ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53032

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.003, 0.025, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.004, 0.035, 0.065, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.035 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.002, 0.033, 0.065, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.033 std_dev=0.032
N1 A 0, 0.003, 0.037, 0.070, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.037 std_dev=0.034
C4 A 0, 0.005, 0.049, 0.093, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.049 std_dev=0.044
N6 A 0, 0.011, 0.067, 0.123, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.067 std_dev=0.056
N9 A 0, 0.012, 0.070, 0.127, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.070 std_dev=0.057
N7 A 0, 0.009, 0.075, 0.140, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.075 std_dev=0.066
C8 A 0, 0.011, 0.095, 0.180, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.095 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.036, 0.313, 0.590, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.313 std_dev=0.277
C2' A 0, 0.068, 0.418, 0.767, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.418 std_dev=0.350
O4' A 0, 0.085, 0.489, 0.894, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.489 std_dev=0.404
O5' A 0, 0.040, 0.502, 0.964, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.502 std_dev=0.462
OP2 B 0, 0.089, 0.561, 1.033, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.561 std_dev=0.472
C3' A 0, 0.143, 0.797, 1.451, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.797 std_dev=0.654
C4' A 0, 0.147, 0.810, 1.473, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.810 std_dev=0.663
P B 0, 0.167, 0.921, 1.676, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.921 std_dev=0.754
OP1 B 0, 0.148, 0.968, 1.787, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.968 std_dev=0.819
O3' A 0, 0.208, 1.149, 2.091, 2.060 max_d=2.060 avg_d=1.149 std_dev=0.942
C5' A 0, 0.228, 1.268, 2.308, 2.273 max_d=2.273 avg_d=1.268 std_dev=1.040
P A 0, 0.220, 1.340, 2.461, 2.457 max_d=2.457 avg_d=1.340 std_dev=1.121
OP1 A 0, 0.254, 1.535, 2.815, 2.804 max_d=2.804 avg_d=1.535 std_dev=1.281
O5' B 0, 0.314, 1.715, 3.117, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.715 std_dev=1.401
OP2 A 0, 0.297, 1.721, 3.145, 3.132 max_d=3.132 avg_d=1.721 std_dev=1.424
C5' B 0, 0.547, 2.986, 5.425, 5.113 max_d=5.113 avg_d=2.986 std_dev=2.439
C4' B 0, 0.736, 4.061, 7.385, 7.217 max_d=7.217 avg_d=4.061 std_dev=3.325
C8 B 0, 0.529, 3.912, 7.296, 7.545 max_d=7.545 avg_d=3.912 std_dev=3.384
N9 B 0, 0.771, 4.237, 7.702, 7.268 max_d=7.268 avg_d=4.237 std_dev=3.466
O4' B 0, 0.749, 4.243, 7.737, 7.894 max_d=7.894 avg_d=4.243 std_dev=3.494
C4 B 0, 0.786, 4.319, 7.852, 7.594 max_d=7.594 avg_d=4.319 std_dev=3.533
C5 B 0, 0.747, 4.285, 7.822, 7.644 max_d=7.644 avg_d=4.285 std_dev=3.537
