ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53064

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.026, 0.111, 0.196, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.111 std_dev=0.085
N3 B 0, 0.040, 0.145, 0.250, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.145 std_dev=0.105
O4' A 0, 0.046, 0.157, 0.269, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.157 std_dev=0.111
O2' A 0, 0.033, 0.151, 0.269, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.151 std_dev=0.118
C3' A 0, 0.061, 0.237, 0.412, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.237 std_dev=0.176
C4' A 0, 0.060, 0.251, 0.443, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.251 std_dev=0.192
C4 B 0, 0.074, 0.269, 0.464, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.269 std_dev=0.195
O3' A 0, 0.048, 0.298, 0.548, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.298 std_dev=0.250
N4 B 0, 0.116, 0.401, 0.686, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.401 std_dev=0.285
C2 B 0, 0.120, 0.409, 0.699, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.409 std_dev=0.290
C5' A 0, 0.111, 0.416, 0.721, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.416 std_dev=0.305
OP2 A 0, 0.028, 0.372, 0.716, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.372 std_dev=0.344
P A 0, 0.090, 0.435, 0.781, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.435 std_dev=0.346
O4' B 0, 0.041, 0.393, 0.745, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.393 std_dev=0.352
O5' A 0, 0.150, 0.514, 0.879, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.514 std_dev=0.364
C5 B 0, 0.145, 0.528, 0.911, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.528 std_dev=0.383
O2 B 0, 0.174, 0.595, 1.016, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.595 std_dev=0.421
N1 B 0, 0.172, 0.599, 1.026, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.599 std_dev=0.427
OP1 A 0, 0.133, 0.563, 0.992, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.563 std_dev=0.429
C6 B 0, 0.175, 0.634, 1.093, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.634 std_dev=0.459
C4' B 0, 0.156, 0.623, 1.089, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.623 std_dev=0.466
O3' B 0, 0.161, 0.635, 1.109, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.635 std_dev=0.474
O5' B 0, 0.160, 0.641, 1.123, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.641 std_dev=0.481
P B 0, 0.147, 0.637, 1.127, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.637 std_dev=0.490
OP1 B 0, 0.112, 0.627, 1.142, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.627 std_dev=0.515
OP2 B 0, 0.179, 0.706, 1.233, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.706 std_dev=0.527
C5' B 0, 0.218, 0.790, 1.361, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.790 std_dev=0.572
C3' B 0, 0.255, 0.882, 1.508, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.882 std_dev=0.627
C1' B 0, 0.260, 0.895, 1.530, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.895 std_dev=0.635
C2' B 0, 0.465, 1.590, 2.715, 2.442 max_d=2.442 avg_d=1.590 std_dev=1.125
O2' B 0, 0.719, 2.482, 4.245, 3.929 max_d=3.929 avg_d=2.482 std_dev=1.763

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.10 0.10 0.09 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.03 0.00 0.07 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.02 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.10 0.10 0.09 0.08
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.13 0.13 0.14 0.13
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.10 0.05 0.04 0.08 0.10 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.13 0.13 0.16 0.14
C8 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.13 0.12 0.13 0.13
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.12 0.11 0.12 0.11
N3 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.09 0.09 0.06 0.06
N6 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.15 0.16 0.19 0.17
N7 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.15 0.15 0.17 0.16
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.08 0.09 0.07 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.14 0.01 0.03
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.10 0.02 0.02 0.07 0.11 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.15 0.03 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.09 0.02
