ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53029

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.001, 0.017, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.004, 0.022, 0.041, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.015, 0.036, 0.057, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.021
P B 0, 0.218, 0.502, 0.786, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.502 std_dev=0.284
OP2 B 0, 0.299, 0.767, 1.235, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.767 std_dev=0.468
C2' A 0, 0.125, 0.772, 1.419, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.772 std_dev=0.647
O4' A 0, 0.099, 0.751, 1.404, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.751 std_dev=0.653
OP1 B 0, 0.475, 1.312, 2.149, 2.230 max_d=2.230 avg_d=1.312 std_dev=0.837
C3' A 0, 0.229, 1.160, 2.091, 2.426 max_d=2.426 avg_d=1.160 std_dev=0.931
C4' A 0, 0.162, 1.167, 2.171, 2.569 max_d=2.569 avg_d=1.167 std_dev=1.004
O2' A 0, 0.032, 1.040, 2.048, 2.543 max_d=2.543 avg_d=1.040 std_dev=1.008
O3' A 0, 0.389, 1.507, 2.624, 2.877 max_d=2.877 avg_d=1.507 std_dev=1.118
O5' B 0, 0.642, 1.840, 3.038, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.840 std_dev=1.198
O5' A 0, 0.582, 1.888, 3.193, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.888 std_dev=1.306
C5' A 0, 0.361, 1.757, 3.153, 3.711 max_d=3.711 avg_d=1.757 std_dev=1.396
OP1 A 0, 0.598, 2.054, 3.510, 4.056 max_d=4.056 avg_d=2.054 std_dev=1.456
P A 0, 0.814, 2.332, 3.850, 3.681 max_d=3.681 avg_d=2.332 std_dev=1.518
C5' B 0, 0.686, 2.250, 3.815, 4.261 max_d=4.261 avg_d=2.250 std_dev=1.565
OP2 A 0, 0.870, 2.881, 4.893, 5.100 max_d=5.100 avg_d=2.881 std_dev=2.011
C4' B 0, 1.016, 3.765, 6.513, 7.010 max_d=7.010 avg_d=3.765 std_dev=2.749
O4' B 0, 1.492, 4.757, 8.022, 8.187 max_d=8.187 avg_d=4.757 std_dev=3.265
C3' B 0, 1.198, 4.699, 8.199, 8.872 max_d=8.872 avg_d=4.699 std_dev=3.501
O3' B 0, 0.937, 4.680, 8.423, 9.557 max_d=9.557 avg_d=4.680 std_dev=3.743
C1' B 0, 1.866, 6.226, 10.585, 10.653 max_d=10.653 avg_d=6.226 std_dev=4.360
C2' B 0, 1.738, 6.136, 10.534, 10.671 max_d=10.671 avg_d=6.136 std_dev=4.398
C8 B 0, 1.822, 6.496, 11.170, 11.767 max_d=11.767 avg_d=6.496 std_dev=4.674
N9 B 0, 2.020, 6.724, 11.427, 11.424 max_d=11.424 avg_d=6.724 std_dev=4.704
O2' B 0, 1.922, 6.831, 11.741, 11.944 max_d=11.944 avg_d=6.831 std_dev=4.909
N7 B 0, 2.194, 7.444, 12.693, 12.806 max_d=12.806 avg_d=7.444 std_dev=5.249
C4 B 0, 2.428, 7.845, 13.263, 12.287 max_d=12.287 avg_d=7.845 std_dev=5.418
C5 B 0, 2.541, 8.261, 13.981, 13.171 max_d=13.171 avg_d=8.261 std_dev=5.720
N3 B 0, 2.623, 8.535, 14.447, 13.390 max_d=13.390 avg_d=8.535 std_dev=5.912
C6 B 0, 2.938, 9.505, 16.072, 14.336 max_d=14.336 avg_d=9.505 std_dev=6.567
