ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53037

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.007, 0.030, 0.052, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.011, 0.039, 0.066, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.039 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.006, 0.038, 0.071, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.038 std_dev=0.032
P B 0, 0.197, 0.687, 1.177, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.687 std_dev=0.490
O4' A 0, -0.149, 0.395, 0.939, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.395 std_dev=0.544
O5' B 0, 0.240, 0.819, 1.399, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.819 std_dev=0.580
C2' A 0, -0.119, 0.503, 1.124, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.503 std_dev=0.621
OP1 B 0, 0.257, 0.886, 1.515, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.886 std_dev=0.629
OP2 A 0, 0.168, 0.808, 1.448, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.808 std_dev=0.640
P A 0, -0.007, 0.732, 1.470, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.732 std_dev=0.738
C1' B 0, 0.148, 0.889, 1.630, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.889 std_dev=0.741
OP2 B 0, 0.087, 0.831, 1.576, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.831 std_dev=0.744
O4' B 0, 0.281, 1.044, 1.808, 1.805 max_d=1.805 avg_d=1.044 std_dev=0.764
O2' A 0, -0.153, 0.662, 1.476, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.662 std_dev=0.814
C4' A 0, -0.214, 0.634, 1.483, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.634 std_dev=0.849
C3' A 0, -0.209, 0.688, 1.586, 1.956 max_d=1.956 avg_d=0.688 std_dev=0.897
OP1 A 0, 0.218, 1.133, 2.049, 2.242 max_d=2.242 avg_d=1.133 std_dev=0.915
C2' B 0, 0.442, 1.521, 2.600, 2.391 max_d=2.391 avg_d=1.521 std_dev=1.079
C5' B 0, 0.154, 1.233, 2.313, 2.629 max_d=2.629 avg_d=1.233 std_dev=1.079
O3' A 0, -0.290, 0.877, 2.044, 2.527 max_d=2.527 avg_d=0.877 std_dev=1.167
C4' B 0, 0.265, 1.479, 2.693, 2.973 max_d=2.973 avg_d=1.479 std_dev=1.214
N9 B 0, 0.351, 1.616, 2.882, 3.090 max_d=3.090 avg_d=1.616 std_dev=1.266
O2' B 0, 0.522, 1.796, 3.070, 2.817 max_d=2.817 avg_d=1.796 std_dev=1.274
C5' A 0, -0.293, 0.983, 2.258, 2.784 max_d=2.784 avg_d=0.983 std_dev=1.275
O5' A 0, -0.246, 1.077, 2.400, 2.941 max_d=2.941 avg_d=1.077 std_dev=1.323
C3' B 0, 0.287, 1.868, 3.450, 3.867 max_d=3.867 avg_d=1.868 std_dev=1.581
N3 B 0, 0.631, 2.233, 3.835, 3.680 max_d=3.680 avg_d=2.233 std_dev=1.602
C4 B 0, 0.461, 2.308, 4.156, 4.522 max_d=4.522 avg_d=2.308 std_dev=1.847
C8 B 0, 0.027, 2.027, 4.026, 4.748 max_d=4.748 avg_d=2.027 std_dev=1.999
C2 B 0, 0.740, 3.066, 5.391, 5.630 max_d=5.630 avg_d=3.066 std_dev=2.326
O3' B 0, 0.198, 2.619, 5.039, 5.837 max_d=5.837 avg_d=2.619 std_dev=2.420
