Doublet Group distance statistics: 53030

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N3	A	0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N1	A	0, 0.015, 0.032, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C4	A	0, 0.019, 0.038, 0.057, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.038 std_dev=0.019
N9	A	0, 0.014, 0.035, 0.055, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.035 std_dev=0.020
C1'	A	0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N6	A	0, 0.026, 0.057, 0.087, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.057 std_dev=0.030
N7	A	0, 0.032, 0.064, 0.096, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.064 std_dev=0.032
C8	A	0, 0.036, 0.073, 0.110, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.073 std_dev=0.037
O4'	A	0, 0.023, 0.096, 0.169, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.096 std_dev=0.073
C2'	A	0, 0.082, 0.176, 0.270, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.176 std_dev=0.094
C3'	A	0, 0.118, 0.244, 0.371, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.244 std_dev=0.127
C4'	B	0, 0.083, 0.211, 0.339, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.211 std_dev=0.128
C3'	B	0, 0.106, 0.246, 0.386, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.246 std_dev=0.140
C4'	A	0, 0.120, 0.270, 0.420, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.270 std_dev=0.150
O2'	A	0, 0.115, 0.280, 0.446, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.280 std_dev=0.166
C2'	B	0, 0.104, 0.279, 0.455, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.279 std_dev=0.176
O4'	B	0, 0.125, 0.306, 0.487, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.306 std_dev=0.181
O2'	B	0, 0.139, 0.333, 0.526, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.333 std_dev=0.194
C1'	B	0, 0.075, 0.273, 0.471, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.273 std_dev=0.198
O3'	B	0, 0.132, 0.331, 0.530, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.331 std_dev=0.199
C5'	B	0, 0.061, 0.262, 0.462, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.262 std_dev=0.201
O5'	B	0, 0.171, 0.392, 0.612, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.392 std_dev=0.220
P	B	0, 0.176, 0.429, 0.682, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.429 std_dev=0.253
N9	B	0, 0.124, 0.386, 0.648, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.386 std_dev=0.262
OP1	B	0, 0.229, 0.513, 0.798, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.513 std_dev=0.285
C4	B	0, 0.148, 0.439, 0.730, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.439 std_dev=0.291
N3	B	0, 0.143, 0.441, 0.740, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.441 std_dev=0.299
C5'	A	0, 0.213, 0.523, 0.832, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.523 std_dev=0.310
C8	B	0, 0.157, 0.472, 0.787, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.472 std_dev=0.315
OP2	B	0, 0.196, 0.519, 0.843, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.519 std_dev=0.323
C5	B	0, 0.174, 0.523, 0.872, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.523 std_dev=0.349