N7 B 0, 0.476, 4.033, 7.590, 7.963 max_d=7.963 avg_d=4.033 std_dev=3.557
C3' B 0, 0.848, 4.634, 8.420, 7.872 max_d=7.872 avg_d=4.634 std_dev=3.786
C6 B 0, 0.865, 4.757, 8.650, 8.207 max_d=8.207 avg_d=4.757 std_dev=3.892
C1' B 0, 0.875, 4.798, 8.722, 8.377 max_d=8.377 avg_d=4.798 std_dev=3.923
N3 B 0, 0.676, 4.647, 8.619, 9.886 max_d=9.886 avg_d=4.647 std_dev=3.972
C2' B 0, 0.910, 5.000, 9.090, 8.787 max_d=8.787 avg_d=5.000 std_dev=4.090
N1 B 0, 0.848, 4.945, 9.042, 9.513 max_d=9.513 avg_d=4.945 std_dev=4.097
C2 B 0, 0.651, 4.800, 8.950, 10.488 max_d=10.488 avg_d=4.800 std_dev=4.149
N6 B 0, 0.903, 5.266, 9.630, 9.537 max_d=9.537 avg_d=5.266 std_dev=4.364
O3' B 0, 1.057, 5.843, 10.629, 10.089 max_d=10.089 avg_d=5.843 std_dev=4.786
O2' B 0, 1.199, 6.563, 11.927, 11.370 max_d=11.370 avg_d=6.563 std_dev=5.364

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.10 0.17 0.02
C2 0.01 0.00 0.22 0.31 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.13 0.37 0.07 0.21 0.13 0.63 0.33
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.12 0.01 0.10 0.02 0.14 0.09 0.19 0.22 0.13 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.25 0.06 0.38 0.15
C3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.19 0.00 0.19 0.02 0.25 0.09 0.30 0.27 0.25 0.11 0.07 0.03 0.01 0.01 0.32 0.11 0.40 0.24
C4 0.01 0.01 0.12 0.19 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.21 0.04 0.22 0.16 0.58 0.33
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.11 0.07 0.11 0.09 0.13 0.09 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.06 0.13
C5 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.22 0.04 0.28 0.33 0.76 0.50
C5' 0.04 0.13 0.02 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.17 0.13 0.16 0.10 0.19 0.15 0.08 0.01 0.05 0.03 0.01 0.09 0.07 0.01
C6 0.03 0.01 0.14 0.25 0.02 0.11 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.31 0.06 0.29 0.36 0.84 0.55
C8 0.02 0.02 0.09 0.09 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.10 0.05 0.29 0.33 0.63 0.46
N1 0.02 0.01 0.19 0.30 0.02 0.11 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.10 0.37 0.06 0.26 0.26 0.77 0.46
N3 0.02 0.01 0.22 0.27 0.00 0.09 0.00 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.13 0.31 0.06 0.18 0.06 0.51 0.24
N6 0.04 0.03 0.13 0.25 0.03 0.13 0.03 0.19 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.31 0.07 0.33 0.48 0.96 0.65
N7 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.09 0.00 0.15 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04 0.32 0.44 0.83 0.60
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.02 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.21 0.13 0.46 0.27
O2' 0.04 0.13 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.10 0.13 0.05 0.05 0.03 0.00 0.06 0.03 0.12 0.27 0.15 0.12
O3' 0.02 0.37 0.02 0.01 0.21 0.02 0.22 0.05 0.31 0.10 0.37 0.31 0.31 0.13 0.08 0.06 0.00 0.01 0.30 0.10 0.35 0.19
