ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53040

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C3' A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
OP2 B 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
N6 A 0, 0.000, 0.085, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.085 std_dev=0.085
O3' A 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C5' A 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
OP2 A 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
P A 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O5' A 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
OP1 A 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
P B 0, 0.000, 0.330, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.330 std_dev=0.330
O5' B 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
OP1 B 0, 0.000, 0.503, 1.006, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.503 std_dev=0.503
C5' B 0, 0.000, 0.508, 1.017, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.508 std_dev=0.508
C2' B 0, 0.000, 0.551, 1.102, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.551 std_dev=0.551
O2' B 0, 0.000, 0.572, 1.144, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.572 std_dev=0.572
C8 B 0, 0.000, 0.576, 1.153, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.576 std_dev=0.576
N9 B 0, 0.000, 0.577, 1.155, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.577 std_dev=0.577
C3' B 0, 0.000, 0.580, 1.160, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.580 std_dev=0.580
N6 B 0, 0.000, 0.585, 1.170, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.585 std_dev=0.585
N1 B 0, 0.000, 0.588, 1.177, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.588 std_dev=0.588
C6 B 0, 0.000, 0.589, 1.177, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.589 std_dev=0.589
C4' B 0, 0.000, 0.589, 1.179, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.589 std_dev=0.589
O4' B 0, 0.000, 0.597, 1.193, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.597 std_dev=0.597
N3 B 0, 0.000, 0.597, 1.193, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.597 std_dev=0.597
N7 B 0, 0.000, 0.602, 1.203, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.602 std_dev=0.602
C2 B 0, 0.000, 0.602, 1.204, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.602 std_dev=0.602
C1' B 0, 0.000, 0.602, 1.204, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.602 std_dev=0.602
C4 B 0, 0.000, 0.603, 1.205, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.603 std_dev=0.603
C5 B 0, 0.000, 0.609, 1.218, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.609 std_dev=0.609
O3' B 0, 0.000, 0.620, 1.240, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.620 std_dev=0.620

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.10 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.02 0.09 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.11 0.00
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.11 0.02
C4 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.09 0.03
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02
C5 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.08 0.02
C5' 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02
C8 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.09 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.04
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.10 0.05
N6 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04 0.07 0.01 0.02
N7 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.08 0.02
N9 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02
O2' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.12 0.01
O3' 0.03 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.12 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02
O5' 0.03 0.03 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.07 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.06 0.08 0.00 0.06 0.09 0.08 0.10 0.01 0.08 0.10 0.12 0.12 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.02 0.06 0.02 0.08 0.00 0.07 0.10 0.02 0.09 0.01 0.05 0.09 0.06 0.03 0.00 0.06
C2 0.03 0.07 0.06 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.14 0.07 0.11 0.04 0.21 0.13 0.04 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00
C2' 0.10 0.06 0.06 0.07 0.09 0.09 0.05 0.07 0.00 0.10 0.02 0.09 0.07 0.06 0.12 0.03 0.06 0.11 0.07 0.04 0.00 0.07
C3' 0.09 0.04 0.06 0.06 0.07 0.08 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.08 0.08 0.04 0.10 0.02 0.05 0.10 0.06 0.02 0.01 0.06
C4 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.16 0.06 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02
C4' 0.09 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.02 0.10 0.02 0.06 0.10 0.07 0.01 0.02 0.07
C5 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.07 0.01 0.16 0.06 0.00 0.08 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00
C5' 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.08 0.02 0.10 0.03 0.07 0.10 0.07 0.01 0.04 0.07
C6 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.08 0.03 0.11 0.04 0.08 0.03 0.17 0.09 0.02 0.09 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02
C8 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.03 0.11 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02
N1 0.05 0.07 0.08 0.05 0.07 0.04 0.11 0.04 0.14 0.07 0.11 0.05 0.20 0.13 0.05 0.10 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04
N3 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01 0.12 0.03 0.09 0.02 0.19 0.09 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03
N6 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.09 0.03 0.07 0.01 0.15 0.07 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.13 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00
N9 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.12 0.01 0.06 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.04
O2' 0.13 0.08 0.09 0.10 0.12 0.11 0.08 0.10 0.03 0.14 0.04 0.11 0.04 0.10 0.14 0.05 0.09 0.14 0.09 0.08 0.00 0.09
O3' 0.08 0.03 0.05 0.06 0.07 0.07 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.07 0.09 0.04 0.10 0.02 0.05 0.09 0.04 0.01 0.05 0.04
O4' 0.07 0.03 0.04 0.06 0.05 0.07 0.01 0.05 0.03 0.06 0.01 0.07 0.10 0.00 0.08 0.00 0.05 0.08 0.06 0.01 0.02 0.06
O5' 0.09 0.04 0.06 0.08 0.06 0.08 0.01 0.07 0.03 0.06 0.00 0.08 0.10 0.01 0.09 0.03 0.07 0.09 0.08 0.00 0.06 0.07
OP1 0.15 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.10 0.11 0.06 0.14 0.07 0.15 0.02 0.09 0.16 0.10 0.13 0.15 0.11 0.03 0.07 0.10
OP2 0.11 0.11 0.07 0.06 0.13 0.08 0.10 0.07 0.07 0.13 0.08 0.14 0.01 0.10 0.14 0.03 0.06 0.12 0.08 0.01 0.07 0.09
P 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.04 0.06 0.01 0.09 0.02 0.10 0.06 0.04 0.11 0.03 0.06 0.10 0.08 0.00 0.06 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01
C2 0.05 0.00 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.00 0.05 0.10 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.03 0.06 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.07 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01
C4 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.12 0.02
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.00 0.07 0.00 0.18 0.06
C5' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.19 0.06
C8 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.08 0.02 0.08 0.00 0.16 0.05
N1 0.05 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.15 0.03
N3 0.05 0.00 0.06 0.06 0.00 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.04 0.00 0.05 0.08 0.00
N6 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.03 0.25 0.10
N7 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.08 0.02 0.11 0.03 0.22 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.09 0.01
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.09 0.03 0.07 0.03 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.09 0.05
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.03 0.04 0.01 0.08 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00
O5' 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.08 0.03 0.00 0.10 0.11 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.00 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.08 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.06 0.10 0.07 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.19 0.16 0.15 0.08 0.25 0.22 0.09 0.09 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00