C5 B 0, 0.250, 3.160, 6.069, 7.023 max_d=7.023 avg_d=3.160 std_dev=2.910
N7 B 0, -0.011, 3.003, 6.017, 7.124 max_d=7.124 avg_d=3.003 std_dev=3.014
N1 B 0, 0.613, 3.941, 7.269, 8.139 max_d=8.139 avg_d=3.941 std_dev=3.328
C6 B 0, 0.350, 4.041, 7.733, 8.924 max_d=8.924 avg_d=4.041 std_dev=3.691
N6 B 0, 0.215, 4.997, 9.780, 11.444 max_d=11.444 avg_d=4.997 std_dev=4.783

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.19 0.12 0.66 0.15
C2 0.04 0.00 0.31 0.24 0.01 0.12 0.01 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.20 0.22 0.22 0.13 0.42 0.11
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.16 0.03 0.07 0.12 0.14 0.16 0.24 0.31 0.09 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.54 1.06 0.53
C3' 0.03 0.24 0.01 0.00 0.18 0.00 0.18 0.02 0.20 0.08 0.23 0.22 0.20 0.12 0.12 0.04 0.02 0.01 0.05 0.38 0.78 0.40
C4 0.02 0.01 0.16 0.18 0.00 0.07 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.12 0.27 0.12 0.46 0.11
C4' 0.01 0.12 0.03 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.05 0.11 0.10 0.07 0.01 0.01 0.23 0.02 0.00 0.01 0.03 0.53 0.13
C5 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.05 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.17 0.04 0.32 0.13 0.33 0.09
C5' 0.10 0.38 0.12 0.02 0.29 0.01 0.30 0.00 0.35 0.12 0.38 0.33 0.34 0.21 0.19 0.10 0.15 0.01 0.00 0.28 0.36 0.01
C6 0.03 0.00 0.14 0.20 0.01 0.08 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.21 0.09 0.30 0.14 0.28 0.09
C8 0.01 0.00 0.16 0.08 0.00 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.09 0.16 0.41 0.12 0.43 0.09
N1 0.04 0.00 0.24 0.23 0.01 0.11 0.01 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.22 0.17 0.26 0.14 0.33 0.10
N3 0.04 0.00 0.31 0.22 0.00 0.10 0.01 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.29 0.17 0.22 0.21 0.12 0.48 0.12
N6 0.03 0.00 0.09 0.20 0.01 0.07 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.23 0.05 0.32 0.14 0.20 0.09
N7 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.01 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.14 0.10 0.39 0.14 0.29 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.19 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.29 0.11 0.54 0.11
O2' 0.02 0.28 0.00 0.04 0.09 0.23 0.03 0.10 0.04 0.24 0.17 0.29 0.03 0.19 0.06 0.00 0.03 0.13 0.03 0.53 1.11 0.50
O3' 0.06 0.20 0.03 0.02 0.14 0.02 0.17 0.15 0.21 0.09 0.22 0.17 0.23 0.14 0.07 0.03 0.00 0.08 0.04 0.29 0.65 0.30
O4' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.12 0.00 0.04 0.01 0.09 0.16 0.17 0.22 0.05 0.10 0.00 0.13 0.08 0.00 0.26 0.22 0.35 0.14
