ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53041

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O5' A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4' A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
N6 A 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C3' A 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
O4' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
P A 0, 0.000, 0.112, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.112 std_dev=0.112
O3' A 0, 0.000, 0.125, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C5' A 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
OP2 A 0, 0.000, 0.175, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.175 std_dev=0.175
OP1 A 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C8 B 0, 0.000, 0.243, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.243 std_dev=0.243
N7 B 0, 0.000, 0.244, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.244 std_dev=0.244
N1 B 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
N9 B 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
C2 B 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C5 B 0, 0.000, 0.271, 0.541, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C6 B 0, 0.000, 0.273, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.273 std_dev=0.273
C4 B 0, 0.000, 0.274, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.274 std_dev=0.274
N3 B 0, 0.000, 0.279, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.279 std_dev=0.279
O4' B 0, 0.000, 0.292, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C1' B 0, 0.000, 0.301, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.301 std_dev=0.301
N6 B 0, 0.000, 0.309, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.309 std_dev=0.309
C5' B 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
C4' B 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
P B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
O5' B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
OP2 B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C2' B 0, 0.000, 0.391, 0.782, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.391 std_dev=0.391
OP1 B 0, 0.000, 0.411, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.411 std_dev=0.411
C3' B 0, 0.000, 0.419, 0.838, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.419 std_dev=0.419
O3' B 0, 0.000, 0.443, 0.887, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.443 std_dev=0.443
O2' B 0, 0.000, 0.453, 0.907, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.453 std_dev=0.453

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.10 0.04
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.12 0.04
C8 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.09 0.03
N1 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.04 0.10 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.08 0.02
N6 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.08 0.15 0.08
N7 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.10 0.03
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03
O3' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.10 0.07
O5' 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.08 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.06 0.08 0.00 0.04 0.08 0.02 0.10 0.01 0.12 0.09 0.10 0.08 0.15 0.10 0.08 0.02 0.05 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.08 0.03 0.03 0.03 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.02 0.06 0.00 0.13 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.14 0.04 0.09 0.00
C2 0.03 0.11 0.00 0.01 0.07 0.03 0.10 0.01 0.13 0.02 0.13 0.07 0.15 0.07 0.01 0.00 0.03 0.04 0.20 0.01 0.03 0.07
C2' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.00 0.14 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.15 0.04 0.07 0.01
C3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.09 0.00 0.08 0.01 0.16 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.14 0.04 0.09 0.00
C4 0.06 0.05 0.05 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.03 0.08 0.00 0.14 0.02 0.05 0.06 0.05 0.04 0.18 0.01 0.01 0.05
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.08 0.02 0.15 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.12 0.04 0.11 0.01
C5 0.10 0.01 0.09 0.08 0.06 0.06 0.03 0.02 0.04 0.08 0.04 0.05 0.09 0.05 0.10 0.10 0.08 0.08 0.20 0.01 0.04 0.08
C5' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.05 0.03 0.07 0.06 0.12 0.02 0.11 0.05 0.19 0.05 0.02 0.02 0.00 0.04 0.10 0.06 0.11 0.03
C6 0.10 0.01 0.09 0.08 0.06 0.07 0.02 0.04 0.03 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.09 0.09 0.09 0.10 0.21 0.03 0.09 0.10
C8 0.09 0.02 0.09 0.07 0.08 0.05 0.05 0.01 0.00 0.10 0.01 0.06 0.07 0.08 0.10 0.11 0.08 0.06 0.18 0.00 0.01 0.05
N1 0.07 0.07 0.05 0.06 0.00 0.07 0.04 0.03 0.08 0.03 0.10 0.01 0.10 0.01 0.05 0.05 0.07 0.09 0.22 0.03 0.11 0.12
N3 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.03 0.13 0.03 0.12 0.06 0.17 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.03 0.04 0.03
N6 0.11 0.02 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.03 0.03 0.09 0.00 0.07 0.02 0.08 0.11 0.11 0.09 0.10 0.18 0.03 0.11 0.10
N7 0.11 0.04 0.11 0.09 0.10 0.07 0.08 0.03 0.02 0.11 0.01 0.08 0.04 0.09 0.12 0.13 0.10 0.09 0.20 0.02 0.04 0.08
N9 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.04 0.06 0.01 0.13 0.00 0.05 0.06 0.04 0.02 0.16 0.02 0.04 0.03
O2' 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.12 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.16 0.04 0.06 0.01
O3' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.15 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.14 0.03 0.10 0.00
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.00 0.06 0.01 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.11 0.05 0.12 0.02
O5' 0.08 0.03 0.10 0.08 0.07 0.04 0.06 0.01 0.00 0.10 0.00 0.06 0.06 0.08 0.09 0.13 0.09 0.04 0.17 0.00 0.05 0.03
OP1 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.03 0.18 0.02 0.02 0.05
OP2 0.15 0.13 0.16 0.14 0.16 0.11 0.15 0.09 0.12 0.16 0.11 0.16 0.07 0.15 0.16 0.19 0.13 0.12 0.26 0.09 0.07 0.13
P 0.09 0.05 0.10 0.08 0.09 0.06 0.08 0.03 0.03 0.10 0.03 0.08 0.02 0.09 0.10 0.13 0.09 0.06 0.19 0.03 0.00 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.09 0.01
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.03 0.09 0.06 0.01 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.13 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.03 0.05 0.02
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.03
C5 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01
C5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.02 0.03 0.02
C8 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00
N1 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.04 0.02 0.09 0.04 0.00 0.05
N3 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.08 0.05 0.01 0.04
N6 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03 0.04 0.00 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01
N7 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03 0.07 0.02
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.15 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.10 0.01
O5' 0.07 0.09 0.00 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.01 0.05 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.01 0.10 0.13 0.05 0.14 0.06 0.10 0.03 0.09 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07 0.10 0.15 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00