N7	B	0, 0.176, 0.546, 0.916, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.546 std_dev=0.370
C2	B	0, 0.152, 0.524, 0.896, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.524 std_dev=0.372
O3'	A	0, 0.238, 0.632, 1.026, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.632 std_dev=0.394
C6	B	0, 0.179, 0.587, 0.994, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.587 std_dev=0.407
N1	B	0, 0.157, 0.578, 0.999, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.578 std_dev=0.421
O5'	A	0, 0.263, 0.709, 1.155, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.709 std_dev=0.446
N6	B	0, 0.190, 0.660, 1.130, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.660 std_dev=0.470
P	A	0, 0.267, 1.041, 1.814, 1.837 max_d=1.837 avg_d=1.041 std_dev=0.774
OP1	A	0, 0.307, 1.127, 1.947, 2.056 max_d=2.056 avg_d=1.127 std_dev=0.820
OP2	A	0, 0.252, 1.238, 2.224, 2.313 max_d=2.313 avg_d=1.238 std_dev=0.986

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.03	0.00	0.03	0.07	0.04	0.01	0.04	0.05	0.05	0.01	0.01	0.02	0.30	0.00	0.17	0.43	0.37	0.31
C2	0.04	0.00	0.05	0.05	0.01	0.05	0.01	0.13	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.14	0.36	0.08	0.34	0.47	0.56	0.41
C2'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.02	0.03	0.03	0.13	0.04	0.07	0.04	0.06	0.05	0.06	0.02	0.00	0.12	0.01	0.18	0.55	0.43	0.40
C3'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.06	0.04	0.05	0.05	0.05	0.02	0.02	0.01	0.00	0.08	0.32	0.15	0.15
C4	0.03	0.01	0.02	0.02	0.00	0.04	0.00	0.16	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.07	0.32	0.04	0.34	0.52	0.58	0.45
C4'	0.00	0.05	0.03	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.07	0.08	0.05	0.04	0.08	0.09	0.04	0.01	0.08	0.00	0.00	0.20	0.08	0.07
C5	0.03	0.01	0.03	0.03	0.00	0.07	0.00	0.22	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.29	0.04	0.41	0.59	0.69	0.54
C5'	0.07	0.13	0.13	0.01	0.16	0.00	0.22	0.00	0.22	0.24	0.18	0.11	0.25	0.26	0.16	0.11	0.13	0.01	0.01	0.09	0.02	0.00
C6	0.04	0.01	0.04	0.04	0.02	0.07	0.01	0.22	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.06	0.31	0.06	0.42	0.58	0.70	0.54
C8	0.01	0.02	0.07	0.06	0.01	0.08	0.01	0.24	0.02	0.00	0.02	0.02	0.03	0.00	0.01	0.09	0.22	0.03	0.39	0.63	0.68	0.56
N1	0.04	0.00	0.04	0.04	0.01	0.05	0.01	0.18	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.11	0.34	0.07	0.38	0.52	0.64	0.48
N3	0.05	0.00	0.06	0.05	0.01	0.04	0.01	0.11	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.14	0.36	0.07	0.30	0.45	0.50	0.37
N6	0.05	0.01	0.05	0.05	0.02	0.08	0.02	0.25	0.00	0.03	0.02	0.01	0.00	0.04	0.04	0.05	0.29	0.06	0.45	0.61	0.75	0.58
N7	0.01	0.02	0.06	0.05	0.01	0.09	0.01	0.26	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.01	0.07	0.24	0.03	0.43	0.65	0.75	0.60
N9	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.04	0.02	0.16	0.03	0.01	0.02	0.02	0.04	0.01	0.00	0.01	0.28	0.02	0.31	0.53	0.54	0.44
O2'	0.02	0.14	0.00	0.02	0.07	0.01	0.03	0.11	0.06	0.09	0.11	0.14	0.05	0.07	0.01	0.00	0.15	0.01	0.20	0.63	0.56	0.47
