ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53026

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 2, 0, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.017, 0.033, 0.050, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.032 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.014, 0.035, 0.057, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.029, 0.054, 0.079, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.054 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.036, 0.067, 0.098, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.067 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.034, 0.069, 0.105, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.069 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.028, 0.072, 0.115, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.072 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.029, 0.082, 0.134, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.082 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.072, 0.129, 0.186, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.129 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.049, 0.127, 0.206, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.127 std_dev=0.078
C3' A 0, 0.055, 0.133, 0.212, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.133 std_dev=0.079
C5' A 0, 0.062, 0.181, 0.300, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.181 std_dev=0.119
O5' A 0, 0.118, 0.240, 0.361, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.240 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.027, 0.178, 0.329, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.178 std_dev=0.151
OP2 B 0, 0.129, 0.292, 0.456, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.292 std_dev=0.164
P B 0, 0.189, 0.407, 0.625, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.407 std_dev=0.218
P A 0, 0.266, 0.517, 0.768, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.517 std_dev=0.251
OP1 B 0, 0.195, 0.496, 0.797, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.496 std_dev=0.301
O5' B 0, 0.231, 0.544, 0.856, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.544 std_dev=0.313
OP1 A 0, 0.266, 0.587, 0.908, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.587 std_dev=0.321
OP2 A 0, 0.382, 0.771, 1.159, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.771 std_dev=0.389
C5' B 0, 0.241, 0.641, 1.040, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.641 std_dev=0.400
C8 B 0, 0.276, 0.697, 1.118, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.697 std_dev=0.421
O4' B 0, 0.405, 0.835, 1.264, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.835 std_dev=0.430
N7 B 0, 0.301, 0.735, 1.168, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.735 std_dev=0.433
C1' B 0, 0.405, 0.861, 1.317, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.861 std_dev=0.456
N9 B 0, 0.306, 0.764, 1.221, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.764 std_dev=0.457
C4' B 0, 0.357, 0.822, 1.287, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.822 std_dev=0.465
C5 B 0, 0.283, 0.775, 1.267, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.775 std_dev=0.492
N6 B 0, 0.405, 0.921, 1.438, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.921 std_dev=0.516
C4 B 0, 0.273, 0.790, 1.308, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.790 std_dev=0.518
C6 B 0, 0.308, 0.843, 1.378, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.843 std_dev=0.535
C2' B 0, 0.494, 1.050, 1.606, 1.628 max_d=1.628 avg_d=1.050 std_dev=0.556
C3' B 0, 0.391, 0.956, 1.522, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.956 std_dev=0.566
O3' B 0, 0.368, 0.943, 1.517, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.943 std_dev=0.574
N3 B 0, 0.284, 0.871, 1.458, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.871 std_dev=0.587
