ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53067

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N9 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N6 A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.000, 0.120, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.120 std_dev=0.120
OP1 B 0, 0.000, 0.126, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.000, 0.175, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O2' A 0, 0.000, 0.202, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C3' A 0, 0.000, 0.218, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.218 std_dev=0.218
O5' A 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
P B 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
P A 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O5' B 0, 0.000, 0.345, 0.689, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.345 std_dev=0.345
OP1 A 0, 0.000, 0.347, 0.694, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.347 std_dev=0.347
O3' A 0, 0.000, 0.362, 0.723, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.362 std_dev=0.362
OP2 B 0, 0.000, 0.375, 0.750, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.375 std_dev=0.375
C5' B 0, 0.000, 0.450, 0.901, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.450 std_dev=0.450
OP2 A 0, 0.000, 0.458, 0.917, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.458 std_dev=0.458
C4' B 0, 0.000, 0.538, 1.075, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.538 std_dev=0.538
O3' B 0, 0.000, 0.561, 1.122, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.561 std_dev=0.561
C3' B 0, 0.000, 0.586, 1.172, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.586 std_dev=0.586
C6 B 0, 0.000, 0.598, 1.196, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.598 std_dev=0.598
O4' B 0, 0.000, 0.602, 1.204, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.602 std_dev=0.602
C5 B 0, 0.000, 0.656, 1.312, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.656 std_dev=0.656
C1' B 0, 0.000, 0.682, 1.364, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.682 std_dev=0.682
C2' B 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
N1 B 0, 0.000, 0.714, 1.428, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.714 std_dev=0.714
O2' B 0, 0.000, 0.724, 1.447, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.724 std_dev=0.724
C4 B 0, 0.000, 0.824, 1.647, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.824 std_dev=0.824
N4 B 0, 0.000, 0.888, 1.775, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.888 std_dev=0.888
C2 B 0, 0.000, 0.924, 1.848, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.924 std_dev=0.924
N3 B 0, 0.000, 0.976, 1.951, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.976 std_dev=0.976
O2 B 0, 0.000, 1.085, 2.169, 2.169 max_d=2.169 avg_d=1.085 std_dev=1.085

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.08 0.07 0.03 0.13 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
C4 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.02 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.03 0.04 0.09 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.02 0.04 0.03
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.03 0.01 0.10 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03
C8 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.09 0.02 0.07 0.02 0.05 0.03
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01
N3 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
N6 0.03 0.03 0.07 0.13 0.02 0.09 0.03 0.10 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.16 0.03 0.12 0.07 0.11 0.08
N7 0.01 0.03 0.03 0.09 0.02 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.11 0.02 0.08 0.03 0.07 0.04
N9 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.10 0.00 0.12 0.09 0.08 0.02 0.16 0.11 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03
O5' 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.06 0.07 0.03 0.01 0.12 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.11 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07 0.01 0.08 0.02 0.13 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05
C2 0.01 0.03 0.05 0.05 0.00 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.07 0.01 0.05 0.06 0.10 0.08
C2' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.07 0.08 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.08 0.05
C3' 0.02 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 0.09 0.04 0.09 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.10 0.08
C4 0.03 0.08 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.09 0.03 0.03 0.08 0.03 0.11 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.07 0.05
C4' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07 0.01 0.08 0.01 0.13 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06
C5 0.07 0.11 0.05 0.04 0.05 0.09 0.00 0.11 0.01 0.06 0.10 0.05 0.13 0.07 0.03 0.09 0.01 0.03 0.07 0.04
C5' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.02 0.06 0.06 0.08 0.06 0.02 0.08 0.02 0.13 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06
C6 0.07 0.09 0.04 0.03 0.05 0.08 0.01 0.09 0.02 0.06 0.08 0.05 0.11 0.07 0.02 0.08 0.00 0.04 0.08 0.05
C8 0.07 0.12 0.05 0.05 0.05 0.10 0.01 0.12 0.01 0.06 0.11 0.05 0.16 0.08 0.05 0.09 0.01 0.03 0.06 0.04
N1 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.03 0.07 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.09 0.07
N3 0.01 0.05 0.04 0.03 0.00 0.03 0.06 0.06 0.06 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.08 0.06
N6 0.12 0.13 0.09 0.08 0.09 0.13 0.06 0.12 0.07 0.11 0.12 0.08 0.15 0.13 0.06 0.13 0.03 0.01 0.05 0.02
N7 0.08 0.12 0.07 0.06 0.06 0.11 0.01 0.12 0.01 0.08 0.11 0.06 0.16 0.10 0.06 0.10 0.01 0.03 0.07 0.04
N9 0.04 0.10 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04 0.10 0.04 0.04 0.09 0.04 0.13 0.04 0.01 0.06 0.00 0.04 0.06 0.04
O2' 0.04 0.12 0.03 0.05 0.04 0.09 0.05 0.12 0.04 0.04 0.11 0.04 0.16 0.05 0.05 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00
O3' 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.04 0.09 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.09 0.07
O4' 0.03 0.10 0.01 0.02 0.02 0.07 0.07 0.10 0.06 0.02 0.09 0.02 0.14 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.07 0.05
O5' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.07 0.05 0.02 0.08 0.03 0.12 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06
OP1 0.05 0.11 0.03 0.03 0.04 0.08 0.03 0.09 0.03 0.04 0.10 0.04 0.15 0.05 0.03 0.07 0.01 0.04 0.06 0.05
OP2 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.07 0.03 0.09 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06
P 0.03 0.09 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.08 0.03 0.03 0.09 0.04 0.13 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.02 0.08 0.08 0.06 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02 0.08 0.04 0.13 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06
C4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.09 0.08 0.09
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.07 0.06 0.05 0.08
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00
C6 0.01 0.02 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.04 0.04 0.01 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.02 0.05
N3 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.02 0.09 0.10 0.08 0.09
N4 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.10 0.10 0.10
O2 0.00 0.00 0.13 0.13 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.16 0.04 0.07 0.08 0.05 0.06
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03
O3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.10 0.05 0.16 0.01 0.00 0.00 0.08 0.09 0.08 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
O5' 0.02 0.08 0.03 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.04 0.05 0.09 0.10 0.07 0.02 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.08 0.03 0.05 0.09 0.01 0.06 0.05 0.04 0.05 0.10 0.10 0.08 0.02 0.09 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.06 0.04 0.06 0.08 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.08 0.10 0.05 0.04 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.07 0.03 0.06 0.09 0.01 0.08 0.00 0.05 0.05 0.09 0.10 0.06 0.03 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00