C2 B 0, 2.933, 9.644, 16.355, 15.468 max_d=15.468 avg_d=9.644 std_dev=6.711
N6 B 0, 3.136, 10.171, 17.207, 15.381 max_d=15.381 avg_d=10.171 std_dev=7.035
N1 B 0, 3.105, 10.145, 17.185, 15.957 max_d=15.957 avg_d=10.145 std_dev=7.040

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.31 0.01 0.37 0.60 0.60 0.46
C2 0.05 0.00 0.46 0.31 0.03 0.27 0.03 0.39 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.35 0.19 0.49 0.71 0.53 1.08 0.75
C2' 0.00 0.46 0.00 0.00 0.24 0.01 0.11 0.21 0.21 0.26 0.36 0.45 0.14 0.14 0.01 0.00 0.03 0.01 0.67 1.16 1.11 0.91
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.30 0.01 0.36 0.01 0.39 0.30 0.37 0.26 0.43 0.37 0.23 0.04 0.01 0.02 0.37 0.80 0.61 0.50
C4 0.03 0.03 0.24 0.30 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.26 0.62 0.46 1.04 0.70
C4' 0.01 0.27 0.01 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.04 0.28 0.17 0.26 0.04 0.22 0.08 0.33 0.03 0.00 0.03 0.30 0.09 0.10
C5 0.03 0.03 0.11 0.36 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.11 0.14 0.66 0.35 1.26 0.80
C5' 0.08 0.39 0.21 0.01 0.17 0.01 0.04 0.00 0.12 0.28 0.29 0.37 0.04 0.21 0.04 0.12 0.22 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.03 0.02 0.21 0.39 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.11 0.15 0.24 0.71 0.35 1.34 0.84
C8 0.02 0.04 0.26 0.30 0.01 0.28 0.02 0.28 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.58 0.14 0.23 0.56 0.32 1.13 0.72
N1 0.04 0.01 0.36 0.37 0.02 0.17 0.03 0.29 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.15 0.15 0.40 0.73 0.44 1.25 0.81
N3 0.04 0.01 0.45 0.26 0.01 0.26 0.01 0.37 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.37 0.20 0.48 0.66 0.58 0.95 0.69
N6 0.03 0.03 0.14 0.43 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.23 0.21 0.17 0.73 0.29 1.49 0.91
N7 0.03 0.04 0.14 0.37 0.01 0.22 0.01 0.21 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.52 0.18 0.10 0.64 0.30 1.35 0.83
N9 0.01 0.03 0.01 0.23 0.01 0.08 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.06 0.02 0.51 0.45 0.91 0.61
O2' 0.03 0.35 0.00 0.04 0.05 0.33 0.22 0.12 0.11 0.58 0.15 0.37 0.23 0.52 0.22 0.00 0.04 0.24 0.34 1.08 0.93 0.69
O3' 0.31 0.19 0.03 0.01 0.08 0.03 0.11 0.22 0.15 0.14 0.15 0.20 0.21 0.18 0.06 0.04 0.00 0.21 0.24 0.42 0.26 0.11
O4' 0.01 0.49 0.01 0.02 0.26 0.00 0.14 0.02 0.24 0.23 0.40 0.48 0.17 0.10 0.02 0.24 0.21 0.00 0.10 0.19 0.12 0.10
O5' 0.37 0.71 0.67 0.37 0.62 0.03 0.66 0.01 0.71 0.56 0.73 0.66 0.73 0.64 0.51 0.34 0.24 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.60 0.53 1.16 0.80 0.46 0.30 0.35 0.05 0.35 0.32 0.44 0.58 0.29 0.30 0.45 1.08 0.42 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.60 1.08 1.11 0.61 1.04 0.09 1.26 0.03 1.34 1.13 1.25 0.95 1.49 1.35 0.91 0.93 0.26 0.12 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.46 0.75 0.91 0.50 0.70 0.10 0.80 0.01 0.84 0.72 0.81 0.69 0.91 0.83 0.61 0.69 0.11 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.92 3.31 1.86 1.15 2.01 1.36 1.43 0.63 1.86 1.03 2.83 2.95 1.43 0.78 1.55 2.34 1.16 1.69 0.68 0.62 0.75 0.22
