ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53033

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.010, 0.033, 0.055, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.006, 0.030, 0.053, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.005, 0.030, 0.055, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.025
O3' A 0, 0.039, 0.127, 0.215, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.127 std_dev=0.088
N3 B 0, 0.057, 0.159, 0.262, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.159 std_dev=0.102
C2' A 0, 0.036, 0.146, 0.255, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.146 std_dev=0.110
O4' A 0, 0.001, 0.114, 0.228, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.114 std_dev=0.113
C3' A 0, 0.034, 0.165, 0.297, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.165 std_dev=0.131
C2 B 0, 0.045, 0.179, 0.312, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.179 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.075, 0.217, 0.360, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.217 std_dev=0.143
C4' A 0, 0.039, 0.190, 0.341, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.190 std_dev=0.151
P A 0, 0.108, 0.309, 0.510, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.309 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.009, 0.211, 0.413, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.211 std_dev=0.202
OP2 A 0, 0.172, 0.378, 0.583, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.378 std_dev=0.205
N1 B 0, 0.052, 0.262, 0.472, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.262 std_dev=0.210
O4' B 0, 0.021, 0.247, 0.473, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.247 std_dev=0.226
P B 0, 0.124, 0.350, 0.575, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.350 std_dev=0.226
C4' B 0, 0.021, 0.272, 0.522, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.272 std_dev=0.250
C5' A 0, 0.097, 0.352, 0.607, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.352 std_dev=0.255
C1' B 0, 0.001, 0.265, 0.530, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.265 std_dev=0.265
N9 B 0, -0.013, 0.255, 0.522, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.255 std_dev=0.267
C6 B 0, 0.042, 0.311, 0.580, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.311 std_dev=0.269
C5 B 0, -0.001, 0.271, 0.543, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.271 std_dev=0.272
O3' B 0, 0.027, 0.303, 0.578, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.303 std_dev=0.275
C5' B 0, 0.076, 0.352, 0.628, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.352 std_dev=0.276
C3' B 0, 0.001, 0.303, 0.604, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.303 std_dev=0.302
C2' B 0, -0.008, 0.302, 0.612, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.302 std_dev=0.310
OP2 B 0, 0.143, 0.461, 0.778, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.461 std_dev=0.318
OP1 B 0, 0.131, 0.473, 0.814, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.473 std_dev=0.342
C8 B 0, -0.067, 0.288, 0.643, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.288 std_dev=0.355
N7 B 0, -0.039, 0.317, 0.674, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.317 std_dev=0.356
O2' B 0, 0.069, 0.428, 0.787, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.428 std_dev=0.359
N6 B 0, 0.061, 0.446, 0.832, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.446 std_dev=0.385
O5' B 0, 0.069, 0.468, 0.867, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.468 std_dev=0.399
O5' A 0, 0.097, 0.503, 0.909, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.503 std_dev=0.406
OP1 A 0, 0.145, 0.623, 1.100, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.623 std_dev=0.478

