ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53054

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 1, 2, 0, 0, 1, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.008
OP1 B 0, 0.410, 0.676, 0.941, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.676 std_dev=0.265
P B 0, 0.310, 0.590, 0.870, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.590 std_dev=0.280
O4' A 0, -0.015, 0.479, 0.973, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.479 std_dev=0.494
OP2 B 0, 0.359, 0.871, 1.383, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.871 std_dev=0.512
C2' A 0, 0.018, 0.546, 1.075, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.546 std_dev=0.528
O2' A 0, 0.092, 0.927, 1.762, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.927 std_dev=0.835
C3' A 0, -0.038, 0.875, 1.788, 2.021 max_d=2.021 avg_d=0.875 std_dev=0.913
C4' A 0, -0.045, 0.920, 1.885, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.920 std_dev=0.965
O3' A 0, -0.029, 1.222, 2.474, 2.764 max_d=2.764 avg_d=1.222 std_dev=1.251
O5' A 0, -0.086, 1.277, 2.640, 2.964 max_d=2.964 avg_d=1.277 std_dev=1.363
C5' A 0, -0.075, 1.329, 2.734, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.329 std_dev=1.405
O5' B 0, 0.185, 1.660, 3.134, 3.757 max_d=3.757 avg_d=1.660 std_dev=1.474
P A 0, -0.010, 1.529, 3.067, 3.487 max_d=3.487 avg_d=1.529 std_dev=1.539
OP2 A 0, 0.025, 1.617, 3.210, 3.747 max_d=3.747 avg_d=1.617 std_dev=1.592
OP1 A 0, -0.007, 1.848, 3.702, 4.250 max_d=4.250 avg_d=1.848 std_dev=1.854
C5' B 0, 0.098, 2.502, 4.905, 5.660 max_d=5.660 avg_d=2.502 std_dev=2.403
C4' B 0, -0.063, 3.617, 7.297, 8.269 max_d=8.269 avg_d=3.617 std_dev=3.680
C3' B 0, -0.136, 3.681, 7.498, 8.529 max_d=8.529 avg_d=3.681 std_dev=3.817
O4' B 0, -0.121, 4.311, 8.743, 9.745 max_d=9.745 avg_d=4.311 std_dev=4.432
C6 B 0, -0.135, 4.414, 8.963, 9.865 max_d=9.865 avg_d=4.414 std_dev=4.549
C2' B 0, -0.267, 4.301, 8.870, 10.005 max_d=10.005 avg_d=4.301 std_dev=4.569
O3' B 0, -0.260, 4.504, 9.268, 10.487 max_d=10.487 avg_d=4.504 std_dev=4.764
C5 B 0, -0.145, 4.883, 9.911, 10.790 max_d=10.790 avg_d=4.883 std_dev=5.028
C1' B 0, -0.263, 4.771, 9.804, 10.903 max_d=10.903 avg_d=4.771 std_dev=5.034
N1 B 0, -0.244, 4.882, 10.007, 11.047 max_d=11.047 avg_d=4.882 std_dev=5.125
O2' B 0, -0.447, 5.165, 10.776, 12.062 max_d=12.062 avg_d=5.165 std_dev=5.611
C4 B 0, -0.237, 5.661, 11.560, 12.592 max_d=12.592 avg_d=5.661 std_dev=5.899
C2 B 0, -0.351, 5.689, 11.728, 12.864 max_d=12.864 avg_d=5.689 std_dev=6.039
N3 B 0, -0.330, 5.985, 12.299, 13.404 max_d=13.404 avg_d=5.985 std_dev=6.314
N4 B 0, -0.247, 6.239, 12.726, 13.953 max_d=13.953 avg_d=6.239 std_dev=6.486
O2 B 0, -0.467, 6.232, 12.930, 14.177 max_d=14.177 avg_d=6.232 std_dev=6.698

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.26 0.00 0.05 0.38 0.24 0.14
C2 0.02 0.00 0.32 0.25 0.01 0.09 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.18 0.18 0.23 0.09 0.43 0.32
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.02 0.08 0.12 0.15 0.16 0.25 0.31 0.10 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.29 0.84 0.75 0.60
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.29 0.01 0.40 0.01 0.41 0.40 0.34 0.19 0.46 0.46 0.27 0.01 0.01 0.02 0.06 0.58 0.27 0.27
C4 0.01 0.01 0.17 0.29 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.05 0.09 0.29 0.12 0.36 0.34
