ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53060

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.005, 0.028, 0.050, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N6 A 0, -0.004, 0.026, 0.057, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.026 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.012, 0.043, 0.075, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.043 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.015, 0.122, 0.229, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.122 std_dev=0.107
C2' A 0, -0.007, 0.184, 0.375, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.184 std_dev=0.191
C3' A 0, 0.063, 0.261, 0.459, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.261 std_dev=0.198
C4' A 0, 0.039, 0.245, 0.451, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.245 std_dev=0.206
OP1 B 0, 0.036, 0.245, 0.453, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.245 std_dev=0.208
N1 B 0, 0.147, 0.360, 0.572, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.360 std_dev=0.213
C4' B 0, 0.104, 0.318, 0.532, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.318 std_dev=0.214
C1' B 0, 0.152, 0.384, 0.617, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.384 std_dev=0.233
C6 B 0, 0.146, 0.379, 0.613, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.379 std_dev=0.234
P B 0, 0.154, 0.403, 0.652, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.403 std_dev=0.249
O3' B 0, 0.187, 0.439, 0.691, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.439 std_dev=0.252
C5 B 0, 0.156, 0.418, 0.680, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.418 std_dev=0.262
C2 B 0, 0.174, 0.450, 0.725, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.450 std_dev=0.276
C4 B 0, 0.174, 0.460, 0.745, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.460 std_dev=0.285
O2' A 0, 0.008, 0.295, 0.582, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.295 std_dev=0.287
C5' B 0, 0.051, 0.343, 0.636, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.343 std_dev=0.292
N3 B 0, 0.195, 0.496, 0.798, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.496 std_dev=0.301
O4' B 0, 0.146, 0.458, 0.770, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.458 std_dev=0.312
O2 B 0, 0.190, 0.506, 0.822, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.506 std_dev=0.316
C3' B 0, 0.076, 0.394, 0.712, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.394 std_dev=0.318
O5' B 0, 0.231, 0.566, 0.902, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.566 std_dev=0.336
N4 B 0, 0.214, 0.550, 0.886, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.550 std_dev=0.336
O3' A 0, 0.067, 0.427, 0.787, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.427 std_dev=0.360
C5' A 0, 0.130, 0.507, 0.884, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.507 std_dev=0.377
OP2 B 0, 0.146, 0.532, 0.917, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.532 std_dev=0.385
C2' B 0, 0.081, 0.524, 0.967, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.524 std_dev=0.443
O5' A 0, 0.291, 0.745, 1.199, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.745 std_dev=0.454
P A 0, 0.303, 0.976, 1.649, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.976 std_dev=0.673
O2' B 0, 0.265, 1.062, 1.859, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.062 std_dev=0.797
OP1 A 0, 0.494, 1.478, 2.462, 2.906 max_d=2.906 avg_d=1.478 std_dev=0.984
