ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53031

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.014, 0.030, 0.047, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.003, 0.022, 0.042, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.026, 0.054, 0.082, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.054 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.048, 0.107, 0.165, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.107 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.078, 0.157, 0.236, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.157 std_dev=0.079
C4' A 0, 0.141, 0.288, 0.435, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.288 std_dev=0.147
C3' A 0, 0.168, 0.338, 0.508, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.338 std_dev=0.170
OP2 A 0, 0.215, 0.436, 0.657, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.436 std_dev=0.221
C5' A 0, 0.243, 0.494, 0.744, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.494 std_dev=0.251
O3' A 0, 0.268, 0.538, 0.808, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.538 std_dev=0.270
P A 0, 0.329, 0.659, 0.989, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.659 std_dev=0.330
OP1 A 0, 0.353, 0.706, 1.060, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.706 std_dev=0.354
O5' A 0, 0.377, 0.758, 1.139, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.758 std_dev=0.381
OP2 B 0, 0.381, 0.819, 1.257, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.819 std_dev=0.438
O5' B 0, 0.426, 0.885, 1.344, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.885 std_dev=0.459
P B 0, 0.433, 0.904, 1.375, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.904 std_dev=0.471
C5' B 0, 0.472, 1.010, 1.547, 1.515 max_d=1.515 avg_d=1.010 std_dev=0.538
C2' B 0, 0.515, 1.083, 1.651, 1.588 max_d=1.588 avg_d=1.083 std_dev=0.568
O2' B 0, 0.514, 1.121, 1.728, 1.707 max_d=1.707 avg_d=1.121 std_dev=0.607
C3' B 0, 0.544, 1.189, 1.834, 1.812 max_d=1.812 avg_d=1.189 std_dev=0.645
C4' B 0, 0.578, 1.254, 1.930, 1.907 max_d=1.907 avg_d=1.254 std_dev=0.676
OP1 B 0, 0.618, 1.297, 1.975, 1.871 max_d=1.871 avg_d=1.297 std_dev=0.679
C1' B 0, 0.595, 1.282, 1.970, 1.933 max_d=1.933 avg_d=1.282 std_dev=0.687
C8 B 0, 0.643, 1.351, 2.059, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.351 std_dev=0.708
N9 B 0, 0.655, 1.384, 2.113, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.384 std_dev=0.729
O4' B 0, 0.648, 1.389, 2.131, 2.092 max_d=2.092 avg_d=1.389 std_dev=0.741
N7 B 0, 0.747, 1.536, 2.325, 2.165 max_d=2.165 avg_d=1.536 std_dev=0.789
C4 B 0, 0.770, 1.592, 2.414, 2.294 max_d=2.294 avg_d=1.592 std_dev=0.822
N3 B 0, 0.811, 1.671, 2.530, 2.407 max_d=2.407 avg_d=1.671 std_dev=0.860
C5 B 0, 0.832, 1.703, 2.575, 2.405 max_d=2.405 avg_d=1.703 std_dev=0.872
O3' B 0, 0.604, 1.546, 2.487, 2.577 max_d=2.577 avg_d=1.546 std_dev=0.941
C2 B 0, 0.932, 1.907, 2.883, 2.716 max_d=2.716 avg_d=1.907 std_dev=0.975
C6 B 0, 0.966, 1.964, 2.961, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.964 std_dev=0.997
N1 B 0, 1.015, 2.064, 3.112, 2.890 max_d=2.890 avg_d=2.064 std_dev=1.049
N6 B 0, 1.049, 2.122, 3.195, 2.914 max_d=2.914 avg_d=2.122 std_dev=1.073

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.14 0.06 0.09
C2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.08 0.03 0.07 0.11 0.06 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.06 0.10
