ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53010

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.006, 0.027, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.004, 0.027, 0.050, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.023
C5 A 0, -0.001, 0.023, 0.046, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.002, 0.034, 0.065, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.034 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.002, 0.035, 0.068, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.035 std_dev=0.033
N6 A 0, 0.002, 0.042, 0.081, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.042 std_dev=0.039
N7 A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C8 A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.059 std_dev=0.059
OP1 B 0, 0.137, 0.383, 0.629, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.383 std_dev=0.246
O4' A 0, 0.081, 0.339, 0.597, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.339 std_dev=0.258
P A 0, 0.148, 0.410, 0.671, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.410 std_dev=0.261
C2' A 0, 0.091, 0.355, 0.618, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.355 std_dev=0.263
P B 0, 0.152, 0.430, 0.707, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.430 std_dev=0.278
O5' B 0, 0.166, 0.464, 0.762, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.464 std_dev=0.298
C5' B 0, 0.167, 0.471, 0.776, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.471 std_dev=0.305
O2' A 0, 0.109, 0.422, 0.735, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.422 std_dev=0.313
OP1 A 0, 0.229, 0.558, 0.887, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.558 std_dev=0.329
O5' A 0, 0.203, 0.551, 0.899, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.551 std_dev=0.348
OP2 B 0, 0.182, 0.535, 0.887, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.535 std_dev=0.353
C4' B 0, 0.168, 0.525, 0.881, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.525 std_dev=0.356
C4' A 0, 0.131, 0.502, 0.872, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.502 std_dev=0.370
O4' B 0, 0.162, 0.543, 0.923, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.543 std_dev=0.381
OP2 A 0, 0.219, 0.610, 1.000, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.610 std_dev=0.390
C3' A 0, 0.139, 0.534, 0.929, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.534 std_dev=0.395
O3' B 0, 0.209, 0.614, 1.019, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.614 std_dev=0.405
C3' B 0, 0.212, 0.621, 1.029, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.621 std_dev=0.408
C6 B 0, 0.231, 0.683, 1.134, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.683 std_dev=0.452
C1' B 0, 0.209, 0.673, 1.137, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.673 std_dev=0.464
O3' A 0, 0.197, 0.668, 1.140, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.668 std_dev=0.472
C2' B 0, 0.255, 0.751, 1.247, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.751 std_dev=0.496
N1 B 0, 0.240, 0.742, 1.243, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.742 std_dev=0.501
C5 B 0, 0.268, 0.780, 1.291, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.780 std_dev=0.511
O2' B 0, 0.286, 0.840, 1.394, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.840 std_dev=0.554
C2 B 0, 0.286, 0.889, 1.493, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.889 std_dev=0.604
C4 B 0, 0.309, 0.925, 1.541, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.925 std_dev=0.616
N3 B 0, 0.314, 0.963, 1.613, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.963 std_dev=0.650
O2 B 0, 0.304, 0.965, 1.627, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.965 std_dev=0.662
O4 B 0, 0.339, 1.031, 1.723, 1.828 max_d=1.828 avg_d=1.031 std_dev=0.692
C5' A 0, 0.206, 0.993, 1.780, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.993 std_dev=0.787

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.13 0.21 0.03
C2 0.03 0.00 0.09 0.12 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.05 0.21 0.14 0.16 0.07
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.10 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.25 0.31 0.05 0.18
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05 0.10 0.12 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.35 0.39 0.02 0.26
