ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53055

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 4, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.003, 0.019, 0.036, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.001, 0.019, 0.036, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.024, 0.093, 0.163, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.093 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.014, 0.090, 0.166, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.090 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.041, 0.138, 0.234, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.138 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.022, 0.131, 0.239, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.131 std_dev=0.108
C4' A 0, 0.036, 0.156, 0.276, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.156 std_dev=0.120
OP1 B 0, 0.027, 0.169, 0.312, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.169 std_dev=0.143
O4' B 0, 0.071, 0.244, 0.417, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.244 std_dev=0.173
C5' B 0, 0.045, 0.219, 0.393, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.219 std_dev=0.174
P B 0, 0.017, 0.196, 0.376, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.196 std_dev=0.180
C4' B 0, 0.063, 0.253, 0.443, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.253 std_dev=0.190
O5' B 0, 0.019, 0.210, 0.400, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.210 std_dev=0.190
C5' A 0, 0.062, 0.262, 0.463, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.262 std_dev=0.201
O3' A 0, 0.048, 0.250, 0.453, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.250 std_dev=0.203
C6 B 0, 0.067, 0.271, 0.475, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.271 std_dev=0.204
N1 B 0, 0.076, 0.287, 0.497, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.287 std_dev=0.211
C1' B 0, 0.090, 0.300, 0.511, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.300 std_dev=0.211
O5' A 0, 0.057, 0.270, 0.484, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.270 std_dev=0.213
OP2 B 0, 0.010, 0.235, 0.459, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.235 std_dev=0.225
C3' B 0, 0.084, 0.324, 0.563, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.324 std_dev=0.239
C5 B 0, 0.052, 0.292, 0.533, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.292 std_dev=0.241
O3' B 0, 0.122, 0.375, 0.627, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.375 std_dev=0.252
C4 B 0, 0.062, 0.320, 0.578, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.320 std_dev=0.258
P A 0, 0.041, 0.299, 0.558, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.299 std_dev=0.259
C2' B 0, 0.100, 0.364, 0.628, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.364 std_dev=0.264
OP2 A 0, 0.068, 0.334, 0.601, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.334 std_dev=0.266
O2' B 0, 0.143, 0.430, 0.717, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.430 std_dev=0.287
C2 B 0, 0.053, 0.345, 0.636, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.345 std_dev=0.292
N4 B 0, 0.078, 0.371, 0.664, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.371 std_dev=0.293
OP1 A 0, 0.051, 0.353, 0.655, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.353 std_dev=0.302
N3 B 0, 0.050, 0.355, 0.659, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.355 std_dev=0.304
O2 B 0, 0.039, 0.410, 0.781, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.410 std_dev=0.371

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.01 0.07 0.13 0.16 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.11 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.05
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.07 0.11 0.15 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.02 0.02 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.15 0.17 0.13
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.11 0.15 0.08 0.05 0.12 0.15 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.11 0.17 0.18 0.14
C8 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.12 0.14 0.15 0.12
N1 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.09 0.15 0.17 0.13
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.05 0.10 0.15 0.09
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.12 0.19 0.20 0.17
N7 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.13 0.17 0.18 0.15
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.10 0.13 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.11 0.05
