ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53025

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 2, 5, 2, 5, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.023, 0.077, 0.130, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.077 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.010, 0.064, 0.118, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.064 std_dev=0.054
O2' A 0, 0.053, 0.116, 0.178, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.116 std_dev=0.062
O5' A 0, 0.077, 0.167, 0.257, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.167 std_dev=0.090
P A 0, 0.082, 0.177, 0.271, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.177 std_dev=0.094
C4' A 0, 0.021, 0.118, 0.216, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.118 std_dev=0.097
OP1 A 0, 0.089, 0.191, 0.293, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.191 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.013, 0.115, 0.217, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.115 std_dev=0.102
C5 B 0, 0.121, 0.227, 0.332, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.227 std_dev=0.106
OP2 A 0, 0.113, 0.227, 0.340, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.227 std_dev=0.113
C5' A 0, 0.053, 0.180, 0.308, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.180 std_dev=0.127
P B 0, 0.115, 0.249, 0.382, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.249 std_dev=0.134
N6 B 0, 0.139, 0.274, 0.410, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.274 std_dev=0.136
O3' A 0, 0.022, 0.165, 0.309, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.165 std_dev=0.143
C1' B 0, 0.115, 0.270, 0.424, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.270 std_dev=0.155
C5' B 0, 0.138, 0.301, 0.463, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.301 std_dev=0.163
C2' B 0, 0.107, 0.273, 0.439, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.273 std_dev=0.166
N9 B 0, 0.106, 0.277, 0.448, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.277 std_dev=0.171
C4' B 0, 0.136, 0.309, 0.482, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.309 std_dev=0.173
C3' B 0, 0.134, 0.311, 0.488, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.311 std_dev=0.177
O2' B 0, 0.130, 0.308, 0.486, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.308 std_dev=0.178
O4' B 0, 0.133, 0.338, 0.543, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.338 std_dev=0.205
O3' B 0, 0.151, 0.356, 0.561, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.356 std_dev=0.205
OP1 B 0, 0.148, 0.387, 0.625, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.387 std_dev=0.239
O5' B 0, 0.167, 0.413, 0.659, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.413 std_dev=0.246
C6 B 0, 0.043, 0.298, 0.553, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.298 std_dev=0.255
C4 B 0, 0.013, 0.295, 0.577, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.295 std_dev=0.282
OP2 B 0, 0.151, 0.470, 0.790, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.470 std_dev=0.319
N7 B 0, -0.327, 0.481, 1.290, 3.105 max_d=3.105 avg_d=0.481 std_dev=0.808
C8 B 0, -0.331, 0.496, 1.323, 3.175 max_d=3.175 avg_d=0.496 std_dev=0.827
N1 B 0, -0.444, 0.546, 1.537, 3.762 max_d=3.762 avg_d=0.546 std_dev=0.990
N3 B 0, -0.464, 0.551, 1.566, 3.854 max_d=3.854 avg_d=0.551 std_dev=1.015
C2 B 0, -0.670, 0.653, 1.976, 4.952 max_d=4.952 avg_d=0.653 std_dev=1.323

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.08 0.10 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.11 0.09 0.07
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.14 0.08 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.07 0.09 0.06
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.07 0.05
N1 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.08 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.07 0.09 0.06
N6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.07 0.08 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.08 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.11 0.07 0.05
O3' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.04 0.09 0.08 0.07 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.08 0.18 0.10 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05
O5' 0.03 0.04 0.06 0.07 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.06 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.05 0.08 0.11 0.14 0.07 0.05 0.07 0.03 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.11 0.18 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.09 0.08 0.09 0.03 0.09 0.01 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.07 0.08 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.05 0.05 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.40 0.09 0.09 0.11 0.11 0.08 0.11 0.17 0.24 0.40 0.26 0.12 0.27 0.10 0.12 0.10 0.15 0.26 0.23 0.21 0.12
C2 0.11 0.74 0.12 0.10 0.19 0.09 0.11 0.09 0.22 0.53 0.58 0.57 0.14 0.51 0.16 0.18 0.13 0.14 0.18 0.19 0.12 0.09
C2' 0.10 0.54 0.10 0.11 0.15 0.14 0.09 0.13 0.20 0.29 0.50 0.37 0.12 0.31 0.10 0.12 0.10 0.19 0.24 0.15 0.21 0.09