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.17 0.23 0.21 0.06
C2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.08 0.26 0.23 0.23 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.22 0.22 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.25 0.21 0.08
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.25 0.19 0.23 0.08
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.07 0.07 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.29 0.14 0.23 0.09
C5' 0.04 0.12 0.03 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.11 0.13 0.12 0.10 0.11 0.13 0.09 0.03 0.02 0.02 0.01 0.29 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.04 0.31 0.16 0.22 0.10
C8 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.04 0.04 0.26 0.10 0.25 0.07
N1 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.29 0.20 0.22 0.11
N3 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.08 0.23 0.23 0.23 0.09
N6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.05 0.03 0.33 0.14 0.20 0.11
N7 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.04 0.03 0.29 0.10 0.24 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.23 0.17 0.24 0.06
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.07 0.07 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.19 0.23 0.08
O3' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.15 0.25 0.20 0.10
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.20 0.28 0.16 0.09
O5' 0.17 0.26 0.09 0.09 0.25 0.01 0.29 0.01 0.31 0.26 0.29 0.23 0.33 0.29 0.23 0.05 0.15 0.20 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.23 0.23 0.22 0.25 0.19 0.27 0.14 0.29 0.16 0.10 0.20 0.23 0.14 0.10 0.17 0.19 0.25 0.28 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.21 0.23 0.22 0.21 0.23 0.20 0.23 0.22 0.22 0.25 0.22 0.23 0.20 0.24 0.24 0.23 0.20 0.16 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.07 0.08 0.08 0.03 0.09 0.02 0.10 0.07 0.11 0.09 0.11 0.09 0.06 0.08 0.10 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.10 0.14 0.11 0.05 0.11 0.16 0.12 0.23 0.04 0.18 0.03 0.34 0.16 0.04 0.23 0.06 0.10 0.38 0.21 0.44 0.22
C2 0.13 0.08 0.09 0.12 0.07 0.13 0.09 0.15 0.12 0.06 0.11 0.07 0.15 0.07 0.09 0.10 0.07 0.13 0.51 0.24 0.39 0.25
C2' 0.12 0.10 0.15 0.11 0.05 0.10 0.15 0.12 0.23 0.05 0.19 0.04 0.36 0.15 0.06 0.25 0.04 0.09 0.38 0.22 0.45 0.22
C3' 0.10 0.13 0.15 0.10 0.10 0.09 0.20 0.09 0.27 0.10 0.22 0.07 0.40 0.22 0.06 0.26 0.06 0.08 0.31 0.21 0.42 0.17
C4 0.16 0.08 0.15 0.15 0.04 0.14 0.08 0.16 0.17 0.10 0.15 0.03 0.25 0.05 0.11 0.18 0.09 0.14 0.48 0.22 0.41 0.25
C4' 0.11 0.15 0.16 0.12 0.13 0.11 0.24 0.11 0.30 0.16 0.24 0.09 0.43 0.28 0.09 0.27 0.08 0.09 0.29 0.22 0.41 0.15
C5 0.19 0.08 0.17 0.17 0.09 0.16 0.06 0.19 0.11 0.20 0.13 0.06 0.19 0.13 0.17 0.19 0.11 0.17 0.53 0.22 0.39 0.27
C5' 0.13 0.21 0.19 0.16 0.18 0.14 0.30 0.14 0.36 0.20 0.30 0.15 0.50 0.33 0.14 0.30 0.13 0.12 0.32 0.22 0.42 0.18
C6 0.19 0.09 0.16 0.18 0.13 0.17 0.13 0.20 0.09 0.20 0.10 0.09 0.12 0.18 0.18 0.16 0.12 0.18 0.55 0.24 0.36 0.28
C8 0.19 0.10 0.19 0.17 0.05 0.15 0.05 0.17 0.17 0.17 0.17 0.04 0.30 0.06 0.14 0.22 0.10 0.15 0.49 0.21 0.41 0.26
N1 0.16 0.09 0.12 0.15 0.11 0.16 0.10 0.19 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.11 0.13 0.12 0.10 0.16 0.55 0.25 0.35 0.27
N3 0.12 0.08 0.10 0.11 0.06 0.12 0.13 0.13 0.17 0.05 0.14 0.05 0.23 0.11 0.07 0.14 0.06 0.11 0.45 0.23 0.41 0.23
N6 0.20 0.12 0.18 0.20 0.17 0.18 0.20 0.22 0.16 0.24 0.12 0.12 0.17 0.25 0.20 0.17 0.14 0.19 0.56 0.26 0.33 0.29
N7 0.20 0.10 0.19 0.18 0.09 0.17 0.06 0.19 0.12 0.23 0.15 0.06 0.23 0.16 0.18 0.21 0.11 0.17 0.53 0.22 0.40 0.27
N9 0.16 0.09 0.16 0.15 0.02 0.14 0.10 0.15 0.20 0.09 0.17 0.02 0.31 0.06 0.10 0.21 0.09 0.13 0.45 0.22 0.42 0.24
