ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53019

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
P B 0, 0.000, 0.353, 0.706, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.353 std_dev=0.353
OP1 B 0, 0.000, 0.631, 1.263, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.631 std_dev=0.631
OP2 B 0, 0.000, 1.103, 2.206, 2.206 max_d=2.206 avg_d=1.103 std_dev=1.103
O4' A 0, 0.000, 1.320, 2.639, 2.639 max_d=2.639 avg_d=1.320 std_dev=1.320
O5' B 0, 0.000, 1.329, 2.657, 2.657 max_d=2.657 avg_d=1.329 std_dev=1.329
C2' A 0, 0.000, 1.342, 2.684, 2.684 max_d=2.684 avg_d=1.342 std_dev=1.342
O3' A 0, 0.000, 1.422, 2.845, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.422 std_dev=1.422
C3' A 0, 0.000, 1.624, 3.248, 3.248 max_d=3.248 avg_d=1.624 std_dev=1.624
C5 B 0, 0.000, 1.682, 3.363, 3.363 max_d=3.363 avg_d=1.682 std_dev=1.682
C4' A 0, 0.000, 1.735, 3.471, 3.471 max_d=3.471 avg_d=1.735 std_dev=1.735
C5' B 0, 0.000, 1.919, 3.837, 3.837 max_d=3.837 avg_d=1.919 std_dev=1.919
C6 B 0, 0.000, 1.921, 3.842, 3.842 max_d=3.842 avg_d=1.921 std_dev=1.921
O2' A 0, 0.000, 2.021, 4.042, 4.042 max_d=4.042 avg_d=2.021 std_dev=2.021
C4 B 0, 0.000, 2.552, 5.104, 5.104 max_d=5.104 avg_d=2.552 std_dev=2.552
N1 B 0, 0.000, 2.902, 5.804, 5.804 max_d=5.804 avg_d=2.902 std_dev=2.902
O4 B 0, 0.000, 2.917, 5.833, 5.833 max_d=5.833 avg_d=2.917 std_dev=2.917
C4' B 0, 0.000, 3.106, 6.213, 6.213 max_d=6.213 avg_d=3.106 std_dev=3.106
C5' A 0, 0.000, 3.222, 6.444, 6.444 max_d=6.444 avg_d=3.222 std_dev=3.222
N3 B 0, 0.000, 3.280, 6.559, 6.559 max_d=6.559 avg_d=3.280 std_dev=3.280
C3' B 0, 0.000, 3.413, 6.826, 6.826 max_d=6.826 avg_d=3.413 std_dev=3.413
C2' B 0, 0.000, 3.440, 6.881, 6.881 max_d=6.881 avg_d=3.440 std_dev=3.440
O4' B 0, 0.000, 3.448, 6.897, 6.897 max_d=6.897 avg_d=3.448 std_dev=3.448
C2 B 0, 0.000, 3.498, 6.997, 6.997 max_d=6.997 avg_d=3.498 std_dev=3.498
C1' B 0, 0.000, 3.556, 7.112, 7.112 max_d=7.112 avg_d=3.556 std_dev=3.556
O5' A 0, 0.000, 3.895, 7.790, 7.790 max_d=7.790 avg_d=3.895 std_dev=3.895
O2 B 0, 0.000, 4.354, 8.708, 8.708 max_d=8.708 avg_d=4.354 std_dev=4.354
O2' B 0, 0.000, 4.578, 9.155, 9.155 max_d=9.155 avg_d=4.578 std_dev=4.578
O3' B 0, 0.000, 4.643, 9.286, 9.286 max_d=9.286 avg_d=4.643 std_dev=4.643
OP1 A 0, 0.000, 4.942, 9.885, 9.885 max_d=9.885 avg_d=4.942 std_dev=4.942
P A 0, 0.000, 5.080, 10.160, 10.160 max_d=10.160 avg_d=5.080 std_dev=5.080
