ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53065

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.005, 0.034, 0.063, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.034 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.004, 0.037, 0.069, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.037 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.005, 0.038, 0.071, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.038 std_dev=0.033
C6 A 0, 0.009, 0.048, 0.087, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.014, 0.061, 0.107, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.061 std_dev=0.046
N6 A 0, 0.018, 0.080, 0.143, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.080 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.044, 0.153, 0.262, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.153 std_dev=0.109
C2' A 0, 0.057, 0.205, 0.353, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.205 std_dev=0.148
O5' A 0, 0.068, 0.231, 0.395, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.231 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.068, 0.234, 0.400, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.234 std_dev=0.166
O2' A 0, 0.075, 0.258, 0.440, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.258 std_dev=0.182
C3' A 0, 0.079, 0.278, 0.478, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.278 std_dev=0.199
O3' A 0, 0.074, 0.310, 0.546, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.310 std_dev=0.236
P A 0, 0.089, 0.329, 0.568, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.329 std_dev=0.239
C5' A 0, 0.099, 0.340, 0.581, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.340 std_dev=0.241
OP2 A 0, 0.098, 0.385, 0.673, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.385 std_dev=0.288
OP1 A 0, 0.082, 0.412, 0.742, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.412 std_dev=0.330
OP1 B 0, 0.182, 0.710, 1.239, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.710 std_dev=0.528
OP2 B 0, 0.218, 0.746, 1.275, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.746 std_dev=0.528
P B 0, 0.222, 0.798, 1.374, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.798 std_dev=0.576
O5' B 0, 0.262, 0.976, 1.690, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.976 std_dev=0.714
C5' B 0, 0.284, 1.003, 1.721, 1.645 max_d=1.645 avg_d=1.003 std_dev=0.718
C4' B 0, 0.323, 1.140, 1.958, 1.876 max_d=1.876 avg_d=1.140 std_dev=0.818
C5 B 0, 0.346, 1.194, 2.043, 1.893 max_d=1.893 avg_d=1.194 std_dev=0.849
C6 B 0, 0.348, 1.206, 2.065, 1.932 max_d=1.932 avg_d=1.206 std_dev=0.859
C3' B 0, 0.336, 1.195, 2.054, 1.982 max_d=1.982 avg_d=1.195 std_dev=0.859
O4' B 0, 0.337, 1.198, 2.059, 1.985 max_d=1.985 avg_d=1.198 std_dev=0.861
O3' B 0, 0.348, 1.216, 2.083, 1.967 max_d=1.967 avg_d=1.216 std_dev=0.867
N4 B 0, 0.370, 1.284, 2.197, 2.051 max_d=2.051 avg_d=1.284 std_dev=0.913
C4 B 0, 0.373, 1.299, 2.225, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.299 std_dev=0.926
C1' B 0, 0.365, 1.305, 2.245, 2.175 max_d=2.175 avg_d=1.305 std_dev=0.940
N1 B 0, 0.373, 1.314, 2.255, 2.150 max_d=2.150 avg_d=1.314 std_dev=0.941
C2' B 0, 0.371, 1.327, 2.283, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.327 std_dev=0.956
N3 B 0, 0.402, 1.414, 2.426, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.414 std_dev=1.012
O2' B 0, 0.389, 1.406, 2.424, 2.375 max_d=2.375 avg_d=1.406 std_dev=1.018
C2 B 0, 0.404, 1.428, 2.452, 2.350 max_d=2.350 avg_d=1.428 std_dev=1.024
O2 B 0, 0.434, 1.542, 2.651, 2.558 max_d=2.558 avg_d=1.542 std_dev=1.109

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.12 0.03 0.03
C2 0.03 0.00 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.15 0.13 0.02 0.03 0.16 0.10 0.07
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.03 0.12 0.03 0.12 0.09 0.13 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.06 0.02
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.11 0.09 0.10 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.02
C4 0.02 0.01 0.07 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01 0.01 0.14 0.07 0.06
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.06 0.05 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.08 0.02 0.01 0.10 0.07 0.04
C5' 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02
C6 0.05 0.02 0.12 0.09 0.03 0.05 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.16 0.12 0.04 0.03 0.07 0.08 0.03
C8 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.07 0.11 0.05 0.07
