ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53027

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.023, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.011, 0.029, 0.048, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.004, 0.026, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.012, 0.035, 0.057, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.013, 0.038, 0.062, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.038 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.008, 0.032, 0.057, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.032 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.048, 0.157, 0.266, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.157 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.068, 0.204, 0.340, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.204 std_dev=0.136
C2' A 0, -0.026, 0.123, 0.272, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.123 std_dev=0.149
C3' A 0, -0.001, 0.207, 0.414, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.207 std_dev=0.207
O2' A 0, -0.055, 0.172, 0.398, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.172 std_dev=0.226
P B 0, 0.135, 0.362, 0.589, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.362 std_dev=0.227
P A 0, 0.100, 0.395, 0.691, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.395 std_dev=0.296
O3' A 0, 0.048, 0.347, 0.645, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.347 std_dev=0.299
C5' A 0, 0.010, 0.335, 0.660, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.335 std_dev=0.325
O5' A 0, 0.063, 0.393, 0.722, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.393 std_dev=0.329
O5' B 0, 0.112, 0.456, 0.800, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.456 std_dev=0.344
C1' B 0, 0.095, 0.473, 0.851, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.473 std_dev=0.378
OP2 A 0, 0.026, 0.460, 0.894, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.460 std_dev=0.434
OP1 B 0, 0.052, 0.502, 0.951, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.502 std_dev=0.449
OP1 A 0, 0.091, 0.593, 1.094, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.593 std_dev=0.501
O4' B 0, 0.028, 0.532, 1.035, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.532 std_dev=0.504
OP2 B 0, -0.011, 0.504, 1.019, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.504 std_dev=0.515
C5' B 0, -0.091, 0.590, 1.271, 2.400 max_d=2.400 avg_d=0.590 std_dev=0.681
N9 B 0, -0.220, 0.540, 1.300, 2.630 max_d=2.630 avg_d=0.540 std_dev=0.760
C4' B 0, -0.222, 0.654, 1.530, 3.056 max_d=3.056 avg_d=0.654 std_dev=0.876
C2' B 0, -0.340, 0.736, 1.812, 3.717 max_d=3.717 avg_d=0.736 std_dev=1.076
C8 B 0, -0.527, 0.649, 1.826, 3.935 max_d=3.935 avg_d=0.649 std_dev=1.177
C3' B 0, -0.457, 0.831, 2.119, 4.414 max_d=4.414 avg_d=0.831 std_dev=1.288
O2' B 0, -0.527, 0.804, 2.135, 4.509 max_d=4.509 avg_d=0.804 std_dev=1.331
C4 B 0, -0.658, 0.834, 2.325, 5.020 max_d=5.020 avg_d=0.834 std_dev=1.491
N7 B 0, -0.931, 0.936, 2.803, 6.190 max_d=6.190 avg_d=0.936 std_dev=1.867
O3' B 0, -0.820, 1.069, 2.958, 6.372 max_d=6.372 avg_d=1.069 std_dev=1.889
N3 B 0, -0.846, 1.087, 3.020, 6.515 max_d=6.515 avg_d=1.087 std_dev=1.933
C5 B 0, -0.990, 0.993, 2.975, 6.578 max_d=6.578 avg_d=0.993 std_dev=1.982
C2 B 0, -1.284, 1.344, 3.973, 8.749 max_d=8.749 avg_d=1.344 std_dev=2.629
C6 B 0, -1.443, 1.285, 4.013, 8.984 max_d=8.984 avg_d=1.285 std_dev=2.728
N1 B 0, -1.559, 1.423, 4.405, 9.838 max_d=9.838 avg_d=1.423 std_dev=2.982
N6 B 0, -1.749, 1.566, 4.881, 10.923 max_d=10.923 avg_d=1.566 std_dev=3.315

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.54 0.27
C2 0.05 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.05 0.19 0.11 0.52 0.25