OP2 A 0, 0.000, 5.573, 11.147, 11.147 max_d=11.147 avg_d=5.573 std_dev=5.573

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.48 0.12 0.51 0.30
C2 0.03 0.00 0.28 0.71 0.00 0.67 0.00 1.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.25 0.22 0.28 0.64 1.17 0.18 0.72
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.03 0.06 0.19 0.12 0.16 0.21 0.28 0.08 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.60 0.35 0.72 0.55
C3' 0.03 0.71 0.00 0.00 0.40 0.00 0.29 0.00 0.42 0.11 0.60 0.66 0.36 0.03 0.11 0.01 0.01 0.00 0.11 0.12 0.11 0.10
C4 0.02 0.00 0.15 0.40 0.00 0.34 0.00 0.53 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.01 0.14 0.13 0.49 0.55 0.06
C4' 0.00 0.67 0.03 0.00 0.34 0.00 0.19 0.00 0.32 0.21 0.52 0.64 0.24 0.09 0.06 0.13 0.01 0.01 0.01 0.23 0.15 0.12
C5 0.02 0.00 0.06 0.29 0.00 0.19 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.03 0.04 0.46 0.18 1.06 0.46
C5' 0.04 1.17 0.19 0.00 0.53 0.00 0.29 0.00 0.55 0.40 0.93 1.07 0.42 0.20 0.04 0.05 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.03 0.00 0.12 0.42 0.01 0.32 0.00 0.55 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.29 0.06 0.10 0.17 0.45 0.82 0.18
C8 0.01 0.01 0.16 0.11 0.01 0.21 0.01 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.25 0.16 1.20 0.52 1.69 1.18
N1 0.04 0.00 0.21 0.60 0.01 0.52 0.00 0.93 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.17 0.20 0.32 0.90 0.25 0.36
N3 0.03 0.00 0.28 0.66 0.01 0.64 0.00 1.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.16 0.29 0.52 1.04 0.14 0.60
N6 0.02 0.01 0.08 0.36 0.01 0.24 0.00 0.42 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.05 0.06 0.35 0.26 1.12 0.41
N7 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.16 0.10 1.03 0.39 1.72 1.09
N9 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.18 0.16 0.00 0.61 0.05 0.91 0.51
O2' 0.02 0.25 0.01 0.01 0.23 0.13 0.27 0.05 0.29 0.20 0.28 0.21 0.30 0.24 0.18 0.00 0.02 0.09 0.39 0.16 0.47 0.33
O3' 0.28 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.14 0.06 0.25 0.17 0.16 0.05 0.16 0.16 0.02 0.00 0.20 0.28 0.17 0.44 0.32
O4' 0.01 0.28 0.02 0.00 0.14 0.01 0.04 0.01 0.10 0.16 0.20 0.29 0.06 0.10 0.00 0.09 0.20 0.00 0.30 0.39 0.17 0.05
O5' 0.48 0.64 0.60 0.11 0.13 0.01 0.46 0.00 0.17 1.20 0.32 0.52 0.35 1.03 0.61 0.39 0.28 0.30 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.12 1.17 0.35 0.12 0.49 0.23 0.18 0.01 0.45 0.52 0.90 1.04 0.26 0.39 0.05 0.16 0.17 0.39 0.03 0.00 0.00 0.01