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.07
C4 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.08 0.11 0.05 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05
C5 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.11 0.08 0.04 0.03
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.03 0.07 0.08 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.11 0.07 0.04 0.02
C8 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.13 0.09 0.04 0.03
N1 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.09 0.09 0.05 0.04
N3 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.06 0.12 0.06 0.08
N6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.13 0.05 0.03 0.01
N7 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.14 0.06 0.03 0.01
N9 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.12 0.05 0.07
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.14 0.08 0.12
O3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.13 0.04 0.09
O5' 0.04 0.07 0.02 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.13 0.09 0.06 0.13 0.14 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.14 0.11 0.13 0.09 0.11 0.08 0.08 0.04 0.07 0.09 0.09 0.12 0.05 0.06 0.12 0.14 0.09 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.06 0.06 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.05 0.08 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.07 0.10 0.07 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.08 0.01 0.01 0.07 0.12 0.06 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.07 0.11 0.07 0.12 0.07 0.17 0.09 0.17 0.18 0.11 0.05 0.21 0.22 0.12 0.13 0.21 0.09 0.12 0.10 0.05 0.06
C2 0.19 0.17 0.18 0.29 0.21 0.20 0.27 0.10 0.28 0.28 0.22 0.15 0.33 0.31 0.21 0.19 0.45 0.18 0.08 0.07 0.10 0.09
C2' 0.05 0.08 0.07 0.06 0.10 0.07 0.15 0.12 0.16 0.14 0.11 0.06 0.20 0.19 0.09 0.04 0.08 0.06 0.14 0.13 0.05 0.08
C3' 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.11 0.10 0.11 0.11 0.06 0.02 0.15 0.14 0.06 0.04 0.05 0.02 0.12 0.13 0.03 0.07
C4 0.14 0.11 0.15 0.21 0.16 0.15 0.22 0.08 0.22 0.23 0.16 0.09 0.27 0.26 0.16 0.16 0.42 0.14 0.09 0.06 0.08 0.06
C4' 0.08 0.03 0.08 0.03 0.07 0.01 0.12 0.08 0.11 0.14 0.06 0.03 0.15 0.16 0.09 0.11 0.07 0.05 0.11 0.12 0.03 0.05
C5 0.14 0.11 0.15 0.24 0.15 0.18 0.21 0.09 0.22 0.22 0.16 0.09 0.28 0.26 0.15 0.15 0.47 0.15 0.08 0.07 0.12 0.08
C5' 0.06 0.04 0.07 0.02 0.05 0.01 0.10 0.09 0.10 0.12 0.05 0.03 0.14 0.15 0.07 0.09 0.09 0.04 0.12 0.12 0.05 0.07
C6 0.16 0.14 0.16 0.29 0.17 0.21 0.23 0.12 0.24 0.23 0.19 0.11 0.30 0.28 0.17 0.17 0.50 0.17 0.07 0.10 0.15 0.10
C8 0.11 0.08 0.12 0.17 0.12 0.13 0.18 0.08 0.18 0.19 0.13 0.06 0.24 0.23 0.12 0.11 0.38 0.12 0.10 0.07 0.10 0.06
N1 0.18 0.17 0.17 0.30 0.20 0.22 0.26 0.13 0.27 0.25 0.22 0.14 0.33 0.30 0.19 0.18 0.49 0.18 0.07 0.11 0.15 0.12
N3 0.17 0.14 0.17 0.24 0.19 0.15 0.25 0.07 0.25 0.26 0.19 0.12 0.30 0.29 0.19 0.19 0.41 0.15 0.09 0.06 0.06 0.05
N6 0.16 0.14 0.16 0.30 0.17 0.23 0.23 0.15 0.24 0.22 0.19 0.11 0.31 0.27 0.17 0.16 0.53 0.18 0.08 0.14 0.18 0.13
N7 0.13 0.09 0.13 0.22 0.13 0.16 0.19 0.09 0.20 0.20 0.14 0.07 0.26 0.24 0.13 0.13 0.44 0.14 0.09 0.07 0.12 0.07
N9 0.12 0.09 0.13 0.15 0.13 0.11 0.19 0.08 0.19 0.20 0.14 0.07 0.24 0.24 0.14 0.13 0.35 0.12 0.11 0.08 0.07 0.06