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.06 0.09 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.27 0.37 0.06
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.11 0.05 0.08 0.04 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.25 0.45 0.22 0.12
C4 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.20 0.12 0.53 0.26
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.18 0.39 0.11
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.25 0.19 0.48 0.25
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.03 0.07 0.06 0.09 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.19 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.25 0.21 0.46 0.25
C8 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.12 0.04 0.25 0.18 0.51 0.26
N1 0.04 0.00 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07 0.03 0.23 0.16 0.48 0.25
N3 0.05 0.01 0.09 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.05 0.17 0.08 0.53 0.25
N6 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.03 0.27 0.27 0.41 0.26
N7 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.12 0.04 0.28 0.23 0.45 0.25
N9 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.18 0.10 0.54 0.26
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.07 0.09 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.29 0.38 0.09
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.12 0.07 0.11 0.07 0.12 0.04 0.03 0.00 0.01 0.24 0.68 0.08 0.26
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.13 0.59 0.35
O5' 0.07 0.19 0.18 0.25 0.20 0.02 0.25 0.01 0.25 0.25 0.23 0.17 0.27 0.28 0.18 0.09 0.24 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.11 0.27 0.45 0.12 0.18 0.19 0.19 0.21 0.18 0.16 0.08 0.27 0.23 0.10 0.29 0.68 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.54 0.52 0.37 0.22 0.53 0.39 0.48 0.31 0.46 0.51 0.48 0.53 0.41 0.45 0.54 0.38 0.08 0.59 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.25 0.06 0.12 0.26 0.11 0.25 0.02 0.25 0.26 0.25 0.25 0.26 0.25 0.26 0.09 0.26 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 1.86 0.45 0.93 1.30 1.02 1.95 0.79 2.60 1.05 2.54 1.21 3.15 1.75 0.71 0.77 1.44 0.47 0.44 0.42 0.29 0.25
C2 0.15 1.98 0.28 0.35 1.30 0.75 1.48 0.60 1.91 0.62 2.14 1.54 1.97 1.06 0.68 0.19 0.70 0.42 0.39 0.44 0.15 0.21
C2' 0.16 2.04 0.27 0.74 1.38 0.89 1.96 0.64 2.62 1.03 2.66 1.37 3.10 1.71 0.76 0.58 1.27 0.40 0.33 0.32 0.13 0.13
C3' 0.24 1.72 0.38 0.81 1.19 0.96 1.83 0.69 2.45 1.01 2.38 1.09 3.02 1.69 0.65 0.70 1.32 0.50 0.35 0.33 0.13 0.14
C4 0.18 1.74 0.21 0.65 1.25 0.93 1.75 0.71 2.23 0.92 2.21 1.22 2.51 1.51 0.69 0.43 1.03 0.51 0.41 0.40 0.21 0.22
C4' 0.31 1.54 0.58 1.01 1.11 1.07 1.82 0.81 2.44 1.04 2.27 0.92 3.10 1.75 0.61 0.90 1.52 0.54 0.44 0.40 0.26 0.22
C5 0.18 1.28 0.14 0.49 1.04 0.85 1.53 0.63 1.85 0.92 1.70 0.89 2.12 1.44 0.61 0.27 0.71 0.57 0.38 0.38 0.18 0.21
C5' 0.38 1.18 0.65 1.03 0.91 1.08 1.66 0.82 2.19 1.03 1.92 0.63 2.89 1.72 0.51 0.95 1.49 0.59 0.42 0.38 0.24 0.20
C6 0.12 1.18 0.27 0.21 0.94 0.70 1.24 0.53 1.47 0.72 1.43 0.89 1.61 1.10 0.56 0.23 0.34 0.56 0.36 0.38 0.14 0.21
C8 0.26 1.19 0.40 0.75 1.00 0.95 1.69 0.70 2.11 1.09 1.82 0.72 2.64 1.73 0.60 0.67 1.05 0.55 0.39 0.37 0.23 0.21
N1 0.13 1.54 0.43 0.15 1.09 0.64 1.23 0.51 1.52 0.55 1.66 1.24 1.57 0.92 0.60 0.37 0.34 0.47 0.36 0.40 0.12 0.21
N3 0.15 2.10 0.16 0.60 1.37 0.89 1.72 0.69 2.26 0.78 2.44 1.53 2.42 1.33 0.72 0.32 1.04 0.44 0.41 0.43 0.20 0.21
N6 0.11 0.69 0.41 0.15 0.62 0.52 0.88 0.42 1.00 0.62 0.90 0.50 1.14 0.88 0.42 0.52 0.18 0.57 0.31 0.35 0.12 0.21
N7 0.25 0.94 0.27 0.57 0.86 0.86 1.49 0.64 1.78 1.03 1.48 0.56 2.19 1.58 0.55 0.46 0.75 0.58 0.37 0.37 0.19 0.21
