ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53056

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.002, 0.028, 0.055, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.028 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.012, 0.051, 0.089, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.051 std_dev=0.039
N7 A 0, 0.005, 0.044, 0.083, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.044 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.001, 0.047, 0.094, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.047 std_dev=0.047
O4' A 0, -0.054, 0.141, 0.336, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.141 std_dev=0.195
C2' A 0, -0.078, 0.179, 0.437, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.179 std_dev=0.258
C4' A 0, -0.046, 0.230, 0.506, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.230 std_dev=0.276
C3' A 0, -0.056, 0.226, 0.508, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.226 std_dev=0.282
OP1 B 0, 0.271, 0.645, 1.019, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.645 std_dev=0.374
O3' A 0, -0.046, 0.329, 0.704, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.329 std_dev=0.375
O5' A 0, 0.092, 0.486, 0.881, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.486 std_dev=0.395
C5' A 0, -0.036, 0.406, 0.848, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.406 std_dev=0.442
P B 0, 0.336, 0.788, 1.240, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.788 std_dev=0.452
O2' A 0, -0.147, 0.309, 0.764, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.309 std_dev=0.456
C5' B 0, 0.375, 0.863, 1.351, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.863 std_dev=0.488
OP2 B 0, 0.358, 0.865, 1.371, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.865 std_dev=0.507
P A 0, 0.104, 0.620, 1.137, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.620 std_dev=0.517
C4' B 0, 0.404, 0.932, 1.459, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.932 std_dev=0.527
C3' B 0, 0.449, 0.978, 1.508, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.978 std_dev=0.530
O3' B 0, 0.481, 1.014, 1.548, 1.533 max_d=1.533 avg_d=1.014 std_dev=0.534
O5' B 0, 0.416, 0.970, 1.525, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.970 std_dev=0.555
C2' B 0, 0.472, 1.048, 1.625, 1.738 max_d=1.738 avg_d=1.048 std_dev=0.576
O2' B 0, 0.523, 1.118, 1.713, 1.802 max_d=1.802 avg_d=1.118 std_dev=0.595
O4' B 0, 0.381, 0.986, 1.592, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.986 std_dev=0.606
C1' B 0, 0.415, 1.030, 1.646, 1.796 max_d=1.796 avg_d=1.030 std_dev=0.615
C2 B 0, 0.518, 1.164, 1.809, 1.810 max_d=1.810 avg_d=1.164 std_dev=0.645
N1 B 0, 0.414, 1.064, 1.713, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.064 std_dev=0.649
O2 B 0, 0.537, 1.189, 1.842, 1.839 max_d=1.839 avg_d=1.189 std_dev=0.653
C6 B 0, 0.389, 1.085, 1.780, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.085 std_dev=0.695
N3 B 0, 0.540, 1.237, 1.934, 1.926 max_d=1.926 avg_d=1.237 std_dev=0.697
C5 B 0, 0.417, 1.156, 1.896, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.156 std_dev=0.740
OP2 A 0, 0.314, 1.061, 1.807, 2.683 max_d=2.683 avg_d=1.061 std_dev=0.747
C4 B 0, 0.457, 1.215, 1.973, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.215 std_dev=0.758
OP1 A 0, 0.140, 0.937, 1.735, 3.026 max_d=3.026 avg_d=0.937 std_dev=0.798