O2' 0.08 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.17 0.14 0.18 0.14 0.15 0.10 0.22 0.19 0.10 0.11 0.08 0.10 0.15 0.15 0.05 0.09
O3' 0.07 0.04 0.04 0.11 0.07 0.07 0.11 0.10 0.10 0.12 0.05 0.04 0.13 0.14 0.08 0.05 0.16 0.06 0.11 0.14 0.04 0.07
O4' 0.11 0.05 0.12 0.05 0.11 0.06 0.16 0.08 0.15 0.18 0.09 0.04 0.19 0.20 0.12 0.15 0.20 0.09 0.11 0.10 0.04 0.05
O5' 0.02 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.10 0.13 0.10 0.10 0.07 0.05 0.15 0.14 0.04 0.03 0.06 0.03 0.16 0.16 0.09 0.11
OP1 0.16 0.07 0.16 0.16 0.12 0.14 0.15 0.05 0.14 0.18 0.08 0.08 0.19 0.20 0.14 0.19 0.29 0.15 0.07 0.04 0.14 0.07
OP2 0.02 0.11 0.03 0.02 0.05 0.01 0.09 0.06 0.11 0.07 0.11 0.09 0.15 0.12 0.03 0.06 0.10 0.02 0.11 0.08 0.06 0.03
P 0.09 0.05 0.09 0.08 0.06 0.06 0.10 0.03 0.10 0.12 0.06 0.05 0.16 0.15 0.07 0.12 0.18 0.07 0.08 0.04 0.08 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.17 0.00 0.02 0.19 0.03 0.06
C2 0.08 0.00 0.07 0.13 0.02 0.10 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.14 0.38 0.09 0.11 0.06 0.07 0.05
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.08 0.02 0.05 0.05 0.07 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.11 0.19 0.06 0.11
C3' 0.03 0.13 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.12 0.07 0.14 0.07 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.14 0.05
C4 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.23 0.05 0.12 0.08 0.08 0.04
C4' 0.01 0.10 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.08 0.06 0.10 0.05 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.15 0.07 0.03
C5 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.03 0.18 0.03 0.14 0.11
C5' 0.02 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.11 0.11 0.07 0.05 0.15 0.14 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01
C6 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.10 0.20 0.05 0.20 0.06 0.16 0.14
C8 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.16 0.07 0.11 0.06
N1 0.07 0.01 0.05 0.07 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.13 0.32 0.08 0.15 0.04 0.12 0.10
N3 0.08 0.01 0.07 0.14 0.01 0.10 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.13 0.38 0.09 0.08 0.10 0.05 0.02
N6 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.14 0.04 0.25 0.13 0.22 0.21
N7 0.02 0.02 0.05 0.12 0.02 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.21 0.02 0.16 0.13
N9 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.14 0.01 0.09 0.13 0.06 0.02
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.09 0.01 0.08 0.06 0.10 0.06 0.13 0.13 0.08 0.06 0.06 0.00 0.03 0.02 0.14 0.21 0.09 0.14
O3' 0.17 0.38 0.02 0.01 0.23 0.03 0.15 0.03 0.20 0.03 0.32 0.38 0.14 0.04 0.14 0.03 0.00 0.12 0.03 0.12 0.22 0.07
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.09 0.04 0.03 0.01 0.02 0.12 0.00 0.04 0.22 0.06 0.09
O5' 0.02 0.11 0.11 0.04 0.12 0.01 0.18 0.00 0.20 0.16 0.15 0.08 0.25 0.21 0.09 0.14 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.19 0.06 0.19 0.09 0.08 0.15 0.03 0.08 0.06 0.07 0.04 0.10 0.13 0.02 0.13 0.21 0.12 0.22 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.03 0.07 0.06 0.14 0.08 0.07 0.14 0.05 0.16 0.11 0.12 0.05 0.22 0.16 0.06 0.09 0.22 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.06 0.05 0.11 0.05 0.04 0.03 0.11 0.01 0.14 0.06 0.10 0.02 0.21 0.13 0.02 0.14 0.07 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00