ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53053

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 3, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.007, 0.011, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.068, 0.130, 0.193, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.130 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.070, 0.137, 0.204, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.137 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.127, 0.216, 0.304, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.216 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.142, 0.238, 0.334, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.238 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.115, 0.214, 0.313, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.214 std_dev=0.099
C5' A 0, 0.237, 0.381, 0.526, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.381 std_dev=0.144
O5' A 0, 0.285, 0.430, 0.575, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.430 std_dev=0.145
OP2 A 0, 0.318, 0.468, 0.618, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.468 std_dev=0.150
O3' A 0, 0.207, 0.357, 0.508, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.357 std_dev=0.151
P A 0, 0.273, 0.426, 0.579, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.426 std_dev=0.153
OP1 A 0, 0.301, 0.473, 0.644, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.473 std_dev=0.171
OP1 B 0, 0.145, 0.356, 0.568, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.356 std_dev=0.212
P B 0, 0.141, 0.391, 0.641, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.391 std_dev=0.250
OP2 B 0, 0.105, 0.372, 0.640, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.372 std_dev=0.267
O5' B 0, 0.114, 0.387, 0.659, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.387 std_dev=0.273
O3' B 0, 0.218, 0.515, 0.811, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.515 std_dev=0.296
C3' B 0, 0.157, 0.463, 0.769, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.463 std_dev=0.306
C5' B 0, 0.105, 0.435, 0.765, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.435 std_dev=0.330
O2' B 0, 0.226, 0.564, 0.903, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.564 std_dev=0.339
C2' B 0, 0.183, 0.523, 0.864, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.523 std_dev=0.340
C4' B 0, 0.137, 0.485, 0.832, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.485 std_dev=0.347
C1' B 0, 0.206, 0.606, 1.007, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.606 std_dev=0.401
O4' B 0, 0.163, 0.567, 0.970, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.567 std_dev=0.403
O2 B 0, 0.285, 0.721, 1.157, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.721 std_dev=0.436
N1 B 0, 0.200, 0.646, 1.092, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.646 std_dev=0.446
C2 B 0, 0.248, 0.702, 1.156, 2.047 max_d=2.047 avg_d=0.702 std_dev=0.454
C6 B 0, 0.167, 0.649, 1.130, 2.093 max_d=2.093 avg_d=0.649 std_dev=0.482
N3 B 0, 0.264, 0.750, 1.235, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.750 std_dev=0.486
C4 B 0, 0.238, 0.751, 1.264, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.751 std_dev=0.513
C5 B 0, 0.184, 0.698, 1.213, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.698 std_dev=0.514
N4 B 0, 0.280, 0.825, 1.370, 2.216 max_d=2.216 avg_d=0.825 std_dev=0.545

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.05 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.07 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
C8 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
N7 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.04 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.07 0.03 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.05 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.09 0.09 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.06
C2 0.12 0.13 0.11 0.11 0.13 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.14 0.14 0.14 0.11 0.09 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12
C2' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.08 0.09 0.06 0.06 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04
C3' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.08 0.09 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04
C4 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.09 0.10 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07
C4' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.09 0.08 0.06 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05
C5 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08
C5' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.08 0.08 0.06 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04
C6 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.11 0.11 0.12 0.08 0.08 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11
C8 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.09 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.05
N1 0.11 0.13 0.11 0.10 0.13 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.13 0.13 0.14 0.10 0.09 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13
N3 0.09 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.11 0.12 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09
N6 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.08 0.08 0.11 0.12 0.13 0.11 0.12
N7 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.08 0.09 0.06 0.05 0.06 0.08 0.08 0.05 0.07
N9 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.08 0.09 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06
O2' 0.07 0.09 0.08 0.06 0.11 0.06 0.11 0.07 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09 0.08 0.06 0.06 0.07 0.09 0.13 0.10
O3' 0.04 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.08 0.10 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04
O4' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07
O5' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.08 0.09 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05
OP1 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07
OP2 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.10 0.12 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08
P 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.09 0.10 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.08 0.06
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.07 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04
N4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.06 0.10 0.07
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.04 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
O5' 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.06 0.05 0.05 0.08 0.03 0.08 0.03 0.07 0.05 0.07 0.10 0.06 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.07 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00