ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53012

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N6 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.006, 0.028, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N9 A 0, -0.002, 0.030, 0.062, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.030 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.001, 0.036, 0.071, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.036 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.023, 0.079, 0.134, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.079 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.024, 0.120, 0.216, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.120 std_dev=0.096
C4' A 0, 0.042, 0.173, 0.303, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.173 std_dev=0.130
C3' A 0, 0.017, 0.204, 0.391, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.204 std_dev=0.187
O2' A 0, 0.071, 0.261, 0.451, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.261 std_dev=0.190
C5' A 0, 0.046, 0.259, 0.472, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.259 std_dev=0.213
O5' A 0, 0.088, 0.315, 0.542, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.315 std_dev=0.227
O5' B 0, 0.038, 0.267, 0.496, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.267 std_dev=0.229
P B 0, 0.065, 0.302, 0.538, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.302 std_dev=0.236
OP1 B 0, 0.010, 0.261, 0.512, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.261 std_dev=0.251
C5' B 0, 0.088, 0.340, 0.591, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.340 std_dev=0.252
C3' B 0, 0.089, 0.342, 0.595, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.342 std_dev=0.253
C4' B 0, 0.090, 0.352, 0.614, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.352 std_dev=0.262
C6 B 0, 0.047, 0.320, 0.594, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.320 std_dev=0.273
C2' B 0, 0.078, 0.352, 0.626, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.352 std_dev=0.274
O3' B 0, 0.104, 0.389, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.389 std_dev=0.285
C5 B 0, 0.013, 0.302, 0.591, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.302 std_dev=0.289
O4' B 0, 0.097, 0.388, 0.680, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.388 std_dev=0.291
O2' B 0, 0.114, 0.407, 0.701, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.407 std_dev=0.293
OP2 B 0, 0.106, 0.405, 0.704, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.405 std_dev=0.299
O3' A 0, 0.095, 0.396, 0.698, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.396 std_dev=0.301
N1 B 0, 0.043, 0.346, 0.649, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.346 std_dev=0.303
C1' B 0, 0.065, 0.379, 0.692, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.379 std_dev=0.313
C4 B 0, -0.014, 0.310, 0.635, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.310 std_dev=0.324
C2 B 0, 0.001, 0.337, 0.673, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.337 std_dev=0.336
N3 B 0, -0.018, 0.321, 0.660, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.321 std_dev=0.339
O4 B 0, -0.022, 0.326, 0.674, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.326 std_dev=0.348
P A 0, -0.022, 0.339, 0.700, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.339 std_dev=0.361
O2 B 0, -0.014, 0.353, 0.720, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.353 std_dev=0.367
OP1 A 0, 0.141, 0.612, 1.083, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.612 std_dev=0.471
OP2 A 0, 0.109, 0.594, 1.080, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.594 std_dev=0.486

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.09 0.10 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.12 0.11 0.16 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.06 0.06 0.04 0.09 0.08 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.06 0.02
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.10 0.11 0.08 0.04 0.12 0.12 0.06 0.06 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.13 0.12 0.14 0.12
C4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.02 0.06 0.07 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.09 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.03 0.16 0.16 0.19 0.15
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.07 0.05 0.10 0.10 0.06 0.02 0.11 0.02 0.01 0.10 0.03 0.02
C6 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.15 0.03 0.16 0.16 0.20 0.16
C8 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.04 0.17 0.15 0.15 0.14
N1 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.02 0.14 0.14 0.19 0.14
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.12 0.10 0.13 0.10
N6 0.00 0.00 0.09 0.12 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.17 0.03 0.17 0.19 0.23 0.18
