ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53024

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 6, 12, 20, 13, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.006 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.181, 0.256, 0.331, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.256 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.175, 0.250, 0.326, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.250 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.190, 0.273, 0.357, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.273 std_dev=0.083
C6 B 0, 0.182, 0.275, 0.367, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.275 std_dev=0.092
C4' A 0, 0.273, 0.388, 0.503, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.388 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.289, 0.408, 0.528, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.408 std_dev=0.119
C4 B 0, 0.308, 0.430, 0.552, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.430 std_dev=0.122
OP1 B 0, 0.320, 0.449, 0.579, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.449 std_dev=0.130
O5' B 0, 0.283, 0.417, 0.551, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.417 std_dev=0.134
P B 0, 0.250, 0.389, 0.528, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.389 std_dev=0.139
C5' B 0, 0.346, 0.488, 0.630, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.488 std_dev=0.142
OP2 B 0, 0.338, 0.482, 0.626, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.482 std_dev=0.144
OP2 A 0, 0.158, 0.313, 0.468, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.313 std_dev=0.155
P A 0, 0.184, 0.347, 0.510, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.347 std_dev=0.163
O5' A 0, 0.242, 0.407, 0.572, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.407 std_dev=0.165
OP1 A 0, 0.187, 0.356, 0.525, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.356 std_dev=0.169
C4' B 0, 0.273, 0.444, 0.614, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.444 std_dev=0.170
O3' A 0, 0.415, 0.585, 0.756, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.585 std_dev=0.171
O4' B 0, 0.312, 0.488, 0.664, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.488 std_dev=0.176
C3' B 0, 0.327, 0.504, 0.681, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.504 std_dev=0.177
N6 B 0, 0.823, 1.003, 1.184, 1.581 max_d=1.581 avg_d=1.003 std_dev=0.180
C5' A 0, 0.416, 0.597, 0.778, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.597 std_dev=0.181
C5 B 0, 0.977, 1.159, 1.341, 1.592 max_d=1.592 avg_d=1.159 std_dev=0.182
C2' B 0, 0.466, 0.650, 0.835, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.650 std_dev=0.185
C1' B 0, 0.590, 0.777, 0.964, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.777 std_dev=0.187
O3' B 0, 0.286, 0.482, 0.679, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.482 std_dev=0.196
O2' B 0, 0.368, 0.584, 0.799, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.584 std_dev=0.215
N9 B 0, 1.176, 1.397, 1.619, 1.850 max_d=1.850 avg_d=1.397 std_dev=0.222
N1 B 0, 2.458, 2.849, 3.239, 3.067 max_d=3.067 avg_d=2.849 std_dev=0.391
N3 B 0, 2.591, 3.001, 3.411, 3.422 max_d=3.422 avg_d=3.001 std_dev=0.410
N7 B 0, 3.286, 3.799, 4.312, 4.257 max_d=4.257 avg_d=3.799 std_dev=0.513
C8 B 0, 3.317, 3.838, 4.358, 4.277 max_d=4.277 avg_d=3.838 std_dev=0.520
C2 B 0, 3.498, 4.041, 4.585, 4.373 max_d=4.373 avg_d=4.041 std_dev=0.543

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.10 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.08 0.09 0.13 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.09 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.08 0.08 0.12 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.09 0.09 0.13 0.10
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.10 0.14 0.10
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.09 0.12 0.09
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.09 0.09 0.14 0.10
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.07 0.08 0.12 0.09
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.09 0.11 0.14 0.10
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.10 0.14 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.11 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.09 0.06
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.08 0.09 0.09 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.07 0.08 0.07
O5' 0.05 0.08 0.04 0.06 0.08 0.02 0.09 0.01 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.05 0.08 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.05 0.06 0.08 0.05 0.09 0.05 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.08 0.06 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.13 0.09 0.08 0.12 0.05 0.13 0.02 0.14 0.12 0.14 0.12 0.14 0.14 0.11 0.09 0.09 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.06 0.06 0.09 0.03 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.06 0.08 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.11 0.12 0.10 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.08 0.15 0.09 0.09 0.14 0.08 0.10 0.08