N1 B 0, 0.238, 0.867, 1.495, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.867 std_dev=0.628
C2 B 0, 0.212, 0.873, 1.534, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.873 std_dev=0.661
O2' B 0, 0.674, 1.357, 2.040, 1.974 max_d=1.974 avg_d=1.357 std_dev=0.683

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.10 0.09 0.07
C2 0.07 0.00 0.05 0.09 0.01 0.10 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.17 0.10 0.08 0.11 0.09 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.14 0.15 0.14
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.07 0.09 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.14 0.12 0.11
C4 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.05 0.06 0.08 0.08 0.06
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.10 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.05 0.05
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.06 0.07 0.11 0.06
C5' 0.03 0.11 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.05 0.06 0.08 0.13 0.07
C8 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04
N1 0.06 0.00 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.15 0.09 0.07 0.08 0.11 0.07
N3 0.07 0.01 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.16 0.10 0.09 0.12 0.09 0.09
N6 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.09 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04 0.08 0.12 0.20 0.12
N7 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.07 0.09 0.11 0.07
N9 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.07 0.08 0.06
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.10 0.17 0.22 0.18
O3' 0.06 0.17 0.02 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.10 0.04 0.15 0.16 0.07 0.05 0.05 0.04 0.00 0.05 0.03 0.14 0.12 0.10
O4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.09 0.10 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.07 0.08 0.04
O5' 0.05 0.08 0.08 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.05 0.10 0.03 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.10 0.11 0.14 0.14 0.08 0.10 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.12 0.12 0.09 0.07 0.17 0.14 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.09 0.15 0.12 0.08 0.05 0.11 0.03 0.13 0.06 0.11 0.09 0.20 0.11 0.08 0.22 0.12 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.14 0.11 0.06 0.05 0.06 0.02 0.07 0.04 0.07 0.09 0.12 0.07 0.06 0.18 0.10 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.06 0.28 0.20 0.06 0.06 0.05 0.10 0.08 0.12 0.09 0.05 0.14 0.07 0.11 0.47 0.37 0.26 0.07 0.22 0.08 0.12
C2 0.27 0.19 0.44 0.29 0.19 0.23 0.19 0.24 0.20 0.19 0.18 0.20 0.25 0.19 0.21 0.51 0.34 0.31 0.21 0.29 0.20 0.21
C2' 0.11 0.12 0.23 0.22 0.10 0.06 0.11 0.08 0.14 0.15 0.15 0.09 0.18 0.13 0.13 0.44 0.38 0.27 0.06 0.21 0.07 0.10
C3' 0.07 0.13 0.24 0.26 0.09 0.07 0.11 0.07 0.13 0.15 0.15 0.10 0.16 0.15 0.11 0.48 0.43 0.23 0.06 0.20 0.08 0.10
C4 0.19 0.06 0.36 0.20 0.08 0.14 0.06 0.18 0.09 0.10 0.08 0.09 0.17 0.06 0.13 0.48 0.32 0.29 0.13 0.26 0.11 0.16
C4' 0.08 0.10 0.25 0.26 0.07 0.07 0.10 0.09 0.11 0.16 0.12 0.07 0.14 0.15 0.12 0.50 0.47 0.22 0.08 0.21 0.08 0.12
C5 0.22 0.10 0.40 0.25 0.11 0.20 0.09 0.23 0.12 0.12 0.10 0.12 0.20 0.10 0.15 0.50 0.34 0.29 0.18 0.30 0.15 0.19
C5' 0.08 0.10 0.26 0.25 0.07 0.06 0.10 0.11 0.11 0.16 0.12 0.06 0.14 0.15 0.11 0.51 0.49 0.22 0.10 0.24 0.10 0.14
C6 0.27 0.17 0.45 0.32 0.18 0.28 0.17 0.29 0.19 0.18 0.17 0.20 0.25 0.18 0.21 0.52 0.37 0.32 0.25 0.34 0.21 0.25
C8 0.16 0.04 0.34 0.19 0.06 0.12 0.02 0.17 0.09 0.10 0.08 0.06 0.16 0.02 0.12 0.49 0.34 0.28 0.12 0.27 0.10 0.15
N1 0.30 0.22 0.48 0.34 0.23 0.30 0.22 0.31 0.23 0.22 0.21 0.24 0.28 0.23 0.24 0.53 0.38 0.33 0.27 0.34 0.24 0.27
N3 0.20 0.10 0.37 0.20 0.11 0.14 0.10 0.17 0.12 0.12 0.11 0.12 0.19 0.10 0.15 0.48 0.31 0.29 0.13 0.25 0.11 0.15
N6 0.32 0.22 0.50 0.38 0.23 0.35 0.21 0.35 0.22 0.23 0.21 0.24 0.28 0.22 0.25 0.54 0.42 0.34 0.30 0.38 0.25 0.30