C4' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.16 0.00 0.12 0.33 0.03 0.11 0.18 0.30 0.13 0.33 0.01 0.00 0.01 0.27 0.14 0.10
C5 0.01 0.01 0.08 0.40 0.00 0.16 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.35 0.13 0.03 0.47 0.39 0.65 0.60
C5' 0.02 0.04 0.12 0.01 0.14 0.00 0.30 0.00 0.26 0.47 0.13 0.05 0.35 0.47 0.20 0.19 0.19 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.41 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.32 0.11 0.07 0.48 0.44 0.77 0.66
C8 0.00 0.01 0.16 0.40 0.00 0.33 0.00 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.44 0.25 0.15 0.54 0.39 0.47 0.57
N1 0.01 0.00 0.25 0.34 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.05 0.14 0.37 0.27 0.64 0.51
N3 0.01 0.00 0.31 0.19 0.00 0.11 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.24 0.19 0.16 0.13 0.26 0.20
N6 0.01 0.01 0.10 0.46 0.01 0.18 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.39 0.21 0.04 0.58 0.63 0.97 0.82
N7 0.00 0.01 0.08 0.46 0.00 0.30 0.00 0.47 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.47 0.29 0.09 0.62 0.58 0.77 0.76
N9 0.00 0.01 0.01 0.27 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.02 0.02 0.26 0.09 0.19 0.25
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.20 0.33 0.35 0.19 0.32 0.44 0.18 0.06 0.39 0.47 0.25 0.00 0.04 0.24 0.14 0.78 0.83 0.53
O3' 0.26 0.18 0.01 0.01 0.05 0.01 0.13 0.19 0.11 0.25 0.05 0.24 0.21 0.29 0.02 0.04 0.00 0.12 0.28 0.26 0.06 0.04
O4' 0.00 0.18 0.03 0.02 0.09 0.00 0.03 0.01 0.07 0.15 0.14 0.19 0.04 0.09 0.02 0.24 0.12 0.00 0.07 0.19 0.13 0.05
O5' 0.05 0.23 0.29 0.06 0.29 0.01 0.47 0.01 0.48 0.54 0.37 0.16 0.58 0.62 0.26 0.14 0.28 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.38 0.09 0.84 0.58 0.12 0.27 0.39 0.04 0.44 0.39 0.27 0.13 0.63 0.58 0.09 0.78 0.26 0.19 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.43 0.75 0.27 0.36 0.14 0.65 0.02 0.77 0.47 0.64 0.26 0.97 0.77 0.19 0.83 0.06 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.32 0.60 0.27 0.34 0.10 0.60 0.01 0.66 0.57 0.51 0.20 0.82 0.76 0.25 0.53 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.82 2.22 0.41 0.83 3.94 0.17 3.79 0.07 2.76 1.98 3.17 4.73 1.51 1.08 1.50 0.94 0.11 0.31 0.35 0.30
C2 2.33 3.15 1.13 0.65 3.84 1.26 3.80 1.08 3.41 3.04 3.56 4.04 2.77 0.97 0.26 2.46 0.65 0.15 0.27 0.27
C2' 0.08 1.53 1.13 1.45 3.40 0.83 3.18 0.66 2.05 1.24 2.57 4.35 0.81 1.89 2.05 0.18 0.45 0.17 0.89 0.19
C3' 0.19 1.13 1.37 1.54 3.01 0.85 2.88 0.58 1.80 0.94 2.13 3.96 0.37 2.25 2.13 0.10 0.30 0.18 0.68 0.08
C4 2.12 3.41 0.83 0.29 4.58 0.90 4.40 0.76 3.64 3.13 4.10 4.99 2.88 0.43 0.24 2.14 0.55 0.22 0.36 0.32
C4' 0.10 1.36 1.15 1.39 3.22 0.61 3.12 0.28 2.08 1.21 2.35 4.12 0.58 2.01 2.12 0.37 0.10 0.49 0.34 0.35
C5 2.92 4.28 1.58 0.94 5.15 1.51 4.77 1.15 4.13 3.87 4.90 5.47 3.87 1.26 0.46 2.81 0.82 0.17 0.40 0.33
C5' 0.20 1.51 1.06 1.32 3.34 0.54 3.16 0.27 2.13 1.31 2.52 4.29 0.75 1.94 2.06 0.46 0.11 0.42 0.46 0.28
C6 3.47 4.56 2.14 1.45 4.97 2.02 4.63 1.51 4.24 4.21 4.93 5.13 4.31 1.99 1.05 3.35 1.01 0.12 0.37 0.32
C8 2.22 3.82 0.92 0.33 5.22 0.92 4.72 0.73 3.78 3.34 4.74 5.91 3.29 0.39 0.26 2.14 0.59 0.24 0.43 0.35
N1 3.19 3.97 1.92 1.34 4.34 1.94 4.15 1.52 3.89 3.78 4.25 4.45 3.71 1.85 0.98 3.23 0.95 0.11 0.30 0.28
N3 1.74 2.79 0.52 0.07 3.86 0.67 3.85 0.64 3.22 2.65 3.39 4.21 2.28 0.20 0.44 1.85 0.40 0.23 0.29 0.28
N6 4.05 5.13 2.74 1.94 5.21 2.46 4.72 1.78 4.42 4.64 5.39 5.33 5.08 2.71 1.60 3.80 1.16 0.11 0.39 0.31