O3'	0.30	0.36	0.12	0.01	0.32	0.08	0.29	0.13	0.31	0.22	0.34	0.36	0.29	0.24	0.28	0.15	0.00	0.26	0.23	0.29	0.21	0.23
O4'	0.00	0.08	0.01	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.06	0.03	0.07	0.07	0.06	0.03	0.02	0.01	0.26	0.00	0.10	0.25	0.17	0.14
O5'	0.17	0.34	0.18	0.08	0.34	0.00	0.41	0.01	0.42	0.39	0.38	0.30	0.45	0.43	0.31	0.20	0.23	0.10	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.43	0.47	0.55	0.32	0.52	0.20	0.59	0.09	0.58	0.63	0.52	0.45	0.61	0.65	0.53	0.63	0.29	0.25	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.37	0.56	0.43	0.15	0.58	0.08	0.69	0.02	0.70	0.68	0.64	0.50	0.75	0.75	0.54	0.56	0.21	0.17	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.31	0.41	0.40	0.15	0.45	0.07	0.54	0.00	0.54	0.56	0.48	0.37	0.58	0.60	0.44	0.47	0.23	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.23	0.10	0.05	0.21	0.11	0.23	0.16	0.26	0.20	0.25	0.21	0.31	0.23	0.20	0.17	0.06	0.21	0.09	0.14	0.13	0.13
C2	0.09	0.16	0.09	0.08	0.12	0.13	0.15	0.21	0.16	0.17	0.14	0.16	0.23	0.23	0.09	0.11	0.08	0.17	0.17	0.17	0.16	0.17
C2'	0.25	0.29	0.18	0.13	0.28	0.19	0.30	0.19	0.31	0.29	0.31	0.28	0.35	0.29	0.28	0.19	0.15	0.29	0.15	0.15	0.13	0.12
C3'	0.23	0.27	0.17	0.11	0.26	0.18	0.27	0.19	0.29	0.26	0.28	0.26	0.34	0.27	0.26	0.18	0.12	0.28	0.15	0.18	0.18	0.14
C4	0.12	0.21	0.08	0.06	0.17	0.12	0.18	0.20	0.22	0.13	0.21	0.19	0.27	0.18	0.14	0.14	0.06	0.19	0.14	0.16	0.16	0.17
C4'	0.19	0.21	0.13	0.07	0.21	0.14	0.22	0.17	0.24	0.21	0.22	0.21	0.30	0.23	0.21	0.16	0.08	0.23	0.10	0.19	0.21	0.14
C5	0.12	0.21	0.10	0.09	0.16	0.14	0.15	0.21	0.19	0.09	0.21	0.19	0.25	0.12	0.12	0.14	0.10	0.18	0.16	0.17	0.17	0.18
C5'	0.10	0.09	0.10	0.05	0.09	0.09	0.14	0.15	0.18	0.14	0.14	0.08	0.30	0.17	0.11	0.17	0.05	0.14	0.06	0.19	0.21	0.13
C6	0.12	0.20	0.11	0.11	0.13	0.15	0.09	0.22	0.14	0.08	0.17	0.19	0.21	0.13	0.09	0.13	0.13	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17
C8	0.13	0.23	0.09	0.07	0.18	0.13	0.19	0.21	0.24	0.13	0.24	0.20	0.29	0.15	0.15	0.16	0.08	0.19	0.14	0.17	0.17	0.17
N1	0.09	0.17	0.11	0.10	0.10	0.14	0.10	0.21	0.12	0.14	0.13	0.17	0.21	0.22	0.06	0.12	0.12	0.16	0.18	0.18	0.16	0.17
N3	0.11	0.19	0.07	0.06	0.16	0.12	0.18	0.20	0.20	0.16	0.19	0.18	0.26	0.22	0.14	0.13	0.05	0.19	0.13	0.17	0.16	0.17
N6	0.14	0.23	0.14	0.14	0.14	0.18	0.06	0.23	0.10	0.10	0.18	0.22	0.15	0.12	0.11	0.15	0.18	0.19	0.18	0.18	0.17	0.18
N7	0.13	0.22	0.10	0.09	0.16	0.14	0.16	0.22	0.21	0.10	0.23	0.20	0.26	0.10	0.13	0.15	0.10	0.18	0.16	0.17	0.18	0.18
N9	0.13	0.22	0.08	0.05	0.19	0.11	0.21	0.19	0.24	0.16	0.24	0.20	0.30	0.19	0.16	0.16	0.05	0.19	0.12	0.16	0.16	0.16
O2'	0.39	0.39	0.32	0.29	0.39	0.34	0.38	0.31	0.38	0.41	0.38	0.39	0.38	0.39	0.40	0.28	0.30	0.43	0.31	0.25	0.20	0.23
O3'	0.22	0.15	0.32	0.36	0.15	0.29	0.16	0.34	0.19	0.16	0.17	0.16	0.28	0.16	0.17	0.41	0.37	0.17	0.33	0.36	0.35	0.38
O4'	0.10	0.17	0.12	0.11	0.15	0.08	0.18	0.18	0.21	0.16	0.19	0.15	0.29	0.20	0.14	0.20	0.09	0.13	0.13	0.19	0.16	0.17
O5'	0.18	0.16	0.24	0.22	0.16	0.24	0.17	0.33	0.20	0.17	0.18	0.17	0.29	0.18	0.17	0.31	0.21	0.19	0.24	0.23	0.21	0.22
OP1	0.39	0.37	0.44	0.38	0.38	0.36	0.38	0.41	0.38	0.39	0.38	0.38	0.42	0.38	0.39	0.55	0.38	0.34	0.36	0.31	0.32	0.32
