ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53069

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C4' A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
C5' A 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
O5' A 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
OP2 B 0, 0.000, 0.228, 0.455, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.228 std_dev=0.228
OP2 A 0, 0.000, 0.242, 0.484, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.242 std_dev=0.242
P A 0, 0.000, 0.243, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.243 std_dev=0.243
N4 B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
OP1 A 0, 0.000, 0.303, 0.606, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.303 std_dev=0.303
OP1 B 0, 0.000, 0.313, 0.625, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.313 std_dev=0.313
P B 0, 0.000, 0.315, 0.629, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.315 std_dev=0.315
C4 B 0, 0.000, 0.340, 0.680, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C5 B 0, 0.000, 0.375, 0.750, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.375 std_dev=0.375
N3 B 0, 0.000, 0.385, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C5' B 0, 0.000, 0.420, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.420 std_dev=0.420
O5' B 0, 0.000, 0.423, 0.845, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.423 std_dev=0.423
O3' B 0, 0.000, 0.423, 0.846, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.423 std_dev=0.423
C3' B 0, 0.000, 0.441, 0.883, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.441 std_dev=0.441
C4' B 0, 0.000, 0.453, 0.905, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C6 B 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464
C2 B 0, 0.000, 0.478, 0.956, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.478 std_dev=0.478
N1 B 0, 0.000, 0.514, 1.027, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.514 std_dev=0.514
O4' B 0, 0.000, 0.533, 1.066, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.533 std_dev=0.533
O2 B 0, 0.000, 0.552, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.552 std_dev=0.552
C2' B 0, 0.000, 0.554, 1.109, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.554 std_dev=0.554
C1' B 0, 0.000, 0.569, 1.138, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.569 std_dev=0.569
O2' B 0, 0.000, 0.708, 1.417, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.708 std_dev=0.708

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03
C8 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
N1 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02
N3 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03
N6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.05
N7 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02
O5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.00 0.04 0.04 0.07 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.01 0.07 0.07 0.07 0.11 0.14 0.12 0.12 0.08 0.04 0.11 0.02 0.11 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07
C2 0.17 0.19 0.06 0.01 0.16 0.02 0.19 0.04 0.22 0.21 0.16 0.12 0.20 0.05 0.07 0.17 0.00 0.04 0.01 0.02
C2' 0.09 0.09 0.01 0.08 0.06 0.08 0.09 0.17 0.11 0.11 0.06 0.02 0.09 0.04 0.11 0.05 0.07 0.08 0.09 0.07
C3' 0.09 0.08 0.01 0.08 0.05 0.08 0.09 0.18 0.10 0.10 0.05 0.02 0.09 0.04 0.11 0.05 0.07 0.09 0.09 0.08
C4 0.13 0.15 0.03 0.05 0.12 0.03 0.15 0.09 0.17 0.17 0.12 0.07 0.15 0.03 0.10 0.13 0.04 0.06 0.06 0.05
C4' 0.09 0.10 0.02 0.07 0.07 0.07 0.10 0.16 0.10 0.11 0.07 0.03 0.10 0.04 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07
C5 0.14 0.15 0.03 0.04 0.12 0.01 0.15 0.06 0.18 0.18 0.12 0.08 0.16 0.03 0.11 0.14 0.03 0.05 0.05 0.03
C5' 0.10 0.10 0.02 0.07 0.07 0.07 0.10 0.15 0.11 0.12 0.07 0.04 0.10 0.04 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07
C6 0.16 0.18 0.04 0.02 0.14 0.02 0.17 0.02 0.20 0.20 0.14 0.09 0.18 0.04 0.09 0.17 0.00 0.03 0.02 0.01
C8 0.12 0.13 0.01 0.07 0.09 0.04 0.13 0.11 0.14 0.14 0.09 0.05 0.13 0.02 0.12 0.11 0.06 0.07 0.08 0.06
N1 0.18 0.19 0.06 0.01 0.16 0.03 0.19 0.01 0.22 0.21 0.16 0.11 0.20 0.04 0.09 0.18 0.01 0.03 0.00 0.00
N3 0.15 0.17 0.05 0.03 0.14 0.01 0.17 0.08 0.19 0.19 0.14 0.10 0.17 0.05 0.08 0.14 0.03 0.06 0.05 0.04
N6 0.18 0.19 0.06 0.00 0.14 0.05 0.18 0.02 0.21 0.21 0.15 0.10 0.20 0.05 0.08 0.20 0.03 0.01 0.00 0.03
N7 0.14 0.15 0.03 0.05 0.12 0.01 0.15 0.07 0.17 0.17 0.12 0.07 0.16 0.03 0.10 0.14 0.03 0.05 0.05 0.03
N9 0.11 0.12 0.01 0.07 0.09 0.05 0.12 0.12 0.13 0.14 0.09 0.05 0.12 0.02 0.12 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07
O2' 0.08 0.08 0.01 0.08 0.05 0.09 0.08 0.18 0.09 0.10 0.05 0.01 0.08 0.05 0.10 0.03 0.07 0.08 0.08 0.07
O3' 0.07 0.06 0.00 0.09 0.02 0.10 0.06 0.20 0.07 0.08 0.03 0.01 0.06 0.04 0.12 0.02 0.08 0.09 0.10 0.08
O4' 0.09 0.10 0.00 0.07 0.07 0.07 0.10 0.14 0.11 0.11 0.07 0.04 0.10 0.02 0.10 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07
O5' 0.11 0.11 0.02 0.06 0.08 0.06 0.12 0.14 0.13 0.13 0.08 0.05 0.11 0.04 0.10 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06
OP1 0.13 0.13 0.05 0.04 0.10 0.04 0.14 0.13 0.14 0.15 0.11 0.07 0.13 0.07 0.08 0.09 0.04 0.07 0.07 0.05
OP2 0.11 0.12 0.01 0.07 0.09 0.06 0.12 0.13 0.14 0.14 0.09 0.06 0.12 0.03 0.12 0.09 0.06 0.09 0.09 0.07
P 0.11 0.11 0.02 0.07 0.08 0.06 0.12 0.14 0.13 0.13 0.09 0.05 0.11 0.04 0.11 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.12 0.11 0.16 0.13
C2 0.03 0.00 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.07 0.02 0.09 0.10 0.16 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.02 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04
C4 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.09 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.08 0.03 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.11 0.04
C5' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.11 0.01 0.13 0.00 0.09 0.03 0.08 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00
C6 0.02 0.02 0.06 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.06 0.09 0.17 0.11
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.18 0.14
N3 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.08 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.05 0.04 0.04 0.05 0.10 0.06
N4 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00
O2 0.05 0.00 0.15 0.12 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.18 0.14 0.00 0.13 0.13 0.17 0.14
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.09 0.06 0.18 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.14 0.04 0.00 0.01 0.10 0.12 0.05 0.10
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.15 0.18 0.17
O5' 0.12 0.09 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.11 0.04 0.03 0.13 0.01 0.10 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.11 0.10 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.07 0.09 0.12 0.05 0.01 0.13 0.02 0.12 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.16 0.06 0.00 0.09 0.04 0.11 0.01 0.17 0.18 0.10 0.03 0.17 0.05 0.05 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.11 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.00 0.11 0.14 0.06 0.00 0.14 0.02 0.10 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00