N1 0.05 0.02 0.12 0.11 0.03 0.06 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.18 0.14 0.04 0.04 0.11 0.10 0.06
N3 0.03 0.01 0.09 0.09 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.14 0.13 0.02 0.02 0.17 0.09 0.07
N6 0.07 0.03 0.13 0.10 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.04 0.06 0.18 0.13 0.05 0.04 0.03 0.08 0.03
N7 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.05
N9 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.13 0.04 0.05
O2' 0.01 0.15 0.01 0.04 0.11 0.04 0.12 0.03 0.16 0.05 0.18 0.14 0.18 0.08 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.05 0.08 0.05
O3' 0.05 0.13 0.00 0.01 0.09 0.01 0.08 0.02 0.12 0.02 0.14 0.13 0.13 0.04 0.05 0.07 0.00 0.03 0.02 0.10 0.05 0.03
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.11 0.05 0.05
O5' 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.07 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.12 0.16 0.09 0.09 0.14 0.07 0.10 0.02 0.07 0.11 0.11 0.17 0.03 0.08 0.13 0.05 0.10 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.10 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.05 0.10 0.09 0.08 0.06 0.04 0.08 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.07 0.06 0.07 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.06 0.08 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.11 0.07 0.01
C2 0.12 0.13 0.12 0.08 0.15 0.08 0.15 0.08 0.13 0.13 0.14 0.16 0.13 0.11 0.01 0.11 0.11 0.22 0.11 0.12
C2' 0.01 0.04 0.04 0.02 0.06 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.08 0.04 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04 0.10 0.04
C3' 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.04 0.07 0.03 0.11 0.06
C4 0.10 0.12 0.11 0.08 0.12 0.07 0.12 0.07 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.10 0.03 0.09 0.08 0.19 0.08 0.09
C4' 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.07 0.09 0.03
C5 0.14 0.16 0.14 0.12 0.17 0.12 0.16 0.12 0.15 0.15 0.17 0.18 0.17 0.13 0.09 0.14 0.14 0.21 0.13 0.13
C5' 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.10 0.03
C6 0.17 0.19 0.17 0.14 0.20 0.15 0.20 0.15 0.19 0.19 0.20 0.21 0.20 0.16 0.11 0.17 0.18 0.24 0.17 0.17
C8 0.11 0.13 0.12 0.09 0.14 0.09 0.13 0.08 0.12 0.12 0.14 0.15 0.14 0.11 0.07 0.10 0.09 0.18 0.09 0.08
N1 0.17 0.19 0.16 0.13 0.20 0.14 0.20 0.14 0.19 0.18 0.20 0.21 0.19 0.15 0.07 0.17 0.17 0.25 0.18 0.18
N3 0.09 0.10 0.11 0.07 0.11 0.06 0.10 0.06 0.09 0.09 0.11 0.12 0.11 0.10 0.02 0.08 0.07 0.19 0.05 0.08
N6 0.21 0.23 0.20 0.19 0.24 0.19 0.24 0.19 0.23 0.23 0.24 0.24 0.23 0.20 0.16 0.21 0.22 0.26 0.22 0.21
N7 0.15 0.17 0.15 0.13 0.17 0.12 0.16 0.12 0.15 0.16 0.17 0.18 0.17 0.14 0.11 0.14 0.14 0.20 0.12 0.12
N9 0.08 0.10 0.10 0.06 0.10 0.05 0.09 0.05 0.08 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.03 0.07 0.06 0.16 0.07 0.06
O2' 0.09 0.05 0.09 0.13 0.02 0.14 0.04 0.16 0.07 0.07 0.03 0.04 0.04 0.10 0.18 0.12 0.17 0.09 0.19 0.16
O3' 0.07 0.05 0.05 0.09 0.04 0.10 0.05 0.10 0.06 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.13 0.09 0.12 0.02 0.14 0.10
O4' 0.05 0.06 0.08 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.12 0.06 0.02
O5' 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.11 0.03
OP1 0.15 0.19 0.15 0.13 0.21 0.11 0.20 0.10 0.18 0.17 0.20 0.23 0.18 0.12 0.08 0.13 0.10 0.12 0.06 0.10
OP2 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.06 0.12 0.06 0.06
P 0.05 0.07 0.07 0.04 0.09 0.03 0.08 0.03 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.07 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.04 0.13 0.07
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.07 0.17 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.16 0.06
C5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.15 0.06
N1 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.15 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.07
N4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.09 0.17 0.07
O2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.16 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.11 0.04
O3' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02
O5' 0.02 0.01 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.01 0.04 0.04 0.03 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04 0.03 0.06 0.09 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.16 0.13 0.07 0.17 0.06 0.16 0.03 0.15 0.15 0.17 0.17 0.16 0.11 0.01 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00