Doublet Group distance statistics: 53036

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6	A	0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C1'	A	0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N3	A	0, 0.010, 0.035, 0.059, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N1	A	0, 0.010, 0.038, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.038 std_dev=0.027
C5	A	0, 0.007, 0.035, 0.063, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.028
C4	A	0, 0.013, 0.051, 0.089, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.051 std_dev=0.038
N9	A	0, 0.013, 0.056, 0.099, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.056 std_dev=0.043
N6	A	0, 0.013, 0.066, 0.119, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.066 std_dev=0.053
N7	A	0, 0.014, 0.074, 0.134, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.074 std_dev=0.060
C8	A	0, 0.020, 0.095, 0.170, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.095 std_dev=0.075
O3'	A	0, 0.042, 0.167, 0.293, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.167 std_dev=0.126
O4'	A	0, 0.012, 0.241, 0.471, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.241 std_dev=0.229
C2'	A	0, -0.007, 0.270, 0.547, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.270 std_dev=0.277
C3'	A	0, -0.018, 0.298, 0.615, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.298 std_dev=0.316
P	B	0, 0.141, 0.513, 0.886, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.513 std_dev=0.373
N3	B	0, 0.199, 0.680, 1.162, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.680 std_dev=0.481
OP2	B	0, 0.208, 0.720, 1.231, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.720 std_dev=0.511
C4'	A	0, -0.026, 0.550, 1.126, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.550 std_dev=0.576
O2'	A	0, 0.048, 0.632, 1.216, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.632 std_dev=0.584
C2'	B	0, 0.207, 0.813, 1.420, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.813 std_dev=0.606
C4	B	0, 0.253, 0.926, 1.599, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.926 std_dev=0.673
OP2	A	0, 0.227, 0.909, 1.591, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.909 std_dev=0.682
O2'	B	0, 0.267, 0.977, 1.687, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.977 std_dev=0.710
P	A	0, 0.184, 0.913, 1.642, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.913 std_dev=0.729
OP1	B	0, 0.304, 1.039, 1.773, 1.576 max_d=1.576 avg_d=1.039 std_dev=0.735
C1'	B	0, 0.277, 1.036, 1.795, 1.799 max_d=1.799 avg_d=1.036 std_dev=0.759
C2	B	0, 0.295, 1.071, 1.847, 1.812 max_d=1.812 avg_d=1.071 std_dev=0.776
O3'	B	0, 0.325, 1.109, 1.893, 1.677 max_d=1.677 avg_d=1.109 std_dev=0.784
N9	B	0, 0.286, 1.076, 1.866, 1.875 max_d=1.875 avg_d=1.076 std_dev=0.790
C3'	B	0, 0.350, 1.202, 2.053, 1.874 max_d=1.874 avg_d=1.202 std_dev=0.852
O5'	A	0, 0.013, 0.965, 1.918, 2.261 max_d=2.261 avg_d=0.965 std_dev=0.952
C5	B	0, 0.409, 1.408, 2.407, 2.211 max_d=2.211 avg_d=1.408 std_dev=0.999