C3' 0.08 0.30 0.09 0.10 0.09 0.12 0.07 0.13 0.12 0.19 0.28 0.21 0.09 0.20 0.09 0.11 0.09 0.17 0.25 0.17 0.19 0.09
C4 0.07 0.39 0.08 0.08 0.11 0.09 0.06 0.11 0.18 0.23 0.37 0.27 0.11 0.24 0.08 0.13 0.09 0.14 0.24 0.24 0.13 0.10
C4' 0.08 0.16 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.12 0.08 0.15 0.16 0.10 0.08 0.16 0.09 0.11 0.09 0.13 0.26 0.23 0.21 0.11
C5 0.06 0.15 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.12 0.09 0.08 0.14 0.12 0.09 0.08 0.05 0.11 0.09 0.11 0.24 0.26 0.07 0.09
C5' 0.09 0.22 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.12 0.10 0.13 0.20 0.17 0.10 0.15 0.09 0.11 0.09 0.11 0.27 0.26 0.18 0.12
C6 0.08 0.16 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.12 0.10 0.10 0.14 0.14 0.09 0.08 0.08 0.14 0.11 0.10 0.21 0.26 0.07 0.09
C8 0.07 0.24 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.13 0.07 0.17 0.20 0.18 0.13 0.21 0.08 0.10 0.08 0.13 0.26 0.27 0.11 0.10
N1 0.10 0.44 0.10 0.09 0.14 0.07 0.10 0.09 0.15 0.35 0.35 0.36 0.11 0.31 0.14 0.19 0.13 0.11 0.18 0.22 0.07 0.09
N3 0.10 0.75 0.10 0.10 0.18 0.10 0.10 0.10 0.24 0.47 0.64 0.54 0.14 0.49 0.14 0.16 0.11 0.16 0.21 0.20 0.17 0.10
N6 0.12 0.27 0.09 0.09 0.13 0.09 0.08 0.14 0.09 0.18 0.18 0.26 0.08 0.17 0.10 0.14 0.13 0.11 0.21 0.28 0.12 0.10
N7 0.07 0.37 0.07 0.07 0.10 0.09 0.09 0.13 0.07 0.25 0.28 0.28 0.12 0.30 0.08 0.09 0.08 0.12 0.25 0.28 0.07 0.10
N9 0.07 0.25 0.08 0.08 0.08 0.10 0.06 0.12 0.14 0.15 0.26 0.16 0.11 0.15 0.07 0.11 0.09 0.14 0.26 0.25 0.15 0.11
O2' 0.12 0.71 0.11 0.12 0.18 0.15 0.12 0.14 0.23 0.41 0.64 0.49 0.15 0.44 0.14 0.14 0.12 0.20 0.24 0.16 0.27 0.12
O3' 0.09 0.38 0.10 0.11 0.12 0.14 0.08 0.14 0.14 0.22 0.35 0.27 0.10 0.23 0.09 0.11 0.09 0.19 0.24 0.13 0.22 0.09
O4' 0.09 0.16 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.12 0.08 0.16 0.17 0.10 0.08 0.17 0.10 0.11 0.10 0.12 0.28 0.27 0.22 0.14
O5' 0.08 0.33 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.13 0.11 0.21 0.28 0.25 0.13 0.24 0.09 0.10 0.08 0.12 0.27 0.26 0.15 0.12
OP1 0.08 0.54 0.08 0.07 0.13 0.08 0.10 0.12 0.13 0.33 0.44 0.40 0.15 0.37 0.10 0.10 0.09 0.11 0.26 0.29 0.15 0.14
OP2 0.09 0.68 0.09 0.09 0.17 0.09 0.13 0.13 0.16 0.43 0.55 0.50 0.18 0.48 0.12 0.11 0.11 0.11 0.25 0.32 0.13 0.15
P 0.08 0.56 0.08 0.08 0.14 0.09 0.11 0.13 0.14 0.35 0.46 0.41 0.17 0.40 0.11 0.10 0.09 0.11 0.26 0.29 0.14 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.17 0.48 0.13 0.18
C2 0.01 0.00 0.10 0.15 0.01 0.36 0.01 0.62 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.19 0.37 0.75 0.96 0.85 0.86
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.07 0.08 0.10 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.12 0.38 0.16 0.15
C3' 0.03 0.15 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.03 0.06 0.08 0.12 0.15 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.32 0.21 0.09
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.15 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.08 0.18 0.34 0.35 0.16 0.16
C4' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.15 0.00 0.05 0.01 0.13 0.21 0.27 0.36 0.08 0.15 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.34 0.15 0.09
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.07 0.34 0.42 0.21 0.21
C5' 0.06 0.62 0.07 0.03 0.21 0.01 0.14 0.00 0.19 0.49 0.44 0.58 0.16 0.40 0.15 0.06 0.03 0.01 0.01 0.18 0.17 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.15 0.36 0.26 0.13 0.13
C8 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.21 0.01 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.15 0.20 0.70 1.10 0.83 0.86
N1 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.27 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.13 0.28 0.57 0.62 0.56 0.56
N3 0.01 0.00 0.10 0.15 0.00 0.36 0.00 0.58 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.26 0.18 0.38 0.70 0.84 0.73 0.75
N6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.09 0.36 0.32 0.20 0.17
N7 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.15 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.12 0.12 0.60 0.97 0.75 0.75
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.32 0.56 0.27 0.31
O2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.10 0.01 0.04 0.06 0.08 0.21 0.18 0.26 0.05 0.16 0.05 0.00 0.05 0.01 0.13 0.37 0.18 0.16
O3' 0.04 0.19 0.02 0.01 0.08 0.02 0.05 0.03 0.07 0.15 0.13 0.18 0.06 0.12 0.06 0.05 0.00 0.05 0.08 0.35 0.22 0.09
O4' 0.00 0.37 0.02 0.01 0.18 0.00 0.07 0.01 0.15 0.20 0.28 0.38 0.09 0.12 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.48 0.07 0.16
O5' 0.17 0.75 0.12 0.08 0.34 0.02 0.34 0.01 0.36 0.70 0.57 0.70 0.36 0.60 0.32 0.13 0.08 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.48 0.96 0.38 0.32 0.35 0.34 0.42 0.18 0.26 1.10 0.62 0.84 0.32 0.97 0.56 0.37 0.35 0.48 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.85 0.16 0.21 0.16 0.15 0.21 0.17 0.13 0.83 0.56 0.73 0.20 0.75 0.27 0.18 0.22 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.86 0.15 0.09 0.16 0.09 0.21 0.01 0.13 0.86 0.56 0.75 0.17 0.75 0.31 0.16 0.09 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00