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.13 0.27 0.14 0.22
O5' 0.10 0.21 0.25 0.32 0.22 0.01 0.28 0.01 0.29 0.29 0.26 0.18 0.33 0.32 0.21 0.12 0.30 0.13 0.00 0.02 0.04 0.00
OP1 0.10 0.13 0.06 0.11 0.16 0.22 0.33 0.09 0.36 0.33 0.26 0.06 0.48 0.44 0.13 0.27 0.10 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.63 0.38 0.40 0.58 0.06 0.76 0.07 0.84 0.63 0.77 0.51 0.96 0.83 0.46 0.15 0.35 0.14 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.33 0.15 0.24 0.33 0.13 0.50 0.01 0.55 0.46 0.46 0.24 0.65 0.60 0.27 0.12 0.19 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.19 1.01 1.95 1.70 0.36 0.90 0.27 0.43 0.70 0.75 0.98 0.79 1.24 0.71 0.74 2.44 2.18 0.65 0.27 0.40 0.27 0.54
C2 0.43 1.68 0.36 0.48 1.09 0.34 1.09 0.47 1.40 0.37 1.66 1.43 1.37 0.69 0.59 0.36 0.72 0.86 0.43 0.10 0.19 0.39
C2' 1.40 1.16 1.95 1.57 0.77 0.96 0.47 0.55 0.16 1.14 0.77 1.11 0.83 1.03 1.09 2.38 1.90 0.85 0.28 0.23 0.13 0.33
C3' 1.36 1.08 1.88 1.53 0.79 0.93 0.46 0.54 0.09 1.05 0.70 1.10 0.76 0.93 1.05 2.36 1.89 0.82 0.27 0.21 0.13 0.29
C4 0.23 1.61 1.01 1.05 0.81 0.24 1.07 0.25 1.62 0.29 1.84 1.11 1.86 0.76 0.22 1.21 1.48 0.41 0.28 0.22 0.20 0.45
C4' 1.44 0.98 2.09 1.73 0.76 1.02 0.33 0.49 0.21 0.93 0.63 1.08 0.86 0.77 1.03 2.70 2.20 0.85 0.28 0.37 0.21 0.50
C5 0.38 2.04 0.58 0.74 1.36 0.14 1.66 0.34 2.24 0.71 2.41 1.53 2.44 1.21 0.77 0.71 1.20 0.76 0.33 0.16 0.19 0.39
C5' 1.25 0.84 1.94 1.64 0.57 0.91 0.10 0.45 0.43 0.66 0.69 0.90 1.00 0.50 0.82 2.53 2.14 0.70 0.29 0.34 0.19 0.50
C6 0.90 2.37 0.19 0.33 1.78 0.52 1.98 0.57 2.42 1.12 2.59 1.96 2.46 1.53 1.24 0.18 0.69 1.20 0.45 0.11 0.19 0.33
C8 0.29 1.58 1.17 1.21 0.81 0.37 1.23 0.21 1.90 0.35 2.05 0.98 2.34 0.92 0.25 1.50 1.77 0.31 0.24 0.25 0.21 0.44
N1 0.98 2.16 0.23 0.22 1.69 0.67 1.71 0.67 2.00 0.94 2.21 1.90 1.90 1.22 1.21 0.21 0.42 1.30 0.52 0.12 0.20 0.32
N3 0.32 1.41 1.01 1.01 0.57 0.26 0.72 0.29 1.14 0.45 1.41 1.04 1.32 0.67 0.01 1.12 1.31 0.40 0.32 0.22 0.20 0.47
N6 1.27 2.74 0.39 0.16 2.12 0.76 2.36 0.71 2.75 1.62 2.92 2.32 2.85 2.06 1.62 0.43 0.44 1.50 0.51 0.14 0.20 0.29
N7 0.26 2.00 0.73 0.88 1.29 0.07 1.69 0.27 2.35 0.74 2.49 1.41 2.73 1.30 0.71 0.95 1.42 0.64 0.29 0.18 0.19 0.40
N9 0.59 1.35 1.41 1.36 0.47 0.53 0.82 0.27 1.41 0.30 1.63 0.82 1.82 0.67 0.12 1.76 1.86 0.29 0.25 0.30 0.22 0.48
O2' 1.90 1.51 2.30 1.73 1.39 1.18 1.04 0.63 0.58 1.59 0.89 1.68 0.73 1.45 1.62 2.84 2.00 1.24 0.30 0.37 0.20 0.45
O3' 1.60 1.48 1.94 1.50 1.25 1.03 0.96 0.65 0.60 1.38 0.96 1.55 0.64 1.28 1.38 2.44 1.78 1.04 0.33 0.25 0.20 0.23
O4' 1.27 0.85 2.05 1.77 0.44 0.96 0.21 0.42 0.63 0.70 0.83 0.80 1.21 0.61 0.78 2.66 2.32 0.70 0.29 0.53 0.37 0.64
O5' 0.81 0.93 1.60 1.41 0.31 0.68 0.69 0.41 1.26 0.17 1.32 0.60 1.84 0.64 0.28 2.20 2.00 0.41 0.38 0.48 0.36 0.65
OP1 1.20 0.65 1.93 1.69 0.43 1.00 0.29 0.47 0.80 0.27 0.80 0.76 1.43 0.33 0.65 2.62 2.27 0.70 0.25 0.37 0.11 0.45