C2 2.00 2.20 1.85 1.47 1.53 1.65 1.18 0.85 1.18 1.65 1.75 2.09 0.91 1.41 1.59 2.38 1.75 1.83 0.66 0.70 0.54 0.07
C2' 1.82 2.79 1.57 1.14 1.61 1.50 1.10 1.02 1.40 1.38 2.34 2.43 0.99 1.08 1.43 2.05 1.32 1.74 0.85 0.83 0.11 0.48
C3' 1.84 3.32 1.80 1.06 1.99 1.26 1.45 0.64 1.91 1.08 2.89 2.92 1.50 0.85 1.53 2.26 1.02 1.60 0.55 0.72 0.50 0.14
C4 2.18 2.86 2.00 1.44 1.95 1.61 1.49 0.79 1.66 1.61 2.40 2.66 1.30 1.36 1.79 2.54 1.64 1.91 0.66 0.69 0.66 0.11
C4' 2.02 3.70 2.19 1.35 2.34 1.30 1.74 0.61 2.22 0.92 3.22 3.33 1.77 0.79 1.74 2.65 1.10 1.67 0.86 0.85 1.12 0.62
C5 2.53 3.02 2.34 1.76 2.29 1.80 1.92 0.94 2.01 2.05 2.61 2.87 1.72 1.84 2.19 2.94 2.00 2.12 0.67 0.73 0.60 0.09
C5' 2.10 3.73 2.28 1.43 2.40 1.31 1.81 0.60 2.26 1.03 3.24 3.38 1.81 0.92 1.82 2.75 1.18 1.69 0.91 1.00 1.24 0.73
C6 2.72 2.87 2.57 2.01 2.38 1.96 2.08 1.07 2.08 2.31 2.51 2.81 1.85 2.12 2.38 3.23 2.30 2.24 0.70 0.74 0.50 0.12
C8 2.40 3.34 2.20 1.56 2.34 1.66 1.88 0.83 2.13 1.78 2.91 3.08 1.78 1.58 2.07 2.76 1.73 2.02 0.67 0.70 0.69 0.13
N1 2.48 2.37 2.36 1.91 1.99 1.93 1.73 1.04 1.66 2.14 2.02 2.34 1.46 1.92 2.11 3.00 2.23 2.13 0.70 0.72 0.45 0.12
N3 1.87 2.55 1.73 1.24 1.59 1.48 1.09 0.72 1.28 1.34 2.06 2.35 0.89 1.07 1.44 2.23 1.44 1.71 0.65 0.66 0.66 0.12
N6 3.00 3.22 2.91 2.28 2.79 2.10 2.53 1.20 2.54 2.66 2.91 3.19 2.35 2.52 2.74 3.63 2.61 2.37 0.74 0.74 0.43 0.16
N7 2.61 3.35 2.41 1.78 2.51 1.80 2.12 0.93 2.29 2.10 2.94 3.15 1.99 1.93 2.32 3.01 2.01 2.15 0.68 0.73 0.63 0.10
N9 2.14 3.15 1.99 1.36 2.06 1.53 1.55 0.74 1.83 1.46 2.68 2.87 1.44 1.22 1.78 2.51 1.49 1.86 0.67 0.67 0.71 0.15
O2' 1.59 2.74 1.36 1.03 1.39 1.42 0.83 1.02 1.29 1.14 2.32 2.31 0.89 0.81 1.15 1.84 1.25 1.59 0.96 0.83 0.31 0.57
O3' 1.79 3.73 1.98 1.13 2.25 1.09 1.72 0.45 2.29 0.81 3.32 3.25 1.88 0.73 1.59 2.39 0.92 1.46 0.61 0.82 0.91 0.49
O4' 2.10 3.72 2.24 1.41 2.39 1.39 1.78 0.72 2.24 0.97 3.22 3.39 1.78 0.83 1.80 2.68 1.16 1.76 1.00 0.93 1.32 0.79
O5' 2.60 4.08 2.65 1.78 2.82 1.75 2.23 0.97 2.62 1.59 3.57 3.77 2.15 1.46 2.31 3.15 1.56 2.18 1.15 0.94 1.34 0.85
OP1 2.40 4.24 2.53 1.61 2.83 1.47 2.28 0.69 2.80 1.38 3.81 3.82 2.38 1.34 2.19 3.01 1.39 1.90 0.98 1.01 1.37 0.82
OP2 3.20 4.68 3.17 2.26 3.43 2.22 2.86 1.36 3.24 2.21 4.17 4.37 2.78 2.12 2.92 3.72 2.10 2.69 1.41 0.91 1.44 1.01
P 2.73 4.25 2.79 1.90 2.97 1.85 2.37 1.02 2.78 1.70 3.74 3.92 2.30 1.58 2.44 3.33 1.74 2.27 1.17 0.87 1.32 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.12 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.08 0.12 0.09 0.03 0.00 0.03 0.36 0.01 0.24 0.06 0.39 0.18
