ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53038

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C6 B 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C5 B 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.000, 0.045, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.045
N6 B 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C4 B 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
N3 B 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
N1 B 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.000, 0.081, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C4' A 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
N7 B 0, 0.000, 0.084, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C2 B 0, 0.000, 0.089, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.089 std_dev=0.089
N9 B 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O5' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C5' A 0, 0.000, 0.112, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C8 B 0, 0.000, 0.113, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.113 std_dev=0.113
O2' A 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
O3' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
OP2 B 0, 0.000, 0.135, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C1' B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
O4' B 0, 0.000, 0.138, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.138 std_dev=0.138
P B 0, 0.000, 0.149, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.149 std_dev=0.149
P A 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
OP1 A 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
OP1 B 0, 0.000, 0.176, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C2' B 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C4' B 0, 0.000, 0.200, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.200 std_dev=0.200
OP2 A 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
O5' B 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C5' B 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
O2' B 0, 0.000, 0.206, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.206 std_dev=0.205
C3' B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
O3' B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.12 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.08 0.06 0.02 0.02 0.06 0.13 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.12 0.08
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.11 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.07 0.13 0.09
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.05 0.07 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.08 0.14 0.10
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.08 0.14 0.10
C8 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.13 0.09
N1 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.06 0.02 0.02 0.07 0.13 0.09
N3 0.03 0.01 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.03 0.06 0.12 0.08
N6 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.10 0.16 0.11
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.14 0.09
N9 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.13 0.09
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.07 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.11 0.08
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.10 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.11 0.09
O5' 0.06 0.02 0.07 0.07 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.04 0.08 0.08 0.07 0.06 0.10 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.13 0.12 0.11 0.13 0.07 0.14 0.03 0.14 0.13 0.13 0.12 0.16 0.14 0.13 0.11 0.10 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.05 0.10 0.02 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.09 0.08 0.06 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03
C2 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03
C2' 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04
C3' 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04
C4 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04
C5 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.01
C5' 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02
C6 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01
C8 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01
N1 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.02
N3 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.02
N6 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01
N7 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00
N9 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01
O2' 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.11 0.04 0.04 0.07
O3' 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.10 0.01 0.03 0.05
O4' 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04
O5' 0.06 0.07 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.02 0.05 0.06 0.05 0.07 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.07 0.00 0.08 0.05 0.03
OP1 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.01 0.04 0.06 0.06 0.03 0.08 0.02 0.11 0.07 0.05
OP2 0.13 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.08 0.11 0.09 0.12 0.05 0.10 0.12 0.12 0.09 0.15 0.10 0.18 0.12 0.12
P 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.02 0.06 0.07 0.07 0.05 0.10 0.04 0.13 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.00
C2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.01
C4' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.05 0.00 0.03
C5' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.05 0.00 0.04
C8 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.12 0.07 0.01 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.04 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01
N6 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.07 0.02 0.06
N7 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.12 0.06 0.02 0.05
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01 0.02
O2' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
O5' 0.04 0.05 0.03 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.12 0.07 0.05 0.12 0.12 0.08 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00