OP2 0.33 1.37 1.13 1.03 0.93 0.37 1.53 0.49 2.14 0.83 2.05 0.82 2.81 1.43 0.53 1.72 1.70 0.46 0.62 0.75 0.59 0.88
P 0.85 0.78 1.67 1.50 0.32 0.76 0.79 0.36 1.36 0.14 1.31 0.49 2.00 0.73 0.29 2.33 2.14 0.43 0.33 0.53 0.31 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.34 0.01 0.03 0.26 0.50 0.12
C2 0.04 0.00 0.48 0.44 0.02 0.57 0.01 1.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.49 0.46 0.40 1.15 0.89 0.48 0.91
C2' 0.01 0.48 0.00 0.00 0.25 0.03 0.13 0.18 0.23 0.22 0.39 0.46 0.16 0.10 0.02 0.00 0.07 0.04 0.14 0.27 0.31 0.18
C3' 0.02 0.44 0.00 0.00 0.12 0.01 0.24 0.03 0.17 0.64 0.26 0.45 0.27 0.56 0.24 0.03 0.01 0.01 0.40 0.29 0.37 0.35
C4 0.02 0.02 0.25 0.12 0.00 0.24 0.00 0.44 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.34 0.25 0.21 0.46 0.26 0.52 0.18
C4' 0.01 0.57 0.03 0.01 0.24 0.00 0.17 0.01 0.24 0.42 0.43 0.55 0.24 0.34 0.12 0.32 0.03 0.01 0.02 0.29 0.09 0.12
C5 0.01 0.01 0.13 0.24 0.00 0.17 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.37 0.20 0.11 0.43 0.23 1.03 0.48
C5' 0.06 1.09 0.18 0.03 0.44 0.01 0.26 0.00 0.45 0.63 0.82 1.02 0.39 0.51 0.12 0.18 0.19 0.02 0.01 0.20 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.23 0.17 0.01 0.24 0.01 0.45 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.43 0.21 0.20 0.57 0.30 0.76 0.40
C8 0.02 0.01 0.22 0.64 0.01 0.42 0.01 0.63 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.38 0.19 0.85 0.78 1.75 1.15
N1 0.02 0.00 0.39 0.26 0.02 0.43 0.02 0.82 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.48 0.32 0.32 0.90 0.62 0.25 0.60
N3 0.04 0.01 0.46 0.45 0.00 0.55 0.01 1.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.44 0.48 0.39 1.04 0.82 0.47 0.80
N6 0.02 0.02 0.16 0.27 0.02 0.24 0.02 0.39 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.44 0.25 0.16 0.58 0.46 1.09 0.63
N7 0.01 0.01 0.10 0.56 0.01 0.34 0.00 0.51 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.35 0.38 0.10 0.77 0.77 1.76 1.12
N9 0.00 0.02 0.02 0.24 0.01 0.12 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.21 0.18 0.02 0.26 0.14 0.91 0.39
O2' 0.03 0.49 0.00 0.03 0.34 0.32 0.37 0.18 0.43 0.30 0.48 0.44 0.44 0.35 0.21 0.00 0.11 0.26 0.24 0.16 0.40 0.27
O3' 0.34 0.46 0.07 0.01 0.25 0.03 0.20 0.19 0.21 0.38 0.32 0.48 0.25 0.38 0.18 0.11 0.00 0.22 0.50 0.27 0.70 0.46
O4' 0.01 0.40 0.04 0.01 0.21 0.01 0.11 0.02 0.20 0.19 0.32 0.39 0.16 0.10 0.02 0.26 0.22 0.00 0.19 0.51 0.40 0.21
O5' 0.03 1.15 0.14 0.40 0.46 0.02 0.43 0.01 0.57 0.85 0.90 1.04 0.58 0.77 0.26 0.24 0.50 0.19 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.26 0.89 0.27 0.29 0.26 0.29 0.23 0.20 0.30 0.78 0.62 0.82 0.46 0.77 0.14 0.16 0.27 0.51 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.50 0.48 0.31 0.37 0.52 0.09 1.03 0.09 0.76 1.75 0.25 0.47 1.09 1.76 0.91 0.40 0.70 0.40 0.04 0.02 0.00 0.02
P 0.12 0.91 0.18 0.35 0.18 0.12 0.48 0.01 0.40 1.15 0.60 0.80 0.63 1.12 0.39 0.27 0.46 0.21 0.01 0.01 0.02 0.00