OP2 A 0, 0.302, 1.398, 2.494, 3.187 max_d=3.187 avg_d=1.398 std_dev=1.096

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.12 0.14 0.41 0.18
C2 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.12 0.06 0.33 0.34 0.56 0.41
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.11 0.02 0.07 0.05 0.10 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.11 0.61 0.20
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.02 0.08 0.16 0.04 0.02 0.11 0.16 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.08 0.66 0.20
C4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.03 0.02 0.31 0.35 0.52 0.39
C4' 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.09 0.04 0.07 0.03 0.08 0.03 0.06 0.05 0.01 0.02 0.09 0.38 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.36 0.45 0.60 0.46
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.14 0.21 0.11 0.10 0.16 0.22 0.12 0.06 0.06 0.02 0.01 0.11 0.19 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.37 0.47 0.66 0.49
C8 0.01 0.01 0.11 0.16 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.18 0.06 0.35 0.46 0.48 0.38
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.06 0.03 0.35 0.41 0.63 0.47
N3 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.13 0.06 0.30 0.29 0.50 0.37
N6 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01 0.03 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.39 0.53 0.72 0.53
N7 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.18 0.05 0.38 0.53 0.59 0.47
N9 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.27 0.32 0.45 0.32
O2' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.09 0.06 0.06 0.06 0.08 0.10 0.13 0.18 0.06 0.09 0.04 0.00 0.09 0.04 0.04 0.08 0.63 0.18
O3' 0.04 0.12 0.05 0.01 0.03 0.05 0.08 0.06 0.05 0.18 0.06 0.13 0.09 0.18 0.06 0.09 0.00 0.04 0.10 0.09 0.77 0.23
O4' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.00 0.10 0.12 0.31 0.15
O5' 0.12 0.33 0.06 0.05 0.31 0.02 0.36 0.01 0.37 0.35 0.35 0.30 0.39 0.38 0.27 0.04 0.10 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.34 0.11 0.08 0.35 0.09 0.45 0.11 0.47 0.46 0.41 0.29 0.53 0.53 0.32 0.08 0.09 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.56 0.61 0.66 0.52 0.38 0.60 0.19 0.66 0.48 0.63 0.50 0.72 0.59 0.45 0.63 0.77 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.41 0.20 0.20 0.39 0.08 0.46 0.01 0.49 0.38 0.47 0.37 0.53 0.47 0.32 0.18 0.23 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.09 0.13 0.09 0.11 0.14 0.10 0.26 0.11 0.10 0.12 0.14 0.08 0.44 0.10 0.16 0.08 0.09 0.31 0.14
C2 0.16 0.08 0.13 0.13 0.07 0.14 0.11 0.19 0.15 0.12 0.07 0.06 0.07 0.06 0.11 0.20 0.17 0.04 0.31 0.08
C2' 0.18 0.07 0.17 0.17 0.10 0.22 0.07 0.33 0.10 0.09 0.12 0.15 0.08 0.48 0.17 0.21 0.17 0.13 0.27 0.08
C3' 0.11 0.10 0.17 0.14 0.12 0.23 0.06 0.34 0.05 0.06 0.14 0.16 0.12 0.52 0.18 0.25 0.07 0.11 0.29 0.09
C4 0.16 0.05 0.04 0.07 0.06 0.10 0.07 0.20 0.10 0.10 0.07 0.09 0.06 0.20 0.06 0.11 0.10 0.06 0.32 0.10
C4' 0.12 0.12 0.18 0.14 0.13 0.25 0.11 0.36 0.10 0.11 0.14 0.14 0.13 0.57 0.18 0.31 0.10 0.19 0.32 0.20
C5 0.16 0.10 0.04 0.07 0.06 0.09 0.08 0.18 0.10 0.11 0.08 0.08 0.11 0.14 0.05 0.11 0.13 0.04 0.30 0.07
C5' 0.16 0.13 0.24 0.23 0.10 0.33 0.11 0.42 0.13 0.14 0.11 0.10 0.14 0.61 0.31 0.39 0.24 0.28 0.42 0.31
C6 0.16 0.12 0.06 0.09 0.11 0.10 0.13 0.15 0.14 0.13 0.11 0.09 0.11 0.06 0.05 0.16 0.18 0.04 0.27 0.04
C8 0.15 0.05 0.12 0.06 0.06 0.07 0.05 0.20 0.07 0.08 0.05 0.11 0.09 0.33 0.04 0.08 0.08 0.07 0.31 0.11