C2 0.12 0.00 0.13 0.15 0.02 0.31 0.03 0.66 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.11 0.10 0.36 1.07 1.24 2.00 1.50
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.15 0.07 0.09 0.11 0.12 0.05 0.10 0.03 0.01 0.01 0.03 0.51 0.21 0.70 0.41
C3' 0.03 0.15 0.01 0.00 0.18 0.01 0.32 0.02 0.28 0.47 0.21 0.13 0.30 0.49 0.24 0.04 0.01 0.03 0.35 0.22 0.30 0.07
C4 0.05 0.02 0.06 0.18 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.22 0.08 0.19 0.56 0.46 1.15 0.74
C4' 0.03 0.31 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.05 0.41 0.19 0.32 0.05 0.35 0.11 0.33 0.02 0.01 0.02 0.23 0.14 0.20
C5 0.02 0.03 0.06 0.32 0.01 0.09 0.00 0.19 0.03 0.05 0.03 0.02 0.07 0.02 0.02 0.38 0.07 0.07 0.63 0.52 1.23 0.75
C5' 0.03 0.66 0.15 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.11 0.77 0.39 0.66 0.15 0.69 0.19 0.14 0.20 0.02 0.01 0.06 0.03 0.03
C6 0.02 0.02 0.07 0.28 0.01 0.05 0.03 0.11 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04 0.35 0.06 0.16 0.63 0.56 1.41 0.87
C8 0.06 0.05 0.09 0.47 0.02 0.41 0.05 0.77 0.09 0.00 0.07 0.03 0.18 0.01 0.01 0.44 0.15 0.25 1.10 1.10 1.40 1.14
N1 0.08 0.01 0.11 0.21 0.02 0.19 0.03 0.39 0.01 0.07 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03 0.20 0.07 0.28 0.81 0.89 1.70 1.18
N3 0.12 0.01 0.12 0.13 0.01 0.32 0.02 0.66 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.12 0.37 1.04 1.13 1.81 1.39
N6 0.09 0.03 0.05 0.30 0.04 0.05 0.07 0.15 0.01 0.18 0.04 0.02 0.00 0.19 0.10 0.48 0.13 0.15 0.70 0.67 1.53 0.94
N7 0.03 0.04 0.10 0.49 0.03 0.35 0.02 0.69 0.09 0.01 0.07 0.02 0.19 0.00 0.03 0.47 0.11 0.17 1.07 1.11 1.60 1.19
N9 0.00 0.03 0.03 0.24 0.02 0.11 0.02 0.19 0.04 0.01 0.03 0.02 0.10 0.03 0.00 0.26 0.15 0.02 0.47 0.33 0.77 0.45
O2' 0.03 0.11 0.01 0.04 0.22 0.33 0.38 0.14 0.35 0.44 0.20 0.10 0.48 0.47 0.26 0.00 0.03 0.22 0.25 0.29 0.58 0.36
O3' 0.36 0.10 0.01 0.01 0.08 0.02 0.07 0.20 0.06 0.15 0.07 0.12 0.13 0.11 0.15 0.03 0.00 0.18 0.27 0.79 0.32 0.51
O4' 0.01 0.36 0.03 0.03 0.19 0.01 0.07 0.02 0.16 0.25 0.28 0.37 0.15 0.17 0.02 0.22 0.18 0.00 0.06 0.07 0.19 0.12
O5' 0.24 1.07 0.51 0.35 0.56 0.02 0.63 0.01 0.63 1.10 0.81 1.04 0.70 1.07 0.47 0.25 0.27 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.06 1.24 0.21 0.22 0.46 0.23 0.52 0.06 0.56 1.10 0.89 1.13 0.67 1.11 0.33 0.29 0.79 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 2.00 0.70 0.30 1.15 0.14 1.23 0.03 1.41 1.40 1.70 1.81 1.53 1.60 0.77 0.58 0.32 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 1.50 0.41 0.07 0.74 0.20 0.75 0.03 0.87 1.14 1.18 1.39 0.94 1.19 0.45 0.36 0.51 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00