ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53028

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.004, 0.029, 0.055, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.029 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.008, 0.042, 0.077, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.042 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.007, 0.045, 0.082, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.045 std_dev=0.038
N6 A 0, 0.020, 0.077, 0.133, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.077 std_dev=0.057
OP1 B 0, 0.077, 0.397, 0.717, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.397 std_dev=0.320
P B 0, 0.072, 0.416, 0.761, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.416 std_dev=0.344
OP2 B 0, 0.133, 0.658, 1.183, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.658 std_dev=0.525
O5' A 0, 0.017, 0.631, 1.246, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.631 std_dev=0.614
O4' A 0, -0.126, 0.502, 1.130, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.502 std_dev=0.628
P A 0, 0.012, 0.649, 1.286, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.649 std_dev=0.637
C2' A 0, -0.049, 0.592, 1.233, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.592 std_dev=0.641
C3' A 0, -0.053, 0.633, 1.319, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.633 std_dev=0.686
OP1 A 0, 0.006, 0.729, 1.452, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.729 std_dev=0.723
O3' A 0, -0.083, 0.690, 1.464, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.690 std_dev=0.773
C4' A 0, -0.137, 0.665, 1.468, 2.159 max_d=2.159 avg_d=0.665 std_dev=0.803
O2' A 0, -0.071, 1.059, 2.190, 2.970 max_d=2.970 avg_d=1.059 std_dev=1.130
OP2 A 0, -0.101, 1.126, 2.354, 3.450 max_d=3.450 avg_d=1.126 std_dev=1.227
C5' A 0, -0.148, 1.120, 2.388, 3.221 max_d=3.221 avg_d=1.120 std_dev=1.268
O5' B 0, -0.123, 1.190, 2.504, 3.382 max_d=3.382 avg_d=1.190 std_dev=1.313
C5' B 0, -0.449, 1.894, 4.237, 5.453 max_d=5.453 avg_d=1.894 std_dev=2.343
C4' B 0, -0.750, 2.439, 5.629, 7.576 max_d=7.576 avg_d=2.439 std_dev=3.190
O4' B 0, -0.715, 2.655, 6.025, 7.618 max_d=7.618 avg_d=2.655 std_dev=3.370
C2' B 0, -0.685, 2.700, 6.084, 8.635 max_d=8.635 avg_d=2.700 std_dev=3.384
C3' B 0, -0.857, 2.595, 6.048, 8.692 max_d=8.692 avg_d=2.595 std_dev=3.453
O2' B 0, -0.518, 2.971, 6.460, 9.102 max_d=9.102 avg_d=2.971 std_dev=3.489
C8 B 0, -0.886, 2.766, 6.418, 9.003 max_d=9.003 avg_d=2.766 std_dev=3.652
C1' B 0, -0.746, 2.957, 6.660, 8.551 max_d=8.551 avg_d=2.957 std_dev=3.703
N9 B 0, -0.903, 3.129, 7.160, 9.061 max_d=9.061 avg_d=3.129 std_dev=4.032
O3' B 0, -1.116, 3.254, 7.623, 10.853 max_d=10.853 avg_d=3.254 std_dev=4.369
N7 B 0, -1.187, 3.224, 7.635, 11.169 max_d=11.169 avg_d=3.224 std_dev=4.411