N7 2.90 4.49 1.57 0.89 5.52 1.44 4.94 1.08 4.16 3.92 5.28 6.01 4.09 1.17 0.38 2.73 0.80 0.19 0.44 0.35
N9 1.70 3.15 0.42 0.11 4.64 0.53 4.37 0.49 3.42 2.81 4.02 5.28 2.54 0.15 0.69 1.72 0.40 0.26 0.39 0.32
O2' 0.10 1.35 1.13 1.42 3.34 0.84 3.24 0.53 2.07 1.15 2.39 4.25 0.55 1.97 2.11 0.10 0.23 0.18 0.42 0.20
O3' 0.54 0.51 1.68 1.62 2.40 0.88 2.46 0.46 1.46 0.49 1.44 3.26 0.33 2.67 2.19 0.15 0.09 0.70 0.23 0.52
O4' 0.72 2.07 0.54 0.94 3.81 0.19 3.65 0.10 2.64 1.85 3.03 4.64 1.35 1.27 1.69 0.91 0.15 0.51 0.24 0.42
O5' 0.61 2.06 0.68 1.01 3.81 0.31 3.46 0.21 2.42 1.73 3.10 4.80 1.40 1.48 1.67 0.76 0.12 0.16 0.73 0.10
OP1 0.71 2.11 0.51 0.71 3.95 0.13 3.64 0.16 2.57 1.82 3.17 5.02 1.39 1.43 1.35 0.89 0.36 0.57 0.31 0.54
OP2 1.32 2.96 0.12 0.34 4.60 0.24 4.02 0.16 2.96 2.44 4.04 5.67 2.42 0.67 0.89 1.31 0.22 0.10 0.80 0.13
P 0.86 2.39 0.39 0.73 4.15 0.12 3.72 0.10 2.65 1.99 3.46 5.21 1.75 1.21 1.37 0.96 0.13 0.20 0.65 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.12 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.36 0.00 0.33 0.61 0.19 0.25
C2 0.03 0.00 0.06 0.18 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.34 0.24 0.06 0.65 1.07 0.11 0.60
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.26 0.04 0.01 0.06 0.04 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.57 0.20
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.40 0.00 0.45 0.02 0.40 0.23 0.28 0.43 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.15 0.05
C4 0.03 0.01 0.03 0.40 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.11 0.06 1.02 1.62 0.23 1.02
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.05 0.09 0.04 0.33 0.03 0.00 0.02 0.15 0.06 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.45 0.00 0.11 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.23 0.05 1.11 1.71 0.30 1.11
C5' 0.12 0.10 0.26 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.09 0.07 0.05 0.14 0.07 0.24 0.02 0.00 0.25 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.40 0.00 0.11 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.16 0.03 0.98 1.43 0.18 0.89
N1 0.02 0.01 0.01 0.23 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.04 0.68 1.06 0.10 0.59
N3 0.03 0.00 0.06 0.28 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.11 0.06 0.83 1.35 0.11 0.81
N4 0.03 0.01 0.04 0.43 0.00 0.09 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.16 0.07 1.09 1.78 0.30 1.14
O2 0.03 0.00 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.36 0.49 0.06 0.44 0.80 0.21 0.39
O2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.35 0.33 0.28 0.07 0.21 0.23 0.38 0.37 0.36 0.00 0.05 0.22 0.06 0.05 0.44 0.11
O3' 0.36 0.24 0.02 0.01 0.11 0.03 0.23 0.24 0.16 0.12 0.11 0.16 0.49 0.05 0.00 0.27 0.11 0.10 0.35 0.17
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.07 0.06 0.22 0.27 0.00 0.38 0.76 0.07 0.33
O5' 0.33 0.65 0.06 0.04 1.02 0.02 1.11 0.00 0.98 0.68 0.83 1.09 0.44 0.06 0.11 0.38 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.61 1.07 0.05 0.09 1.62 0.15 1.71 0.25 1.43 1.06 1.35 1.78 0.80 0.05 0.10 0.76 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.11 0.57 0.15 0.23 0.06 0.30 0.05 0.18 0.10 0.11 0.30 0.21 0.44 0.35 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.60 0.20 0.05 1.02 0.02 1.11 0.01 0.89 0.59 0.81 1.14 0.39 0.11 0.17 0.33 0.01 0.00 0.00 0.00