ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53043

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C8 B 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C3' B 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O3' B 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5' B 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 B 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' B 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 B 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2' B 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 B 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4' B 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 B 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O5' B 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N6 B 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O3' A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O5' A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2' A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C3' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
P A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
OP2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O2' B 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
OP2 B 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N1 B 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
OP1 B 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C4 B 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
OP1 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' B 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
P B 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C2 B 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
N3 B 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
N6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02
C2 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02
C4 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02
C5 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02
C8 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02
N3 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02
N6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
N7 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
N9 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
P 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
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