C4 B 0, -1.166, 3.862, 8.890, 11.249 max_d=11.249 avg_d=3.862 std_dev=5.028
C5 B 0, -1.282, 3.884, 9.049, 12.365 max_d=12.365 avg_d=3.884 std_dev=5.166
N3 B 0, -1.347, 4.518, 10.384, 13.091 max_d=13.091 avg_d=4.518 std_dev=5.866
C6 B 0, -1.531, 4.629, 10.788, 14.770 max_d=14.770 avg_d=4.629 std_dev=6.159
N6 B 0, -1.691, 4.807, 11.305, 16.327 max_d=16.327 avg_d=4.807 std_dev=6.498
C2 B 0, -1.611, 5.136, 11.882, 14.692 max_d=14.692 avg_d=5.136 std_dev=6.747
N1 B 0, -1.666, 5.225, 12.116, 15.728 max_d=15.728 avg_d=5.225 std_dev=6.891

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.29 0.00 0.33 0.37 0.47 0.19
C2 0.03 0.00 0.37 0.29 0.01 0.09 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.37 0.04 0.24 0.40 0.45 0.69 0.24
C2' 0.00 0.37 0.00 0.01 0.18 0.02 0.09 0.20 0.17 0.23 0.28 0.37 0.13 0.15 0.05 0.00 0.05 0.03 0.69 0.73 0.62 0.63
C3' 0.04 0.29 0.01 0.00 0.25 0.01 0.28 0.01 0.32 0.19 0.33 0.25 0.34 0.25 0.18 0.02 0.01 0.02 0.40 0.38 0.36 0.36
C4 0.02 0.01 0.18 0.25 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.19 0.07 0.12 0.40 0.46 0.69 0.24
C4' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.15 0.06 0.10 0.09 0.14 0.06 0.26 0.02 0.01 0.01 0.22 0.26 0.04
C5 0.01 0.02 0.09 0.28 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.08 0.05 0.39 0.47 0.80 0.27
C5' 0.11 0.09 0.20 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.14 0.21 0.10 0.10 0.18 0.21 0.12 0.07 0.20 0.02 0.00 0.31 0.33 0.02
C6 0.01 0.02 0.17 0.32 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.23 0.09 0.09 0.39 0.47 0.82 0.29
C8 0.02 0.02 0.23 0.19 0.01 0.15 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.40 0.10 0.18 0.37 0.48 0.80 0.27
N1 0.02 0.01 0.28 0.33 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.27 0.04 0.18 0.40 0.46 0.77 0.27
N3 0.03 0.01 0.37 0.25 0.01 0.10 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.38 0.10 0.24 0.40 0.45 0.62 0.22
N6 0.02 0.04 0.13 0.34 0.02 0.09 0.02 0.18 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.28 0.14 0.05 0.40 0.48 0.86 0.31
N7 0.02 0.02 0.15 0.25 0.02 0.14 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.39 0.11 0.11 0.37 0.48 0.88 0.30
N9 0.01 0.01 0.05 0.18 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.17 0.11 0.03 0.39 0.45 0.64 0.22
O2' 0.08 0.37 0.00 0.02 0.19 0.26 0.24 0.07 0.23 0.40 0.27 0.38 0.28 0.39 0.17 0.00 0.08 0.20 0.59 0.86 0.44 0.56
O3' 0.29 0.04 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.20 0.09 0.10 0.04 0.10 0.14 0.11 0.11 0.08 0.00 0.21 0.21 0.42 0.22 0.20
O4' 0.00 0.24 0.03 0.02 0.12 0.01 0.05 0.02 0.09 0.18 0.18 0.24 0.05 0.11 0.03 0.20 0.21 0.00 0.11 0.28 0.40 0.22
O5' 0.33 0.40 0.69 0.40 0.40 0.01 0.39 0.00 0.39 0.37 0.40 0.40 0.40 0.37 0.39 0.59 0.21 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.37 0.45 0.73 0.38 0.46 0.22 0.47 0.31 0.47 0.48 0.46 0.45 0.48 0.48 0.45 0.86 0.42 0.28 0.03 0.00 0.04 0.01