O5' 0.03 0.10 0.01 0.02 0.10 0.00 0.13 0.00 0.13 0.13 0.12 0.09 0.15 0.15 0.08 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.09 0.10 0.13 0.14 0.10 0.09 0.13 0.06 0.13 0.12 0.11 0.09 0.16 0.15 0.09 0.14 0.15 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.09 0.00 0.02 0.09 0.04 0.14 0.04 0.16 0.13 0.12 0.06 0.19 0.17 0.07 0.01 0.03 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.07 0.04 0.04 0.08 0.01 0.13 0.00 0.14 0.13 0.11 0.06 0.17 0.16 0.07 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.09 0.34 0.17 0.11 0.07 0.19 0.10 0.22 0.20 0.04 0.13 0.15 0.63 0.32 0.11 0.14 0.11 0.17 0.13
C2 0.18 0.09 0.19 0.07 0.16 0.20 0.20 0.22 0.09 0.07 0.05 0.22 0.18 0.22 0.16 0.22 0.07 0.06 0.10 0.06
C2' 0.31 0.09 0.37 0.20 0.12 0.11 0.19 0.07 0.22 0.20 0.04 0.14 0.14 0.70 0.39 0.12 0.16 0.11 0.18 0.15
C3' 0.29 0.08 0.41 0.22 0.12 0.10 0.17 0.06 0.20 0.19 0.07 0.15 0.10 0.77 0.45 0.11 0.14 0.09 0.16 0.13
C4 0.20 0.08 0.16 0.07 0.13 0.11 0.17 0.14 0.14 0.11 0.03 0.18 0.18 0.34 0.20 0.08 0.04 0.03 0.12 0.07
C4' 0.27 0.07 0.44 0.22 0.08 0.08 0.13 0.07 0.18 0.17 0.04 0.10 0.07 0.80 0.46 0.11 0.12 0.09 0.14 0.11
C5 0.18 0.09 0.13 0.05 0.11 0.12 0.12 0.16 0.08 0.09 0.01 0.18 0.18 0.29 0.18 0.10 0.01 0.03 0.10 0.05
C5' 0.24 0.08 0.44 0.21 0.10 0.05 0.12 0.08 0.15 0.15 0.08 0.12 0.06 0.79 0.46 0.13 0.11 0.09 0.14 0.10
C6 0.16 0.09 0.13 0.02 0.11 0.16 0.11 0.20 0.02 0.08 0.01 0.20 0.17 0.22 0.15 0.17 0.08 0.08 0.10 0.08
C8 0.24 0.11 0.26 0.12 0.09 0.06 0.12 0.11 0.14 0.15 0.02 0.14 0.20 0.49 0.24 0.04 0.07 0.04 0.12 0.07
N1 0.18 0.10 0.20 0.06 0.14 0.20 0.15 0.23 0.04 0.10 0.03 0.23 0.17 0.25 0.15 0.22 0.11 0.10 0.11 0.10
N3 0.18 0.06 0.13 0.04 0.16 0.15 0.21 0.16 0.16 0.08 0.05 0.20 0.18 0.25 0.19 0.14 0.03 0.03 0.13 0.07
N6 0.15 0.10 0.14 0.02 0.09 0.16 0.10 0.21 0.05 0.09 0.02 0.19 0.15 0.23 0.14 0.18 0.11 0.12 0.12 0.11
N7 0.20 0.11 0.19 0.09 0.09 0.09 0.10 0.14 0.09 0.12 0.01 0.15 0.20 0.37 0.20 0.06 0.01 0.02 0.10 0.05
N9 0.25 0.10 0.26 0.12 0.11 0.07 0.17 0.11 0.18 0.16 0.03 0.15 0.18 0.50 0.25 0.05 0.09 0.06 0.14 0.09
O2' 0.32 0.10 0.39 0.24 0.10 0.16 0.19 0.03 0.24 0.21 0.02 0.10 0.14 0.73 0.43 0.15 0.16 0.11 0.18 0.15
O3' 0.29 0.07 0.45 0.28 0.10 0.14 0.15 0.02 0.19 0.18 0.05 0.14 0.09 0.84 0.55 0.09 0.12 0.07 0.15 0.11
O4' 0.27 0.07 0.38 0.17 0.08 0.04 0.15 0.12 0.19 0.18 0.03 0.09 0.10 0.70 0.33 0.14 0.14 0.12 0.16 0.13
O5' 0.20 0.11 0.36 0.14 0.17 0.01 0.16 0.13 0.15 0.14 0.15 0.21 0.08 0.67 0.38 0.16 0.13 0.13 0.15 0.12
OP1 0.22 0.11 0.41 0.16 0.11 0.02 0.12 0.14 0.14 0.15 0.10 0.14 0.12 0.73 0.40 0.16 0.13 0.13 0.14 0.11
OP2 0.29 0.18 0.49 0.28 0.09 0.12 0.12 0.05 0.18 0.22 0.10 0.08 0.23 0.73 0.38 0.10 0.15 0.13 0.22 0.17
P 0.25 0.14 0.45 0.22 0.11 0.06 0.12 0.09 0.16 0.18 0.10 0.13 0.16 0.74 0.39 0.13 0.13 0.12 0.18 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.04 0.08 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.14 0.10 0.03 0.04 0.06 0.01
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.10 0.09 0.01 0.06 0.02 0.13 0.00 0.03 0.01 0.25 0.33 0.33 0.30
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.18 0.00 0.23 0.02 0.22 0.11 0.11 0.20 0.02 0.00 0.00 0.01 0.13 0.25 0.24 0.20
C4 0.01 0.00 0.02 0.18 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.10 0.01 0.10 0.14 0.19 0.14
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.13 0.03 0.04 0.06 0.13 0.15 0.02 0.00 0.00 0.08 0.04 0.03
C5 0.00 0.00 0.07 0.23 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.18 0.07 0.16 0.19 0.23 0.20
C5' 0.03 0.10 0.10 0.02 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.04 0.10 0.09 0.17 0.07 0.09 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.09 0.22 0.00 0.13 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.16 0.10 0.13 0.15 0.15 0.15
N1 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.08 0.00 0.03 0.06 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.09 0.07 0.04 0.06 0.12 0.06
N4 0.01 0.00 0.02 0.20 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.12 0.01 0.12 0.17 0.23 0.17
O2 0.01 0.00 0.13 0.02 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.26 0.18 0.08 0.09 0.03 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.17 0.15 0.27 0.07 0.27 0.11 0.10 0.19 0.23 0.00 0.09 0.09 0.20 0.34 0.41 0.29
O3' 0.17 0.14 0.03 0.00 0.10 0.02 0.18 0.09 0.16 0.08 0.09 0.12 0.26 0.09 0.00 0.13 0.17 0.37 0.39 0.30
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.10 0.00 0.07 0.01 0.18 0.09 0.13 0.00 0.12 0.07 0.15 0.13
O5' 0.04 0.03 0.25 0.13 0.10 0.00 0.16 0.00 0.13 0.03 0.04 0.12 0.08 0.20 0.17 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.04 0.33 0.25 0.14 0.08 0.19 0.04 0.15 0.06 0.06 0.17 0.09 0.34 0.37 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.06 0.33 0.24 0.19 0.04 0.23 0.02 0.15 0.05 0.12 0.23 0.03 0.41 0.39 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.30 0.20 0.14 0.03 0.20 0.01 0.15 0.04 0.06 0.17 0.06 0.29 0.30 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00