O5' 0.19 0.22 0.05 0.05 0.27 0.01 0.32 0.00 0.30 0.41 0.26 0.21 0.32 0.39 0.29 0.03 0.04 0.26 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.12 0.13 0.54 0.38 0.12 0.03 0.13 0.28 0.14 0.12 0.14 0.12 0.14 0.14 0.11 0.53 0.29 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.66 0.42 1.06 0.78 0.46 0.53 0.33 0.36 0.28 0.43 0.33 0.48 0.20 0.29 0.54 1.11 0.65 0.35 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.11 0.53 0.40 0.11 0.13 0.09 0.01 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.50 0.30 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.78 3.26 0.68 0.68 2.62 0.91 3.51 0.78 4.33 2.24 4.11 2.49 5.15 3.27 1.83 0.68 1.28 0.31 0.57 0.32 0.16 0.23
C2 0.73 2.22 0.97 0.41 1.99 0.69 2.46 0.50 2.73 1.76 2.60 1.86 2.94 2.35 1.50 0.82 0.59 0.38 0.47 0.36 0.18 0.24
C2' 0.86 3.23 0.77 0.59 2.62 0.81 3.51 0.62 4.29 2.33 4.07 2.47 5.10 3.32 1.88 0.68 1.16 0.39 0.37 0.38 0.30 0.23
C3' 0.67 3.22 0.52 0.68 2.50 0.95 3.40 0.80 4.27 2.14 4.11 2.38 5.14 3.16 1.71 0.54 1.36 0.31 0.56 0.28 0.14 0.16
C4 0.74 2.94 0.79 0.48 2.43 0.82 3.14 0.64 3.73 2.00 3.57 2.32 4.15 2.86 1.70 0.74 0.88 0.34 0.54 0.36 0.17 0.26
C4' 0.32 3.02 0.28 1.06 2.25 1.27 3.19 1.19 4.13 1.87 3.98 2.13 5.08 2.92 1.42 0.53 1.79 0.40 0.95 0.50 0.52 0.53
C5 0.68 2.91 0.80 0.38 2.31 0.74 2.86 0.53 3.44 1.74 3.43 2.30 3.72 2.49 1.56 0.76 0.60 0.37 0.48 0.37 0.17 0.26
C5' 0.12 2.74 0.57 1.43 1.88 1.62 2.82 1.54 3.81 1.49 3.73 1.79 4.75 2.52 1.04 0.81 2.13 0.76 1.29 0.75 0.87 0.84
C6 0.64 2.44 0.92 0.37 1.98 0.61 2.32 0.39 2.72 1.42 2.76 2.01 2.86 1.99 1.35 0.89 0.32 0.43 0.40 0.36 0.16 0.25
C8 0.68 3.34 0.65 0.50 2.52 0.84 3.26 0.67 4.12 1.93 4.12 2.51 4.69 2.85 1.66 0.64 0.92 0.31 0.54 0.37 0.19 0.27
N1 0.67 2.08 1.06 0.45 1.80 0.58 2.11 0.35 2.37 1.42 2.35 1.77 2.48 1.89 1.32 0.95 0.34 0.44 0.38 0.35 0.17 0.25
N3 0.76 2.61 0.85 0.48 2.28 0.80 2.95 0.64 3.37 2.03 3.16 2.12 3.75 2.83 1.67 0.74 0.89 0.34 0.54 0.36 0.18 0.25
N6 0.52 2.18 0.89 0.44 1.64 0.46 1.85 0.25 2.23 1.04 2.37 1.79 2.31 1.50 1.06 0.94 0.32 0.47 0.32 0.34 0.14 0.24
N7 0.63 3.18 0.68 0.38 2.36 0.75 2.96 0.56 3.71 1.72 3.80 2.41 4.08 2.53 1.53 0.66 0.65 0.34 0.49 0.37 0.17 0.27
N9 0.75 3.23 0.71 0.57 2.56 0.87 3.38 0.71 4.16 2.09 4.01 2.47 4.79 3.06 1.76 0.69 1.06 0.31 0.56 0.35 0.18 0.26
O2' 1.00 3.25 0.93 0.66 2.72 0.78 3.61 0.60 4.35 2.50 4.09 2.53 5.18 3.49 2.02 0.79 1.17 0.49 0.31 0.48 0.46 0.34
O3' 0.64 3.17 0.49 0.70 2.45 0.98 3.35 0.84 4.22 2.12 4.06 2.33 5.10 3.13 1.68 0.51 1.43 0.31 0.62 0.27 0.17 0.18
O4' 0.45 3.16 0.36 0.98 2.38 1.21 3.31 1.17 4.26 1.94 4.09 2.29 5.18 3.00 1.53 0.55 1.66 0.32 0.97 0.60 0.60 0.62
O5' 0.47 3.23 0.33 0.86 2.33 1.09 3.19 0.97 4.16 1.85 4.16 2.29 5.00 2.84 1.48 0.49 1.51 0.34 0.71 0.33 0.27 0.28
OP1 0.38 3.23 0.37 0.87 2.22 1.12 3.04 1.00 4.05 1.69 4.14 2.23 4.88 2.66 1.35 0.55 1.40 0.40 0.79 0.38 0.38 0.39
OP2 0.46 3.23 0.51 0.82 2.12 1.19 2.80 1.10 3.78 1.44 3.99 2.26 4.42 2.34 1.24 0.62 1.23 0.60 0.98 0.57 0.56 0.58
