Doublet Group distance statistics: 53035

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N7	A	0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N3	A	0, 0.005, 0.023, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C6	A	0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C8	A	0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N9	A	0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C2	A	0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.022
N1	A	0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C1'	A	0, 0.013, 0.049, 0.085, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.049 std_dev=0.036
N6	A	0, 0.014, 0.051, 0.088, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.051 std_dev=0.037
O4'	A	0, 0.015, 0.065, 0.114, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.065 std_dev=0.050
C2'	A	0, 0.023, 0.085, 0.146, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.085 std_dev=0.062
C4'	A	0, 0.028, 0.097, 0.166, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.097 std_dev=0.069
C3'	A	0, 0.025, 0.099, 0.172, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.099 std_dev=0.073
O3'	A	0, 0.029, 0.106, 0.183, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.106 std_dev=0.077
O2'	A	0, 0.032, 0.117, 0.201, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.117 std_dev=0.085
C5'	A	0, 0.092, 0.315, 0.538, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.315 std_dev=0.223
OP1	B	0, 0.095, 0.324, 0.553, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.324 std_dev=0.229
O5'	A	0, 0.115, 0.395, 0.675, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.395 std_dev=0.280
C5'	B	0, 0.110, 0.395, 0.679, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.395 std_dev=0.285
P	B	0, 0.120, 0.409, 0.699, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.409 std_dev=0.290
O5'	B	0, 0.141, 0.482, 0.823, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.482 std_dev=0.341
OP2	B	0, 0.145, 0.496, 0.847, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.496 std_dev=0.351
C2'	B	0, 0.146, 0.500, 0.854, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.500 std_dev=0.354
C3'	B	0, 0.152, 0.530, 0.908, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.530 std_dev=0.378
O2'	B	0, 0.168, 0.577, 0.986, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.577 std_dev=0.409
C2	B	0, 0.144, 0.586, 1.028, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.586 std_dev=0.442
N3	B	0, 0.158, 0.601, 1.045, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.601 std_dev=0.444
P	A	0, 0.188, 0.644, 1.100, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.644 std_dev=0.456
C4'	B	0, 0.192, 0.670, 1.148, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.670 std_dev=0.478
C4	B	0, 0.190, 0.691, 1.192, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.691 std_dev=0.501
OP2	A	0, 0.208, 0.712, 1.216, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.712 std_dev=0.504
N1	B	0, 0.184, 0.707, 1.230, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.707 std_dev=0.523
N9	B	0, 0.211, 0.742, 1.273, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.742 std_dev=0.531
C1'	B	0, 0.217, 0.749, 1.282, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.749 std_dev=0.533
C5	B	0, 0.216, 0.776, 1.335, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.776 std_dev=0.560
C8	B	0, 0.229, 0.793, 1.358, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.793 std_dev=0.564
OP1	A	0, 0.238, 0.815, 1.393, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.815 std_dev=0.577
C6	B	0, 0.223, 0.814, 1.404, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.814 std_dev=0.590
N7	B	0, 0.238, 0.830, 1.421, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.830 std_dev=0.591
O4'	B	0, 0.271, 0.934, 1.597, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.934 std_dev=0.663
N6	B	0, 0.281, 0.998, 1.715, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.998 std_dev=0.717
O3'	B	0, 0.349, 1.199, 2.049, 1.879 max_d=1.879 avg_d=1.199 std_dev=0.850