OP2	0.51	0.54	0.55	0.50	0.53	0.49	0.54	0.53	0.55	0.52	0.55	0.54	0.59	0.54	0.52	0.65	0.50	0.46	0.45	0.37	0.36	0.39
P	0.31	0.32	0.36	0.31	0.32	0.31	0.33	0.36	0.35	0.32	0.34	0.33	0.41	0.33	0.32	0.46	0.31	0.28	0.29	0.25	0.25	0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.03	0.03	0.05	0.04	0.02	0.00	0.02	0.05	0.00	0.04	0.25	0.21	0.14
C2	0.05	0.00	0.04	0.08	0.01	0.09	0.01	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.11	0.17	0.09	0.08	0.23	0.19	0.13
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.06	0.03	0.05	0.02	0.04	0.07	0.05	0.01	0.00	0.02	0.01	0.11	0.28	0.30	0.21
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.02	0.07	0.04	0.08	0.07	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.06	0.32	0.27	0.20
C4	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.05	0.09	0.03	0.07	0.23	0.21	0.14
C4'	0.01	0.09	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.01	0.04	0.09	0.05	0.08	0.08	0.08	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.22	0.12	0.09
C5	0.01	0.01	0.03	0.03	0.00	0.04	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.06	0.03	0.12	0.23	0.23	0.17
C5'	0.03	0.09	0.06	0.01	0.07	0.01	0.10	0.00	0.11	0.12	0.09	0.09	0.16	0.13	0.06	0.05	0.02	0.01	0.00	0.11	0.01	0.01
C6	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.04	0.01	0.11	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.04	0.09	0.04	0.12	0.23	0.23	0.17
C8	0.03	0.00	0.05	0.07	0.00	0.09	0.01	0.12	0.02	0.00	0.01	0.01	0.06	0.00	0.00	0.08	0.04	0.07	0.12	0.24	0.24	0.19
N1	0.03	0.01	0.02	0.04	0.01	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.08	0.14	0.07	0.09	0.23	0.20	0.14
N3	0.05	0.01	0.04	0.08	0.00	0.08	0.01	0.09	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.10	0.16	0.09	0.08	0.24	0.20	0.13
N6	0.04	0.02	0.07	0.07	0.02	0.08	0.03	0.16	0.01	0.06	0.02	0.02	0.00	0.06	0.04	0.04	0.06	0.07	0.18	0.26	0.28	0.23
N7	0.02	0.01	0.05	0.07	0.01	0.08	0.00	0.13	0.02	0.00	0.01	0.01	0.06	0.00	0.00	0.06	0.04	0.06	0.15	0.24	0.25	0.20
N9	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.06	0.02	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.00	0.03	0.05	0.02	0.06	0.23	0.22	0.15
O2'	0.02	0.11	0.00	0.01	0.05	0.02	0.03	0.05	0.04	0.08	0.08	0.10	0.04	0.06	0.03	0.00	0.06	0.02	0.14	0.33	0.39	0.26
O3'	0.05	0.17	0.02	0.01	0.09	0.02	0.06	0.02	0.09	0.04	0.14	0.16	0.06	0.04	0.05	0.06	0.00	0.04	0.05	0.36	0.29	0.20
O4'	0.00	0.09	0.01	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.04	0.07	0.07	0.09	0.07	0.06	0.02	0.02	0.04	0.00	0.06	0.19	0.13	0.09
O5'	0.04	0.08	0.11	0.06	0.07	0.01	0.12	0.00	0.12	0.12	0.09	0.08	0.18	0.15	0.06	0.14	0.05	0.06	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.25	0.23	0.28	0.32	0.23	0.22	0.23	0.11	0.23	0.24	0.23	0.24	0.26	0.24	0.23	0.33	0.36	0.19	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.21	0.19	0.30	0.27	0.21	0.12	0.23	0.01	0.23	0.24	0.20	0.20	0.28	0.25	0.22	0.39	0.29	0.13	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.14	0.13	0.21	0.20	0.14	0.09	0.17	0.01	0.17	0.19	0.14	0.13	0.23	0.20	0.15	0.26	0.20	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00