N4 B 0, 0.497, 1.331, 2.165, 2.303 max_d=2.303 avg_d=1.331 std_dev=0.834

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.00 0.12 0.13 0.36 0.13
C2 0.05 0.00 0.14 0.19 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.10 0.06 0.14 0.21 0.43 0.15
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.07 0.04 0.13 0.10 0.15 0.05 0.11 0.04 0.00 0.03 0.01 0.12 0.10 0.34 0.16
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.15 0.01 0.16 0.02 0.19 0.10 0.19 0.16 0.20 0.14 0.10 0.01 0.01 0.02 0.21 0.13 0.36 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.05 0.03 0.15 0.23 0.43 0.15
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.10 0.09 0.04 0.15 0.03 0.00 0.01 0.09 0.35 0.14
C5 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.08 0.02 0.17 0.30 0.46 0.17
C5' 0.04 0.10 0.07 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.15 0.14 0.13 0.08 0.18 0.16 0.09 0.08 0.15 0.02 0.01 0.28 0.34 0.03
C6 0.02 0.01 0.04 0.19 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.11 0.02 0.17 0.31 0.47 0.17
C8 0.02 0.01 0.13 0.10 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.06 0.05 0.18 0.31 0.46 0.17
N1 0.04 0.00 0.10 0.19 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.11 0.04 0.15 0.26 0.46 0.16
N3 0.05 0.01 0.15 0.16 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.09 0.06 0.14 0.18 0.42 0.15
N6 0.02 0.02 0.05 0.20 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.27 0.14 0.02 0.19 0.37 0.49 0.20
N7 0.02 0.01 0.11 0.14 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.09 0.05 0.18 0.36 0.49 0.19
N9 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.03 0.01 0.15 0.22 0.42 0.15
O2' 0.02 0.18 0.00 0.01 0.18 0.15 0.24 0.08 0.25 0.21 0.22 0.14 0.27 0.25 0.15 0.00 0.06 0.10 0.08 0.21 0.25 0.20
O3' 0.12 0.10 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.15 0.11 0.06 0.11 0.09 0.14 0.09 0.03 0.06 0.00 0.07 0.25 0.17 0.26 0.14
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.05 0.01 0.10 0.07 0.00 0.24 0.17 0.36 0.15
O5' 0.12 0.14 0.12 0.21 0.15 0.01 0.17 0.01 0.17 0.18 0.15 0.14 0.19 0.18 0.15 0.08 0.25 0.24 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.13 0.21 0.10 0.13 0.23 0.09 0.30 0.28 0.31 0.31 0.26 0.18 0.37 0.36 0.22 0.21 0.17 0.17 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.43 0.34 0.36 0.43 0.35 0.46 0.34 0.47 0.46 0.46 0.42 0.49 0.49 0.42 0.25 0.26 0.36 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.15 0.16 0.19 0.15 0.14 0.17 0.03 0.17 0.17 0.16 0.15 0.20 0.19 0.15 0.20 0.14 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.09 0.10 0.16 0.10 0.17 0.10 0.11 0.06 0.11 0.22 0.10 0.08 0.12 0.11 0.07 0.14 0.08 0.07
C2 0.09 0.13 0.10 0.10 0.22 0.10 0.22 0.10 0.16 0.11 0.17 0.27 0.13 0.09 0.12 0.10 0.08 0.16 0.14 0.10
C2' 0.16 0.21 0.19 0.21 0.37 0.16 0.41 0.16 0.34 0.24 0.27 0.44 0.15 0.19 0.22 0.13 0.21 0.18 0.29 0.21
C3' 0.19 0.22 0.20 0.20 0.34 0.18 0.39 0.19 0.34 0.25 0.26 0.40 0.16 0.21 0.22 0.16 0.21 0.16 0.23 0.19
C4 0.08 0.13 0.09 0.09 0.22 0.09 0.23 0.08 0.17 0.12 0.17 0.27 0.13 0.08 0.11 0.08 0.07 0.14 0.11 0.08
C4' 0.07 0.11 0.09 0.10 0.22 0.09 0.24 0.09 0.19 0.12 0.16 0.28 0.09 0.09 0.13 0.07 0.07 0.13 0.12 0.08
C5 0.11 0.17 0.11 0.11 0.26 0.10 0.28 0.10 0.23 0.16 0.21 0.31 0.16 0.09 0.10 0.10 0.11 0.15 0.15 0.12
C5' 0.06 0.12 0.05 0.05 0.25 0.07 0.27 0.07 0.21 0.13 0.17 0.31 0.08 0.09 0.07 0.06 0.04 0.12 0.09 0.04
