ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53058

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.015, 0.030, 0.044, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.014, 0.032, 0.051, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.017, 0.036, 0.055, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.036 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.021, 0.042, 0.064, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.042 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.027
C4' A 0, 0.185, 0.409, 0.633, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.409 std_dev=0.224
O4' A 0, 0.178, 0.407, 0.635, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.407 std_dev=0.229
OP2 B 0, 0.213, 0.447, 0.682, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.447 std_dev=0.235
C3' A 0, 0.238, 0.491, 0.744, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.491 std_dev=0.253
C5' A 0, 0.292, 0.571, 0.851, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.571 std_dev=0.280
C2' A 0, 0.335, 0.668, 1.000, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.668 std_dev=0.332
P B 0, 0.246, 0.589, 0.932, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.589 std_dev=0.343
O3' A 0, 0.502, 0.968, 1.434, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.968 std_dev=0.466
O2' A 0, 0.637, 1.323, 2.009, 1.827 max_d=1.827 avg_d=1.323 std_dev=0.686
OP1 B 0, 0.619, 1.416, 2.213, 2.102 max_d=2.102 avg_d=1.416 std_dev=0.797
C5' B 0, 0.745, 1.639, 2.533, 2.343 max_d=2.343 avg_d=1.639 std_dev=0.894
O5' B 0, 0.672, 1.760, 2.848, 2.525 max_d=2.525 avg_d=1.760 std_dev=1.088
O5' A 0, 0.978, 2.122, 3.266, 3.079 max_d=3.079 avg_d=2.122 std_dev=1.144
OP1 A 0, 1.300, 2.607, 3.914, 3.592 max_d=3.592 avg_d=2.607 std_dev=1.307
P A 0, 1.240, 2.606, 3.972, 3.773 max_d=3.773 avg_d=2.606 std_dev=1.366
OP2 A 0, 1.344, 2.970, 4.597, 4.510 max_d=4.510 avg_d=2.970 std_dev=1.626
C4' B 0, 1.246, 3.169, 5.091, 4.718 max_d=4.718 avg_d=3.169 std_dev=1.922
C3' B 0, 1.522, 3.990, 6.458, 6.058 max_d=6.058 avg_d=3.990 std_dev=2.468
O4' B 0, 1.438, 3.987, 6.536, 5.955 max_d=5.955 avg_d=3.987 std_dev=2.549
C6 B 0, 1.453, 4.312, 7.171, 6.645 max_d=6.645 avg_d=4.312 std_dev=2.859
O3' B 0, 1.831, 4.829, 7.827, 7.320 max_d=7.320 avg_d=4.829 std_dev=2.998
C5 B 0, 1.518, 4.656, 7.793, 7.190 max_d=7.190 avg_d=4.656 std_dev=3.138
C1' B 0, 1.822, 5.152, 8.483, 7.782 max_d=7.782 avg_d=5.152 std_dev=3.331
C2' B 0, 1.965, 5.296, 8.627, 8.008 max_d=8.008 avg_d=5.296 std_dev=3.331
N1 B 0, 1.817, 5.473, 9.129, 8.342 max_d=8.342 avg_d=5.473 std_dev=3.656
O2' B 0, 2.448, 6.294, 10.140, 9.448 max_d=9.448 avg_d=6.294 std_dev=3.846
C4 B 0, 1.946, 6.262, 10.579, 9.614 max_d=9.614 avg_d=6.262 std_dev=4.317
N4 B 0, 2.110, 6.729, 11.348, 10.324 max_d=10.324 avg_d=6.729 std_dev=4.619
C2 B 0, 2.233, 7.049, 11.864, 10.707 max_d=10.707 avg_d=7.049 std_dev=4.815
N3 B 0, 2.267, 7.400, 12.532, 11.295 max_d=11.295 avg_d=7.400 std_dev=5.133
O2 B 0, 2.594, 8.121, 13.648, 12.257 max_d=12.257 avg_d=8.121 std_dev=5.527

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.30 0.00 0.17 0.08 0.17 0.15
C2 0.04 0.00 0.07 0.05 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.47 0.11 0.12 0.13 0.14 0.11
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.14 0.03 0.09 0.05 0.07 0.05 0.08 0.03 0.00 0.06 0.04 0.21 0.12 0.19 0.16