O5'	B	0, 0.439, 1.499, 2.559, 2.255 max_d=2.255 avg_d=1.499 std_dev=1.060
N1	B	0, 0.429, 1.499, 2.570, 2.433 max_d=2.433 avg_d=1.499 std_dev=1.071
C5'	A	0, -0.065, 1.048, 2.161, 2.590 max_d=2.590 avg_d=1.048 std_dev=1.113
C8	B	0, 0.450, 1.570, 2.690, 2.538 max_d=2.538 avg_d=1.570 std_dev=1.120
O4'	B	0, 0.458, 1.579, 2.699, 2.493 max_d=2.493 avg_d=1.579 std_dev=1.121
OP1	A	0, 0.136, 1.266, 2.395, 2.742 max_d=2.742 avg_d=1.266 std_dev=1.129
C4'	B	0, 0.478, 1.631, 2.784, 2.446 max_d=2.446 avg_d=1.631 std_dev=1.153
C6	B	0, 0.480, 1.640, 2.801, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.640 std_dev=1.161
N7	B	0, 0.505, 1.738, 2.971, 2.727 max_d=2.727 avg_d=1.738 std_dev=1.233
N6	B	0, 0.621, 2.133, 3.645, 3.324 max_d=3.324 avg_d=2.133 std_dev=1.512
C5'	B	0, 0.652, 2.234, 3.816, 3.462 max_d=3.462 avg_d=2.234 std_dev=1.582

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.11	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.00	0.28	0.70	0.42	0.37
C2	0.02	0.00	0.06	0.02	0.00	0.08	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.05	0.04	0.12	0.46	0.62	0.33	0.36
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.06	0.01	0.10	0.03	0.07	0.03	0.09	0.03	0.00	0.02	0.00	0.19	0.86	0.68	0.53
C3'	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.05	0.07	0.03	0.01	0.06	0.07	0.04	0.02	0.00	0.03	0.06	0.84	0.55	0.46
C4	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.03	0.00	0.23	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.04	0.06	0.37	0.58	0.35	0.34
C4'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.03	0.00	0.12	0.00	0.09	0.25	0.02	0.09	0.14	0.23	0.11	0.02	0.03	0.00	0.01	0.51	0.05	0.11
C5	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.12	0.00	0.40	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.12	0.04	0.03	0.32	0.47	0.30	0.29
C5'	0.11	0.08	0.06	0.01	0.23	0.00	0.40	0.00	0.35	0.57	0.21	0.05	0.45	0.57	0.31	0.04	0.09	0.01	0.00	0.43	0.29	0.01
C6	0.01	0.00	0.01	0.05	0.00	0.09	0.00	0.35	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.10	0.04	0.05	0.35	0.45	0.27	0.28
C8	0.00	0.00	0.10	0.07	0.00	0.25	0.00	0.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.19	0.04	0.06	0.18	0.45	0.34	0.28
N1	0.02	0.00	0.03	0.03	0.00	0.02	0.00	0.21	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.04	0.09	0.42	0.54	0.29	0.32
N3	0.01	0.00	0.07	0.01	0.00	0.09	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.05	0.12	0.44	0.66	0.36	0.38
N6	0.01	0.00	0.03	0.06	0.00	0.14	0.00	0.45	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.14	0.04	0.04	0.31	0.37	0.24	0.24
N7	0.01	0.00	0.09	0.07	0.00	0.23	0.00	0.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.19	0.04	0.04	0.21	0.38	0.29	0.25
N9	0.00	0.01	0.03	0.04	0.00	0.11	0.00	0.31	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.04	0.01	0.29	0.59	0.38	0.34
O2'	0.01	0.05	0.00	0.02	0.03	0.02	0.12	0.04	0.10	0.19	0.02	0.07	0.14	0.19	0.08	0.00	0.07	0.10	0.09	0.84	0.66	0.45
