.08	0.04	0.05	0.02	0.01	0.06	0.00	0.03	0.30	0.39	0.15
O5'	0.03	0.14	0.07	0.08	0.06	0.02	0.07	0.01	0.10	0.05	0.13	0.11	0.10	0.06	0.03	0.05	0.07	0.03	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.22	0.39	0.05	0.06	0.36	0.12	0.40	0.19	0.43	0.33	0.43	0.35	0.45	0.39	0.30	0.03	0.15	0.30	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.42	0.16	0.25	0.21	0.26	0.29	0.28	0.08	0.21	0.44	0.17	0.17	0.23	0.38	0.37	0.33	0.37	0.39	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.15	0.05	0.04	0.03	0.11	0.07	0.13	0.02	0.10	0.17	0.07	0.07	0.11	0.16	0.14	0.06	0.05	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.09	0.47	0.11	0.13	0.20	0.07	0.76	0.07	0.74	0.13	0.38	1.05	0.10	0.17	0.20	0.07	0.10	0.06	0.23	0.12
C2	0.07	0.45	0.10	0.12	0.16	0.07	0.58	0.07	0.59	0.12	0.38	0.95	0.09	0.17	0.16	0.06	0.12	0.18	0.26	0.17
C2'	0.20	0.43	0.22	0.23	0.28	0.18	0.91	0.17	0.89	0.24	0.34	1.07	0.20	0.25	0.27	0.18	0.19	0.15	0.30	0.20
C3'	0.20	0.40	0.21	0.22	0.31	0.17	0.92	0.17	0.89	0.25	0.31	1.02	0.20	0.24	0.30	0.18	0.21	0.18	0.32	0.23
C4	0.08	0.47	0.11	0.13	0.15	0.07	0.64	0.07	0.64	0.12	0.39	1.01	0.09	0.17	0.15	0.07	0.09	0.07	0.21	0.10
C4'	0.10	0.43	0.13	0.16	0.20	0.10	0.74	0.10	0.71	0.13	0.35	0.99	0.11	0.19	0.20	0.08	0.14	0.12	0.26	0.16
C5	0.15	0.50	0.17	0.18	0.16	0.15	0.56	0.14	0.57	0.16	0.43	1.00	0.15	0.22	0.14	0.14	0.14	0.15	0.19	0.14
C5'	0.16	0.35	0.19	0.22	0.22	0.17	0.70	0.18	0.68	0.17	0.28	0.84	0.17	0.25	0.22	0.14	0.22	0.20	0.32	0.23
C6	0.21	0.52	0.21	0.23	0.21	0.21	0.49	0.21	0.51	0.21	0.46	0.96	0.19	0.26	0.20	0.21	0.22	0.25	0.23	0.21
C8	0.11	0.50	0.14	0.16	0.14	0.11	0.63	0.09	0.63	0.12	0.42	1.04	0.14	0.20	0.13	0.10	0.09	0.07	0.16	0.08
N1	0.15	0.50	0.15	0.17	0.20	0.14	0.49	0.17	0.51	0.18	0.44	0.94	0.12	0.20	0.20	0.16	0.20	0.28	0.23	0.22
N3	0.08	0.44	0.10	0.12	0.17	0.08	0.66	0.07	0.67	0.12	0.36	0.98	0.10	0.17	0.17	0.07	0.10	0.06	0.26	0.13
N6	0.32	0.57	0.33	0.34	0.29	0.33	0.45	0.32	0.47	0.32	0.51	0.94	0.31	0.36	0.28	0.33	0.31	0.31	0.28	0.28
N7	0.17	0.52	0.19	0.20	0.15	0.16	0.57	0.15	0.57	0.16	0.44	1.01	0.19	0.24	0.13	0.16	0.14	0.13	0.18	0.13
N9	0.08	0.48	0.11	0.13	0.16	0.07	0.68	0.06	0.67	0.11	0.40	1.04	0.10	0.18	0.15	0.06	0.08	0.03	0.19	0.08
O2'	0.31	0.40	0.32	0.33	0.40	0.27	1.07	0.26	1.06	0.36	0.30	1.08	0.31	0.33	0.36	0.28	0.28	0.20	0.39	0.28
O3'	0.25	0.38	0.27	0.28	0.37	0.22	1.02	0.21	0.98	0.30	0.28	1.03	0.25	0.29	0.37	0.22	0.25	0.21	0.37	0.27
O4'	0.03	0.49	0.05	0.08	0.16	0.04	0.64	0.04	0.61	0.08	0.42	1.02	0.02	0.13	0.19	0.05	0.05	0.06	0.18	0.07
O5'	0.25	0.23	0.26	0.28	0.37	0.23	0.85	0.24	0.81	0.30	0.14	0.71	0.23	0.29	0.38	0.23	0.32	0.32	0.42	0.35