N7 0.20 0.07 0.38 0.23 0.08 0.18 0.06 0.21 0.11 0.10 0.09 0.09 0.19 0.07 0.13 0.50 0.34 0.28 0.17 0.29 0.14 0.19
N9 0.16 0.04 0.32 0.18 0.06 0.10 0.02 0.14 0.08 0.10 0.07 0.06 0.15 0.03 0.12 0.48 0.33 0.28 0.10 0.25 0.09 0.14
O2' 0.17 0.16 0.18 0.19 0.16 0.11 0.17 0.09 0.18 0.20 0.18 0.16 0.21 0.18 0.19 0.37 0.32 0.34 0.08 0.21 0.10 0.12
O3' 0.05 0.16 0.26 0.30 0.09 0.09 0.10 0.08 0.14 0.13 0.17 0.12 0.16 0.13 0.08 0.49 0.43 0.18 0.08 0.16 0.10 0.10
O4' 0.12 0.06 0.31 0.23 0.04 0.06 0.03 0.11 0.06 0.13 0.07 0.04 0.10 0.09 0.11 0.53 0.42 0.23 0.10 0.22 0.10 0.14
O5' 0.12 0.08 0.27 0.23 0.06 0.08 0.07 0.13 0.08 0.15 0.10 0.06 0.12 0.12 0.12 0.50 0.46 0.25 0.12 0.25 0.11 0.16
OP1 0.15 0.11 0.34 0.24 0.07 0.10 0.08 0.15 0.08 0.18 0.11 0.07 0.11 0.14 0.13 0.60 0.42 0.24 0.14 0.28 0.16 0.19
OP2 0.14 0.08 0.27 0.21 0.08 0.11 0.08 0.16 0.10 0.16 0.11 0.06 0.15 0.12 0.14 0.49 0.44 0.28 0.14 0.27 0.12 0.17
P 0.12 0.09 0.29 0.23 0.04 0.08 0.05 0.13 0.07 0.14 0.10 0.04 0.11 0.11 0.11 0.53 0.46 0.24 0.12 0.25 0.12 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.07 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.22 0.01 0.08 0.08 0.19 0.14
C2 0.07 0.00 0.12 0.13 0.01 0.09 0.02 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.40 0.08 0.06 0.06 0.14 0.08
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.13 0.04 0.14 0.09 0.13 0.06 0.11 0.03 0.00 0.04 0.03 0.25 0.24 0.31 0.28
C3' 0.03 0.13 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.18 0.10 0.14 0.11 0.17 0.08 0.03 0.01 0.01 0.10 0.17 0.17 0.14
C4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.12 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.24 0.04 0.06 0.05 0.15 0.07
C4' 0.02 0.09 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.12 0.06 0.10 0.06 0.11 0.04 0.12 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04
C5 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.05 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.03 0.13 0.10 0.11 0.08
C5' 0.04 0.09 0.13 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.19 0.23 0.13 0.07 0.24 0.26 0.13 0.06 0.12 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03
C6 0.04 0.01 0.04 0.09 0.02 0.03 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.12 0.20 0.05 0.14 0.11 0.10 0.10
C8 0.02 0.02 0.14 0.18 0.01 0.12 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.22 0.05 0.04 0.15 0.09 0.13 0.07
N1 0.07 0.01 0.09 0.10 0.03 0.06 0.02 0.13 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.11 0.32 0.07 0.09 0.07 0.12 0.08
N3 0.07 0.01 0.13 0.14 0.00 0.10 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.40 0.08 0.06 0.07 0.17 0.11
N6 0.03 0.01 0.06 0.11 0.02 0.06 0.01 0.24 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.15 0.14 0.04 0.20 0.17 0.11 0.16
N7 0.01 0.02 0.11 0.17 0.01 0.11 0.01 0.26 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.22 0.04 0.02 0.19 0.14 0.09 0.13
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.14 0.01 0.05 0.05 0.17 0.08
O2' 0.01 0.13 0.00 0.03 0.08 0.12 0.14 0.06 0.12 0.22 0.11 0.14 0.15 0.22 0.11 0.00 0.09 0.07 0.22 0.21 0.38 0.27
O3' 0.22 0.40 0.04 0.01 0.24 0.04 0.15 0.12 0.20 0.05 0.32 0.40 0.14 0.04 0.14 0.09 0.00 0.14 0.14 0.31 0.27 0.21
O4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.07 0.14 0.00 0.14 0.14 0.27 0.22
O5' 0.08 0.06 0.25 0.10 0.06 0.02 0.13 0.01 0.14 0.15 0.09 0.06 0.20 0.19 0.05 0.22 0.14 0.14 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.08 0.06 0.24 0.17 0.05 0.04 0.10 0.04 0.11 0.09 0.07 0.07 0.17 0.14 0.05 0.21 0.31 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.14 0.31 0.17 0.15 0.04 0.11 0.03 0.10 0.13 0.12 0.17 0.11 0.09 0.17 0.38 0.27 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.08 0.28 0.14 0.07 0.04 0.08 0.03 0.10 0.07 0.08 0.11 0.16 0.13 0.08 0.27 0.21 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00