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.02 0.08 0.19 0.04 0.06 0.11 0.18 0.09 0.03 0.01 0.02 0.36 0.27 0.35 0.33
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.32 0.05 0.18 0.13 0.21 0.19
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.06 0.09 0.02 0.06 0.03 0.14 0.02 0.00 0.03 0.06 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.21 0.02 0.29 0.21 0.37 0.33
C5' 0.04 0.12 0.14 0.02 0.08 0.01 0.07 0.00 0.08 0.05 0.11 0.11 0.07 0.05 0.06 0.03 0.20 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.27 0.04 0.23 0.18 0.30 0.27
C8 0.02 0.01 0.09 0.19 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.30 0.06 0.07 0.50 0.34 0.56 0.50
N1 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.39 0.08 0.13 0.12 0.17 0.15
N3 0.04 0.00 0.07 0.06 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.47 0.11 0.11 0.12 0.12 0.09
N6 0.00 0.01 0.05 0.11 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.20 0.21 0.03 0.28 0.23 0.39 0.34
N7 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.29 0.07 0.05 0.46 0.34 0.58 0.50
N9 0.00 0.02 0.03 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.20 0.01 0.29 0.18 0.31 0.29
O2' 0.02 0.09 0.00 0.03 0.10 0.14 0.19 0.03 0.15 0.30 0.08 0.10 0.20 0.29 0.15 0.00 0.12 0.07 0.26 0.18 0.21 0.22
O3' 0.30 0.47 0.06 0.01 0.32 0.02 0.21 0.20 0.27 0.06 0.39 0.47 0.21 0.07 0.20 0.12 0.00 0.17 0.39 0.57 0.48 0.47
O4' 0.00 0.11 0.04 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.08 0.11 0.03 0.05 0.01 0.07 0.17 0.00 0.05 0.02 0.15 0.07
O5' 0.17 0.12 0.21 0.36 0.18 0.03 0.29 0.01 0.23 0.50 0.13 0.11 0.28 0.46 0.29 0.26 0.39 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.13 0.12 0.27 0.13 0.06 0.21 0.08 0.18 0.34 0.12 0.12 0.23 0.34 0.18 0.18 0.57 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.14 0.19 0.35 0.21 0.08 0.37 0.13 0.30 0.56 0.17 0.12 0.39 0.58 0.31 0.21 0.48 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.11 0.16 0.33 0.19 0.03 0.33 0.02 0.27 0.50 0.15 0.09 0.34 0.50 0.29 0.22 0.47 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.34 3.16 2.02 1.48 2.51 1.45 1.82 0.73 1.79 2.46 3.13 2.46 3.67 2.05 1.41 1.96 0.93 0.53 0.19 0.06
C2 1.99 2.47 1.70 1.15 2.11 1.21 1.73 0.67 1.77 2.15 2.44 1.97 2.62 1.62 0.89 1.80 0.93 0.55 0.23 0.13
C2' 2.29 3.15 1.97 1.46 2.56 1.44 1.85 0.76 1.78 2.43 3.18 2.57 3.68 2.00 1.39 1.93 0.97 0.47 0.24 0.13
C3' 2.09 3.03 1.82 1.30 2.42 1.20 1.67 0.49 1.57 2.24 3.07 2.46 3.61 1.88 1.30 1.65 0.70 0.69 0.12 0.14
C4 2.38 3.21 2.05 1.42 2.72 1.42 2.08 0.73 2.03 2.60 3.24 2.64 3.52 2.05 1.24 2.03 0.95 0.57 0.21 0.09
C4' 2.13 2.94 1.93 1.45 2.21 1.30 1.50 0.54 1.48 2.19 2.88 2.18 3.58 2.05 1.55 1.65 0.69 0.60 0.13 0.16
C5 2.44 3.39 2.14 1.45 3.08 1.41 2.37 0.73 2.23 2.74 3.55 3.07 3.62 2.18 1.26 2.04 0.93 0.55 0.24 0.12
C5' 2.29 3.11 2.19 1.69 2.32 1.43 1.59 0.63 1.58 2.33 3.04 2.28 3.81 2.41 1.89 1.71 0.73 0.50 0.16 0.15
C6 2.28 3.08 2.01 1.32 2.97 1.30 2.39 0.69 2.21 2.58 3.26 2.96 3.21 2.04 1.09 1.91 0.88 0.51 0.27 0.14
C8 2.57 3.63 2.26 1.57 3.15 1.50 2.33 0.75 2.20 2.83 3.77 3.19 4.06 2.36 1.46 2.09 0.95 0.57 0.21 0.09
N1 2.04 2.62 1.79 1.17 2.44 1.18 2.07 0.65 1.99 2.28 2.68 2.34 2.71 1.75 0.90 1.77 0.86 0.50 0.28 0.16
N3 2.15 2.73 1.82 1.28 2.22 1.33 1.73 0.71 1.76 2.29 2.67 2.10 3.00 1.75 1.07 1.93 0.95 0.57 0.20 0.09