OP2 0.51 0.18 0.72 0.11 0.55 0.15 1.06 0.01 0.82 1.69 0.25 0.14 1.12 1.72 0.91 0.47 0.44 0.17 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.30 0.72 0.55 0.10 0.06 0.12 0.46 0.00 0.18 1.18 0.36 0.60 0.41 1.09 0.51 0.33 0.32 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.94 0.31 0.72 1.23 0.12 0.92 0.33 0.62 0.67 1.18 0.96 0.36 1.20 1.44 0.73 0.21 0.22 0.01 0.23
C2 1.28 1.12 0.70 0.29 0.75 1.02 0.77 0.85 1.00 1.17 0.94 1.19 0.74 0.09 0.55 1.61 0.65 0.01 0.46 0.20
C2' 0.43 1.12 0.25 0.79 1.59 0.03 1.24 0.16 0.82 0.80 1.46 1.09 0.29 1.37 1.93 0.64 0.01 0.62 0.14 0.05
C3' 0.37 0.33 1.04 1.61 0.91 0.85 0.59 0.61 0.13 0.04 0.72 0.27 1.13 2.26 1.29 0.16 0.70 1.25 0.66 0.65
C4 1.06 1.35 0.40 0.05 1.26 0.71 1.04 0.67 1.00 1.17 1.38 1.41 0.46 0.33 1.22 1.34 0.45 0.11 0.27 0.20
C4' 0.97 0.23 1.73 2.20 0.32 1.35 0.06 1.07 0.53 0.57 0.16 0.26 1.83 2.78 0.72 0.68 1.08 1.42 0.99 0.94
C5 1.45 1.76 0.79 0.34 1.45 1.03 1.13 0.86 1.19 1.51 1.73 1.89 0.94 0.19 1.33 1.67 0.56 0.05 0.38 0.18
C5' 1.74 0.89 2.49 3.07 0.23 2.26 0.68 2.05 1.23 1.29 0.42 0.92 2.51 3.59 0.27 1.53 2.07 2.40 1.94 1.93
C6 1.80 1.88 1.16 0.73 1.24 1.35 1.03 1.03 1.30 1.72 1.66 2.06 1.35 0.69 0.95 1.98 0.69 0.04 0.50 0.18
C8 1.04 1.59 0.35 0.08 1.62 0.66 1.15 0.66 0.99 1.23 1.77 1.70 0.47 0.35 1.77 1.29 0.40 0.13 0.21 0.20
N1 1.72 1.53 1.13 0.73 0.88 1.38 0.84 1.04 1.19 1.54 1.22 1.68 1.24 0.67 0.57 1.99 0.75 0.06 0.56 0.17
N3 0.91 1.02 0.30 0.15 0.91 0.63 0.84 0.62 0.87 0.96 0.99 1.05 0.30 0.47 0.84 1.24 0.45 0.12 0.28 0.20
N6 2.09 2.17 1.47 1.06 1.26 1.59 1.00 1.15 1.36 1.93 1.85 2.48 1.75 1.15 0.90 2.18 0.76 0.10 0.54 0.17
N7 1.38 1.87 0.71 0.27 1.67 0.94 1.18 0.81 1.15 1.50 1.95 2.03 0.90 0.11 1.68 1.57 0.50 0.07 0.32 0.18
N9 0.82 1.29 0.13 0.31 1.40 0.48 1.07 0.55 0.87 1.02 1.45 1.34 0.17 0.66 1.52 1.11 0.35 0.16 0.14 0.21
O2' 0.97 1.67 0.32 0.20 2.18 0.54 1.88 0.80 1.43 1.37 2.01 1.62 0.23 0.86 2.48 1.18 0.61 0.03 0.61 0.60
O3' 0.11 0.55 0.78 1.32 1.15 0.55 0.93 0.24 0.47 0.31 0.92 0.45 0.98 2.08 1.49 0.12 0.25 0.79 0.03 0.13
O4' 0.49 0.12 1.25 1.62 0.45 0.73 0.08 0.48 0.27 0.21 0.40 0.14 1.31 2.06 0.75 0.12 0.52 0.79 0.60 0.40
O5' 1.63 0.55 2.44 3.09 0.28 2.34 0.24 2.13 0.91 1.03 0.03 0.61 2.53 3.74 0.87 1.52 2.07 2.53 1.82 1.95
OP1 2.95 1.76 3.80 4.14 0.87 3.33 1.48 2.92 2.24 2.33 1.11 1.78 3.85 4.54 0.18 2.70 2.83 2.88 2.34 2.48
OP2 1.85 0.41 2.74 3.25 0.58 2.63 0.09 2.31 0.89 1.04 0.33 0.49 3.02 3.92 1.31 1.81 2.11 2.54 1.68 1.93