OP1	0.17	0.40	0.20	0.22	0.17	0.26	0.52	0.25	0.43	0.06	0.28	0.81	0.24	0.29	0.25	0.20	0.13	0.09	0.19	0.12
OP2	0.52	0.29	0.42	0.37	0.77	0.39	1.11	0.38	1.04	0.61	0.38	0.26	0.40	0.28	0.82	0.50	0.50	0.53	0.46	0.51
P	0.22	0.12	0.20	0.20	0.43	0.17	0.83	0.18	0.77	0.30	0.05	0.56	0.16	0.20	0.47	0.20	0.30	0.31	0.38	0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01	0.02	0.05	0.01	0.02	0.01	0.01	0.06	0.10	0.09	0.07
C2	0.03	0.00	0.21	0.41	0.01	0.31	0.02	0.45	0.02	0.01	0.00	0.00	0.10	0.38	0.02	0.15	0.58	0.53	0.67	0.62
C2'	0.00	0.21	0.00	0.00	0.07	0.01	0.18	0.02	0.23	0.04	0.16	0.38	0.01	0.01	0.07	0.01	0.02	0.03	0.15	0.06
C3'	0.01	0.41	0.00	0.00	0.09	0.01	0.41	0.01	0.49	0.06	0.30	0.83	0.01	0.01	0.10	0.02	0.04	0.06	0.16	0.08
C4	0.01	0.01	0.07	0.09	0.00	0.05	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.10	0.00	0.04	0.12	0.19	0.16	0.18
C4'	0.02	0.31	0.01	0.01	0.05	0.00	0.31	0.01	0.37	0.04	0.22	0.63	0.04	0.02	0.05	0.01	0.02	0.05	0.10	0.04
C5	0.02	0.02	0.18	0.41	0.01	0.31	0.00	0.46	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.41	0.01	0.16	0.66	0.72	0.82	0.80
C5'	0.03	0.45	0.02	0.01	0.06	0.01	0.46	0.00	0.53	0.05	0.34	0.93	0.05	0.02	0.06	0.02	0.01	0.06	0.08	0.02
C6	0.02	0.02	0.23	0.49	0.01	0.37	0.00	0.53	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.47	0.01	0.20	0.73	0.73	0.85	0.83
N1	0.01	0.01	0.04	0.06	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.03	0.10	0.15	0.09	0.12
N3	0.02	0.00	0.16	0.30	0.00	0.22	0.01	0.34	0.01	0.01	0.00	0.01	0.09	0.29	0.02	0.10	0.44	0.43	0.55	0.50
O2	0.05	0.00	0.38	0.83	0.01	0.63	0.02	0.93	0.02	0.01	0.01	0.00	0.16	0.77	0.02	0.29	1.24	1.14	1.43	1.34
O2'	0.01	0.10	0.01	0.01	0.05	0.04	0.03	0.05	0.04	0.02	0.09	0.16	0.00	0.02	0.06	0.05	0.02	0.06	0.15	0.05
O3'	0.02	0.38	0.01	0.01	0.10	0.02	0.41	0.02	0.47	0.05	0.29	0.77	0.02	0.00	0.11	0.02	0.04	0.08	0.19	0.09
O4	0.01	0.02	0.07	0.10	0.00	0.05	0.01	0.06	0.01	0.01	0.02	0.02	0.06	0.11	0.00	0.04	0.12	0.19	0.18	0.18
O4'	0.01	0.15	0.01	0.02	0.04	0.01	0.16	0.02	0.20	0.03	0.10	0.29	0.05	0.02	0.04	0.00	0.07	0.10	0.10	0.08
O5'	0.06	0.58	0.02	0.04	0.12	0.02	0.66	0.01	0.73	0.10	0.44	1.24	0.02	0.04	0.12	0.07	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.10	0.53	0.03	0.06	0.19	0.05	0.72	0.06	0.73	0.15	0.43	1.14	0.06	0.08	0.19	0.10	0.02	0.00	0.03	0.01
OP2	0.09	0.67	0.15	0.16	0.16	0.10	0.82	0.08	0.85	0.09	0.55	1.43	0.15	0.19	0.18	0.10	0.01	0.03	0.00	0.01
P	0.07	0.62	0.06	0.08	0.18	0.04	0.80	0.02	0.83	0.12	0.50	1.34	0.05	0.09	0.18	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00