ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53015

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
OP1 B 0, 0.000, 0.101, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.101 std_dev=0.101
O3' A 0, 0.000, 0.122, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C2' A 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
P B 0, 0.000, 0.148, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C3' A 0, 0.000, 0.161, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.161 std_dev=0.161
O5' B 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
OP2 B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
O3' B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C3' B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
C5' B 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
O4' A 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
O4 B 0, 0.000, 0.196, 0.391, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C5 B 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C4 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C6 B 0, 0.000, 0.206, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C4' A 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
C4' B 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
N1 B 0, 0.000, 0.221, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.221 std_dev=0.221
N3 B 0, 0.000, 0.225, 0.450, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.225 std_dev=0.225
C2' B 0, 0.000, 0.230, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.230 std_dev=0.230
O2' A 0, 0.000, 0.230, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.230 std_dev=0.230
C2 B 0, 0.000, 0.240, 0.480, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C1' B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
O4' B 0, 0.000, 0.252, 0.505, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.252 std_dev=0.252
O2' B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
O2 B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C5' A 0, 0.000, 0.380, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.380 std_dev=0.380
O5' A 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
P A 0, 0.000, 0.440, 0.881, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.440 std_dev=0.440
OP2 A 0, 0.000, 0.483, 0.965, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.483 std_dev=0.483
OP1 A 0, 0.000, 0.551, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.551 std_dev=0.551

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.06 0.08 0.08 0.05 0.09 0.04
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.00 0.04 0.07 0.06 0.03
C5' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.07 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.05 0.07 0.08 0.04
C8 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.07 0.03 0.02
N1 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.08 0.07 0.05 0.07 0.03
N6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.07 0.01 0.02 0.06 0.06 0.02
N7 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.08 0.05 0.03
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.10 0.10 0.09 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.06
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03
O5' 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.07 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.05 0.04 0.00 0.05 0.03 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.08 0.03 0.10 0.07 0.06 0.05 0.03 0.00 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.06 0.06 0.09 0.06 0.13 0.11
C2 0.02 0.03 0.02 0.01 0.07 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.09 0.03 0.06 0.02 0.07 0.08
C2' 0.04 0.09 0.05 0.05 0.12 0.02 0.09 0.01 0.07 0.07 0.11 0.10 0.04 0.06 0.15 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04
C3' 0.02 0.08 0.03 0.03 0.11 0.00 0.08 0.01 0.06 0.06 0.10 0.09 0.03 0.04 0.14 0.01 0.04 0.04 0.08 0.06
C4 0.02 0.04 0.01 0.00 0.07 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.09 0.04 0.06 0.02 0.08 0.08
C4' 0.08 0.01 0.07 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.03 0.04 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05 0.10 0.14 0.13 0.17 0.16
C5 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.08 0.04 0.06 0.01 0.07 0.07
C5' 0.10 0.02 0.10 0.10 0.02 0.13 0.01 0.13 0.04 0.05 0.01 0.03 0.11 0.10 0.06 0.12 0.17 0.18 0.19 0.19
C6 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.06 0.07 0.02 0.06 0.07
C8 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.04 0.06 0.02 0.09 0.08
N1 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.05 0.07 0.01 0.06 0.07
N3 0.01 0.05 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.00 0.02 0.10 0.03 0.06 0.02 0.09 0.08
N6 0.08 0.03 0.08 0.06 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.09 0.06 0.04 0.09 0.10 0.03 0.07 0.09
N7 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.07 0.05 0.06 0.01 0.08 0.07
N9 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.08 0.04 0.07 0.03 0.10 0.09
O2' 0.11 0.16 0.12 0.13 0.17 0.09 0.15 0.08 0.14 0.14 0.17 0.16 0.12 0.14 0.20 0.08 0.06 0.09 0.04 0.05
O3' 0.05 0.10 0.07 0.07 0.11 0.04 0.09 0.03 0.07 0.08 0.12 0.11 0.07 0.09 0.14 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02
O4' 0.12 0.06 0.11 0.11 0.03 0.14 0.05 0.14 0.08 0.08 0.04 0.06 0.11 0.10 0.00 0.14 0.17 0.16 0.21 0.19
O5' 0.06 0.02 0.05 0.06 0.06 0.09 0.03 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.11 0.09 0.14 0.15 0.16 0.16
OP1 0.04 0.13 0.06 0.05 0.18 0.00 0.13 0.02 0.09 0.09 0.17 0.13 0.04 0.06 0.22 0.00 0.07 0.10 0.10 0.11
OP2 0.05 0.03 0.04 0.04 0.08 0.08 0.05 0.09 0.01 0.00 0.07 0.03 0.06 0.04 0.12 0.08 0.14 0.17 0.17 0.18
P 0.01 0.09 0.02 0.01 0.13 0.03 0.10 0.04 0.06 0.06 0.12 0.09 0.00 0.02 0.18 0.03 0.09 0.11 0.12 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.07 0.10 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.09 0.12 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.12 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C6 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.08 0.10 0.09
N1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.06 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.08 0.12 0.09
O2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.07 0.07 0.11 0.09
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
O4 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.10 0.14 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04
O5' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.07 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.07 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.08 0.06 0.08 0.07 0.01 0.02 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.10 0.04 0.03 0.12 0.01 0.12 0.00 0.10 0.09 0.12 0.11 0.03 0.01 0.14 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.03 0.02 0.10 0.01 0.09 0.01 0.09 0.07 0.09 0.09 0.02 0.00 0.11 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00