ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53070

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N3 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C2 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N1 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C4' A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C1' A 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O5' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.000, 0.057, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.057 std_dev=0.057
O4' B 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C1' B 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C4' B 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.000, 0.074, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C5' B 0, 0.000, 0.076, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O4' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C2' B 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O2' B 0, 0.000, 0.093, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.093 std_dev=0.093
N1 B 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C5' A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C3' B 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O2 B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C2 B 0, 0.000, 0.128, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O3' A 0, 0.000, 0.129, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.129 std_dev=0.129
P A 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
OP1 B 0, 0.000, 0.152, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.152 std_dev=0.152
O5' B 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C6 B 0, 0.000, 0.165, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.165 std_dev=0.165
O3' B 0, 0.000, 0.170, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.170 std_dev=0.170
OP1 A 0, 0.000, 0.182, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.182 std_dev=0.182
P B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
N3 B 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
OP2 B 0, 0.000, 0.242, 0.484, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.242 std_dev=0.242
C5 B 0, 0.000, 0.252, 0.504, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.252 std_dev=0.252
OP2 A 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
C4 B 0, 0.000, 0.284, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.284
N4 B 0, 0.000, 0.386, 0.772, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.386 std_dev=0.386

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01
C2 0.05 0.00 0.05 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C4 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.06 0.08 0.05
C5' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.06 0.08 0.05
C8 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06
N1 0.05 0.00 0.05 0.06 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.03 0.05 0.07 0.04
N3 0.05 0.00 0.05 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04
N6 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02 0.06 0.08 0.05
N7 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.07 0.10 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04
O2' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.03 0.04
O5' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.07 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.05 0.01 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.10 0.05 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02
C2 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.09 0.04
C2' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01
C4 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01
C5 0.05 0.04 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.07 0.05 0.05 0.05 0.01 0.03 0.07 0.02
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02
C6 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.10 0.06
C8 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.03 0.07 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00
N1 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.03 0.09 0.11 0.08
N3 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.06 0.09 0.05 0.03 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00
N6 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.07 0.11 0.07
N7 0.06 0.04 0.06 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.07 0.06 0.06 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01
N9 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00
O2' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02
O5' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02
OP1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03
OP2 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.08 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.07 0.08 0.11 0.08
P 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.08 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00
C2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C4 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
C5 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C5' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
N3 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01
N4 0.02 0.04 0.06 0.07 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.02 0.03 0.05 0.08 0.04
O2 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03
O2' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03
O5' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.08 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00