N1 0.16 0.11 0.13 0.11 0.11 0.13 0.15 0.16 0.17 0.14 0.10 0.09 0.09 0.13 0.09 0.20 0.20 0.04 0.27 0.04
N3 0.15 0.06 0.06 0.10 0.06 0.13 0.08 0.22 0.11 0.09 0.08 0.08 0.07 0.12 0.10 0.14 0.10 0.06 0.32 0.12
N6 0.15 0.15 0.06 0.10 0.14 0.11 0.14 0.13 0.14 0.14 0.15 0.14 0.14 0.11 0.04 0.17 0.20 0.04 0.23 0.03
N7 0.16 0.10 0.09 0.07 0.04 0.07 0.06 0.18 0.08 0.10 0.06 0.08 0.12 0.23 0.04 0.08 0.11 0.05 0.30 0.08
N9 0.15 0.02 0.09 0.06 0.08 0.09 0.06 0.22 0.08 0.08 0.08 0.12 0.03 0.33 0.06 0.10 0.08 0.08 0.32 0.12
O2' 0.32 0.15 0.30 0.35 0.14 0.39 0.19 0.47 0.24 0.23 0.14 0.15 0.14 0.55 0.34 0.35 0.33 0.28 0.23 0.18
O3' 0.27 0.12 0.31 0.35 0.10 0.41 0.11 0.51 0.16 0.17 0.12 0.13 0.14 0.64 0.37 0.38 0.24 0.30 0.20 0.14
O4' 0.10 0.11 0.17 0.08 0.15 0.15 0.10 0.26 0.07 0.06 0.17 0.18 0.11 0.51 0.13 0.22 0.14 0.18 0.39 0.25
O5' 0.47 0.43 0.52 0.51 0.36 0.51 0.39 0.51 0.43 0.45 0.37 0.31 0.47 0.68 0.60 0.55 0.45 0.45 0.68 0.52
OP1 0.50 0.51 0.54 0.53 0.49 0.53 0.49 0.51 0.50 0.50 0.50 0.49 0.51 0.69 0.67 0.57 0.43 0.42 0.66 0.49
OP2 0.60 0.66 0.76 0.58 0.70 0.49 0.69 0.50 0.67 0.65 0.69 0.69 0.63 0.99 0.53 0.52 0.52 0.55 0.89 0.66
P 0.50 0.53 0.60 0.49 0.51 0.45 0.52 0.45 0.52 0.52 0.52 0.49 0.53 0.82 0.53 0.50 0.44 0.43 0.74 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.18 0.02 0.12 0.04 0.23 0.05
C2 0.02 0.00 0.09 0.03 0.02 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.15 0.10 0.18 0.06 0.28 0.10
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10 0.18 0.14 0.03 0.06 0.02 0.19 0.01 0.03 0.03 0.48 0.40 0.35 0.39
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.03 0.07 0.04 0.04 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.26 0.24 0.10 0.17
C4 0.03 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.11 0.06 0.18 0.08 0.28 0.07
C4' 0.02 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.12 0.03 0.04 0.05 0.11 0.10 0.03 0.00 0.01 0.08 0.22 0.05
C5 0.02 0.01 0.10 0.08 0.00 0.10 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.09 0.15 0.18 0.12 0.27 0.07
C5' 0.03 0.13 0.18 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.12 0.06 0.19 0.08 0.05 0.02 0.01 0.09 0.16 0.02
C6 0.02 0.00 0.14 0.07 0.00 0.12 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.38 0.10 0.18 0.17 0.09 0.27 0.07
N1 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.04 0.16 0.03 0.26 0.06
N3 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.07 0.19 0.07 0.29 0.10
N4 0.03 0.02 0.02 0.08 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.10 0.06 0.19 0.10 0.28 0.08
O2 0.03 0.01 0.19 0.02 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.39 0.14 0.20 0.16 0.10 0.28 0.12
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.15 0.10 0.36 0.08 0.38 0.09 0.05 0.17 0.39 0.00 0.08 0.06 0.41 0.44 0.49 0.43
O3' 0.18 0.15 0.03 0.01 0.11 0.03 0.09 0.05 0.10 0.13 0.13 0.10 0.14 0.08 0.00 0.14 0.16 0.22 0.10 0.13
O4' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.06 0.00 0.15 0.02 0.18 0.04 0.07 0.06 0.20 0.06 0.14 0.00 0.13 0.16 0.41 0.21
O5' 0.12 0.18 0.48 0.26 0.18 0.01 0.18 0.01 0.17 0.16 0.19 0.19 0.16 0.41 0.16 0.13 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.04 0.06 0.40 0.24 0.08 0.08 0.12 0.09 0.09 0.03 0.07 0.10 0.10 0.44 0.22 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.28 0.35 0.10 0.28 0.22 0.27 0.16 0.27 0.26 0.29 0.28 0.28 0.49 0.10 0.41 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.39 0.17 0.07 0.05 0.07 0.02 0.07 0.06 0.10 0.08 0.12 0.43 0.13 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00