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.03	0.03	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.05	0.12	0.07	0.09
C2	0.04	0.00	0.04	0.03	0.01	0.03	0.01	0.06	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.04	0.04	0.04	0.10	0.22	0.16	0.17
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.01	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.03	0.05	0.04	0.02	0.00	0.01	0.00	0.06	0.13	0.09	0.11
C3'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.03	0.00	0.04	0.02	0.04	0.04	0.04	0.03	0.05	0.04	0.02	0.01	0.00	0.00	0.03	0.06	0.04	0.05
C4	0.02	0.01	0.03	0.03	0.00	0.02	0.00	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.03	0.02	0.09	0.21	0.15	0.16
C4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.03	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.03	0.01	0.02
C5	0.02	0.01	0.04	0.04	0.00	0.03	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.04	0.02	0.11	0.25	0.18	0.19
C5'	0.03	0.06	0.04	0.02	0.06	0.00	0.08	0.00	0.09	0.09	0.08	0.06	0.11	0.09	0.06	0.03	0.00	0.01	0.00	0.04	0.01	0.02
C6	0.03	0.00	0.04	0.04	0.01	0.03	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.04	0.04	0.03	0.12	0.27	0.20	0.20
C8	0.01	0.02	0.04	0.04	0.01	0.03	0.01	0.09	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.00	0.04	0.04	0.01	0.11	0.25	0.17	0.18
N1	0.03	0.00	0.04	0.04	0.01	0.03	0.01	0.08	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.04	0.04	0.04	0.11	0.25	0.18	0.19
N3	0.03	0.01	0.03	0.03	0.01	0.03	0.01	0.06	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.04	0.09	0.19	0.14	0.15
N6	0.03	0.00	0.05	0.05	0.02	0.04	0.02	0.11	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.03	0.05	0.05	0.04	0.14	0.30	0.23	0.22
N7	0.01	0.02	0.04	0.04	0.00	0.03	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.04	0.02	0.12	0.27	0.19	0.20
N9	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.06	0.02	0.00	0.02	0.02	0.03	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.09	0.19	0.13	0.14
O2'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.03	0.02	0.04	0.03	0.04	0.04	0.04	0.03	0.05	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01	0.07	0.14	0.11	0.13
O3'	0.02	0.04	0.01	0.00	0.03	0.01	0.04	0.00	0.04	0.04	0.04	0.03	0.05	0.04	0.03	0.02	0.00	0.03	0.02	0.05	0.03	0.05
O4'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.04	0.04	0.02	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.05	0.02	0.02
O5'	0.05	0.10	0.06	0.03	0.09	0.00	0.11	0.00	0.12	0.11	0.11	0.09	0.14	0.12	0.09	0.07	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.12	0.22	0.13	0.06	0.21	0.03	0.25	0.04	0.27	0.25	0.25	0.19	0.30	0.27	0.19	0.14	0.05	0.05	0.02	0.00	0.00	0.00
OP2	0.07	0.16	0.09	0.04	0.15	0.01	0.18	0.01	0.20	0.17	0.18	0.14	0.23	0.19	0.13	0.11	0.03	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.09	0.17	0.11	0.05	0.16	0.02	0.19	0.02	0.20	0.18	0.19	0.15	0.22	0.20	0.14	0.13	0.05	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.14	0.03	0.14	0.16	0.07	0.15	0.08	0.07	0.06	0.14	0.04	0.03	0.06	0.12	0.10	0.16	0.31	0.14	0.03	0.03	0.10	0.05
C2	0.05	0.03	0.06	0.17	0.07	0.10	0.12	0.02	0.12	0.14	0.08	0.02	0.18	0.17	0.07	0.06	0.34	0.04	0.14	0.04	0.04	0.04
C2'	0.09	0.05	0.09	0.11	0.03	0.09	0.03	0.05	0.02	0.08	0.04	0.03	0.02	0.06	0.05	0.10	0.19	0.08	0.02	0.03	0.10	0.05
C3'	0.12	0.04	0.11	0.08	0.04	0.10	0.04	0.06	0.02	0.11	0.04	0.02	0.02	0.07	0.08	0.12	0.13	0.12	0.02	0.04	0.11	0.06
C4	0.08	0.02	0.09	0.18	0.05	0.11	0.08	0.03	0.07	0.11	0.04	0.01	0.11	0.12	0.07	0.10	0.37	0.07	0.10	0.02	0.04	0.01
C4'	0.15	0.04	0.14	0.12	0.07	0.14	0.06	0.07	0.03	0.13	0.04	0.03	0.03	0.09	0.11	0.16	0.22	0.16	0.02	0.03	0.10	0.05
C5	0.06	0.03	0.07	0.18	0.04	0.11	0.07	0.02	0.07	0.09	0.04	0.02	0.10	0.10	0.04	0.09	0.39	0.05	0.13	0.04	0.00	0.04
C5'	0.15	0.04	0.14	0.13	0.06	0.14	0.06	0.08	0.03	0.13	0.05	0.03	0.02	0.10	0.11	0.16	0.22	0.16	0.02	0.05	0.13	0.07
C6	0.03	0.02	0.05	0.17	0.03	0.09	0.07	0.01	0.08	0.08	0.04	0.02	0.12	0.10	0.03	0.07	0.38	0.02	0.16	0.06	0.04	0.07
C8	0.09	0.05	0.10	0.17	0.04	0.12	0.06	0.04	0.05	0.09	0.05	0.03	0.06	0.08	0.06	0.12	0.37	0.08	0.10	0.04	0.03	0.03
N1	0.03	0.02	0.04	0.16	0.04	0.08	0.10	0.01	0.11	0.10	0.06	0.00	0.16	0.13	0.04	0.06	0.36	0.02	0.16	0.06	0.03	0.07