O3'	0.04	0.04	0.02	0.00	0.04	0.03	0.04	0.09	0.04	0.04	0.04	0.05	0.04	0.04	0.04	0.07	0.00	0.09	0.11	0.88	0.58	0.42
O4'	0.00	0.12	0.00	0.03	0.06	0.00	0.03	0.01	0.05	0.06	0.09	0.12	0.04	0.04	0.01	0.10	0.09	0.00	0.34	0.59	0.25	0.28
O5'	0.28	0.46	0.19	0.06	0.37	0.01	0.32	0.00	0.35	0.18	0.42	0.44	0.31	0.21	0.29	0.09	0.11	0.34	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.70	0.62	0.86	0.84	0.58	0.51	0.47	0.43	0.45	0.45	0.54	0.66	0.37	0.38	0.59	0.84	0.88	0.59	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.42	0.33	0.68	0.55	0.35	0.05	0.30	0.29	0.27	0.34	0.29	0.36	0.24	0.29	0.38	0.66	0.58	0.25	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.37	0.36	0.53	0.46	0.34	0.11	0.29	0.01	0.28	0.28	0.32	0.38	0.24	0.25	0.34	0.45	0.42	0.28	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.37	0.10	0.08	0.24	0.35	0.47	0.35	0.64	0.21	0.57	0.20	0.86	0.47	0.07	0.30	0.10	0.36	0.38	0.20	0.20	0.09
C2	0.23	0.38	0.14	0.14	0.24	0.44	0.48	0.49	0.65	0.19	0.57	0.20	0.86	0.49	0.05	0.31	0.16	0.44	0.49	0.07	0.13	0.16
C2'	0.26	0.35	0.21	0.22	0.21	0.46	0.43	0.48	0.62	0.16	0.55	0.18	0.84	0.42	0.07	0.38	0.26	0.43	0.48	0.19	0.31	0.22
C3'	0.18	0.36	0.10	0.10	0.23	0.33	0.45	0.32	0.62	0.20	0.55	0.19	0.83	0.45	0.07	0.30	0.14	0.33	0.36	0.25	0.22	0.06
C4	0.24	0.38	0.14	0.14	0.22	0.43	0.45	0.48	0.64	0.14	0.58	0.20	0.86	0.43	0.04	0.31	0.16	0.43	0.48	0.10	0.14	0.14
C4'	0.16	0.40	0.13	0.11	0.31	0.22	0.50	0.17	0.65	0.30	0.58	0.26	0.84	0.52	0.19	0.28	0.11	0.25	0.24	0.47	0.27	0.22
C5	0.29	0.39	0.17	0.20	0.19	0.49	0.40	0.57	0.62	0.09	0.58	0.19	0.84	0.34	0.08	0.32	0.20	0.50	0.53	0.06	0.12	0.17
C5'	0.15	0.31	0.08	0.01	0.21	0.21	0.40	0.16	0.54	0.20	0.48	0.17	0.72	0.41	0.08	0.29	0.01	0.24	0.26	0.46	0.25	0.19
C6	0.32	0.39	0.19	0.23	0.18	0.52	0.39	0.62	0.61	0.10	0.58	0.19	0.84	0.31	0.11	0.33	0.23	0.54	0.56	0.08	0.12	0.19
C8	0.27	0.38	0.16	0.17	0.20	0.45	0.41	0.51	0.62	0.10	0.58	0.19	0.84	0.36	0.06	0.32	0.18	0.46	0.49	0.10	0.14	0.14
N1	0.29	0.38	0.18	0.21	0.20	0.50	0.43	0.59	0.64	0.09	0.58	0.20	0.86	0.39	0.06	0.32	0.21	0.52	0.55	0.09	0.14	0.20
N3	0.21	0.37	0.12	0.11	0.25	0.39	0.49	0.42	0.65	0.22	0.57	0.20	0.86	0.50	0.07	0.31	0.13	0.39	0.44	0.11	0.16	0.13
N6	0.36	0.40	0.23	0.29	0.17	0.56	0.33	0.68	0.58	0.20	0.58	0.20	0.81	0.22	0.19	0.33	0.27	0.58	0.59	0.12	0.14	0.21
N7	0.30	0.39	0.18	0.21	0.18	0.50	0.38	0.58	0.60	0.10	0.58	0.19	0.82	0.30	0.10	0.32	0.22	0.50	0.54	0.06	0.12	0.16
N9	0.23	0.38	0.13	0.13	0.22	0.41	0.45	0.44	0.63	0.15	0.58	0.20	0.85	0.42	0.05	0.31	0.15	0.41	0.45	0.14	0.16	0.12
O2'	0.28	0.37	0.23	0.20	0.23	0.46	0.47	0.47	0.65	0.20	0.58	0.20	0.89	0.47	0.10	0.41	0.25	0.45	0.46	0.23	0.40	0.30
O3'	0.19	0.36	0.14	0.14	0.24	0.33	0.46	0.31	0.62	0.22	0.55	0.20	0.83	0.46	0.10	0.31	0.18	0.32	0.34	0.28	0.26	0.12
O4'	0.18	0.41	0.12	0.10	0.31	0.26	0.52	0.21	0.67	0.31	0.60	0.26	0.88	0.54	0.18	0.29	0.08	0.28	0.29	0.36	0.24	0.17
O5'	0.55	0.71	0.50	0.43	0.63	0.48	0.75	0.40	0.87	0.61	0.83	0.61	1.03	0.74	0.57	0.58	0.38	0.55	0.47	0.67	0.52	0.52