C6 0.13 0.19 0.13 0.13 0.28 0.12 0.31 0.12 0.26 0.19 0.23 0.32 0.17 0.11 0.12 0.12 0.15 0.18 0.19 0.17
C8 0.09 0.15 0.09 0.09 0.24 0.09 0.26 0.08 0.20 0.14 0.18 0.29 0.14 0.08 0.10 0.08 0.07 0.14 0.11 0.08
N1 0.11 0.17 0.11 0.12 0.26 0.10 0.28 0.10 0.23 0.17 0.21 0.31 0.16 0.09 0.12 0.09 0.13 0.19 0.20 0.17
N3 0.09 0.12 0.10 0.11 0.20 0.12 0.20 0.11 0.14 0.10 0.16 0.25 0.13 0.10 0.13 0.11 0.08 0.16 0.10 0.08
N6 0.18 0.23 0.17 0.18 0.32 0.18 0.35 0.18 0.31 0.24 0.26 0.35 0.21 0.15 0.17 0.18 0.21 0.22 0.23 0.22
N7 0.12 0.18 0.11 0.11 0.27 0.11 0.30 0.10 0.25 0.18 0.21 0.32 0.16 0.10 0.11 0.11 0.11 0.15 0.14 0.12
N9 0.08 0.12 0.09 0.09 0.21 0.09 0.22 0.08 0.16 0.10 0.16 0.26 0.12 0.08 0.11 0.09 0.06 0.14 0.09 0.07
O2' 0.21 0.15 0.20 0.20 0.16 0.25 0.18 0.24 0.13 0.14 0.12 0.23 0.21 0.19 0.21 0.27 0.17 0.19 0.17 0.17
O3' 0.09 0.14 0.11 0.11 0.25 0.09 0.27 0.09 0.21 0.14 0.18 0.31 0.13 0.08 0.12 0.07 0.10 0.14 0.14 0.09
O4' 0.11 0.10 0.12 0.12 0.14 0.12 0.13 0.12 0.08 0.07 0.11 0.19 0.12 0.10 0.13 0.13 0.10 0.19 0.10 0.11
O5' 0.06 0.09 0.10 0.12 0.20 0.08 0.23 0.09 0.19 0.12 0.13 0.24 0.06 0.11 0.16 0.05 0.10 0.13 0.14 0.10
OP1 0.23 0.19 0.23 0.23 0.25 0.25 0.29 0.25 0.28 0.23 0.20 0.28 0.17 0.25 0.26 0.23 0.20 0.19 0.18 0.18
OP2 0.37 0.34 0.38 0.38 0.30 0.40 0.28 0.40 0.29 0.33 0.33 0.32 0.37 0.39 0.38 0.40 0.39 0.46 0.36 0.39
P 0.08 0.12 0.07 0.07 0.18 0.10 0.17 0.10 0.12 0.09 0.16 0.23 0.13 0.10 0.07 0.10 0.08 0.16 0.12 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.08 0.04
C2 0.01 0.00 0.09 0.12 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.13 0.05 0.13 0.14 0.14 0.12
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.04 0.16 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.09 0.05
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.12 0.09 0.15 0.02 0.00 0.01 0.08 0.11 0.08 0.04
C4 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.11 0.03 0.17 0.18 0.19 0.18
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.11 0.05 0.02
C5 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04 0.17 0.17 0.16 0.17
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.11 0.07 0.07 0.11 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.11 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.05 0.15 0.14 0.11 0.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.12 0.12 0.10 0.10
N3 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.05 0.15 0.17 0.18 0.15
N4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.03 0.19 0.21 0.22 0.20
O2 0.01 0.00 0.16 0.15 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.17 0.07 0.12 0.14 0.14 0.10
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.05 0.08 0.00 0.03 0.06 0.03 0.13 0.07 0.04
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.11 0.02 0.06 0.03 0.06 0.05 0.14 0.12 0.17 0.03 0.00 0.02 0.12 0.13 0.11 0.06
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.06 0.02 0.00 0.07 0.09 0.10 0.03
O5' 0.05 0.13 0.05 0.08 0.17 0.01 0.17 0.00 0.15 0.12 0.15 0.19 0.12 0.03 0.12 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.09 0.14 0.10 0.11 0.18 0.11 0.17 0.11 0.14 0.12 0.17 0.21 0.14 0.13 0.13 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.14 0.09 0.08 0.19 0.05 0.16 0.03 0.11 0.10 0.18 0.22 0.14 0.07 0.11 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.05 0.04 0.18 0.02 0.17 0.01 0.13 0.10 0.15 0.20 0.10 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00