N3	0.09	0.03	0.09	0.18	0.07	0.12	0.12	0.04	0.11	0.15	0.06	0.02	0.15	0.16	0.09	0.09	0.36	0.08	0.10	0.02	0.07	0.01
N6	0.02	0.03	0.04	0.17	0.02	0.08	0.06	0.02	0.07	0.05	0.04	0.03	0.12	0.08	0.02	0.07	0.39	0.01	0.18	0.08	0.09	0.10
N7	0.06	0.04	0.08	0.18	0.03	0.11	0.05	0.02	0.05	0.07	0.04	0.03	0.07	0.08	0.04	0.10	0.39	0.06	0.13	0.04	0.01	0.04
N9	0.10	0.03	0.10	0.17	0.05	0.13	0.07	0.05	0.05	0.11	0.04	0.02	0.07	0.10	0.07	0.12	0.35	0.10	0.08	0.02	0.06	0.01
O2'	0.03	0.06	0.04	0.06	0.02	0.04	0.03	0.03	0.02	0.07	0.05	0.05	0.03	0.06	0.02	0.03	0.09	0.03	0.01	0.03	0.11	0.06
O3'	0.15	0.04	0.12	0.06	0.07	0.10	0.07	0.07	0.03	0.14	0.04	0.03	0.03	0.10	0.11	0.13	0.05	0.15	0.04	0.05	0.13	0.08
O4'	0.17	0.04	0.16	0.17	0.08	0.18	0.09	0.09	0.05	0.15	0.04	0.05	0.05	0.12	0.13	0.19	0.33	0.18	0.03	0.04	0.10	0.05
O5'	0.15	0.05	0.15	0.15	0.07	0.15	0.06	0.11	0.03	0.13	0.05	0.04	0.03	0.09	0.11	0.16	0.23	0.16	0.04	0.09	0.15	0.11
OP1	0.22	0.07	0.23	0.26	0.13	0.25	0.13	0.20	0.09	0.22	0.06	0.08	0.09	0.18	0.18	0.23	0.38	0.24	0.11	0.18	0.25	0.20
OP2	0.15	0.07	0.17	0.19	0.07	0.18	0.06	0.15	0.05	0.13	0.07	0.05	0.05	0.09	0.11	0.16	0.27	0.16	0.08	0.14	0.20	0.16
P	0.19	0.06	0.20	0.22	0.10	0.21	0.10	0.17	0.07	0.17	0.06	0.07	0.06	0.14	0.15	0.19	0.31	0.20	0.09	0.15	0.21	0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.06	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.03	0.05	0.05	0.01	0.02	0.00	0.02	0.11	0.00	0.06	0.06	0.09	0.01
C2	0.06	0.00	0.06	0.10	0.01	0.05	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.15	0.31	0.02	0.20	0.13	0.17	0.16
C2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.07	0.04	0.07	0.03	0.06	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.07	0.09	0.00
C3'	0.02	0.10	0.01	0.00	0.02	0.00	0.06	0.02	0.03	0.14	0.05	0.11	0.08	0.13	0.03	0.03	0.00	0.01	0.02	0.02	0.20	0.08
C4	0.02	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.11	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.09	0.18	0.00	0.21	0.11	0.17	0.15
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.01	0.05	0.10	0.02	0.06	0.08	0.11	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.13	0.01
C5	0.01	0.01	0.03	0.06	0.01	0.06	0.00	0.17	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.07	0.10	0.02	0.29	0.22	0.24	0.24
C5'	0.03	0.07	0.01	0.02	0.11	0.01	0.17	0.00	0.18	0.18	0.13	0.05	0.23	0.21	0.10	0.01	0.03	0.02	0.00	0.07	0.11	0.01
C6	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.05	0.00	0.18	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.10	0.15	0.01	0.31	0.27	0.27	0.27
C8	0.03	0.00	0.07	0.14	0.01	0.10	0.01	0.18	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.05	0.02	0.26	0.14	0.21	0.19
N1	0.05	0.01	0.04	0.05	0.02	0.02	0.01	0.13	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.13	0.25	0.02	0.26	0.22	0.22	0.22
N3	0.05	0.01	0.07	0.11	0.00	0.06	0.02	0.05	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.14	0.30	0.02	0.16	0.07	0.13	0.11
N6	0.01	0.01	0.03	0.08	0.01	0.08	0.00	0.23	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.08	0.10	0.03	0.37	0.37	0.33	0.35
N7	0.02	0.01	0.06	0.13	0.01	0.11	0.00	0.21	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.03	0.32	0.25	0.27	0.27
N9	0.00	0.01	0.02	0.03	0.01	0.03	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.04	0.09	0.01	0.17	0.05	0.14	0.10
O2'	0.02	0.15	0.00	0.03	0.09	0.01	0.07	0.01	0.10	0.01	0.13	0.14	0.08	0.02	0.04	0.00	0.04	0.02	0.03	0.07	0.08	0.01
O3'	0.11	0.31	0.02	0.00	0.18	0.01	0.10	0.03	0.15	0.05	0.25	0.30	0.10	0.02	0.09	0.04	0.00	0.05	0.03	0.02	0.29	0.11
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.01	0.02	0.05	0.00	0.03	0.13	0.06	0.04
O5'	0.06	0.20	0.02	0.02	0.21	0.01	0.29	0.00	0.31	0.26	0.26	0.16	0.37	0.32	0.17	0.03	0.03	0.03	0.00	0.01	0.00	0.00
OP1	0.06	0.13	0.07	0.02	0.11	0.10	0.22	0.07	0.27	0.14	0.22	0.07	0.37	0.25	0.05	0.07	0.02	0.13	0.01	0.00	0.02	0.01
OP2	0.09	0.17	0.09	0.20	0.17	0.13	0.24	0.11	0.27	0.21	0.22	0.13	0.33	0.27	0.14	0.08	0.29	0.06	0.00	0.02	0.00	0.00
P	0.01	0.16	0.00	0.08	0.15	0.01	0.24	0.01	0.27	0.19	0.22	0.11	0.35	0.27	0.10	0.01	0.11	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00