C2 0.11 0.12 0.14 0.12 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.12 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.15 0.11 0.11 0.09 0.11 0.09 0.09
C2' 0.08 0.11 0.11 0.09 0.07 0.09 0.08 0.12 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.08 0.15 0.09 0.09 0.16 0.07 0.11 0.09
C3' 0.09 0.11 0.11 0.10 0.08 0.10 0.08 0.13 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.08 0.16 0.10 0.09 0.17 0.07 0.12 0.09
C4 0.10 0.12 0.12 0.11 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.15 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08
C4' 0.08 0.11 0.11 0.09 0.07 0.09 0.06 0.11 0.07 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.07 0.15 0.09 0.09 0.15 0.09 0.11 0.09
C5 0.10 0.12 0.13 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.14 0.11 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09
C5' 0.08 0.11 0.10 0.10 0.07 0.09 0.06 0.11 0.07 0.07 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.14 0.09 0.09 0.15 0.09 0.11 0.09
C6 0.12 0.12 0.13 0.12 0.09 0.11 0.08 0.11 0.07 0.12 0.09 0.11 0.09 0.12 0.11 0.14 0.12 0.12 0.09 0.14 0.10 0.10
C8 0.10 0.13 0.13 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.16 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.08
N1 0.12 0.11 0.14 0.13 0.08 0.12 0.08 0.12 0.07 0.13 0.09 0.11 0.10 0.12 0.11 0.14 0.12 0.12 0.09 0.14 0.11 0.11
N3 0.10 0.12 0.13 0.11 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.15 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08
N6 0.13 0.12 0.14 0.13 0.11 0.13 0.10 0.12 0.09 0.14 0.11 0.12 0.11 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.10 0.16 0.11 0.11
N7 0.11 0.14 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.15 0.11 0.11 0.10 0.12 0.09 0.09
N9 0.10 0.12 0.13 0.11 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.16 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.08
O2' 0.10 0.12 0.13 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.18 0.11 0.11 0.17 0.08 0.12 0.10
O3' 0.12 0.13 0.14 0.13 0.11 0.13 0.10 0.15 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.18 0.13 0.12 0.19 0.08 0.14 0.11
O4' 0.09 0.11 0.12 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.15 0.10 0.10 0.14 0.11 0.11 0.10
O5' 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.10 0.07 0.12 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.13 0.09 0.10 0.15 0.09 0.10 0.09
OP1 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.14 0.10 0.11 0.15 0.08 0.10 0.09
OP2 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.12 0.15 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.15 0.17 0.12 0.13 0.12
P 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.09 0.13 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.13 0.10 0.11 0.15 0.08 0.10 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.10 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.05 0.07 0.19 0.15 0.14 0.14
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.04 0.13 0.12 0.10 0.09
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.06 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.13 0.14 0.10 0.10
C5' 0.02 0.13 0.04 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.05 0.11 0.12 0.08 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.03 0.15 0.15 0.11 0.12
C8 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.10 0.15 0.10 0.10
N1 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.04 0.05 0.18 0.14 0.13 0.13
N3 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.04 0.07 0.18 0.14 0.13 0.12
N6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.15 0.17 0.12 0.13
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.12 0.17 0.11 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.12 0.08 0.07
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.08 0.06 0.11 0.12 0.08 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.07 0.04
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.04 0.02 0.10 0.10 0.05
O4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.10 0.08 0.05
O5' 0.05 0.19 0.05 0.01 0.13 0.01 0.13 0.01 0.15 0.10 0.18 0.18 0.15 0.12 0.09 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.10 0.15 0.07 0.07 0.12 0.08 0.14 0.02 0.15 0.15 0.14 0.14 0.17 0.17 0.12 0.07 0.10 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.14 0.07 0.07 0.10 0.08 0.10 0.04 0.11 0.10 0.13 0.13 0.12 0.11 0.08 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.14 0.04 0.03 0.09 0.04 0.10 0.01 0.12 0.10 0.13 0.12 0.13 0.12 0.07 0.04 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00