O3' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.07 0.04 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.07 0.08 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.12 0.07
O5' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.12 0.09 0.05 0.12 0.13 0.07 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.13 0.06 0.06 0.11 0.03 0.15 0.04 0.17 0.14 0.15 0.10 0.19 0.17 0.10 0.04 0.07 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.16 0.11 0.10 0.15 0.07 0.17 0.04 0.18 0.15 0.17 0.15 0.20 0.18 0.13 0.11 0.08 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.11 0.05 0.05 0.10 0.02 0.13 0.01 0.14 0.12 0.13 0.09 0.17 0.15 0.08 0.05 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.16 0.06 0.06 0.17 0.06 0.12 0.08 0.09 0.10 0.18 0.20 0.18 0.09 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.07
C2 0.06 0.08 0.06 0.07 0.12 0.06 0.13 0.07 0.10 0.08 0.10 0.14 0.07 0.07 0.08 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03
C2' 0.07 0.15 0.06 0.05 0.16 0.06 0.12 0.08 0.09 0.10 0.17 0.19 0.17 0.09 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04
C3' 0.07 0.15 0.06 0.06 0.15 0.06 0.11 0.08 0.09 0.09 0.17 0.18 0.17 0.08 0.07 0.08 0.05 0.04 0.05 0.04
C4 0.06 0.12 0.05 0.05 0.15 0.05 0.13 0.06 0.10 0.09 0.14 0.17 0.12 0.08 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03
C4' 0.06 0.15 0.05 0.06 0.16 0.07 0.13 0.08 0.10 0.09 0.18 0.20 0.18 0.07 0.07 0.08 0.05 0.04 0.05 0.04
C5 0.06 0.11 0.05 0.05 0.14 0.05 0.13 0.06 0.10 0.09 0.13 0.17 0.11 0.09 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.02
C5' 0.07 0.15 0.06 0.06 0.16 0.07 0.12 0.08 0.10 0.09 0.17 0.20 0.17 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07
C6 0.06 0.09 0.05 0.06 0.13 0.05 0.13 0.06 0.11 0.08 0.11 0.16 0.09 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03
C8 0.08 0.15 0.07 0.06 0.16 0.06 0.13 0.07 0.10 0.10 0.17 0.19 0.17 0.11 0.07 0.08 0.05 0.04 0.04 0.04
N1 0.06 0.08 0.05 0.07 0.12 0.06 0.13 0.06 0.11 0.08 0.10 0.14 0.07 0.07 0.09 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04
N3 0.06 0.10 0.04 0.05 0.14 0.05 0.13 0.06 0.10 0.08 0.12 0.16 0.09 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04
N6 0.06 0.09 0.05 0.06 0.13 0.05 0.13 0.05 0.11 0.08 0.11 0.16 0.08 0.08 0.08 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04
N7 0.07 0.13 0.06 0.05 0.15 0.06 0.13 0.06 0.10 0.09 0.15 0.18 0.15 0.11 0.07 0.07 0.04 0.04 0.03 0.03
N9 0.07 0.14 0.06 0.05 0.16 0.06 0.13 0.07 0.10 0.09 0.16 0.19 0.16 0.10 0.06 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05
O2' 0.06 0.15 0.06 0.07 0.16 0.09 0.12 0.11 0.08 0.09 0.18 0.19 0.18 0.07 0.09 0.07 0.06 0.04 0.06 0.04
O3' 0.08 0.13 0.07 0.09 0.13 0.10 0.12 0.11 0.11 0.09 0.14 0.15 0.15 0.07 0.10 0.10 0.08 0.07 0.05 0.05
O4' 0.08 0.17 0.07 0.06 0.18 0.06 0.11 0.08 0.08 0.10 0.20 0.22 0.20 0.09 0.07 0.08 0.06 0.05 0.09 0.07
O5' 0.06 0.14 0.06 0.06 0.15 0.07 0.12 0.08 0.10 0.08 0.17 0.19 0.17 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06
OP1 0.09 0.16 0.09 0.09 0.16 0.08 0.13 0.08 0.12 0.10 0.18 0.20 0.19 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08
OP2 0.12 0.16 0.11 0.11 0.20 0.11 0.19 0.10 0.17 0.14 0.19 0.24 0.17 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12
P 0.07 0.14 0.06 0.06 0.16 0.06 0.14 0.06 0.11 0.09 0.17 0.20 0.17 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.10 0.03 0.04 0.03 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.09 0.10 0.11 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.02 0.13 0.15 0.17 0.15
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.04 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.13 0.14 0.15 0.13
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.06 0.06 0.07 0.07
N4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.10 0.12 0.11
O2 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.11 0.02 0.04 0.06 0.05 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.04 0.09 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.10 0.03 0.06 0.05 0.11 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.06 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.06 0.06
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.06 0.06 0.09 0.04 0.02 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.04 0.05 0.10 0.04 0.15 0.04 0.14 0.07 0.06 0.10 0.06 0.04 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.03 0.04 0.11 0.02 0.17 0.01 0.15 0.07 0.07 0.12 0.05 0.02 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.02 0.04 0.10 0.01 0.15 0.01 0.13 0.07 0.07 0.11 0.05 0.02 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00