ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53014

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, -0.002, 0.007, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.010
C4 A 0, -0.002, 0.010, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.012
N7 A 0, -0.002, 0.014, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N6 A 0, -0.001, 0.018, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.019
C8 A 0, -0.002, 0.018, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.020
P B 0, 0.077, 0.297, 0.517, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.297 std_dev=0.220
O4' A 0, -0.118, 0.468, 1.053, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.468 std_dev=0.585
C2' A 0, -0.122, 0.478, 1.078, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.478 std_dev=0.600
O2' A 0, -0.158, 0.544, 1.245, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.544 std_dev=0.701
OP2 B 0, -0.045, 0.807, 1.658, 1.984 max_d=1.984 avg_d=0.807 std_dev=0.851
OP1 B 0, -0.095, 0.761, 1.617, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.761 std_dev=0.856
C4' A 0, -0.162, 0.742, 1.647, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.742 std_dev=0.904
C3' A 0, -0.180, 0.770, 1.721, 2.109 max_d=2.109 avg_d=0.770 std_dev=0.950
C5' B 0, -0.189, 0.949, 2.086, 2.548 max_d=2.548 avg_d=0.949 std_dev=1.137
O5' B 0, -0.186, 1.054, 2.293, 2.794 max_d=2.794 avg_d=1.054 std_dev=1.240
C5' A 0, -0.221, 1.155, 2.531, 3.089 max_d=3.089 avg_d=1.155 std_dev=1.376
O3' A 0, -0.296, 1.130, 2.557, 3.143 max_d=3.143 avg_d=1.130 std_dev=1.427
O5' A 0, -0.421, 1.668, 3.758, 4.615 max_d=4.615 avg_d=1.668 std_dev=2.090
C4' B 0, -0.474, 1.687, 3.847, 4.737 max_d=4.737 avg_d=1.687 std_dev=2.161
OP2 A 0, -0.331, 1.841, 4.014, 4.893 max_d=4.893 avg_d=1.841 std_dev=2.173
O4' B 0, -0.540, 1.898, 4.335, 5.339 max_d=5.339 avg_d=1.898 std_dev=2.438
P A 0, -0.451, 1.991, 4.433, 5.431 max_d=5.431 avg_d=1.991 std_dev=2.442
C3' B 0, -0.634, 2.168, 4.970, 6.125 max_d=6.125 avg_d=2.168 std_dev=2.802
O3' B 0, -0.694, 2.313, 5.320, 6.559 max_d=6.559 avg_d=2.313 std_dev=3.007
C6 B 0, -0.751, 2.606, 5.963, 7.346 max_d=7.346 avg_d=2.606 std_dev=3.357
OP1 A 0, -0.711, 2.757, 6.225, 7.648 max_d=7.648 avg_d=2.757 std_dev=3.468
C1' B 0, -0.845, 2.726, 6.298, 7.771 max_d=7.771 avg_d=2.726 std_dev=3.571
C2' B 0, -0.888, 2.845, 6.577, 8.118 max_d=8.118 avg_d=2.845 std_dev=3.733
C5 B 0, -0.878, 2.999, 6.875, 8.473 max_d=8.473 avg_d=2.999 std_dev=3.876
N1 B 0, -0.912, 2.976, 6.863, 8.467 max_d=8.467 avg_d=2.976 std_dev=3.888
O2' B 0, -1.077, 3.276, 7.629, 9.427 max_d=9.427 avg_d=3.276 std_dev=4.353
C4 B 0, -1.126, 3.664, 8.455, 10.432 max_d=10.432 avg_d=3.664 std_dev=4.791
C2 B 0, -1.202, 3.750, 8.702, 10.748 max_d=10.748 avg_d=3.750 std_dev=4.952
N3 B 0, -1.267, 3.985, 9.236, 11.405 max_d=11.405 avg_d=3.985 std_dev=5.252
O4 B 0, -1.254, 4.062, 9.378, 11.571 max_d=11.571 avg_d=4.062 std_dev=5.316
O2 B 0, -1.415, 4.275, 9.966, 12.318 max_d=12.318 avg_d=4.275 std_dev=5.691

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.08 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.31 0.16 0.00 0.17 0.00 0.51 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.39 0.25 0.26 0.34 0.68 0.21 0.55
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.18 0.01 0.11 0.09 0.17 0.11 0.26 0.30 0.13 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.25 0.30 0.01 0.15
C3' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 0.05 0.05 0.15 0.11 0.15 0.03 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.34 0.45 0.08 0.21