C4 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.21 0.14 0.16 0.07
C4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.07 0.04 0.02 0.07 0.08 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.14 0.27 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.25 0.11 0.14 0.07
C5' 0.03 0.10 0.04 0.06 0.11 0.01 0.16 0.00 0.17 0.16 0.14 0.08 0.20 0.19 0.10 0.01 0.09 0.01 0.02 0.17 0.40 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.25 0.11 0.13 0.07
C8 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.07 0.25 0.12 0.15 0.07
N1 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.03 0.23 0.12 0.14 0.07
N3 0.03 0.00 0.10 0.12 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.06 0.19 0.15 0.17 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.03 0.26 0.09 0.11 0.07
N7 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.06 0.27 0.10 0.13 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.20 0.14 0.17 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.02 0.00 0.04 0.02 0.11 0.23 0.10 0.09
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.07 0.04 0.05 0.09 0.06 0.06 0.10 0.12 0.05 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.27 0.42 0.02 0.26
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.03 0.34 0.11
O5' 0.10 0.21 0.25 0.35 0.21 0.02 0.25 0.02 0.25 0.25 0.23 0.19 0.26 0.27 0.20 0.11 0.27 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.13 0.14 0.31 0.39 0.14 0.14 0.11 0.17 0.11 0.12 0.12 0.15 0.09 0.10 0.14 0.23 0.42 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.16 0.05 0.02 0.16 0.27 0.14 0.40 0.13 0.15 0.14 0.17 0.11 0.13 0.17 0.10 0.02 0.34 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.18 0.26 0.07 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.26 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.12 0.12 0.10 0.08 0.11 0.07 0.09 0.09 0.11 0.10 0.14 0.17 0.08 0.07 0.12 0.08 0.06 0.05 0.06
C2 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.06 0.07
C2' 0.18 0.16 0.19 0.18 0.13 0.18 0.14 0.18 0.15 0.16 0.15 0.17 0.22 0.18 0.12 0.17 0.18 0.18 0.16 0.17
C3' 0.17 0.17 0.16 0.15 0.17 0.16 0.18 0.18 0.18 0.17 0.16 0.16 0.18 0.12 0.16 0.17 0.19 0.20 0.20 0.21
C4 0.10 0.09 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.04 0.07 0.10 0.08 0.06 0.06 0.07
C4' 0.11 0.11 0.07 0.05 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.01 0.10 0.11 0.08 0.07 0.08 0.09
C5 0.09 0.09 0.07 0.05 0.09 0.06 0.10 0.06 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.04 0.08 0.09 0.08 0.06 0.06 0.07
C5' 0.14 0.16 0.07 0.04 0.19 0.09 0.19 0.12 0.18 0.16 0.17 0.15 0.08 0.04 0.19 0.16 0.14 0.12 0.16 0.16
C6 0.07 0.07 0.04 0.03 0.08 0.03 0.09 0.05 0.09 0.08 0.07 0.06 0.05 0.03 0.08 0.06 0.08 0.05 0.06 0.06
C8 0.11 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.06 0.09 0.11 0.09 0.06 0.07 0.07
N1 0.06 0.07 0.04 0.04 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06
N3 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.05 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.07
N6 0.05 0.06 0.02 0.03 0.09 0.03 0.10 0.04 0.10 0.07 0.07 0.05 0.03 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05
N7 0.10 0.09 0.08 0.06 0.10 0.07 0.11 0.07 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.06 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06 0.07
N9 0.12 0.11 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.12 0.14 0.06 0.08 0.12 0.09 0.06 0.07 0.07
O2' 0.17 0.15 0.20 0.19 0.10 0.18 0.09 0.15 0.11 0.14 0.12 0.17 0.26 0.20 0.08 0.16 0.13 0.12 0.10 0.11
O3' 0.17 0.17 0.17 0.16 0.16 0.17 0.17 0.18 0.18 0.17 0.16 0.16 0.19 0.14 0.16 0.17 0.20 0.21 0.21 0.21
O4' 0.08 0.08 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.07 0.07 0.09 0.09 0.03 0.05 0.08 0.02 0.05 0.02 0.02
O5' 0.06 0.08 0.04 0.07 0.12 0.07 0.12 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.04 0.06 0.13 0.08 0.10 0.13 0.14 0.13
OP1 0.06 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.09 0.09 0.04 0.03 0.04 0.03 0.10 0.07 0.07
OP2 0.21 0.21 0.20 0.19 0.21 0.20 0.22 0.21 0.23 0.22 0.20 0.20 0.22 0.17 0.19 0.21 0.22 0.21 0.20 0.21
P 0.08 0.08 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.08 0.07 0.10 0.12 0.04 0.05 0.07 0.04 0.06 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.05 0.07 0.06
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00