ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53011

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.008, 0.074, 0.140, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.074 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.012, 0.112, 0.211, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.112 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.016, 0.153, 0.290, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.153 std_dev=0.137
O2' A 0, 0.021, 0.177, 0.333, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.177 std_dev=0.156
C3' A 0, 0.012, 0.197, 0.381, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.197 std_dev=0.184
OP1 A 0, 0.039, 0.259, 0.480, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.259 std_dev=0.220
O3' A 0, 0.034, 0.259, 0.484, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.259 std_dev=0.225
C5' A 0, 0.040, 0.281, 0.521, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.281 std_dev=0.240
P A 0, 0.041, 0.305, 0.569, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.305 std_dev=0.264
OP2 A 0, 0.045, 0.312, 0.580, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.312 std_dev=0.268
O2 B 0, 0.063, 0.336, 0.610, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.336 std_dev=0.274
O5' A 0, 0.043, 0.318, 0.593, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.318 std_dev=0.275
O4' B 0, 0.032, 0.332, 0.632, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.332 std_dev=0.300
C2 B 0, 0.042, 0.345, 0.648, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.345 std_dev=0.303
N1 B 0, 0.041, 0.358, 0.676, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.358 std_dev=0.317
C1' B 0, 0.034, 0.366, 0.697, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.366 std_dev=0.332
N3 B 0, 0.027, 0.364, 0.700, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.364 std_dev=0.336
C6 B 0, 0.031, 0.374, 0.718, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.374 std_dev=0.343
C4 B 0, 0.019, 0.388, 0.758, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.388 std_dev=0.370
C5 B 0, 0.021, 0.391, 0.761, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.391 std_dev=0.370
C4' B 0, 0.026, 0.416, 0.807, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.416 std_dev=0.391
O4 B 0, 0.035, 0.434, 0.832, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.434 std_dev=0.398
C2' B 0, 0.044, 0.486, 0.928, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.486 std_dev=0.442
C5' B 0, 0.022, 0.465, 0.909, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.465 std_dev=0.444
O2' B 0, 0.069, 0.517, 0.966, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.517 std_dev=0.449
OP2 B 0, 0.053, 0.515, 0.978, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.515 std_dev=0.462
C3' B 0, 0.034, 0.512, 0.989, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.512 std_dev=0.477
O5' B 0, 0.028, 0.534, 1.040, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.534 std_dev=0.506
P B 0, 0.032, 0.545, 1.058, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.545 std_dev=0.513
O3' B 0, 0.034, 0.563, 1.093, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.563 std_dev=0.529
OP1 B 0, 0.027, 0.583, 1.139, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.583 std_dev=0.556

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.04 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.10 0.03 0.11 0.06 0.04 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.08 0.04 0.03 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.02 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C5 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.10 0.03 0.06 0.06
C5' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.09 0.01 0.12 0.00 0.14 0.08 0.13 0.07 0.15 0.12 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.13 0.05 0.07 0.09
C8 0.02 0.02 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.04 0.14 0.06 0.07 0.09
N3 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.10 0.10 0.03 0.08 0.04 0.03 0.04
N6 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.13 0.05 0.09 0.09
N7 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.07 0.05
N9 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02
O2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.10 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02
O3' 0.03 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.10 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.05 0.05
O5' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.13 0.02 0.14 0.08 0.13 0.07 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.06 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.09 0.07 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.04 0.09 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.08 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.12 0.02 0.04 0.09 0.05 0.02
C2 0.16 0.19 0.15 0.11 0.16 0.09 0.14 0.04 0.15 0.17 0.19 0.19 0.15 0.09 0.15 0.14 0.13 0.11 0.04 0.01
C2' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.08 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.14 0.01 0.04 0.10 0.05 0.03
C3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.02 0.01 0.10 0.02 0.04 0.10 0.05 0.03
C4 0.05 0.09 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.08 0.13 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.13 0.06 0.04
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.09 0.01 0.05 0.08 0.03 0.02
C5 0.03 0.09 0.02 0.03 0.03 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.10 0.13 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.20 0.10 0.09
C5' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.03 0.03 0.05 0.02 0.07 0.05 0.04 0.04
C6 0.06 0.14 0.05 0.01 0.13 0.03 0.06 0.09 0.04 0.08 0.17 0.16 0.07 0.01 0.15 0.04 0.02 0.24 0.12 0.11
C8 0.05 0.03 0.06 0.06 0.14 0.04 0.17 0.07 0.13 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.16 0.04 0.02 0.17 0.09 0.08
N1 0.12 0.19 0.12 0.06 0.20 0.04 0.16 0.05 0.13 0.15 0.21 0.19 0.13 0.04 0.20 0.09 0.05 0.21 0.10 0.07
N3 0.12 0.14 0.11 0.09 0.08 0.08 0.07 0.04 0.09 0.12 0.13 0.16 0.11 0.08 0.07 0.11 0.12 0.07 0.02 0.02
N6 0.04 0.12 0.03 0.04 0.14 0.05 0.04 0.11 0.03 0.05 0.16 0.15 0.06 0.04 0.19 0.03 0.05 0.27 0.15 0.14
N7 0.04 0.02 0.05 0.07 0.10 0.05 0.16 0.09 0.12 0.05 0.01 0.08 0.03 0.06 0.10 0.03 0.04 0.21 0.12 0.11
N9 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.02 0.11 0.04 0.08 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.10 0.02 0.02 0.13 0.06 0.04
O2' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.12 0.01 0.14 0.02 0.10 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.16 0.02 0.04 0.11 0.08 0.04
O3' 0.03 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03 0.11 0.05 0.08 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.12 0.05 0.01 0.13 0.10 0.07
O4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.02 0.09 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.12 0.01 0.05 0.08 0.02 0.01
O5' 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.04 0.03 0.07 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03
OP1 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.11 0.06 0.06 0.11 0.10 0.06 0.13 0.03 0.06
OP2 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.06 0.07 0.08 0.03 0.12 0.04 0.05
P 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.08 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.03
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.05 0.02
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.12 0.05 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.12 0.04 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01
N3 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05 0.02
O2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.09 0.03
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.10 0.03
O4 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04
O5' 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.07 0.03 0.02 0.10 0.02 0.12 0.02 0.12 0.09 0.08 0.06 0.03 0.01 0.09 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.04 0.09 0.09 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.09 0.10 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00