N7 0.00 0.00 0.08 0.12 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.04 0.18 0.18 0.20 0.17
N9 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.13 0.11 0.11 0.10
O2' 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.10 0.03 0.02 0.08 0.08 0.02
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.09 0.07 0.14 0.11 0.15 0.12 0.13 0.07 0.17 0.15 0.06 0.10 0.00 0.04 0.15 0.11 0.03 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.10 0.12 0.03 0.04
O5' 0.09 0.12 0.02 0.04 0.13 0.02 0.16 0.01 0.16 0.17 0.14 0.12 0.17 0.18 0.13 0.02 0.15 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.10 0.11 0.06 0.05 0.12 0.09 0.16 0.10 0.16 0.15 0.14 0.10 0.19 0.18 0.11 0.08 0.11 0.12 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.05 0.16 0.06 0.05 0.14 0.03 0.19 0.03 0.20 0.15 0.19 0.13 0.23 0.20 0.11 0.08 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.02 0.02 0.12 0.02 0.15 0.02 0.16 0.14 0.14 0.10 0.18 0.17 0.10 0.02 0.10 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.15 0.16 0.16 0.15 0.17 0.17 0.19 0.18 0.16 0.15 0.14 0.22 0.18 0.14 0.14 0.18 0.11 0.37 0.22
C2 0.12 0.11 0.13 0.14 0.07 0.13 0.07 0.16 0.09 0.11 0.09 0.12 0.21 0.17 0.06 0.10 0.13 0.03 0.31 0.17
C2' 0.18 0.18 0.17 0.17 0.18 0.18 0.19 0.19 0.20 0.19 0.18 0.17 0.25 0.18 0.17 0.17 0.17 0.08 0.32 0.19
C3' 0.18 0.18 0.17 0.16 0.18 0.18 0.19 0.19 0.20 0.19 0.18 0.17 0.24 0.18 0.18 0.17 0.17 0.07 0.33 0.19
C4 0.15 0.14 0.15 0.15 0.13 0.16 0.13 0.19 0.15 0.15 0.13 0.15 0.22 0.18 0.11 0.13 0.17 0.11 0.36 0.22
C4' 0.19 0.19 0.18 0.17 0.20 0.18 0.21 0.20 0.22 0.20 0.19 0.18 0.24 0.19 0.20 0.17 0.19 0.12 0.36 0.23
C5 0.16 0.16 0.16 0.16 0.14 0.16 0.14 0.19 0.15 0.16 0.15 0.16 0.22 0.18 0.13 0.13 0.18 0.14 0.34 0.22
C5' 0.16 0.16 0.14 0.14 0.17 0.16 0.18 0.18 0.18 0.17 0.16 0.15 0.20 0.16 0.16 0.14 0.16 0.10 0.34 0.20
C6 0.15 0.15 0.15 0.15 0.12 0.14 0.12 0.17 0.13 0.15 0.14 0.16 0.21 0.18 0.11 0.12 0.16 0.12 0.29 0.19
C8 0.17 0.17 0.16 0.16 0.16 0.17 0.17 0.20 0.18 0.18 0.17 0.17 0.22 0.18 0.16 0.15 0.19 0.16 0.37 0.24
N1 0.13 0.12 0.13 0.14 0.09 0.13 0.08 0.15 0.09 0.12 0.11 0.13 0.21 0.17 0.08 0.10 0.13 0.06 0.26 0.16
N3 0.14 0.12 0.14 0.15 0.10 0.15 0.10 0.18 0.12 0.13 0.11 0.13 0.22 0.18 0.08 0.12 0.15 0.06 0.36 0.20
N6 0.16 0.16 0.15 0.15 0.13 0.14 0.13 0.16 0.13 0.15 0.15 0.17 0.21 0.18 0.12 0.12 0.15 0.13 0.25 0.18
N7 0.18 0.18 0.16 0.16 0.17 0.17 0.17 0.20 0.18 0.18 0.17 0.18 0.22 0.19 0.16 0.15 0.19 0.17 0.35 0.24
N9 0.16 0.15 0.15 0.15 0.14 0.16 0.15 0.19 0.16 0.16 0.14 0.14 0.21 0.18 0.12 0.14 0.18 0.13 0.37 0.23
O2' 0.31 0.32 0.31 0.29 0.33 0.31 0.34 0.30 0.35 0.33 0.32 0.31 0.38 0.29 0.33 0.31 0.28 0.17 0.39 0.29
O3' 0.20 0.21 0.18 0.16 0.24 0.18 0.24 0.17 0.24 0.22 0.23 0.20 0.26 0.16 0.24 0.19 0.16 0.08 0.27 0.16
O4' 0.16 0.15 0.15 0.16 0.16 0.16 0.17 0.19 0.18 0.16 0.15 0.14 0.20 0.18 0.15 0.14 0.18 0.13 0.38 0.24
O5' 0.08 0.07 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.05 0.08 0.09 0.08 0.10 0.25 0.10
OP1 0.12 0.12 0.09 0.07 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.08 0.12 0.13 0.11 0.09 0.27 0.13
OP2 0.12 0.14 0.12 0.12 0.15 0.10 0.15 0.12 0.15 0.14 0.15 0.13 0.16 0.14 0.16 0.08 0.11 0.08 0.27 0.15
P 0.08 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.06 0.11 0.07 0.06 0.06 0.08 0.04 0.27 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.05 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.08 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.08 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.06 0.02 0.07 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.08 0.00 0.04 0.04 0.07 0.08 0.05
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.09 0.03 0.04 0.00 0.03 0.06 0.08 0.05
C5 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.00 0.05 0.03 0.06 0.09 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03
C6 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.06 0.00 0.03 0.04 0.07 0.05 0.05
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04
O2' 0.03 0.13 0.00 0.07 0.13 0.09 0.11 0.08 0.09 0.09 0.14 0.12 0.00 0.05 0.14 0.07 0.06 0.04 0.01 0.04
O3' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.08 0.03 0.09 0.03 0.08 0.05 0.06 0.02 0.05 0.00 0.09 0.03 0.05 0.06 0.11 0.06
O4 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.09 0.00 0.04 0.04 0.08 0.09 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.07 0.03 0.04 0.00 0.04 0.08 0.04 0.05
O5' 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.02 0.05 0.02 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03 0.04 0.07 0.05 0.04 0.06 0.08 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.02 0.03 0.05 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.11 0.09 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00