ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53042

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O3' A 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C2' A 0, 0.000, 0.084, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O4' A 0, 0.000, 0.091, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.000, 0.103, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.000, 0.142, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.142
OP2 A 0, 0.000, 0.143, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O5' A 0, 0.000, 0.146, 0.291, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.146 std_dev=0.146
P A 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C5' A 0, 0.000, 0.169, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.169 std_dev=0.169
P B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
OP2 B 0, 0.000, 0.208, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.208 std_dev=0.208
OP1 A 0, 0.000, 0.223, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.223 std_dev=0.223
O5' B 0, 0.000, 0.263, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.263 std_dev=0.263
C8 B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
N7 B 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
N9 B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C5' B 0, 0.000, 0.322, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.322 std_dev=0.322
C5 B 0, 0.000, 0.340, 0.681, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C4 B 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C4' B 0, 0.000, 0.343, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C3' B 0, 0.000, 0.345, 0.689, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.345 std_dev=0.345
O4' B 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
OP1 B 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C1' B 0, 0.000, 0.350, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.350 std_dev=0.350
C2' B 0, 0.000, 0.366, 0.731, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.366 std_dev=0.366
C6 B 0, 0.000, 0.370, 0.741, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.370 std_dev=0.370
O3' B 0, 0.000, 0.374, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.374 std_dev=0.374
N3 B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
O2' B 0, 0.000, 0.397, 0.795, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.397 std_dev=0.397
N1 B 0, 0.000, 0.400, 0.799, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.400 std_dev=0.400
C2 B 0, 0.000, 0.400, 0.801, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.400 std_dev=0.400
N6 B 0, 0.000, 0.402, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.402 std_dev=0.402

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05
C5' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05
C8 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05
N6 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05
N7 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.00 0.07 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
O5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.02 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02
C2 0.08 0.08 0.05 0.03 0.08 0.06 0.08 0.04 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.05 0.01 0.11 0.04 0.04 0.00 0.05
C2' 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00
C3' 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02
C4 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03
C4' 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.00 0.05
C5 0.07 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.06 0.03 0.00 0.10 0.04 0.05 0.02 0.05
C5' 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.07 0.04 0.05 0.03 0.07
C6 0.11 0.09 0.07 0.06 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.07 0.04 0.13 0.08 0.07 0.06 0.08
C8 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.03
N1 0.11 0.10 0.08 0.06 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.07 0.04 0.14 0.07 0.07 0.05 0.08
N3 0.05 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.03 0.03
N6 0.13 0.12 0.10 0.09 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.14 0.12 0.12 0.09 0.08 0.16 0.11 0.10 0.09 0.10
N7 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.08 0.03 0.04 0.01 0.04
N9 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02
O2' 0.05 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.08 0.10 0.07 0.07 0.11 0.04 0.08 0.02 0.12 0.05
O3' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04
O4' 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.08 0.03 0.04 0.01 0.06
O5' 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.09 0.05 0.06 0.04 0.08
OP1 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04 0.07
OP2 0.07 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.10 0.06 0.07 0.05 0.08
P 0.06 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.09 0.06 0.06 0.05 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.06
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06
C8 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06
N1 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05
N6 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.08
N7 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.05 0.07
O5' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.07 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.05 0.00 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00