O2' 0.10 0.10 0.13 0.09 0.06 0.08 0.13 0.11 0.20 0.06 0.17 0.04 0.32 0.13 0.06 0.22 0.05 0.08 0.41 0.20 0.48 0.26
O3' 0.07 0.13 0.12 0.08 0.12 0.07 0.22 0.07 0.27 0.15 0.21 0.08 0.39 0.25 0.09 0.23 0.06 0.06 0.27 0.19 0.42 0.14
O4' 0.11 0.13 0.15 0.12 0.10 0.11 0.21 0.12 0.27 0.10 0.21 0.07 0.38 0.24 0.06 0.25 0.05 0.10 0.35 0.21 0.43 0.19
O5' 0.29 0.32 0.36 0.28 0.30 0.25 0.35 0.20 0.40 0.29 0.37 0.30 0.50 0.35 0.29 0.45 0.20 0.21 0.25 0.36 0.31 0.12
OP1 0.34 0.19 0.45 0.41 0.23 0.35 0.20 0.26 0.23 0.25 0.20 0.23 0.35 0.21 0.28 0.57 0.38 0.28 0.24 0.36 0.35 0.16
OP2 0.28 0.22 0.29 0.26 0.21 0.27 0.21 0.32 0.26 0.24 0.24 0.21 0.37 0.20 0.25 0.33 0.20 0.28 0.46 0.37 0.48 0.34
P 0.24 0.09 0.33 0.27 0.13 0.22 0.11 0.18 0.17 0.16 0.14 0.13 0.32 0.11 0.19 0.42 0.19 0.18 0.22 0.32 0.30 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.25 0.30 0.40 0.11
C2 0.07 0.00 0.10 0.17 0.01 0.16 0.01 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.13 0.12 0.13 0.39 0.29 0.18 0.16
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.10 0.07 0.01 0.10 0.09 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.16 0.27 0.38 0.12
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.09 0.03 0.15 0.15 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.12 0.33 0.32 0.05
C4 0.03 0.01 0.06 0.07 0.00 0.06 0.00 0.13 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05 0.46 0.27 0.33 0.18
C4' 0.01 0.16 0.03 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.09 0.03 0.14 0.13 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.33 0.37 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.05 0.00 0.14 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.08 0.04 0.49 0.27 0.33 0.20
C5' 0.05 0.21 0.10 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.16 0.10 0.20 0.17 0.16 0.12 0.10 0.10 0.04 0.02 0.01 0.32 0.28 0.02
C6 0.04 0.02 0.07 0.09 0.02 0.09 0.02 0.16 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.10 0.07 0.07 0.48 0.28 0.25 0.18
C8 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.15 0.04 0.44 0.25 0.43 0.20
N1 0.06 0.00 0.10 0.15 0.03 0.14 0.02 0.20 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.13 0.09 0.11 0.43 0.29 0.19 0.17
N3 0.07 0.01 0.09 0.15 0.00 0.13 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.11 0.10 0.12 0.40 0.28 0.24 0.15
N6 0.05 0.03 0.07 0.09 0.03 0.08 0.04 0.16 0.00 0.07 0.03 0.00 0.00 0.08 0.05 0.12 0.09 0.06 0.49 0.27 0.25 0.18
N7 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.00 0.00 0.03 0.12 0.01 0.48 0.26 0.39 0.20
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.41 0.26 0.40 0.17
O2' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.08 0.01 0.07 0.10 0.10 0.03 0.13 0.11 0.12 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.12 0.27 0.37 0.11
O3' 0.10 0.12 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.04 0.07 0.15 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.06 0.00 0.08 0.22 0.35 0.29 0.08
O4' 0.00 0.13 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.07 0.04 0.11 0.12 0.06 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.26 0.33 0.40 0.10
O5' 0.25 0.39 0.16 0.12 0.46 0.02 0.49 0.01 0.48 0.44 0.43 0.40 0.49 0.48 0.41 0.12 0.22 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.30 0.29 0.27 0.33 0.27 0.33 0.27 0.32 0.28 0.25 0.29 0.28 0.27 0.26 0.26 0.27 0.35 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.18 0.38 0.32 0.33 0.37 0.33 0.28 0.25 0.43 0.19 0.24 0.25 0.39 0.40 0.37 0.29 0.40 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.16 0.12 0.05 0.18 0.04 0.20 0.02 0.18 0.20 0.17 0.15 0.18 0.20 0.17 0.11 0.08 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00