C4 0.00 0.00 0.18 0.07 0.00 0.15 0.00 0.45 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.11 0.14 0.14 0.35 0.11 0.30
C4' 0.00 0.17 0.01 0.00 0.15 0.00 0.17 0.00 0.19 0.11 0.19 0.15 0.19 0.15 0.11 0.03 0.01 0.00 0.02 0.14 0.29 0.03
C5 0.01 0.00 0.11 0.02 0.00 0.17 0.00 0.51 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.05 0.06 0.10 0.33 0.13 0.28
C5' 0.13 0.51 0.09 0.05 0.45 0.00 0.51 0.00 0.56 0.36 0.57 0.45 0.58 0.46 0.34 0.01 0.03 0.01 0.03 0.28 0.49 0.05
C6 0.01 0.00 0.17 0.05 0.00 0.19 0.00 0.56 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.11 0.12 0.19 0.52 0.14 0.42
C8 0.01 0.00 0.11 0.15 0.00 0.11 0.00 0.36 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.15 0.15 0.31 0.20 0.24 0.19
N1 0.00 0.00 0.26 0.11 0.00 0.19 0.00 0.57 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.20 0.20 0.30 0.69 0.19 0.54
N3 0.01 0.00 0.30 0.15 0.00 0.15 0.00 0.45 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.23 0.25 0.28 0.53 0.18 0.44
N6 0.01 0.00 0.13 0.03 0.00 0.19 0.00 0.58 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.08 0.07 0.16 0.51 0.15 0.40
N7 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.15 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.08 0.19 0.11 0.24 0.12
N9 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.11 0.01 0.34 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.10 0.08 0.09 0.09
O2' 0.00 0.39 0.00 0.01 0.21 0.03 0.14 0.01 0.22 0.08 0.32 0.37 0.18 0.01 0.05 0.00 0.02 0.08 0.13 0.23 0.09 0.08
O3' 0.00 0.25 0.02 0.00 0.11 0.01 0.05 0.03 0.11 0.15 0.20 0.23 0.08 0.10 0.01 0.02 0.00 0.04 0.29 0.53 0.17 0.22
O4' 0.00 0.26 0.02 0.01 0.14 0.00 0.06 0.01 0.12 0.15 0.20 0.25 0.07 0.08 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04
O5' 0.10 0.34 0.25 0.34 0.14 0.02 0.10 0.03 0.19 0.31 0.30 0.28 0.16 0.19 0.10 0.13 0.29 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.08 0.68 0.30 0.45 0.35 0.14 0.33 0.28 0.52 0.20 0.69 0.53 0.51 0.11 0.08 0.23 0.53 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.21 0.01 0.08 0.11 0.29 0.13 0.49 0.14 0.24 0.19 0.18 0.15 0.24 0.09 0.09 0.17 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.55 0.15 0.21 0.30 0.03 0.28 0.05 0.42 0.19 0.54 0.44 0.40 0.12 0.09 0.08 0.22 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.12 0.99 0.86 0.77 0.19 1.05 0.08 0.87 0.17 0.74 0.68 1.45 0.99 0.82 0.03 1.07 0.82 0.29 0.23 0.21
C2 1.75 1.74 1.48 1.23 0.86 1.51 0.47 1.02 0.70 1.39 1.42 2.25 1.62 1.29 0.72 1.58 1.16 0.63 0.05 0.23
C2' 0.59 0.39 0.31 0.23 0.51 0.59 0.77 0.44 0.46 0.16 0.05 0.88 0.51 0.32 0.71 0.60 0.33 0.67 0.82 0.26
C3' 0.97 0.76 0.73 0.64 0.18 0.93 0.44 0.73 0.11 0.52 0.38 1.27 0.97 0.77 0.39 0.92 0.56 0.51 0.66 0.10
C4 1.68 1.67 1.44 1.22 0.77 1.44 0.38 1.01 0.63 1.31 1.34 2.21 1.65 1.35 0.61 1.49 1.06 0.52 0.08 0.22
C4' 1.41 1.23 1.21 1.14 0.41 1.34 0.17 1.15 0.46 1.01 0.90 1.68 1.40 1.24 0.22 1.34 0.97 0.10 0.15 0.33
C5 2.07 2.17 1.84 1.52 1.19 1.66 0.73 1.07 0.96 1.72 1.84 2.78 2.13 1.69 1.04 1.74 1.16 0.60 0.04 0.22
C5' 2.05 1.94 1.88 1.75 1.08 1.87 0.80 1.56 1.08 1.67 1.60 2.42 2.14 1.89 0.90 1.88 1.38 0.14 0.22 0.65
C6 2.31 2.49 2.07 1.68 1.49 1.80 0.97 1.08 1.19 1.99 2.17 3.14 2.38 1.84 1.35 1.91 1.23 0.67 0.14 0.23
C8 1.80 1.84 1.58 1.33 0.89 1.49 0.49 1.03 0.73 1.44 1.51 2.42 1.85 1.50 0.74 1.54 1.05 0.49 0.10 0.22
N1 2.19 2.31 1.92 1.55 1.34 1.74 0.87 1.05 1.09 1.86 1.98 2.90 2.15 1.65 1.20 1.86 1.24 0.69 0.16 0.23