OP1	0.62	0.71	0.62	0.61	0.66	0.63	0.76	0.60	0.85	0.66	0.81	0.64	0.99	0.76	0.62	0.69	0.61	0.64	0.63	0.93	0.76	0.74
OP2	0.41	0.38	0.34	0.31	0.31	0.47	0.42	0.45	0.55	0.32	0.52	0.29	0.72	0.40	0.31	0.47	0.30	0.50	0.50	0.50	0.45	0.39
P	0.41	0.51	0.37	0.34	0.43	0.42	0.56	0.38	0.68	0.43	0.64	0.41	0.85	0.55	0.39	0.48	0.32	0.46	0.44	0.59	0.47	0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.07	0.31	0.17	0.06
C2	0.01	0.00	0.08	0.12	0.00	0.06	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.15	0.00	0.21	0.12	0.61	0.22
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.04	0.00	0.02	0.00	0.03	0.05	0.05	0.09	0.03	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.16	0.34	0.23	0.04
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.06	0.00	0.02	0.00	0.04	0.07	0.08	0.13	0.05	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.25	0.20	0.29	0.10
C4	0.00	0.00	0.04	0.06	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.07	0.00	0.21	0.06	0.60	0.25
C4'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.02	0.04	0.04	0.06	0.02	0.03	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.37	0.05	0.16
C5	0.00	0.00	0.02	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.00	0.28	0.19	0.82	0.43
C5'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.02	0.06	0.04	0.07	0.03	0.05	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.07	0.03	0.01
C6	0.00	0.00	0.03	0.04	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.05	0.00	0.29	0.21	0.89	0.46
C8	0.01	0.00	0.05	0.07	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.08	0.00	0.26	0.23	0.72	0.42
N1	0.01	0.00	0.05	0.08	0.00	0.04	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.10	0.00	0.26	0.08	0.78	0.35
N3	0.01	0.00	0.09	0.13	0.00	0.06	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.16	0.00	0.17	0.19	0.49	0.13
N6	0.00	0.00	0.03	0.05	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.06	0.00	0.33	0.34	1.03	0.57
N7	0.01	0.00	0.04	0.06	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.08	0.00	0.31	0.34	0.92	0.54
N9	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.19	0.07	0.49	0.20
O2'	0.02	0.04	0.00	0.01	0.02	0.03	0.01	0.03	0.02	0.02	0.03	0.04	0.03	0.02	0.00	0.00	0.02	0.03	0.05	0.60	0.03	0.25
O3'	0.01	0.15	0.01	0.00	0.07	0.01	0.03	0.01	0.05	0.08	0.10	0.16	0.06	0.08	0.00	0.02	0.00	0.01	0.24	0.27	0.22	0.05
O4'	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.01	0.00	0.07	0.32	0.02	0.15
O5'	0.07	0.21	0.16	0.25	0.21	0.01	0.28	0.00	0.29	0.26	0.26	0.17	0.33	0.31	0.19	0.05	0.24	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00
OP1	0.31	0.12	0.34	0.20	0.06	0.37	0.19	0.07	0.21	0.23	0.08	0.19	0.34	0.34	0.07	0.60	0.27	0.32	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.17	0.61	0.23	0.29	0.60	0.05	0.82	0.03	0.89	0.72	0.78	0.49	1.03	0.92	0.49	0.03	0.22	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00
P	0.06	0.22	0.04	0.10	0.25	0.16	0.43	0.01	0.46	0.42	0.35	0.13	0.57	0.54	0.20	0.25	0.05	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00