N9 0.23 1.64 0.37 0.81 1.21 0.99 1.84 0.74 2.39 1.04 2.25 1.07 2.85 1.69 0.68 0.66 1.22 0.51 0.42 0.39 0.24 0.22
O2' 0.17 2.33 0.26 0.75 1.52 0.84 2.07 0.61 2.79 1.05 2.93 1.59 3.26 1.74 0.85 0.58 1.34 0.32 0.31 0.31 0.16 0.15
O3' 0.20 1.84 0.32 0.76 1.24 0.91 1.87 0.63 2.51 1.01 2.49 1.18 3.08 1.69 0.68 0.65 1.29 0.46 0.31 0.29 0.11 0.12
O4' 0.33 1.53 0.64 1.09 1.11 1.11 1.84 0.87 2.46 1.05 2.27 0.91 3.13 1.77 0.61 0.97 1.59 0.55 0.49 0.44 0.36 0.29
O5' 0.53 0.89 0.81 1.13 0.71 1.20 1.50 0.95 2.01 0.94 1.66 0.38 2.76 1.63 0.36 1.12 1.49 0.74 0.60 0.54 0.44 0.40
OP1 0.05 1.01 0.26 0.54 1.06 0.67 1.88 0.48 2.25 1.52 1.77 0.59 3.00 2.17 0.83 0.51 0.81 0.24 0.21 0.29 0.13 0.12
OP2 0.08 0.94 0.12 0.33 1.02 0.48 1.78 0.23 2.10 1.45 1.64 0.56 2.77 2.05 0.81 0.35 0.56 0.17 0.12 0.25 0.31 0.32
P 0.09 1.00 0.32 0.58 1.02 0.67 1.83 0.44 2.21 1.43 1.75 0.57 2.95 2.08 0.77 0.59 0.87 0.26 0.13 0.18 0.09 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.26 0.01 0.23 0.35 0.12 0.23
C2 0.03 0.00 0.15 0.10 0.02 0.35 0.02 0.74 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.22 0.09 0.41 1.23 1.97 1.09 1.53
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.16 0.07 0.08 0.12 0.16 0.06 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.54 0.48 0.49 0.57
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.20 0.27 0.14 0.09 0.24 0.29 0.15 0.01 0.01 0.01 0.28 0.13 0.29 0.27
C4 0.02 0.02 0.08 0.13 0.00 0.11 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.05 0.20 0.66 1.07 0.37 0.75
C4' 0.01 0.35 0.01 0.01 0.11 0.00 0.04 0.01 0.05 0.32 0.22 0.36 0.03 0.26 0.07 0.19 0.02 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01
C5 0.01 0.02 0.05 0.21 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.02 0.06 0.39 0.84 0.13 0.46
C5' 0.05 0.74 0.16 0.01 0.27 0.01 0.07 0.00 0.19 0.50 0.50 0.72 0.08 0.42 0.08 0.03 0.16 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01
C6 0.02 0.02 0.07 0.20 0.01 0.05 0.01 0.19 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.14 0.05 0.15 0.61 1.20 0.26 0.75
C8 0.02 0.04 0.08 0.27 0.01 0.32 0.02 0.50 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.42 0.12 0.26 0.27 0.16 0.71 0.32
N1 0.03 0.01 0.12 0.14 0.01 0.22 0.02 0.50 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.09 0.09 0.30 0.99 1.72 0.75 1.24
N3 0.04 0.01 0.16 0.09 0.01 0.36 0.01 0.72 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.24 0.07 0.42 1.17 1.72 0.98 1.37
N6 0.02 0.03 0.06 0.24 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.24 0.05 0.09 0.45 1.04 0.14 0.56
N7 0.02 0.02 0.05 0.29 0.02 0.26 0.01 0.42 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.39 0.05 0.17 0.15 0.25 0.64 0.18
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.12 0.01 0.24 0.50 0.12 0.26
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.07 0.19 0.21 0.03 0.14 0.42 0.09 0.24 0.24 0.39 0.17 0.00 0.05 0.14 0.34 0.23 0.45 0.42
O3' 0.26 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.16 0.05 0.12 0.09 0.07 0.05 0.05 0.12 0.05 0.00 0.16 0.06 0.27 0.19 0.09
O4' 0.01 0.41 0.02 0.01 0.20 0.01 0.06 0.01 0.15 0.26 0.30 0.42 0.09 0.17 0.01 0.14 0.16 0.00 0.03 0.23 0.13 0.06
O5' 0.23 1.23 0.54 0.28 0.66 0.01 0.39 0.01 0.61 0.27 0.99 1.17 0.45 0.15 0.24 0.34 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.35 1.97 0.48 0.13 1.07 0.07 0.84 0.07 1.20 0.16 1.72 1.72 1.04 0.25 0.50 0.23 0.27 0.23 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 1.09 0.49 0.29 0.37 0.09 0.13 0.06 0.26 0.71 0.75 0.98 0.14 0.64 0.12 0.45 0.19 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.23 1.53 0.57 0.27 0.75 0.01 0.46 0.01 0.75 0.32 1.24 1.37 0.56 0.18 0.26 0.42 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00