N6 2.24 3.05 2.02 1.30 3.11 1.26 2.51 0.66 2.25 2.55 3.30 3.24 3.15 2.09 1.06 1.85 0.83 0.46 0.29 0.16
N7 2.56 3.63 2.27 1.54 3.31 1.47 2.49 0.75 2.31 2.87 3.86 3.39 3.95 2.37 1.39 2.09 0.94 0.55 0.24 0.11
N9 2.46 3.38 2.13 1.50 2.81 1.47 2.08 0.74 2.01 2.66 3.42 2.77 3.81 2.17 1.38 2.05 0.95 0.57 0.20 0.08
O2' 2.29 3.04 1.94 1.47 2.45 1.54 1.79 0.93 1.76 2.38 3.03 2.44 3.54 1.92 1.37 2.02 1.12 0.37 0.33 0.29
O3' 1.51 2.44 1.21 0.74 1.87 0.67 1.12 0.23 1.01 1.66 2.50 1.94 3.02 1.26 0.74 1.09 0.23 1.22 0.48 0.64
O4' 2.34 3.13 2.10 1.57 2.35 1.45 1.65 0.66 1.66 2.40 3.03 2.28 3.75 2.21 1.62 1.87 0.80 0.56 0.17 0.14
O5' 1.86 2.84 1.79 1.25 2.15 0.95 1.37 0.19 1.29 1.99 2.86 2.18 3.51 2.01 1.45 1.24 0.36 0.79 0.28 0.45
OP1 1.81 2.76 1.82 1.33 2.12 0.96 1.34 0.21 1.26 1.93 2.81 2.18 3.42 2.10 1.61 1.17 0.36 0.74 0.27 0.44
OP2 1.78 2.83 1.83 1.25 2.23 0.86 1.40 0.12 1.29 1.96 2.94 2.30 3.45 2.16 1.51 1.09 0.25 0.84 0.37 0.56
P 1.81 2.79 1.83 1.30 2.13 0.93 1.35 0.17 1.26 1.94 2.84 2.18 3.45 2.13 1.58 1.14 0.32 0.76 0.30 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.12 0.21 0.37 0.18
C2 0.02 0.00 0.15 0.25 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.14 0.12 0.09 0.12 0.20 0.11
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.03 0.03 0.09 0.04 0.12 0.01 0.11 0.03 0.25 0.00 0.04 0.01 0.04 0.23 0.43 0.19
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.32 0.00 0.29 0.01 0.23 0.20 0.31 0.35 0.21 0.03 0.00 0.01 0.17 0.09 0.15 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.32 0.00 0.17 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.25 0.01 0.27 0.21 0.14 0.21
C4' 0.01 0.03 0.03 0.00 0.17 0.00 0.25 0.00 0.24 0.09 0.08 0.19 0.11 0.21 0.01 0.00 0.02 0.10 0.17 0.04
C5 0.01 0.00 0.09 0.29 0.01 0.25 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.24 0.10 0.37 0.23 0.11 0.27
C5' 0.03 0.06 0.04 0.01 0.27 0.00 0.36 0.00 0.32 0.12 0.14 0.30 0.11 0.16 0.09 0.03 0.01 0.09 0.08 0.01
C6 0.00 0.01 0.12 0.23 0.01 0.24 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.17 0.13 0.29 0.11 0.12 0.15
N1 0.01 0.01 0.01 0.20 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.08 0.01 0.08 0.09 0.24 0.08
N3 0.02 0.00 0.11 0.31 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.20 0.08 0.14 0.12 0.13 0.11
N4 0.01 0.00 0.03 0.35 0.00 0.19 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.27 0.29 0.02 0.32 0.29 0.25 0.29
O2 0.03 0.00 0.25 0.21 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.21 0.17 0.20 0.27 0.19
O2' 0.01 0.11 0.00 0.03 0.25 0.21 0.27 0.16 0.23 0.14 0.18 0.27 0.02 0.00 0.09 0.17 0.11 0.11 0.37 0.08
O3' 0.11 0.14 0.04 0.00 0.25 0.01 0.24 0.09 0.17 0.08 0.20 0.29 0.13 0.09 0.00 0.06 0.31 0.21 0.11 0.23
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.03 0.13 0.01 0.08 0.02 0.21 0.17 0.06 0.00 0.23 0.22 0.36 0.20
O5' 0.12 0.09 0.04 0.17 0.27 0.02 0.37 0.01 0.29 0.08 0.14 0.32 0.17 0.11 0.31 0.23 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.21 0.12 0.23 0.09 0.21 0.10 0.23 0.09 0.11 0.09 0.12 0.29 0.20 0.11 0.21 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.20 0.43 0.15 0.14 0.17 0.11 0.08 0.12 0.24 0.13 0.25 0.27 0.37 0.11 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.11 0.19 0.04 0.21 0.04 0.27 0.01 0.15 0.08 0.11 0.29 0.19 0.08 0.23 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00