OP2 0.47 0.69 0.62 0.36 0.69 0.26 0.80 0.33 0.82 0.80 0.77 0.62 0.86 0.88 0.64 0.44 0.22 0.40 0.02 0.04 0.00 0.01
P 0.19 0.24 0.63 0.36 0.24 0.04 0.27 0.02 0.29 0.27 0.27 0.22 0.31 0.30 0.22 0.56 0.20 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.30 1.72 1.40 1.73 1.17 1.48 0.70 1.24 0.83 0.28 1.33 1.74 0.51 0.25 0.92 1.27 2.02 1.30 0.37 0.27 0.41 0.14
C2 0.61 0.98 0.75 0.81 0.56 0.72 0.31 0.73 0.37 0.39 0.67 1.02 0.43 0.52 0.35 0.55 0.77 0.64 0.08 0.25 0.30 0.20
C2' 0.81 0.98 0.78 1.16 0.54 0.99 0.20 0.71 0.19 0.47 0.58 1.05 0.40 0.57 0.43 0.80 1.54 0.97 0.55 0.51 0.66 0.66
C3' 1.22 1.52 1.14 1.53 1.00 1.36 0.51 1.02 0.60 0.29 1.11 1.55 0.22 0.17 0.82 1.17 2.00 1.32 0.56 0.35 0.53 0.46
C4 0.78 1.14 0.88 1.10 0.66 0.96 0.34 0.86 0.43 0.32 0.79 1.18 0.48 0.49 0.43 0.74 1.22 0.82 0.12 0.27 0.37 0.20
C4' 1.63 2.17 1.57 1.98 1.52 1.78 1.01 1.42 1.17 0.52 1.75 2.16 0.78 0.42 1.24 1.51 2.45 1.65 0.56 0.19 0.35 0.09
C5 0.46 0.79 0.54 0.74 0.38 0.65 0.45 0.58 0.48 0.63 0.52 0.83 0.79 0.83 0.21 0.53 0.91 0.54 0.16 0.25 0.35 0.22
C5' 1.39 1.95 1.30 1.74 1.27 1.59 0.75 1.24 0.93 0.25 1.51 1.93 0.61 0.25 0.97 1.24 2.22 1.45 0.40 0.32 0.48 0.22
C6 0.24 0.56 0.31 0.42 0.32 0.37 0.64 0.35 0.64 0.84 0.45 0.58 0.99 1.04 0.32 0.43 0.68 0.30 0.27 0.22 0.30 0.22
C8 0.74 1.08 0.80 1.10 0.58 0.95 0.34 0.80 0.43 0.40 0.73 1.12 0.63 0.62 0.35 0.76 1.33 0.81 0.15 0.27 0.39 0.21
N1 0.28 0.62 0.38 0.39 0.33 0.34 0.53 0.37 0.52 0.74 0.44 0.64 0.81 0.89 0.29 0.34 0.52 0.31 0.25 0.21 0.28 0.21
N3 0.91 1.29 1.04 1.22 0.81 1.08 0.42 1.00 0.52 0.21 0.94 1.32 0.36 0.32 0.58 0.84 1.27 0.93 0.17 0.28 0.36 0.19
N6 0.25 0.41 0.23 0.28 0.51 0.25 0.97 0.17 0.98 1.15 0.63 0.36 1.37 1.37 0.59 0.58 0.79 0.22 0.43 0.20 0.27 0.24
N7 0.48 0.78 0.53 0.79 0.35 0.70 0.48 0.59 0.52 0.65 0.51 0.82 0.88 0.88 0.19 0.60 1.03 0.57 0.18 0.25 0.36 0.22
N9 0.94 1.32 1.03 1.32 0.80 1.14 0.40 0.97 0.51 0.21 0.94 1.35 0.44 0.39 0.56 0.91 1.52 0.98 0.19 0.27 0.40 0.19
O2' 0.50 0.65 0.81 1.14 0.27 0.69 0.34 0.48 0.33 0.58 0.34 0.70 0.66 0.75 0.18 0.68 1.41 0.58 0.41 0.68 0.85 0.76
O3' 1.55 1.89 1.52 1.91 1.40 1.63 0.96 1.28 1.06 0.60 1.53 1.90 0.70 0.47 1.19 1.52 2.39 1.55 0.57 0.28 0.45 0.16
O4' 1.74 2.33 1.74 2.11 1.68 1.91 1.19 1.61 1.36 0.68 1.92 2.32 1.00 0.62 1.37 1.60 2.46 1.74 0.65 0.37 0.46 0.25
O5' 1.55 2.05 1.54 1.95 1.42 1.76 0.91 1.48 1.06 0.45 1.62 2.05 0.73 0.41 1.14 1.46 2.35 1.59 0.60 0.45 0.50 0.27
OP1 1.32 1.52 1.23 1.62 0.98 1.55 0.40 1.27 0.47 0.20 1.03 1.59 0.27 0.20 0.82 1.38 2.06 1.44 0.68 0.35 0.35 0.26
OP2 0.92 1.67 1.03 1.38 1.06 1.10 1.00 0.92 1.15 0.92 1.40 1.59 1.31 1.17 0.78 0.71 1.67 0.86 0.45 0.91 1.04 0.86
