ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53071

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C5 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N9 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C8 A 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C4 A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O3' B 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
N3 A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C5 B 0, 0.000, 0.079, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.079 std_dev=0.079
C3' B 0, 0.000, 0.080, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C6 B 0, 0.000, 0.082, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C2' A 0, 0.000, 0.086, 0.173, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.086 std_dev=0.086
O2' B 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O4' A 0, 0.000, 0.091, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C2' B 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C4 B 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
N6 A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C1' B 0, 0.000, 0.109, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.109 std_dev=0.109
N1 B 0, 0.000, 0.109, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.109 std_dev=0.109
N4 B 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O4' B 0, 0.000, 0.128, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.000, 0.129, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C4' B 0, 0.000, 0.130, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.130 std_dev=0.130
N3 B 0, 0.000, 0.135, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C2 B 0, 0.000, 0.139, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.000, 0.160, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.160
O2 B 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C4' A 0, 0.000, 0.185, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.185 std_dev=0.185
O5' A 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C5' B 0, 0.000, 0.199, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.199 std_dev=0.199
O3' A 0, 0.000, 0.205, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.205
OP2 A 0, 0.000, 0.249, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.249 std_dev=0.249
P B 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
P A 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C5' A 0, 0.000, 0.264, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.264 std_dev=0.264
OP2 B 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
OP1 A 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
O5' B 0, 0.000, 0.725, 1.449, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.725 std_dev=0.725
OP1 B 0, 0.000, 0.730, 1.459, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.730 std_dev=0.730

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C2 0.04 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.07 0.02 0.02 0.08 0.03 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
C4 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.10 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.13 0.06 0.07
C5' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.07 0.01 0.18 0.13 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.11 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.04 0.09 0.17 0.09 0.11
C8 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.07 0.02 0.11 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.06 0.08 0.02 0.03
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.04 0.01 0.06 0.14 0.07 0.08
N3 0.05 0.00 0.07 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00
N6 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.10 0.03 0.18 0.00 0.07 0.02 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.04 0.08 0.15 0.25 0.16 0.18
N7 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.13 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.09 0.14 0.06 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.03 0.05 0.01 0.08 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.06 0.06
O3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.08 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02
O5' 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.06 0.06 0.00 0.15 0.09 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.01 0.08 0.05 0.02 0.06 0.01 0.13 0.00 0.17 0.08 0.14 0.03 0.25 0.14 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.07 0.00 0.16 0.06 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.11 0.03 0.08 0.00 0.18 0.08 0.00 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.07 0.02 0.07 0.01 0.07 0.04 0.06 0.07 0.02 0.05 0.03 0.03 0.48 0.35 0.13 0.19
C2 0.06 0.06 0.07 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.00 0.05 0.49 0.14 0.20 0.10
C2' 0.05 0.06 0.05 0.05 0.09 0.04 0.10 0.01 0.10 0.06 0.08 0.10 0.03 0.08 0.06 0.04 0.48 0.39 0.06 0.23
C3' 0.09 0.11 0.08 0.08 0.15 0.07 0.15 0.04 0.14 0.10 0.14 0.16 0.09 0.11 0.11 0.08 0.47 0.45 0.06 0.25
C4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.48 0.18 0.18 0.11
C4' 0.10 0.12 0.08 0.09 0.14 0.08 0.13 0.05 0.12 0.10 0.14 0.15 0.11 0.11 0.12 0.08 0.48 0.41 0.11 0.21
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.49 0.12 0.16 0.11
C5' 0.07 0.10 0.06 0.06 0.12 0.04 0.10 0.01 0.09 0.07 0.12 0.13 0.09 0.10 0.10 0.05 0.46 0.33 0.17 0.16
C6 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.50 0.06 0.13 0.10
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.48 0.18 0.17 0.12
N1 0.06 0.06 0.07 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.05 0.08 0.00 0.06 0.49 0.06 0.15 0.09
N3 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.47 0.21 0.21 0.10
N6 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.50 0.03 0.07 0.12
N7 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.49 0.12 0.16 0.11
N9 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.47 0.23 0.18 0.12
O2' 0.04 0.04 0.04 0.04 0.08 0.03 0.11 0.02 0.10 0.05 0.06 0.08 0.00 0.06 0.05 0.04 0.47 0.44 0.00 0.27
O3' 0.12 0.15 0.09 0.10 0.18 0.09 0.18 0.06 0.16 0.13 0.18 0.20 0.12 0.11 0.12 0.10 0.44 0.53 0.04 0.27
O4' 0.06 0.08 0.05 0.06 0.09 0.05 0.09 0.03 0.09 0.06 0.09 0.10 0.06 0.07 0.07 0.05 0.47 0.35 0.15 0.18
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.08 0.03 0.06 0.06 0.01 0.44 0.28 0.16 0.15
OP1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.42 0.13 0.25 0.05
OP2 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.05 0.02 0.43 0.21 0.16 0.12
P 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.02 0.43 0.19 0.18 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.54 0.02 0.17
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.53 0.04 0.17
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.25 0.49 0.06 0.19
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.17 0.41 0.17 0.09
C4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.04 0.42 0.08 0.15
C4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.14 0.05
C5 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.04 0.01 0.39 0.08 0.15
C5' 0.03 0.04 0.01 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.05 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.26 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.04 0.02 0.45 0.06 0.17
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.54 0.03 0.18
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.49 0.07 0.17
N4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.03 0.06 0.36 0.09 0.13
O2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.03 0.56 0.01 0.16
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.28 0.51 0.06 0.21
O3' 0.04 0.08 0.02 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.08 0.06 0.09 0.02 0.00 0.01 0.09 0.42 0.19 0.07
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.53 0.03 0.12
O5' 0.04 0.02 0.25 0.17 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.03 0.28 0.09 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.54 0.53 0.49 0.41 0.42 0.40 0.39 0.26 0.45 0.54 0.49 0.36 0.56 0.51 0.42 0.53 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.06 0.17 0.08 0.14 0.08 0.18 0.06 0.03 0.07 0.09 0.01 0.06 0.19 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.17 0.19 0.09 0.15 0.05 0.15 0.01 0.17 0.18 0.17 0.13 0.16 0.21 0.07 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00