N3 1.46 1.39 1.20 1.02 0.54 1.31 0.20 0.97 0.45 1.08 1.07 1.87 1.33 1.08 0.39 1.35 1.02 0.50 0.10 0.21
N6 2.60 2.93 2.36 1.87 1.88 1.91 1.29 1.08 1.48 2.33 2.62 3.65 2.75 2.04 1.76 2.08 1.26 0.70 0.22 0.23
N7 2.09 2.22 1.88 1.56 1.23 1.66 0.75 1.08 0.99 1.75 1.89 2.85 2.21 1.75 1.08 1.74 1.15 0.57 0.03 0.22
N9 1.52 1.48 1.28 1.10 0.59 1.32 0.24 0.97 0.49 1.14 1.15 2.00 1.48 1.22 0.43 1.36 0.98 0.44 0.15 0.21
O2' 0.04 0.25 0.30 0.31 1.07 0.13 1.26 0.13 0.95 0.42 0.61 0.19 0.18 0.30 1.27 0.14 0.01 0.69 1.03 0.42
O3' 0.63 0.34 0.39 0.35 0.62 0.67 0.83 0.54 0.47 0.15 0.09 0.84 0.64 0.47 0.87 0.65 0.31 0.60 0.93 0.29
O4' 1.57 1.42 1.37 1.31 0.68 1.49 0.44 1.31 0.69 1.21 1.13 1.83 1.48 1.37 0.52 1.49 1.19 0.11 0.16 0.57
O5' 2.50 2.37 2.45 2.29 1.49 2.26 1.20 1.85 1.49 2.11 2.03 2.86 2.76 2.50 1.30 2.24 1.56 0.23 0.33 0.73
OP1 3.36 3.29 3.40 3.14 2.43 2.96 2.12 2.44 2.40 3.00 2.97 3.78 3.79 3.36 2.24 2.99 2.07 0.66 0.83 1.18
OP2 2.74 2.75 2.73 2.43 1.78 2.31 1.38 1.73 1.66 2.37 2.40 3.34 3.17 2.71 1.59 2.33 1.50 0.13 0.23 0.56
P 3.05 3.02 3.04 2.78 2.12 2.66 1.78 2.13 2.05 2.69 2.69 3.54 3.43 3.02 1.94 2.68 1.86 0.38 0.62 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.06 0.09 0.42 0.10
C2 0.01 0.00 0.11 0.20 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.07 0.01 0.05 0.20 0.01 0.30 0.01
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.10 0.16 0.00 0.02 0.06 0.02 0.26 0.09 0.10 0.12
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.34 0.00 0.35 0.01 0.30 0.21 0.27 0.11 0.02 0.00 0.36 0.01 0.38 0.24 0.17 0.29
C4 0.01 0.01 0.05 0.34 0.00 0.16 0.01 0.35 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.29 0.00 0.02 0.70 0.35 0.26 0.51
C4' 0.04 0.01 0.01 0.00 0.16 0.00 0.24 0.00 0.23 0.08 0.06 0.12 0.16 0.03 0.16 0.00 0.04 0.02 0.33 0.08
C5 0.00 0.01 0.01 0.35 0.01 0.24 0.00 0.46 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.34 0.00 0.01 0.93 0.51 0.49 0.74
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.35 0.00 0.46 0.00 0.42 0.19 0.20 0.07 0.15 0.00 0.37 0.01 0.01 0.03 0.20 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.30 0.01 0.23 0.00 0.42 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.27 0.00 0.03 0.83 0.40 0.28 0.60
N1 0.01 0.00 0.03 0.21 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.12 0.00 0.01 0.39 0.10 0.16 0.18
N3 0.01 0.00 0.10 0.27 0.00 0.06 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.18 0.01 0.04 0.40 0.13 0.09 0.20
O2 0.01 0.00 0.16 0.11 0.01 0.12 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.07 0.08 0.20 0.54 0.24
O2' 0.00 0.12 0.00 0.02 0.20 0.16 0.20 0.15 0.17 0.12 0.17 0.07 0.00 0.02 0.21 0.15 0.23 0.22 0.10 0.15
O3' 0.08 0.07 0.02 0.00 0.29 0.03 0.34 0.00 0.27 0.12 0.18 0.06 0.02 0.00 0.32 0.04 0.29 0.40 0.29 0.33
O4 0.01 0.01 0.06 0.36 0.00 0.16 0.00 0.37 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.32 0.00 0.02 0.74 0.41 0.36 0.58
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.15 0.04 0.02 0.00 0.11 0.24 0.68 0.28
O5' 0.06 0.20 0.26 0.38 0.70 0.04 0.93 0.01 0.83 0.39 0.40 0.08 0.23 0.29 0.74 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.09 0.01 0.09 0.24 0.35 0.02 0.51 0.03 0.40 0.10 0.13 0.20 0.22 0.40 0.41 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.30 0.10 0.17 0.26 0.33 0.49 0.20 0.28 0.16 0.09 0.54 0.10 0.29 0.36 0.68 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.01 0.12 0.29 0.51 0.08 0.74 0.00 0.60 0.18 0.20 0.24 0.15 0.33 0.58 0.28 0.00 0.00 0.01 0.00