ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53017

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C3' A 0, 0.000, 0.065, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
O3' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.000, 0.073, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.000, 0.074, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
O5' A 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O2' A 0, 0.000, 0.150, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C5' A 0, 0.000, 0.156, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.156 std_dev=0.156
OP2 A 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
P A 0, 0.000, 0.277, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.277 std_dev=0.277
OP1 B 0, 0.000, 0.363, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.363 std_dev=0.363
P B 0, 0.000, 0.376, 0.751, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.376 std_dev=0.376
OP2 B 0, 0.000, 0.401, 0.802, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.401
OP1 A 0, 0.000, 0.407, 0.813, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.407 std_dev=0.407
O5' B 0, 0.000, 0.446, 0.893, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.446 std_dev=0.446
C5' B 0, 0.000, 0.478, 0.956, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.478 std_dev=0.478
C4' B 0, 0.000, 0.606, 1.212, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.606 std_dev=0.606
C3' B 0, 0.000, 0.636, 1.273, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.636 std_dev=0.636
O3' B 0, 0.000, 0.642, 1.285, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.642 std_dev=0.642
O4' B 0, 0.000, 0.675, 1.350, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.675 std_dev=0.675
O4 B 0, 0.000, 0.680, 1.359, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.680 std_dev=0.680
C2 B 0, 0.000, 0.681, 1.361, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.681 std_dev=0.681
C1' B 0, 0.000, 0.683, 1.366, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.683 std_dev=0.683
N3 B 0, 0.000, 0.684, 1.369, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.684 std_dev=0.684
C4 B 0, 0.000, 0.689, 1.378, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.689 std_dev=0.689
N1 B 0, 0.000, 0.690, 1.380, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.690 std_dev=0.690
C5 B 0, 0.000, 0.708, 1.416, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.708 std_dev=0.708
O2 B 0, 0.000, 0.709, 1.418, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.709 std_dev=0.709
C6 B 0, 0.000, 0.710, 1.420, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.710 std_dev=0.710
C2' B 0, 0.000, 0.711, 1.423, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.711 std_dev=0.711
O2' B 0, 0.000, 0.764, 1.527, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.764 std_dev=0.764

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01
N1 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
N6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.17 0.03 0.14 0.01 0.07 0.04 0.13 0.09 0.02 0.00 0.23 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01
C2 0.03 0.10 0.02 0.01 0.21 0.05 0.20 0.04 0.12 0.06 0.15 0.10 0.03 0.01 0.27 0.06 0.01 0.10 0.05 0.00
C2' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.17 0.03 0.14 0.01 0.08 0.04 0.13 0.08 0.02 0.01 0.22 0.03 0.03 0.08 0.00 0.01
C3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.17 0.03 0.14 0.01 0.07 0.03 0.13 0.08 0.02 0.01 0.23 0.03 0.05 0.07 0.00 0.00
C4 0.03 0.09 0.02 0.01 0.18 0.03 0.16 0.02 0.09 0.04 0.14 0.09 0.02 0.00 0.24 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01
C4' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.17 0.03 0.14 0.01 0.06 0.03 0.14 0.08 0.03 0.01 0.24 0.04 0.05 0.07 0.01 0.00
C5 0.02 0.09 0.01 0.00 0.17 0.02 0.15 0.01 0.09 0.05 0.13 0.09 0.01 0.01 0.23 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01
C5' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.17 0.03 0.13 0.01 0.06 0.03 0.14 0.08 0.03 0.01 0.24 0.04 0.05 0.07 0.01 0.00
C6 0.02 0.09 0.01 0.00 0.18 0.03 0.16 0.02 0.10 0.05 0.13 0.09 0.01 0.01 0.24 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01
C8 0.02 0.09 0.01 0.01 0.17 0.01 0.14 0.00 0.08 0.04 0.13 0.09 0.00 0.02 0.22 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00
N1 0.02 0.10 0.01 0.01 0.20 0.04 0.18 0.03 0.11 0.06 0.14 0.09 0.02 0.00 0.26 0.06 0.03 0.10 0.04 0.01
N3 0.03 0.10 0.02 0.01 0.20 0.04 0.19 0.03 0.11 0.05 0.15 0.09 0.03 0.01 0.26 0.05 0.02 0.08 0.04 0.00
N6 0.02 0.09 0.01 0.00 0.17 0.02 0.15 0.02 0.09 0.05 0.12 0.09 0.01 0.01 0.22 0.05 0.04 0.08 0.01 0.02
N7 0.01 0.09 0.00 0.01 0.17 0.01 0.15 0.00 0.08 0.05 0.13 0.09 0.00 0.02 0.23 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01
N9 0.02 0.09 0.01 0.00 0.17 0.02 0.15 0.01 0.08 0.04 0.13 0.09 0.02 0.00 0.23 0.04 0.02 0.08 0.00 0.01
O2' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.16 0.03 0.14 0.02 0.08 0.03 0.12 0.07 0.03 0.01 0.21 0.03 0.02 0.08 0.00 0.01
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.17 0.03 0.13 0.01 0.07 0.03 0.13 0.09 0.02 0.01 0.22 0.02 0.06 0.07 0.00 0.01
O4' 0.03 0.09 0.02 0.00 0.18 0.03 0.14 0.01 0.07 0.04 0.14 0.09 0.02 0.00 0.24 0.04 0.05 0.07 0.01 0.00
O5' 0.04 0.07 0.03 0.02 0.16 0.04 0.11 0.01 0.04 0.01 0.12 0.07 0.04 0.01 0.22 0.05 0.05 0.07 0.00 0.00
OP1 0.01 0.12 0.00 0.01 0.21 0.01 0.16 0.01 0.08 0.05 0.18 0.11 0.01 0.02 0.28 0.02 0.08 0.06 0.04 0.02
OP2 0.03 0.09 0.02 0.01 0.17 0.03 0.12 0.00 0.05 0.02 0.14 0.08 0.03 0.00 0.23 0.04 0.07 0.06 0.01 0.01
P 0.03 0.09 0.02 0.01 0.17 0.03 0.13 0.01 0.05 0.02 0.14 0.08 0.03 0.01 0.24 0.04 0.06 0.07 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.00
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.15 0.13 0.09 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.19 0.18 0.15 0.16
C4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.20 0.19 0.15 0.17
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.09 0.09 0.01 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.17 0.16 0.08 0.12
N1 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.12 0.11 0.05 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.17 0.15 0.12 0.13
O2 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.09 0.04 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.15 0.14 0.09 0.10
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.09 0.02 0.02
O4 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.02 0.21 0.21 0.19 0.20
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.04
O5' 0.05 0.15 0.01 0.01 0.19 0.01 0.20 0.01 0.17 0.12 0.17 0.15 0.01 0.03 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.13 0.07 0.08 0.18 0.05 0.19 0.05 0.16 0.11 0.15 0.14 0.07 0.09 0.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.09 0.01 0.00 0.15 0.02 0.15 0.01 0.08 0.05 0.12 0.09 0.00 0.02 0.19 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.00 0.10 0.00 0.01 0.16 0.01 0.17 0.00 0.12 0.07 0.13 0.10 0.00 0.02 0.20 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00