P 2.39 1.11 3.27 3.81 0.17 3.06 0.77 2.74 1.54 1.68 0.43 1.17 3.40 4.44 0.51 2.27 2.58 2.85 2.14 2.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.29 0.04 0.00 0.09 0.13 0.07 0.05
C2 0.03 0.00 0.15 0.11 0.01 0.22 0.01 0.37 0.01 0.02 0.00 0.01 0.50 0.27 0.01 0.22 0.57 0.54 0.51 0.56
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.19 0.09 0.02 0.12 0.24 0.01 0.02 0.05 0.02 0.14 0.27 0.12 0.10
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.28 0.00 0.32 0.02 0.29 0.17 0.19 0.02 0.00 0.00 0.30 0.00 0.39 0.53 0.21 0.41
C4 0.03 0.01 0.05 0.28 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.39 0.08 0.00 0.02 0.48 0.47 0.53 0.45
C4' 0.01 0.22 0.02 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.21 0.29 0.21 0.02 0.13 0.00 0.00 0.12 0.18 0.03
C5 0.03 0.01 0.05 0.32 0.00 0.01 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.24 0.00 0.19 0.21 0.21 0.16 0.12
C5' 0.04 0.37 0.19 0.02 0.15 0.01 0.13 0.00 0.22 0.07 0.36 0.54 0.02 0.17 0.19 0.00 0.01 0.13 0.34 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.29 0.01 0.07 0.01 0.22 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.20 0.01 0.24 0.09 0.10 0.04 0.01
N1 0.01 0.02 0.02 0.17 0.02 0.08 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.03 0.23 0.09 0.02 0.00 0.30 0.29 0.17 0.23
N3 0.03 0.00 0.12 0.19 0.01 0.21 0.00 0.36 0.01 0.02 0.00 0.00 0.51 0.13 0.01 0.14 0.62 0.61 0.65 0.63
O2 0.05 0.01 0.24 0.02 0.01 0.29 0.01 0.54 0.02 0.03 0.00 0.00 0.62 0.52 0.01 0.38 0.65 0.63 0.60 0.68
O2' 0.01 0.50 0.01 0.00 0.39 0.21 0.19 0.02 0.08 0.23 0.51 0.62 0.00 0.02 0.42 0.17 0.25 0.46 0.07 0.22
O3' 0.29 0.27 0.02 0.00 0.08 0.02 0.24 0.17 0.20 0.09 0.13 0.52 0.02 0.00 0.11 0.20 0.47 0.86 0.50 0.64
O4 0.04 0.01 0.05 0.30 0.00 0.13 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.42 0.11 0.00 0.02 0.52 0.53 0.64 0.52
O4' 0.00 0.22 0.02 0.00 0.02 0.00 0.19 0.00 0.24 0.00 0.14 0.38 0.17 0.20 0.02 0.00 0.11 0.05 0.25 0.12
O5' 0.09 0.57 0.14 0.39 0.48 0.00 0.21 0.01 0.09 0.30 0.62 0.65 0.25 0.47 0.52 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.13 0.54 0.27 0.53 0.47 0.12 0.21 0.13 0.10 0.29 0.61 0.63 0.46 0.86 0.53 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00
OP2 0.07 0.51 0.12 0.21 0.53 0.18 0.16 0.34 0.04 0.17 0.65 0.60 0.07 0.50 0.64 0.25 0.00 0.04 0.00 0.00
P 0.05 0.56 0.10 0.41 0.45 0.03 0.12 0.01 0.01 0.23 0.63 0.68 0.22 0.64 0.52 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00