P 0.39 3.25 0.37 0.86 2.23 1.12 3.03 1.01 4.03 1.67 4.14 2.26 4.81 2.63 1.35 0.53 1.38 0.41 0.81 0.40 0.40 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.33 0.01 0.43 0.69 0.11 0.39
C2 0.06 0.00 0.15 0.21 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.41 0.20 0.08 0.55 1.17 0.25 0.60
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.22 0.07 0.08 0.10 0.15 0.06 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.58 0.87 0.38 0.77
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.25 0.00 0.35 0.00 0.36 0.29 0.29 0.16 0.42 0.36 0.22 0.01 0.00 0.00 0.15 0.20 0.08 0.28
C4 0.03 0.00 0.08 0.25 0.00 0.11 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.35 0.11 0.03 0.57 1.15 0.27 0.57
C4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.17 0.19 0.11 0.03 0.23 0.21 0.11 0.25 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.35 0.01 0.18 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.04 0.02 0.58 1.31 0.42 0.58
C5' 0.06 0.11 0.22 0.00 0.13 0.01 0.23 0.00 0.24 0.20 0.18 0.06 0.32 0.27 0.10 0.02 0.19 0.01 0.01 0.15 0.07 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.36 0.01 0.17 0.00 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.46 0.03 0.01 0.57 1.35 0.44 0.59
C8 0.01 0.00 0.08 0.29 0.00 0.19 0.01 0.20 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.27 0.07 0.07 0.60 1.23 0.41 0.54
N1 0.05 0.01 0.10 0.29 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.47 0.09 0.05 0.57 1.29 0.35 0.62
N3 0.06 0.01 0.15 0.16 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.34 0.26 0.08 0.54 1.07 0.19 0.58
N6 0.00 0.02 0.06 0.42 0.01 0.23 0.01 0.32 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.48 0.12 0.04 0.54 1.40 0.56 0.56
N7 0.00 0.00 0.05 0.36 0.01 0.21 0.00 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.37 0.12 0.06 0.58 1.37 0.50 0.56
N9 0.01 0.01 0.00 0.22 0.00 0.11 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.10 0.01 0.57 1.04 0.25 0.53
O2' 0.01 0.41 0.01 0.01 0.35 0.25 0.40 0.02 0.46 0.27 0.47 0.34 0.48 0.37 0.23 0.00 0.00 0.20 0.24 0.62 0.27 0.54
O3' 0.33 0.20 0.03 0.00 0.11 0.01 0.04 0.19 0.03 0.07 0.09 0.26 0.12 0.12 0.10 0.00 0.00 0.23 0.16 0.24 0.14 0.04
O4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.01 0.20 0.23 0.00 0.22 0.32 0.30 0.05
O5' 0.43 0.55 0.58 0.15 0.57 0.01 0.58 0.01 0.57 0.60 0.57 0.54 0.54 0.58 0.57 0.24 0.16 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.69 1.17 0.87 0.20 1.15 0.06 1.31 0.15 1.35 1.23 1.29 1.07 1.40 1.37 1.04 0.62 0.24 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.25 0.38 0.08 0.27 0.12 0.42 0.07 0.44 0.41 0.35 0.19 0.56 0.50 0.25 0.27 0.14 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.39 0.60 0.77 0.28 0.57 0.03 0.58 0.02 0.59 0.54 0.62 0.58 0.56 0.56 0.53 0.54 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00