P 1.15 1.65 1.16 1.58 1.02 1.36 0.61 1.09 0.77 0.30 1.24 1.64 0.71 0.51 0.74 1.11 1.98 1.18 0.22 0.45 0.56 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.15 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.07 0.29 0.01 0.37 0.34 0.31 0.22
C2 0.04 0.00 0.43 0.33 0.02 0.32 0.02 0.22 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.38 0.23 0.44 0.57 0.49 0.33 0.31
C2' 0.00 0.43 0.00 0.01 0.25 0.02 0.16 0.21 0.25 0.21 0.35 0.43 0.22 0.13 0.07 0.00 0.04 0.02 0.60 0.65 0.69 0.61
C3' 0.05 0.33 0.01 0.00 0.30 0.01 0.36 0.03 0.40 0.29 0.37 0.29 0.45 0.35 0.22 0.03 0.01 0.03 0.33 0.45 0.68 0.43
C4 0.03 0.02 0.25 0.30 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.18 0.14 0.22 0.39 0.25 0.41 0.17
C4' 0.02 0.32 0.02 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.10 0.40 0.19 0.35 0.19 0.34 0.13 0.28 0.01 0.01 0.04 0.25 0.44 0.13
C5 0.03 0.02 0.16 0.36 0.00 0.14 0.00 0.42 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.24 0.13 0.07 0.21 0.23 0.65 0.25
C5' 0.15 0.22 0.21 0.03 0.17 0.01 0.42 0.00 0.34 0.73 0.14 0.27 0.52 0.71 0.34 0.13 0.17 0.06 0.02 0.35 0.33 0.05
C6 0.03 0.02 0.25 0.40 0.01 0.10 0.01 0.34 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.20 0.19 0.15 0.25 0.21 0.67 0.23
C8 0.03 0.02 0.21 0.29 0.02 0.40 0.02 0.73 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.50 0.04 0.26 0.15 0.41 0.70 0.44
N1 0.05 0.02 0.35 0.37 0.02 0.19 0.02 0.14 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.25 0.22 0.33 0.42 0.28 0.50 0.17
N3 0.04 0.01 0.43 0.29 0.00 0.35 0.01 0.27 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.40 0.22 0.46 0.61 0.55 0.27 0.37
N6 0.03 0.03 0.22 0.45 0.03 0.19 0.03 0.52 0.01 0.06 0.03 0.03 0.00 0.06 0.04 0.25 0.21 0.05 0.18 0.41 0.85 0.41
N7 0.03 0.03 0.13 0.35 0.01 0.34 0.01 0.71 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.47 0.08 0.15 0.17 0.50 0.83 0.50
N9 0.01 0.02 0.07 0.22 0.01 0.13 0.02 0.34 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.20 0.10 0.03 0.26 0.16 0.41 0.16
O2' 0.07 0.38 0.00 0.03 0.18 0.28 0.24 0.13 0.20 0.50 0.25 0.40 0.25 0.47 0.20 0.00 0.07 0.22 0.37 0.48 0.76 0.47
O3' 0.29 0.23 0.04 0.01 0.14 0.01 0.13 0.17 0.19 0.04 0.22 0.22 0.21 0.08 0.10 0.07 0.00 0.20 0.09 0.21 0.74 0.31
O4' 0.01 0.44 0.02 0.03 0.22 0.01 0.07 0.06 0.15 0.26 0.33 0.46 0.05 0.15 0.03 0.22 0.20 0.00 0.33 0.35 0.41 0.26
O5' 0.37 0.57 0.60 0.33 0.39 0.04 0.21 0.02 0.25 0.15 0.42 0.61 0.18 0.17 0.26 0.37 0.09 0.33 0.00 0.02 0.01 0.02
OP1 0.34 0.49 0.65 0.45 0.25 0.25 0.23 0.35 0.21 0.41 0.28 0.55 0.41 0.50 0.16 0.48 0.21 0.35 0.02 0.00 0.05 0.01
OP2 0.31 0.33 0.69 0.68 0.41 0.44 0.65 0.33 0.67 0.70 0.50 0.27 0.85 0.83 0.41 0.76 0.74 0.41 0.01 0.05 0.00 0.01
P 0.22 0.31 0.61 0.43 0.17 0.13 0.25 0.05 0.23 0.44 0.17 0.37 0.41 0.50 0.16 0.47 0.31 0.26 0.02 0.01 0.01 0.00